Hablando con científicos: del zumo de limón al E-330. Aditivos alimentarios.

Siempre se está dudando y opinando sobre las etiquetas de los alimentos. Que si los que empiezan con la letra E y ciertos números son muy perjudiciales para la salud, que si cuantos más aditivos peor es el alimento…etc. En este episodio se habla con D. Miguel Calvo Rebollar, perteneciente a la rama de tecnología de los alimentos, que explica uno a uno esos códigos y qué son. Seguro que más de uno se tragará las palabras. Escuchádlo desde el enlace si no os queréis suscribir al podcast, que sólo dura 30 minutos.

Enlace del episodio

Continue reading

SNPedia: una enciclopedia de los SNPs

Los polimorfismos de un único nucleótido (Single Nucleotide Polimorphism=SNP) son una de las variaciones más estudiadas en todos los genomas y, especialmente, en humanos. Estos SNPs (se lee esnips) no son más que variaciones de una sola base de la secuencia de ADN. Ahora también se consideran SNPs a unos cuantos nucleótidos que varían, como también pequeñas inserciones y deleciones pueden ser consideradas como SNP.

Ejemplo de SNP

Es una de las tareas en las que estoy embarcado en estos momentos y con el avance de las tecnologías cada vez se conoce más y se tienen más datos sobre este tipo de variaciones. Sólo un dato: el 90% de todas las variaciones del genoma humano pertenecen a SNPs. Por lo tanto, son numerosos los estudios que se basan en estos SNPs para detectar enfermedades. Y no sólo en la especie humana.
Quería compartir una base de datos muy importante en este campo: la SNPedia. Consta de un catálogo de los SNPs que se van descubriendo y secuenciando. Incluso están clasificándolos por genomas utilizados, genes involucrados y también medicinas que actúan mejor o peor dependiendo de tener o no estas variaciones.
Os dejo este enlace para la SNPedia y otro para su blog, donde actualmente han publicado los 10 SNPs más relevantes del pasado año. Me encantan estas cosas.

Continue reading

Dietas y Spinning en Irrecomendando

La vuelta de las vacaciones hace estragos en la mayoría de la gente. Y no sólo por el factor monetario, sino también en el físico. Las ganas de perder unos kilitos siempre encaminan a dietas fugaces y pastillas que tienen como única función robar el dinero de la gente. Siempre he comentado lo importante que es llevar un conteo de lo que se toma. En musculación todo es más estricto pero, para perder los kilos que se han ganado en las navidades, no habría más que seguir las recomendaciones de @irre10 (en Twitter) de este episodio. Y no lo dice un «actor» con bata blanca sentado y bonachón, sino alguien que lo ha experimentado en sus carnes. Al final comenta algo sobre un deporte que todavía no he tenido el gusto de practicar, el spinning, pero que con lo que me gusta la bicicleta de montaña y sudar no habrá más que proponérselo. Si os queréis suscribir al podcast, podéis hacerlo desde mi sección «ocio» de podcasting.

Enlace al episodio

Continue reading

La inversión del Instituto de Genómica de Pekín

Trabajadores del BGI
El Beijing Genomics Institute (Instituto de Genómica de Pekín o BGI) está cada vez más encaminado hacia el dominio de la industria de la genómica desde que se fundara en 1999. Hace un tiempo comenté el claro posicionamiento de esta institución dentro del análisis genético. Pues bien, anteayer comenté que se había presentado el nuevo secuenciador Illumina Seq2000 armando un gran revuelo por el incremento del número de datos a obtener. El BGI ha comprado 128 de estas máquinas. Podréis hacer los cálculos de esta grandiosa inversión si por cada máquina se paga el precio de 650.000 dólares. Increíble.
Os dejo a continuación el mapa que localiza los sistemas de secuenciación en todo el mundo. Algo se está cociendo en China.

Enlace al mapa

Fuente: PolITigenomics

Continue reading

Nuevo secuenciador: HiSeq 2000

Seq2000
Esta semana ha sido presentado el nuevo «next-generation DNA sequencing method», que ya se ha clasificado como de segunda generación: el Seq2000. Es de Illumina. Hay dos cambios importantes. El aumento del número de datos obtenidos pasa de 3Gb de datos por análisis a 200Gb. Y el área de análisis también se ha aumentado considerablemente. Eso es lo que se ha publicado recientemente. Pero he podido comprobar que el manejo de datos y análisis posterior podría generar problemas de tamaño, ya que incluso se comenta que para trabajar sin restricciones se deberían tener discos duros de 32 Terabytes. Alucinante.
La interfaz con el usuario también ha sido mejorada, pudiendo introducir datos mediante teclado o también gracias a la pantalla táctil.
Los precios de los que se hablan es de 650.000$ por el secuenciador y 10.000$ por los componentes y todo lo necesario para su funcionamiento. Lo bueno es que parece que hay cierta subvención a los propietarios de los aparatos Illumina anteriores a este.
Todavía no se habían instaurado los «antiguos» secuenciadores y ya hay más novedades. Y lo mejor creo que está por llegar en breve.

Fuente: Pathogenomics

Continue reading

El Gran Colisionador de Hadrones

Las preguntas sobre qué se hace en el CERN de Ginebra (La Organización Europea para la Investigación Nuclear. Tienen una cuenta en Twitter muy curiosa @cern) desde que se polemizó sobre el tema del fin del mundo han aumentado. El desconocimiento sobre la materia es lo que me ha llevado a exponer esta entrada en el blog. Después de escuchar el último episodio del podcast de la Buhardilla 2.0, me ha hecho recordar en una duda que tuvo un compañero de trabajo de mi padre hace varios años: ¿qué se hace en el CERN?. Pues qué mejor que ver un vídeo explicativo sobre el tema del Colisionador de Hadrones para despejar dudas. Hay que agradecer a AZURA888 la realización del vídeo. La voz en off deja que desear, pero por lo menos alguien se ha dignado en traducirla y colgarlo en español. Aquí os lo dejo:
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=T79nNX_5Pi0[/youtube]

Continue reading

Mis imprescindibles en Android

Después de trastear unos mesecitos con mi HTC Magic y experimentar con él durante las vacaciones, me voy a permitir comentar las aplicaciones que son imprescindibles por ahora y por qué. Me han permitido administrar mejor mi tiempo, que en el laboratorio lo tengo gustito. Tengo que remarcar que la versión de Android que utilizo es la 1.6 (Donut) y que es la original de Vodafone. No se ha habilitado acceso root (todaviaaa :-D). Aquí van:

Astro: el gestor de archivos gratis que mejor va para navegar por la tarjeta SD. Además permite hacer un backup de los datos.
Toogle settings: es un gestor similar al locale. Lo malo de este último es que tiraba bastante de memoria y la Magic no es que brille por su ram. De todas formas Toggle settings permite crear perfiles y modificar fácilmente las opciones de configuración. Lo que ha mejorado es el administrador de tareas, que ofrece cerrar las que no nos interesa e incluso nos informa de todas las que corren en background. Ha hecho que desinstale task killer.
Aldiko: lector de libros electrónicos. Los lee en el formato epub, al cuál se pueden pasar de otros formatos como pdf con aplicaciones como Calibre en Mac. La interfaz y navegación, un 10.
Twidroid: en la versión pro se consiguen algunas mejoras como manejar varias cuentas o personalizar la interfaz. La versión gratuita es similar a otras como Swift o Seesmic, pero creo que me he acostumbrado a Twidroid. De todas formas el testeo comparativo con otros clientes de twitter no ha sido intensivo, puesto que casi nunca lo tengo corriendo todo el tiempo.
aCast: gestor y administrador de podcasts. A los fanáticos del podcasting como yo necesitamos estas aplicaciones como la radio a otras personas. Es gratuíta con versión de pago disponible.
WPtogo y AndroBlogger: son gestores de cuentas de wordpress y blogger. Para poder colgar nuevos post a tus blogs con enlaces o imágenes. Y además permiten añadir etiquetas y categorías. Un poco lentos y consumen algo de recursos. Gratuítos los dos.
Better keyboard: es una opción de pago, pero añade una mejor interfaz al teclado que viene de serie. He notado algo de retardo cuando se utiliza en navegadores. Con los mensajes va completamente fluído. ¿Será por algo llamado RAM?
mAnalytics: si se quiere estar al tanto de las visitas a tus sitios web mediante la cuenta de Google Analytics, esta aplicación es genial. Además, se puede ver esa información en tiempo real. Gran fallo de los informes de Google, que tienes que esperar al fin del día.
NewsRob: lector de feeds. Ya se que muchos prefieren directamente el lector de Google Reader de la versión móvil corriendo en el navegador, pero se olvidan de un detalle: la posibilidad de leer los artículos off line. Esto hace que en zonas de poca cobertura 3G se puedan leer todos los que se hayan guardado en memoria, que dependerá del tiempo que se configuren sus actualizaciones.
Doit.im: es un gestor GTD. Pero, además de ser un servicio gratuíto, permite integrar tus tareas en un calendario nuevo en Calendar de Google. Y gestionarlo de igual forma. A Evernote ya le pisa los talones.
APNdroid: para mí el más imprescindible de todos. El gran salvador de la batería en momentos clave. Y eso es secundario. Es una aplicación que permite desconectar todos los servicios 3G para que no haya sincronizaciones ni conexiones a internet. Pero se puede configurar para permitir mensajes multimedia (MMS). Esto es necesario cuando se viaja por el tema del roaming, pero la segunda utilidad es la del ahorro de la batería: lo que más pilas gasta es el trasiego de datos con el 3G activado. Además, en las nuevas versiones incluye el widget para el escritorio. Recemos para que no pidan euros por él.
Bluetooth file transfer: antes se necesitaba ser root para poder pasar archivos por bluetooth. Con esta aplicación ya no es necesario. Se enlazan los dispositivos y se puede mandar lo que sea a otro dispositivo. Es una pena que mi Macbook sea reacio a hacer migas con la Magic.
Juegos: yo no soy de tirar de juegos, pero se han quedado instalados para deleite de terceros Frozen bubble (como el Puzzle Bubble), PapiJump (igual que el Abduction, bolita saltando conducida por el acelerómetro por plataformas), Gensoid y Snesoid (emuladores para juegos de la Mega Drive y Super Nintendo), CopyCat (el antiguo Simon)…
Handcent SMS: es un gestor de mensajería. Mejora la interfaz y está en español (fallo de Chop SMS). Permite instalar skins para su mayor configuración.
FX camera: muchos que venimos de los Nokia echamos de menos hacer fotos en blanco y negro ó en negativo. Pues estas y otras opciones son las que añade este programa. Y, sí, es gratis.
Missed Call: permite configurar los recordatorios de las llamadas y mensajes perdidos (incluido los correos) y asignar colores del led a cada tarea.
NetCounter: es un medidor del tráfico de datos, tanto para la red 3G como para la red wifi. Muy interesante si se tiene un plan de datos sin tarifa plana y combinarlo con al APNdroid.
Phonalyzr: es una aplicación que nos informa sobre las llamadas y mensajes contando su duración. Para calcular el gasto mensual.
Places directory: para localizar lugares de interés. Poco a poco va aumentando su base de datos, incluyendo los datos de los sitios buscados. Es rapidísimo.
Layar: es el típico programa de realidad aumentada. Como en el anterior caso, poco a poco va mejorando. Tira un montón de batería por su conexión de datos, cámara y gps a la vez.
Car mode: cuando monto en el coche, corro esta aplicación y me olvido de tener que mirar al móvil para contestar. Automáticamente cuando se descuelga se pone en modo manos libres.
Battery status: la version libre permite ver el tanto por ciento de la capacidad de la batería. He comprobado que no consume recursos y así se puede ver qué aplicaciones chupan más que otras sin tener que esperar a que se vaya consumiendo la barrita de la batería que viene de serie.
SugarSync: aplicación que permite sincronizar con la nube los datos del móvil. Útil para hacer backups de las fotos. Ha mejorado con creces la transferencia de datos.
Dolphin browser: navegador web con más opciones que el que viene de serie. Muy similar al firefox. Curioso el sistema gestual de acceder a varias opciones configurables.
Voice recorder: para grabar las conversaciones. Para cubrirse las espaldas en ciertas situaciones.
Copilot live: es un navegador GPS. Es de pago, pero merece conseguirlo si no se dispone de un GPS en el coche ya que la pantalla de la Magic es lo suficientemente grande para seguir las instrucciones.
Wapedia: programa para hacer consultas en la wikipedia. Muy ligero y sus búsquedas son rápidas.
SMS scheduler: permite programar envíos de mensajes para esas ocasiones en las que se acuerda uno de avisar a alguien justo en el momento que no es y que luego puede olvidarse.
Ringdroid: recortar y asignar tonos es la misión de esta aplicación.
Androzip: compresor y descompresor de archivos y carpetas. Necesario para enviar ciertos archivos por correo electrónico.
Documents to go: para poder ver documentos de word y excel. Con la versión completa de pago permite la edición y se añade la compatibilidad con los pdfs. La verdad es que se convierte en el complemento de ofimática perfecto.

Para mí las aplicaciones más esenciales son las que denominan mi móvil como «with Google». Estar sincronizado en todo momento está empezando a ser vital. Sobre todo cuando se viaja. Echo de menos un mejor altavoz y una bastante mejorable óptica de la cámara. Por no decir de la pésima calidad de los vídeos. Pero no me quejo. Ahora sólo falta que se invente un tipo de batería que dure el doble por lo menos, porque la red 3G se come la energía.
Todo esto se lo debo a JoaGarcía con su Droidcast y al foro de HTC manía.
Espero que os haya sido útil.

Continue reading

Problemas epigenéticos en la fertilización in vitro

Menudo revuelo se está formando en torno al tema de la reproducción asistida. Desde hace unos años, el poder tener descendencia gracias a la fertilización in vitro había sido uno de los grandes avances científicos para nuestra especie. Pero parece ser que lo de jugar con la naturaleza no está muy bien visto por esta última. Se ha analizado el material hereditario de los hijos obtenidos mediante técnicas de fertilización in vitro y se ha observado una mayor probabilidad de que sean obesos o de desarrollar la diabetes.
La verdad es que el estudio ha tenido un muestreo algo bajo, pero se han encontrado grandes diferencias en la metilación del ADN. Esta metilación entra dentro de los carácteres denominados epigenéticos, esto significa que no dependen de la secuencia del genoma y esta información epigenética modula la expresión de los genes sin alterar la secuencia de ellos. Son como una etiqueta que indica que se deben expresar o no. Esto es la clave de la adquisición de esas anomalías como la obesidad o la diabetes. Los niños obtenidos mediante fertilización in vitro tienen una menor metilación y puede ser la causa de su desajuste a la hora de expresar ciertos genes como los descritos anteriormente.
De todas formas, esto abre una discusión sobre si esa «herencia epigenética» proviene de la técnica de fertilización o si los padres ya tenían una predisposición a generar ese individuo y que tuvieran también ciertas anomalías ligadas a esta metilación que incidiera en la probabilidad de tener descendencia. Como si fuera otro medio de selección. Curiosos los caminos de la naturaleza, ¿verdad?

Continue reading

Foro de la SEG

El mundo de la investigación se basa en eso: investigar y experimentar a base de prueba-error e intentando mejorar técnicas o diseñar nuevas para que el trabajo dé sus frutos.
Yo he intentado varias veces fomentar el intercambio de información. He participado en varios foros (desgraciadamente la mayoría de ellos anglosajones. Digo desgraciadamente porque en español, poco hay que encontrar sobre investigación), he fundado algún que otro foro, he intentado que la gente interaccione un poco más con internet fuera del uso (para mí abuso y vicio) de las redes sociales…pero nada de eso ha ayudado a fomentar ese intercambio de información que creo que debería hacerse en todas las ciencias. No olvidemos que la ciencia es la GRAN CREATIVE COMMONS, fuera del pago que habría que realizar por tener algún artículo o suscribirse a revistas «importantes».
La más importante fuente de información sobre técnicas en ciencia es siempre la revisión de bibliografía. Es una tarea ardua y que fácilmente desespera. O cuando se cree que tiene un bombazo a la hora de avanzar en su campo, de pronto la reproducibilidad de lo que se explicaba es casi nula. Más ahora que la automatización de los análisis es un hecho y casi una obligación para obtener una publicación de peso. Ahora con la expansión de los lectores de libros electrónicos, puede aliviar ese problema de tener que llevarse papeles y papeles impresos con las separatas para leerlas con detenimiento. Yo lo he hecho con mis móviles, pero lo de la tinta electrónica es genial. Por lo menos toda nuestra información (la de cada uno) se puede guardar en infinidad de copias de seguridad y almacenarlas en «pinchos» usb, discos duros, diversos ordenadores e incluso en la nube. Pero ¿y si tuviéramos foros especializados en los que se colgaran experimentos, técnicas, manuales e infinidad de cosas que mejoraran nuestras atareadas vidas?. He podido comprobar que la Sociedad Española de Genética tiene generado un foro accesible desde su web desde hace un año y pocos meses. El problema es que sólo lo han generado. He podido comprobar que lo tienen en phpBB2 y, a parte del desfase de la versión, la accesibilidad para registrarse da errores. Es una buena iniciativa pero creo que se ha quedado sólo en eso. Es una pena. La promoción de servicios destinados a fomentar la investigación debería ampliarse mediante las grandes sociedades. La SEG tiene un punto a favor a la hora de desarrollar un foro de ese estilo: los socios. Creo que, por lo menos los que tenemos un mayor contacto con esto de internet, podríamos dar un empujón bastante productivo. No sería de inmediato, pero es mejor solventar dudas utilizando el mayor número de fuentes posibles. Indudablemente estoy hablando de problemas que generan un estancamiento en el desarrollo de la investigación. No digo que se canalice el trabajo de una dirección de proyecto a webs de ese tipo. Pero dudas que necesiten una respuesta y que cueste contactar con un investigador en concreto especialista en el tema, puede que sean resueltas por otro que se haya manejado en el tema. Típico patrón de los foros.
Ya está dicho. Ahora queda que muevan unos cuantos hilos y teclas para ponerlo a punto.

Continue reading

La mitosis explicada con Donuts

He podido encontrar esta perlita explicativa de la mitosis gracias al Blog de Maikelnai. Si alguna vez se ha querido explicar a alguien la mitosis y no se ha encontrado una terminología aceptable o no se es un buen dibujante, los donuts pueden ayudar mucho. En la secuencia que muestro a continuación, se observan las principales fases de la mitosis. La mitosis es la división celular y repartición del material hereditario en células eucarióticas. Primero ocurre la división de los 2 núcleos a partir de uno inicial en lo que se llama cariocinesis y al final se divide el citoplasma celular en la citocinesis. Todo el proceso ya lo expliqué en este artículo. He editado esta imagen que lo compara de forma genial. Ahora sólo hay que comprar unos canutillos de colores y chocolate y unos donuts al Mercadona.

Las distintas fases:profase, prometafase, metafase, anafase, telofase y citocinesis.

Escuchando: La Buhardilla 2.0

Continue reading

Uso de cookies

Este sitio web utiliza cookies para que usted tenga la mejor experiencia de usuario. Si continúa navegando está dando su consentimiento para la aceptación de las mencionadas cookies y la aceptación de nuestra política de cookies, pinche el enlace para mayor información. ACEPTAR

Aviso de cookies