Avances científicos, Tutoriales, Tecnología y Ocio desde un Laboratorio de Biología Molecular
Acabo de adquirir una nueva bata de laboratorio en la tienda de la ULE (Universidad de León). Quería destacar esto como noticia porque la empresa textil que se encarga de fabricar estas batas, Fundotex, tiene un gran número de discapacitados en la plantilla. Espero que haya sido de ayuda mi aportación. Por cierto, es la bata más barata que he podido encontrar. Ahí queda eso.
Escuchando: el hambre rugiendo
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Esto me lo encontré trapicheando por Google en busca de rutas para hacer senderismo y el cabra con la GT. Se trata de una interfaz basada en google maps donde se puede añadir fácilmente cualquier ruta. Para ello hay que registrarse gratuítamente para poder subir rutas. Pero para ver las que hay, no es necesario.
Lo mejor es que, además de proporcionar la distancia, genera un perfil del terreno para poder observar con qué se puede uno encontrar al ir por un sitio u otro. Para ir andando no es mucho el problema, pero cuando vas en bicicleta no te agrada encontrarte un buen repecho cuando ya lo has dado todo.
Conclusión: site altamente recomendable y que hace pasar un buen rato para saciar la curiosidad de las distancias que se recorren.
Escuchando: La persiana golpeando
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Después de muchas pruebas en el mundo de internet, he optado en pasarme a la tentación de administrar un blog y dejar atrás una web básica basada en html. A parte del gran trabajo que me ocasionaba el actualizar la web, las empresas de blogging han mejorado y mucho en estos últimos años. Antes, tan sólo se podía generar un blog alojado en un servidor de la propia empresa de blogging. A medida que avanzó el tiempo, se fueron creando instalaciones para poder tener el blog en un servidor propio. Y ahora, de lo que se trata es de mejorar la forma de postear y aumentar el número de visitas para que todo el mundo vea lo que se escribe y, si es posible, ganar algo de dinero mediante publicidad.
Las 2 grandes empresas de blogging que existen hoy en día son Blogger y WordPress. En este caso explicaré como crear un blog a partir de esta última.
La instalación de WordPress requiere de:
1º Tener un alojamiento para el blog: si se opta por uno gratuíto, las mejores opciones son 0fees.net y host56.com. Los he puesto con los sufijos que se generarán al crear el site. Por ejemplo http://tublog.0fees.net ó http://tublog.host56.com. La diferencia que he notado entre ambos es la velocidad de los servidores, siendo mayor en host56.com que con 0fees.net. Pero el tráfico en host56.com es mayor y se pueden saturar las bases de datos alguna vez, como me ha pasado a mí. Si lo que se quiere es tener un dominio propio pagando una cuota mensual o anual, enhorabuena por tener las cosas claras y adelante ya que el coste es muy bajo dependiendo de los beneficios que se obtengan.
2º Tener a mano los datos de tu alojamiento: cuando se obtiene un alojamiento en un servidor, la empresa que lo proporciona enviará al nuevo cliente toda la información para que saque el máximo partido a su cuenta.
3º Disponer de un cliente de FTP: todas las empresas de hosting tienen a disposición del cliente un sistema de subir los archivos a tu espacio. Pero son sistemas lentos. Lo mejor es disponer de un cliente propio como Filezilla, que es multiplataforma.
4º Tener las cosas claras de com va a ser el blog y del título que se quiere poner al mismo: no da igual poner un título a un blog y que el nombre del dominio no tenga nada que ver. Esto lo he podido comprobar empíricamente y lo mejor es que el título sea sencillo de recordar y que el nombre del dominio sea el mismo. Si tu blog se va a llamar «hola mundo», el nombre del dominio debería ser http://holamundo.0fees.net ó http://holamundo.host56.com ó, si tienes la posibilidad de tener un alojamiento tipo .com pues http://holamundo.com. Esto facilita las búsquedas y la aplicación de ciertos plugins para que se tengan más visitas.
Una vez claras las ideas y teniendo listo todo lo anterior, se debe disponer a bajarse la última versión de WordPress. También es aconsejable buscar los paquetes de idiomas correspondientes y bajárselos.
Con todo esto, manos a la obra:
Paso1: configurar cliente de FTP
Lo primero es ir a las preferencias de Filezilla y cambiar el idioma a Español, para hacerlo todo más sencillo. Vamos a abrir una nueva conexión: Archivo—gestión de sitios—-botón de «nuevo sitio». Se pone el nombre que más convenga y se rellenan los campos de la parte derecha. Todo lo que hay que rellenar está en la parte de FTP de las indicaciones que nos ha enviado nuestro servidor. Por tanto, será todo lo que lleve la coletilla de FTP. Repito esto mucho porque hay gente que se hace un lío con estas cosas. Después de haber rellenado el servidor, nombre de usuario y contraseña (seleccionar modo de acceso «normal»), tan sólo hay que dar a «conectar» y ya entraremos en la ruta de archivos que nos pertenece. Siempre en la ruta principal, en el caso de los servidores gratuítos, hay una carpeta llamada htcdocs ó public_html en otros casos. Ahí es donde debemos meter todas las cosas. Si lo hacemos fuera, nada tendrá efecto.
Paso2: preparar la base de datos.
Ahora las páginas web son dinámicas y la interacción es primordial. Por lo tanto se va ha generar una base de datos en la que se almacene todo y se pueda interactuar rápidamente. Tanto en servidores gratuítos como de pago, la opción de tener una base de datos está implementada en la propia cuenta contratada. Para generar la base de datos hay que introducirse en el CPanel del servidor. Para ello, se debe uno loguear en la página web principal del servicio que nos ha suministrado el sitio, metiendo los datos de usuario y contraseña. Una vez dentro hay que navegar por la interfaz para buscar DATA BASE ó base de Datos y mirar en MySQL. Según el servidor, aparecerá un sencillo menú para rellenar para generar la base de datos. El nombre de la base de datos que generemos es el que hay que recordar para más tarde. Con ello, se tendrá también una contraseña y un nombre de usuario. Este nombre de usuario será el mismo que tenemos asignado para MySQL en general o tendremos uno nuevo, que no será más que el que teníamos al principio más un sufijo elegido por el usuario.
Una vez tenemos estos datos y la base de datos generada (no olvidarse de dar al botón «crear base de datos») ya podemos pasar al siguiente paso.
Paso3: configurar archivo wp-config.php
En el archivo descargado en formato zip de la versión de WordPress, se encontrará la carpeta que hay que subir a nuestro alojamiento. Por lo que, primero, hay que descomprimir el archivo. Dentro de la carpeta existen multitud de archivos y alguna carpeta que otra. Buscamos el archivo «wp-config-sample.php» ó «wp-config.php». Aquí hay 4 cosas que rellenar. Pongo un corta-pega de la parte en cuestión.
/** The name of the database for WordPress */
define(‘DB_NAME’, ‘nombre de la base de datos‘);
/** MySQL database username */
define(‘DB_USER’, ‘nombre de usuario de la base de datos‘);
/** MySQL database password */
define(‘DB_PASSWORD’, ‘contraseña de la base de datos‘);
/** MySQL hostname */
define(‘DB_HOST’, ‘nombre del servidor, no FTP‘);
Lo que se ve en negrita es lo que hay que rellenar. No quitar las comillas. El último es importante. Es el nombre del servidor que coincide con el de el nombre del servidor de la base de datos (no el nombre de la base de datos). Por tanto, si tenemos el dominio de 0fees.net será «sql313.0fees.net», y si es el de host56.com será «server32.000webhost.com».
Si, a parte de esto, se quiere tener todo en español, hay que incluir lo que pongo a continuación en negrita en una sección un poco más abajo del mismo archivo «wp-config»:
define (‘WPLANG’, ‘es_ES‘);
Para que funcione el paquete de idiomas, hay que meter el archivo descargado del paquete (en este caso español) en la carpeta «wp-contents» y dentro de ella en una carpeta creada por el usuario llamada «languages». Todo esto es mejor hacerlo antes de subir los archivos al servidor y llevarnos alguna sorpresa.
Una vez escrito todo, hay que guardar el archivo con el nombre «wp-config.php».
Paso4: subir los archivos al servidor.
Conectamos con nuestro servidor mediante el cliente ftp y arrastramos dentro de la carpeta asignada (htcdocs ó public_html) el contenido de la carpeta de WordPress. No la carpeta, sino el contenido. Quedarán por tanto en esa carpeta del servidor 3 carpetas y unos 28 archivos sueltos. Esto lleva tiempo dependiendo del ancho de banda, así que lo mejor es no estar pendiente del proceso.
Paso5: instalación de WordPress.
Abrimos un navegador web y ponemos en el campo de la dirección lo siguiente:
http://tublog.0fees.net(ó .host56.com)/wp-admin/install.php
Importante lo que está en negrita. Damos «enter» con el teclado para entrar y se verá el diálogo de instalación. Aquí sólo hay que poner un correo electrónico y se generará una contraseña automática que habrá que copiar para entrar luego. El nombre de usuario por defecto será «admin». Para cambiarlo…ya lo explicaré en otro post.
Ya está. Una vez logueados lo primero es cambiar la contraseña (aparece un diálogo en el «escritorio» en la parte superior para que lo cambiemos. Sino, en las opciones de perfil se puede cambiar también)
Bueno, pues ya se ha acabado. Esto es todo. Ahora a disfrutar y postear. Más adelante pondré más cosas sobre la configuración y demás aquí, en el blog, o en el foro.
Escuchando: El canto del loco
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Creía que desconectaba completamente del trabajo de toda la semana al llegar el viernes y dejarme caer en el sofá de casa. Pero este fin de semana pude hacer un viaje a la Sierra de Francia que, definitivamente, me ayudó a desconectar completamente. Lo aconsejo encarecidamente. Sobre todo a los urbanitas que no hacen más que estar enganchados a un recinto cerrado durante sus horas laborales. Allí no hay nada. Y por no haber, dependiendo de las rutas, no hay ni gente. Eso sí, los lugareños son fantásticos. No reparan en ayudarte sin que les pidas ayuda. No hay que perderse la subida a la Peña de Francia, donde se encuentra el monasterio de los dominicos. Pero lo mejor es el paraje y las vistas que nos ofrece la cima.
Además, hay rutas para todo el mundo. Nosotros estuvimos alojados en el camping de Casarito y, en ese mismo sitio, hay una ruta para dar un paseo antes de cenar. Luego hay rutas de media dificultad y algunas en las que en 3 kilómetros de ruta se sube 600 metros. Y luego bajarlo. Incluso hay rutas para subir a la peña de Francia.
Un lugar que merece la pena visitar y que, por su fácil acceso y no muy vasto terreno, se puede ir con niños y mayores.
Escuchando: Economía for dummies
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El ajuar de laboratorio es siempre escaso. Y el cansancio que conlleva intentar mejorar esas condiciones es proporcional al material disponible: cuanto más y mejor material se tiene, menos cansancio se acumula. Esto que parece una bobada, cuando se trata de estar haciendo reacciones de PCR durante toda una semana para poder mapear genes…pues deja de ser un simple pipeteo a convertirse en un destroza hombros, antebrazos y pulgares. Y, si además para ver mejor el alicuoteo para cada muestra, el proceso se debe hacer de pie…pues hay que añadir cansancio en las piernas y la espalda. Vamos, que acabas el día como si hubieras trabajado en la obra, con el agotamiento mental añadido de estar concentrado para no pifiarla a la hora de pipetear. Para los que no se hacen una idea: una tanda de PCR normal que realizo yo en el laboratorio consiste en 105 muestras en las que, en cada una de ellas, hay que añadir un volumen determinado de dNTPs, buffer de reacción para la polimerasa, Taq polimerasa, Agua estéril Mili Q y el DNA correspondiente. Todo el mundo científico se vale de la maravillosa ayuda de las casas comerciales que permiten no tener que hacer a mano los búfferes de reacción. Y los dNTPs junto con el búffer y el agua se puede juntar para hacer un mix. Incluso si tienes unos cebadores que vayan bien, puedes incluirlos en el mix. Pero, cuando se trata de mapear genes y tienes que hacer la reacción para cada uno de los 105 individuos para ese gen determinado, pues, al menos, necesitas pipetear…unas 210 veces si haces el mix con primers incluidos y no tienes una micropipeta. A eso hay que añadir los pipeteos de la preparación de los mix de reacción. Todo esto lleva un gasto de tiempo bastante grande. Pero, si se quiere estar seguro de que vaya una concentración determinada de cada pareja de cebadores en cada muestra, pues el número de pipeteos se duplica. Todo esto lo cuento para un científico que no tiene la posibilidad de tener una micropipeta multicanal.
A eso quería yo llegar. Para los que no lo sepan, una pipeta multicanal es, como su nombre indica, una micropipeta que tiene muchos canales. Dependiendo del modelo, las hay de 8 ó 12 canales. Por lo tanto, cada vez que accionamos el émbolo para dejar soltar la alícuota pertinente en una batería de muestras, haremos el mismo trabajo reducido en una octava parte como poco. Vamos, que se puede hacer lo mismo que con la micropipeta normal pero 8 veces más rápido (si tiene ocho canales) ó 12 veces más rápido, como es el caso de la micropipeta que dispongo.
A eso de la reducción de esfuerzo hay que añadir una reducción de error de pipeteo, ya que cada vez que se acciona el mecanismo la succión y vertido es el mismo en los 12 pocillos a la vez.
Pero hay algo más. El cansancio mental también se reduce puesto que no se tiene que estar tan concentrado (esto no significa que no haya que estarlo para que todo vaya bien, eh!) a la hora de controlar los pipeteos.
Si a esto sumamos la pericia de cada investigador a la hora de hacer mixes, la reducción del número de pipeteos se reduce hasta un número de…¡¡36 pipeteos por cada tanda de 105 reacciones!!.
Todo esto también tiene un fallo: la captura de cada punta con las micropipetas multicanal. Cada casa comercial que fabrique este tipo de pipetas, produce unas puntas específicas que permite un mejor anclaje de éstas. Sin embargo, en la gran mayoría de los laboratorios se piden puntas a granel para todas la pipetas y pedir un cargamento a mayores de esas puntas tan específicas conlleva un gasto bastante grande. Siempre que se usan puntas no especiales, se suele tener que apretar un poco cada punta para que tome el volumen correcto. Esto hay que hacerlo con cuidado para preservar las condiciones de esterilidad. Pero cuando ya lo has hecho unas cuantas veces, la maña bate por goleada a la falta de presupuesto.
En fin, que todo laboratorio que tenga que manejar un número considerable de muestras, debería tener unas cuantas micropipetas multicanal. Tan sólo un consejo más: cada pipeta debería ser personal en intransferible. Para evitar continuas descalibraciones.
Escuchando: El golpeo a las teclas del portátil
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El pasado julio estuve en un curso de post-grado impartido por la Universidad de Barcelona sobre Filogenias y Genealogías de DNA. Está dirigido al ámbito bioinformático. Por ahora es lo mejorcito del verano, con esto de que hasta dentro de 15 días no cojo las vacaciones. Fue un curso intensivo pero muy ameno y con proporción entre teoría y práctica del 50%. Además, el personal que impartió las clases era de lo mejorcito en el ámbito de filogenias y, sobre todo, aplicaciones bioinformáticas dirigidas a ello.
Creo que se debería de mandar a más de un becario a que cursara estas lecciones porque siempre se debe poner algún aporte estadístico en las publicaciones sobre genética y, más aún, si se trabaja con un gran número de individuos. Sin embargo, y por lo que pude comprobar allí, también los directores de tesis tendrían que asistir al menos una vez en la vida y varias si lo que se quiere es tener conocimientos más avanzados. Puedo recordar el caso de varios directores que estaban asistiendo al curso porque no se fiaban de lo que escribían sus becarios para las publicaciones. Vamos, que seguramente un número indeterminado de publicaciones (o intentos de publicaciones) llevarán lo más seguro errores de tipo estadístico y por tanto no será del todo cierta la información que den allí.
Animo a todo el que esté asociado a este mundillo que vaya a este curso el año que viene. Y que se deje de mirar tanto por el dinero a la hora de asistir a eventos de este tipo, que se trata de obtener una buena formación y labrarte un futuro. Si alguien quiere más información al respecto, que lo escriba a modo de comentario o en los foros.
Escuchando: Anthea Ibiza-Voice.com podcast
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Menudo susto me he pegado cuando he mirado el pulsómetro después de una etapa subiendo y bajando la Candamia, aquí en León. Me ha dado 226 pulsaciones. O estoy muerto o mi corazón está hecho de titanio o…la fiabilidad de un pulsómetro como el polar rs400 queda entredicha. Para fliparlo. Es verdad que me he llevado un par de sustos y que hacía bastante que no subía todo el monte sin parar y a buen ritmo, pero de ahí a que me de un 116% de pulsaciones. Increíble. Lo mejor de la ruta es que me ha permitido observar lo mucho que ha cambiado este «parque de recreo» en estos 10 años. Me acuerdo que cuando subía por las colinas (que no eran de pista con gravilla como ahora…no sé a quién se le ha ocurrido semejante tontería. Voy a tener que limpiar la bici cada vez que se me ocurra bajar por las pistas. Y de paso toda la ropa), me metía por la zona de pinos y no había más que eso, pinos. Ahora ya se han dedicado a hacer hasta saltos con trampolines. Es perfecto. No tenía intención de pillarme más que otro casco, pero me dan ganas de cogerme unas protecciones para empezar a probar…o que me pruebe a mi el terreno, que será lo más fácil. Lo bueno es que he probado definitivamente la bicicleta pegando un ligero salto a una piedra y sigo diciendo que es soberbio el comportamiento.
Escuchando: Los ventiladores de los termocicladores
Continue readingDurante el verano se pueden hacer escapadas para trazar rutas de senderismo en la amplia geografía española. Uno de los sitios es la Sierra de Francia, al sur de Salamanca. No quiero hacer promoción ni mucho menos, pero si hay alguien interesado en ello, un buen senderista y amante de la fotografía llamado Rafita ha generado una web donde se puede encontrar todo tipo de rutas con los planos y folletos para descargarse. Además, se ha preocupado para subir los datos GPS de cada ruta, así como imágenes tomadas por él mismo. Os dejo el enlace a continuación.
La web de Rafita
Escuchando: Economía for Dummies
Continue readingYa se puede configurar todos los correos desde Mail. Al decir todos los correos, me refiero a los que casi todo el mundo tenemos: hotmail, yahoo y gmail. No hay restricciones en ninguno de los casos. Pero sí hay que tener en cuenta un pequeño detalle a la hora de configurar los correos de yahoo:
1ºHay que seleccionar el botón «opciones» situado a la derecha de la interfaz del cliente de correo y cliquear en «opciones de correo»
2ºIr a la parte derecha y seleccionar «acceso POP y reenvío» y acto seguido entrar en «configurar o modificar el acceso POP y reenvío».
3ºPor último, se tiene que activar la opción «acceso web y pop» y dar a «guardar» en la parte inferior.
En cuanto a la información necesaria para la configuración de Mail para cada uno de los correos, está disponible para todos los clientes en los menús de opciones y configuración POP. (Por ejemplo, en yahoo lo veréis bien desde el paso 3º, ya que pone «ver la configuración POP»).
Con esto ya se tiene todo correcto para poder recibir y mandar correos desde nuestros flamantes Macs.
Escuchando: Termocyclers noise
Continue readingLo tengo que promocionar porque no quiero que se termine este podcast. De lo mejorcito que hay en internet. Ya estoy harto de que nos avasallen con podcast de tecnología o cargados de marketing. Miguel López ha tenido la brillante idea de plasmar sus conocimientos sobre economía para explicarlos de forma clara y concisa. Sobre todo porque atiende a preguntas personales. Si necesitáis saber más, cliquead en el enlace que pongo a continuación y suscribíos. Espero que siga por muchos programas más. Ánimo, Miki!!
Economía for Dummies
Escuchando: Daniel Merriweather- Change
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