noviembre 2009 - Blog de Laboratorio

Alianzas para la secuenciación

30 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

Según se anunció el pasado día 23, DNAVision (la mayor compañía proveedora de sistemas de secuenciación de última generación en Europa) y El Instituto de Genómica de Pekín (Beijing Genomics Insitute, que es el tercer centro más grande en estudios de genómica del mundo) se han aliado finalmente para mejorar su posición en el campo de la secuenciación de próxima generación ó «Next generation sequencing». Es una alianza totalmente estratégica viendo el potencial de las firmas asiáticas.
DNAVision suministra tecnología de secuenciación para los sistemas Illumina y Roche GS FLX. Desde hace un tiempo ya se lleva anunciando estos sistemas (junto con el SOLiD de Applied Biosystems) como métodos de próxima generación. En realidad son actuales. Todos ellos se basan en la obtención de multitud de secuencias que generan un gran «pool» de datos, pasando de hablar de Megabytes a Gigabytes de información. Ahora se debería hablar del sistema IBM transistor como el Next Generation Sequencing Method principal.
Impresionante el avance de estos últimos 10 años. Dentro de poco casi podremos pedirla secuenciación de nuestro genoma como un análisis rutinario en la seguridad social XDD.

Fuente: Oncogenetics.org

Android ha llegado

28 noviembre, 2009 DoctorGenoma Tecnología

Finalmente tengo en mis manos mi nuevo terminal con Android. No parecía que fuera a ser tan intuitiva. La solidez y ergonomía del aparato me ha cautivado, viniendo de un mundo ya algo desfasado como es mi «antiguo» Nokia n95. También tiene que ver las tremendas ganas de adquirir un S.O. basado en Linux como es android. Eso sí, sin una conexión a la red el terminal se queda en pañales. Algo que sucede. A todos los nuevos móviles smartphones del mercado: las capacidades fotográficas se han dejado a un lado en pro de las tecnologías de la información. Sólo hace falta que el acceso lo subvencione el estado…XDD.
Habrá que trastear un poco para quitar las «huellas» de la operadora, configurarla a mi gusto…etc. Os dejo un vídeo en el que me identifico casi completamente (habla de forma algo distinta a mí XD). Disfrutádlo que no tiene desperdicio.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=gP63XMv8CIg[/youtube]

Escuchando: los sonidos de la Magic

Hablando con científicos: Nobel de Física 2009

27 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ocio

Hablando con científicos En este episodio se conmemora de nuevo los premios Nobel de este año dando un repaso a la candidatura de Física y como siempre, se da un repaso a los logros y vida de los ganadores: Charles K. Kao, de Standard Telecommunication Laboratories, Harlow, Reino Unido, y de la Universidad de China en Hong Kong, por sentar la bases que llevaron a la transmisión de la luz en fibras para las comunicaciones ópticas, y conjuntamente, a Willard S. Boyle y George E. Smith, que trabajaban en Bell Laboratories, Murray Hill, Estados Unidos, por la invención del circuito semiconductor de imagen, el sensor CCD.
La entrevista de hoy se realiza en el Instituto de Física Aplicada del CSIC, allí hablaron con un experto en materia de fibra óptica, D. Pedro Corredera Guillén, investigador científico que pertenece al Grupo de Investigación de Tecnología para las Comunicaciones Ópticas.

Enlace al podcast

Cardiomiopatías y el gen de la Nexilina

26 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

La Nexilina es una proteína que interviene en las contracciones musculares al situarse en el sarcómero, la unidad básica muscular. Los elementos móviles principales del sarcómero (actina y miosina) que generan el movimiento muscular están anclados en la zona que se denomina Discos Z. Se ha podido demostrar mediante estudios realizados en el pez cebra (menudo pececillo este, el de mi acuario está hecho un toro XD), que la estabilidad de las fibras musculares tiene que ver con esta proteína. Es como si se anclara en esos Discos Z y les da más robustez. Experimentaron mediante la generación de mutantes en ese gen para la Nexilina (NEXN) y se observó que los que tenían la proteína dañada perdían fuerza muscular y tenían el corazón más débil. Este estudio permitió relacionar la Nexilina con la desestabilización de los Discos-Z y, a su vez, la causa de la miocardiopatía que puede provocar una cardiomiopatía dilatada.

Referencias en Nature

El gen suicida contra el cáncer

25 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

Y la noticia es «Made in Spain». El equipo de investigación del Departamento de Anatomía y Embriología Humana de la Universidad de Granada ha demostrado la posibilidad de reducir las dosis de los fármacos dedicados a la lucha contra el cáncer al usarse en combinación con terapia génica gracias al gen suicida E. Este gen provoca la muerte celular de las células tumorales que originan el cáncer de pecho, pulmón y de colon y previene además su crecimiento. Según dice Ana Rosa Rama Ballesteros, investigadora que ha llevado a cabo el estudio, el gen E induce la apoptosis (muerte celular) a través de daño en las mitocondrias de estas células tumorales. Los primeros estudios realizados han demostrado que se puede reducir hasta 100 veces la dosis de los fármacos utilizados en la quimioterapia combinados con la terapia génica, obteniéndose una inhibición del crecimiento tumoral de hasta un 21% en el caso del cáncer de pecho.
Vamos por el buen camino.
Referencias: Antonia Aránega Jiménez. Departamento de Anatomía y Embriología Humana de la Universidad de Granada.

Escuchando: Lista de reproducción Lounge de Jamendo.com

Batidos de proteínas

24 noviembre, 2009 DoctorGenoma Deporte y Fitness

Debido a una consulta directa que he tenido sobre el tema, me gustaría dar unas pinceladas sobre el tema de estos suplementos.
La toma de batidos de proteínas no es para nada necesaria si se tiene el tiempo suficiente. Me explico: no se ha llegado a demostrar aún que un batido de proteínas sea mejor que un simple bocadillo de pollo o de pavo, por ejemplo. Sin embargo, si que es verdad que se da las cantidades de nutrientes óptimas para obtener buenos resultados en el ejercicio de musculación. La cantidad de proteína recomendada para una buena construcción muscular es de 2 gramos de proteína por kilogramo de peso corporal. Como es muy difícil calcular los gramos de proteínas en las comidas, los suplementos ayudan a la hora de controlarlo. Generalmente en los botes disponen de un cacillo que sirve de dispensador y que permite realizar ese cálculo fácilmente. No es bueno pasarse en las tomas de proteínas porque llegaríamos a saturar nuestro sistema de absorción y generaríamos un desajuste que conlleva a males menores como mal aliento (por no decir los fallos hepáticos y nefríticos).
En cuanto a los tipos de proteínas que se pueden encontrar en las tiendas de fitness, se podrían clasificar dependiendo de lo que se busca. La proteína de suero de leche es la que se utiliza justo antes de entrenar y después de entrenar. Si se quiere ganar peso, habrá que buscar un compuesto que sea alto en hidratos de carbono. Y cuando se quiere definir, las de mayor porcentaje en proteína serán las mejores (y las más caras, generalmente). Luego existen otros suplementos basados en caseína. Estos batidos son excelentes para tomarlos antes de acostarse, puesto que la caseína es de liberación lenta (cosa que no ocurre con la proteína de suero de leche, que es de asimilación rápida). De esta forma el cuerpo irá absorbiendo poco a poco la proteína y las reservas proteicas no se verán tan mermadas, no produciéndose en teoría la degeneración del tejido muscular.
Esto tan sólo ha sido una iniciación para los que tengan dudas sobre estos suplementos, que no son lo mismo que drogarse ni nada por el estilo. Si tenéis alguna duda más, no paséis la oportunidad de comentarla.

Escuchando: Podcast 59 de Macníacos

Agitación y calor en las disoluciones

23 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

Algo básico a la hora de hacer alguna disolución (mezcla totalmente homogénea) es conocer algún truco sobre como llevar a cabo el proceso. Durante el desarrollo de un proyecto de investigación siempre hay que cacharrear un poco. Es algo fundamental para llegar a ser un experto en el manejo de todos los aparatos y componentes que se utilizan en un laboratorio. Además, se repasan ciertas clases de química a la hora de hacer los cálculos pertinentes para conocer las concentraciones, volúmenes, gramos o moles de uno o varios de los compuestos implicados en las disoluciones. Pero las primeras veces se suele escapar algo. Se está un buen rato agitando y aquello no se disuelve. Como los grumos del cola cao, vamos. En la gran mayoría de las ocasiones, basta con observar el pH del compuesto que se está originando. Regulando el pH suelen disolverse mejor los solutos. Pero en ocasiones se necesita dar un empujón mediante calor. Siempre hay que estar seguro de que la disolución no vaya a volverse inestable. En un laboratorio de Genética, a no ser de que se vaya a hacer algo muy específico y que contenga ácidos, las disoluciones no entrañan peligro. Pero ojo: hay que acordarse de cosas básicas como que la sosa genera cierta energía calorífica al contacto con agua. Hace un tiempo vi un pequeño susto con una solución de sosa en agua al poner el vaso de precipitados en un agitador que estaba demasiado caliente de una preparación anterior.
En la mayoría de los laboratorios es trabajo de los técnicos el tener preparadas las disoluciones, pero es bueno que de vez en cuando recordemos cómo se hace una simple disolución.

¿Miedo en la Universidad?

21 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

En España se da un miedo muy distinto que en los Estados Unidos. Aquí tan sólo se tiene miedo a la hora de hacer un examen. El respeto hacia los profesores ha ido cayendo. Y más cuando los profesores no lo imponen. Pero eso podría ser una ayuda más que un perjuicio. En la Universidad, sólo en la Universidad. Sin embargo En USA se ha llevado a cabo un estudio durante 5 años sobre el miedo de los estudiantes en los «Colleges» norteamericanos publicado como The College Fear Factor. Se ha destacado que allí el conocimiento de los doctores es muy determinante. Eso es como en todos los sitios. Pero su estudio se dirige hacia esos estudiantes menos aventajados que pueden ser considerados como que no dan la talla para estar allí pero que tan sólo huyen de dar una opinión o de promover una clase con dudas. Y etiquetarles también por el sistema educativo debe ser muy perjudicial para el futuro de la persona que se está formando. Se tienen datos de un grupo de estudiantes: los pertenecientes a clases de matemáticas y composición. Ellos tienen muy mal visto el fracaso y se exigen mucho más. Incluso se intentan hacer mesas redondas para que la enseñanza sea más interactiva y, a su vez, más equitativa entre todos los tipos de estudiantes.
Yo creo que ese miedo que tienen los estudiantes lo tienen todos en todo el mundo. Pero la cultura de cada país hace que se acentúe o que disminuya. En USA se sigue reconociendo como élite a la gente que va a la Universidad. Pero yo creo que lo peor es que los servicios prestados están demasiado bien pagados y que eso conlleva a mayores responsabilidades que aquí. En España, antes iban a la Universidad los que se lo podían permitir. Ahora cualquier adolescente que pertenezca a un nivel social medio tiene en mente el ir a la Universidad como continuación de su vida académica. Y con las becas que da el estado y los precios más asequibles que al otro lado del charco (también es de destacar el completamente distinto sistema económico norteamericano) el acceso es mayor. Soy de los que piensan en que se ha pasado de pensar en los que se quiere hacer a lo que la sociedad española dice que se debe hacer. Antes era conseguir un trabajo y formar una familia. Ahora consiste en ir a la Universidad y luego intentar tener un trabajo para pagar una hipoteca.
Lo que quería decir en este artículo es que los estudiantes siguen teniendo un miedo al fracaso pero, aunque va disminuyendo, sigue siendo equiparable a los Estados Unidos en cuanto a la carrera a cursar. Y que me gustaría saber qué pasaría en nuestro país si las ayudas económicas fueran similares.

Gamer

20 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ocio

Frenética película protagonizada por Gerard Butler en la que da vida a un convicto que presta su cuerpo como salvoconducto en un juego tipo Shoot’em up donde los presos son dirigidos por jugadores en sus casas. Además, la gente en ese futuro no muy lejano tiene la opción de trabajar en una ciudad llamada Society donde son controlados por jugadores que pagan por ello. Crítica directa a Second Life y al manejo que se tiene de la población con las redes sociales. Conclusión 6/10.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=9ubYTIazskQ[/youtube]

Perspectivas

19 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

Nuestra vida como científicos se ve colapsada en búsquedas de información para que nuestro trabajo sea más fácil. Las técnicas que se utilizan en el desarrollo de Tesis doctorales u otros proyectos de investigación son siempre novedosas, por lo que detrás hay un tiempo enorme dedicado a búsqueda bibliográfica y de puesta a punto para que el estudio en el laboratorio sea más sencillo. Internet ha mejorado con creces la accesibilidad a esa información. Pero va en paralelo a las expectativas de los proyectos. Es gracioso que los tribunales critiquen a los doctorandos en aspectos como que creen que hay mucha bibliografía expuesta y que antes se tenían mejores estudios con menos reseñas. Que se lo digan a cualquier becario a ver qué le parece eso. La investigación requiere innovación y para ello hay que revisar muchísimos artículos. Unos se leen enteros. Otros, tan sólo los materiales y métodos. Antes la ciencia era de unos pocos y los estudios se basaban en otros anteriores ampliando un poco. Ahora, si no se innova no se avanza y eso requiere “euros”. El dinero destinado a investigación no se corresponde para nada al número de investigadores y, menos aún, al número de proyectos. Hay grandísimas ideas que no se pueden llevar a cabo por los dichosos recortes. Pero eso es otro espacio que Nature dejó claro.
Es curioso, pero no me quejo. Ahora mismo no estoy estudiando el cáncer y no me encuentro en el mejor laboratorio del mundo (aunque sí en unos 150Km a la redonda), pero estoy estudiando para doctorarme en Biología molecular en el área de la Genética. Mi sueño. Tengo un instinto que, cuando me dicen que hay un congreso, no miro el dinero que cuesta. Directamente pienso en los resultados que puedo presentar. Si la comunicación será oral, si el póster será lo suficientemente atractivo para que la gente se lo quede mirando. Incluso los que no tengan nada que ver con el tema. Rápidamente voy a ver si tienen un programa preliminar para elegir las conferencias a las que poder asistir. Y eso puedo asegurar que no lo pensamos todos. Triste ¿verdad?
Soy de los que piensan que hay que generar riqueza para salir adelante. Que si hace falta hay que ponerse a trabajar como mozo de carga, currar de empaquetador en una fábrica de reciclaje y otros menesteres para poder investigar mientras puedes pescar una beca, pues se hace.
Creo que en España se pueden contar con los dedos de la mano los investigadores que puedan pensar en perspectivas de futuro. Y lo peor es que tu promoción depende de una tesis cuyos presupuestos van ligados a decisiones gubernamentales que prefieren gastarse millones en vacunas innecesarias o en armamento.
Yo seguiré en mis trece. El lema “Experience is the universal mother of sciences” es básico. Espero conseguir la experiencia necesaria para labrarme un futuro en lo que me gusta: la Ciencia.

Mes: noviembre 2009