Monthly Archives: marzo 2010

Listados de primers con AmplifX

Hace un tiempo expliqué algo sobre esta aplicación llamada AmplifX. Indagando un poco, he logrado sacarla un poco más de provecho al solucionar un problema. Disponía de una colección de primers o cebadores para hacer reacciones prueba de PCR y las temperaturas de anillamiento para programar los termocicladores se habían extraviado con los apuntes de una antigua compañera en el laboratorio. El problema es que eran más de 100 parejas y no quería ir secuencia por secuencia analizando las temperaturas de cada uno. Sin embargo con AmplifX pude ver las Tm para cada primer y poder así diseñar los programas. En el vídeo-ejemplo que he generado a continuación, os muestro cómo se haría para un total de 10 parejas, pero se puede hacer con el número que se quiera. El único problema estriba en la colocación del orden de las secuencias y los nombres. Y siempre debe haber una tabulación entre esos datos, cosa que con una hoja de cálculo es automático ese formato entre celdas. Aquí os lo dejo.

Ver vídeo en Vimeo
Espero que os haya gustado. Si tenéis dudas, comentádmelas.

Bicicleta esquelética y abrelatas remoto

Vamos a dar un toque inventivo hoy al blog. Navegando por esta gran red de internet he podido encontrar un par de inventos, o por lo menos ideas hechas realidad, que me han hecho gracia.
La primera es la bicicleta esqueleto: como podéis ver en la imagen, el esqueleto es de tamaño real y la cabeza y las manos se mueven al son del manillar. Más de una vez me hubiera gustado llevar este vehículo para que me dejaran pasar con la boca abierta.
bicicleta esqueleto
Clicker, el nuevo abrelatasEl segundo invento es el abrelatas inserto en el control remoto de algún sistema multimedia. La verdad es que este sí que tiene algo de futuro. Implementar en un mando a distancia un abrelatas quita muchos problemas, porque lo que no se pierde nunca de vista es el mando de la tele. El invento tiene nombre y se llama Clicker. A ver si nos pillamos alguno para este mundial de Sudáfrica.

Estudios sobre evolución de las plantas

Un estudio que aparece “on line” en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias (PNAS), revela 100 millones de años de evolución a través de un extenso análisis de genomas de plantas. Se dirige a uno de los momentos importantes en la evolución de la planta, cuando los antepasados de la mayoría de las plantas con flores del mundo se dividió en dos grupos principales.
Juntos, los dos grupos representan casi el 70 por ciento de todas las plantas con flores y se parte de un clado conocido como Pentapetalae, lo que significa cinco pétalos. Comprender cómo se relacionan estas plantas podría ayudar a comprender mejor a los ecólogos cuáles especies son más vulnerables a los factores ambientales, como el cambio climático.
Poco después de que los dos grupos se separasen, comenzó una explosión de nuevas especies que duró 5 millones de años. Este estudio muestra cómo las especies están relacionadas y arroja más luz sobre el surgimiento de plantas con flores, un fenómeno evolutivo descrito por Charles Darwin como un “misterio abominable”.
Pentapetalae tiene una diversidad enorme y contiene casi todas las plantas con flores. Los dos grandes grupos de este gran conjunto fueron separados entre 111 millones y 98 millones de años y ahora representan más de 200.000 especies. Uno de estos grupos incluye el hibisco, robles, el algodón y rosas. El otro, incluye a la menta, azaleas, cerezos silvestres y girasoles.
Los primeros estudios fueron limitados por la tecnología ya que participan sólo cuatro o cinco genes. Esos estudios coincidían con los resultados encontrados en el nuevo estudio, pero “carecían de apoyo estadístico”, dijo el co-autor del estudio Pam Soltis, profesor distinguido de la Florida y perteneciente al Museo de Historia Natural de la sistemática molecular y genética evolutiva.
El nuevo estudio analizó 86 secuencias completas del genoma de plastidios(también llamados plastos) de una amplia gama de especies de plantas. Plastidios son el componente celular de las plantas responsables de la fotosíntesis.
Análisis genéticos previos de Pentapetalae no desentrañan las relaciones entre las especies vivas, lo que sugiere que las plantas se separaron rápidamente hace más de 5 millones de años.
La secuenciación del genoma en plantas lleva más tiempo que en el caso de los animales ya que el ADN de los plastidios es aproximadamente 10 veces más grande que el ADN mitocondrial utilizados en el estudio de los genomas de animales. Pero las mejoras continuas en las tecnologías de secuenciación de ADN están permitiendo a los investigadores analizar grandes cantidades de datos más rápidamente (recordad todo lo que os he contado antes sobre secuenciadores y los next generation sequencing methods).
El estudio proporciona un marco importante para seguir investigando las relaciones evolutivas, proporcionando una imagen mucho más clara de la profunda divergencia que llevó a la división dentro de las plantas con flores, que dio lugar a la especiación de las dos ramas separadas.
Finalmente, los investigadores esperan cierta coincidencia entre estos estallidos de evolución con fenómenos geológicos y climáticos en la historia de la Tierra.
Bueno, espero que os haya gustado.

Foursquare

foursquare
Os voy a presentar una red social nueva en crecimiento. Con Twitter, Facebook o Tuenti en España es más que suficiente, pero esta tiene un gran potencial. El vídeo que os dejo a continuación es perfecto para que lo entendáis.

La verdad es que es bastante divertido en ciudades grandes y permite “jugar” con las visitas que haces así como recomendar lugares. Lo mejor es que hay aplicaciones para Android, iPhone, Blackberry, Palm…y para el resto se dispone de una interfaz adaptada. Si queréis probarlo, ánimo. A mí será fácil encontrarme.
Enlace a foursquare

Escuchando: Los Mortimer otra vez XDD

El Registro de Pruebas Genéticas

Genetic Testing Registry
El NIH anunció planes para crear un registro de acceso público de las pruebas genéticas. El Registro de pruebas genéticas (GTR=Genetic Testing Registry) se espera que esté disponible en 2011 y contendrá información facilitada de forma voluntaria por los proveedores de prueba genética. La noticia es importante y tiene implicaciones para los laboratorios clínicos que facilitan la prueba genética, de los que prestan el servicio y los compradores de los ensayos genéticos.
En la actualidad, más de 1.600 pruebas genéticas están disponibles para los pacientes y los consumidores, pero no hay un solo recurso público que proporciona información detallada sobre ellos. GTR está destinado a llenar ese vacío.
El Registro tiene varias funciones clave:
-Alentar a los proveedores de las pruebas genéticas para aumentar la transparencia a la hora de compartir públicamente información sobre la disponibilidad y utilidad de las pruebas.
-Proporcionar una fuente de información para el público, incluidos los investigadores, proveedores y los pacientes, para localizar los laboratorios que ofrecen pruebas de forma particular.
-Facilitar los datos genómicos y los nuevos descubrimientos científicos.

Correr aumenta el deseo sexual

Hacía tiempo que no escribía sobre deporte. Me ha llegado en el día de hoy un correo que me parece importante viendo el descenso tanto de la actividad deportiva de la gente como del “vigor”.

Correr aumenta el deseo sexual

Los problemas de deseo sexual, tanto del hombre como de la mujer, son cada vez más frecuentes o, por lo menos, cada vez la gente consulta más. Pero no existe mejor remedio que el “Viagra” natural: correr regularmente

Marcadores moleculares para mapas genéticos

Con motivo de mi trabajo, voy a comentar un poco sobre los marcadores moleculares que se utilizan para mapeo genético. Los tipos de marcadores moleculares son dos: los basados en proteínas y los basados en ADN. Los últimos son los que interesan a la hora de mapear, colocar esos marcadores en los cromosomas (o grupos de ligamiento para ser más exactos). Pero ¿qué son los marcadores?. Muy sencillo, son fragmentos de ADN que sirven para analizar individuos y que permiten un estudio de los mismos mediante los datos que nos proporcionan. Estos fragmentos de ADN pueden ser obtenidos mediante PCR, enzimas de restricción o combinación de ambas. Los sistemas de secuenciación están ayudando mucho a la generación de marcadores moleculares y poco a poco se obtienen más y mejores. Sobre todo mejores en precisión, como los SNPs que tanto están de moda y que me encantan.
He podido encontrar una tabla muy completa sobre los tipos de marcadores basados en ADN que se usan para mapeo y sus características. Siento que esté en inglés, pero en investigación es el idioma que manda ahora mismo. Podéis observar si están basados en técnicas de PCR, la abundancia en polimorfismos, el tipo de dominancia, la reproducibilidad, la automatización y el coste.
Marcadores moleculares para mapeo genético
Por supuesto, os añado el listado de qué significa cada sigla que da el nombre a cada marcador:
-RFLP: restriction fragment length polymorphism.
-RAPD: random amplified polymorphic DNA.
-SCARS: sequence-characterized amplified region.
-CAPS: cleaved amplified polymorphic sequences.
-AFLP: amplified fragment length polymorphism.
-SSR: simple sequence repeat or microsatellite.
-ISSR: inter-simple sequence repeats.
-STS: sequence-tagged sites.
-SRAP: sequence-related amplified polymorphism.
-EST: expressed sequence tags.
-IRAP: inter-retrotransposon amplified polymorphism.
-REMAP: retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism.
-SNP: single-nucleotide polymorphism.

Llevarse un escritorio inserto en una maleta

Acabo de ver un invento curioso dedicado a la gente que le cuesta adecuarse a los lugares de trabajo y necesita crear su propio ambiente y siempre el mismo. Yo no he tenido problemas de adaptación en todos los lugares en que he tenido que trabajar o estudiar, pero en el mercado hay hueco para todos. Lo único malo será pagar las tasas en el aeropuerto por exceso de equipaje. jeje.
Escritorio en una maleta
Ahora va el precio: 2995 dólares. Y el nombre del gran baúl es “Mayfair Steamer Secretary Trunk”. ¿irá incluido en el precio el iMac?

Fuente:Likecool

Escuchando: Hablando con científicos