Deseando un mejor y feliz 2011

Feliz 2011
Desde el laboratorio es muy oportuno desear un mejor y feliz 2011. Esperemos que sea al menos un poco mejor que este 2010. Sobre todo en el plano científico, que se ve venir un poco oscuro en nuestro país con la crisis en la que vivimos. Pero sin decaer. Ánimo a todos los que investigan y que no se deje de poner ganas en el trabajo científico, que es lo que realmente importa.
Este blog seguirá intentando divulgar el conocimiento científico de primera mano de los artículos publicados por los investigadores a nivel mundial junto con las experiencias y conocimientos propios en técnicas de biología molecular. Se completará con contenidos tecnológicos, fitness y ocio como se viene haciendo, pero sin comer espacio a la ciencia. Como siempre, está abierto a ideas y temas para mejorarlo. No dudéis en mandar un e-mail, comentarlo en el blog, página de Facebook o Twitter. Incluso ahora disponéis de un formulario de contacto en una de las páginas del blog.
Un saludo para todos y ¡¡A PASARLO BIEN EN ESTAS FIESTAS!!

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Virus ARN y su transmisión vía polen

Abeja transportando polen
Abeja transportando polen
Conocemos de sobra la labor de las comunidades animales polinizadores como las abejas. Ese trabajo que hacen en favor de la naturaleza así como al desarrollo de la agricultura. Pero también tiene un lado oscuro: portan virus ARN nocivos para su propia supervivencia.

Diana Cox-Foster, co-autora de este estudio y profesora de entomología en la Universidad de Pennsylvania State, dice que las poblaciones de polinizadores han disminuido por diversas razones. Una de ellas son los virus ARN (son virus que tienen ARN= ácido ribonucleico como material genético o que necesitan de ese ARN para su proceso de replicación), que se están convirtiendo en una seria amenaza para la supervivencia de estos insectos ya que se ha observado una fuerte relación entre estos virus y el descenso de ciertas colonias de abejas.
Los investigadores estudiaron la distribución viral en gránulos de polen de abejas y otros polinizadores de las plantas con flores en Pennsylvania, Nueva York e Illinois en los Estados Unidos. «Por primera vez, los virus ARN como el virus de las alas deformadas se detectaron en gránulos de polen recogidos directamente por las abejas forrajeras», dijo Cox-Foster. «Pellets de polen de varias abejas forrajeras no infectadas fueron detectados con el virus, lo que indica que el virus se puede alojar y transmitir por el polen. Se demostró que tanto el polen como la miel almacenada en la colmena de estas abejas eran infecciosas. Incluso se probó a dar alimento infectado a la reina de la colonia para comprobar esa transmisión de la infección a los huevos».
La detección de los virus de ARN en otros polinizadores, como abejas, abejorros, abejas y avispas solitarias, sugiere que los virus podrían tener un impacto más profundo en la salud del ecosistema, dado que estos polinizadores son esenciales para la mayoría de las plantas de producción de semilla, así como de la producción de frutas, nueces, bayas y verduras. Los hallazgos son importantes para la comunidad pública y científica en todo el mundo, dado el papel de los polinizadores en la agricultura y el medio ambiente y la reciente disminución de polinizadores nativos. Los resultados plantean también cuestiones de bioseguridad porque se importa el polen en muchos países para alimentar a las abejas utilizadas en la polinización agrícola.

Referencia: Singh R, Levitt AL, Rajotte EG, Holmes EC, Ostiguy N, et al. 2010 RNA Viruses in Hymenopteran Pollinators: Evidence of Inter-Taxa Virus Transmission via Pollen and Potential Impact on Non-Apis Hymenopteran Species. PLoS ONE 5(12): e14357. doi:10.1371/journal.pone.0014357

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Sobre el uso de la sangre materna para saber el genoma del feto

Descifrando el genoma del fetoEl pasado 8 de Diciembre, en la revista Science Translational Medicine se publicó cierto avance sobre el diagnóstico de enfermedades genéticas gracias a la obtención del genoma del feto mediante al análisis de la sangre de la madre. El estudio revela que hay una cierta cantidad de ADN del futuro hijo en el plasma de la sangre materna. Este ADN está degradado y por lo tanto son multitud de fragmentos «flotando» por ese suero sanguíneo.

Las avanzadas técnicas de secuenciación que ya hemos comentado en el blog, permiten el análisis de una gran cantidad de fragmentos y los programas bioinformáticos permiten ordenar esas secuencias. Los estudios para desenmascarar ese ADN del feto son muy exhaustivos y costosos (por ahora), pero se espera que en un futuro no muy lejano los costes se abaraten y sea una prueba que permita eliminar métodos invasivos como la amniocentesis para detectar enfermedades hereditarias.
El estudio se comprobó mediante un análisis a una pareja que podría dotar a su todavía no nato hijo la enfermedad de la beta-talasemia. Gracias a la comparativa del ADN de la madre y del padre junto con el obtenido del plasma sanguíneo comprobaron que la técnica permitía averiguar con certeza si el hijo tendría esa herencia perjudicial para su salud. Recordando un poco de genética, ese gen causante de la beta-talasemia está envuelto en la formación de la hemoglobina y que provoca un bajo rendimiento en la toma de oxígeno. Su herencia es clásica (si los padres son portadores del alelo mutado o malo) con un 25% de probabilidades de que herede los dos alelos «buenos», un 50% de que herede con ambos alelos sin causar la enfermedad y un 25% de probabilidades de que lleve ambos alelos malos y desarrolle la enfermedad. El estudio del genoma del feto por medio del análisis del plasma sanguíneo permite obtener unas proporciones de los genes de ambos genomas, de la madre y del niño. Estudiando esa proporción se puede estimar si el niño lleva o no la carga genética buena o la mala. Mediante el estudio con la amniocentesis se corroboró todo y se pudo asegurar que el futuro hijo nacerá sano. En el trabajo se pudo secuenciar e identificar el 94% del genoma del feto para su comparación final de más de 900000 puntos a contrastar.

He podido leer en varios periódicos, como la Vanguardia, que explican el estudio pero verdaderamente no lo aclaran, llevando a la confusión a los lectores que comentaban cosas como que se podía conocer todo ya que las células sanguíneas dan toda la información como el cariotipo (esquema de la colocación e identificación de los cromosomas gracias a encontrarse en la fase metafase). Lo que realmente importa es que el ADN del feto que se obtiene está disgregado en el PLASMA. No hay células sanguíneas completas del feto para hacer un estudio cromosómico. Que se pueda deducir una enfermedad del tipo Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21) por una estimación de los genes que están contenidos en ese cromosoma 21 es una cosa y otra es obtener el cariotipo.
Como siempre, las noticias científicas no son informadas con el rigor que se debería. Yo ya he tomado cartas en este asunto ya que me parece un grandísimo avance. Ya me gustaría que todos mis compañeros investigadores cada vez que vieran faltas de rigor lo comunicaran. Así los periodistas tampoco estarían tan mal valorados.

Referencia: Y. M. Dennis Lo, K. C. Allen Chan, Hao Sun, Eric Z. Chen, Peiyong Jiang, Fiona M. F. Lun, Yama W. Zheng, Tak Y. Leung, Tze K. Lau, Charles R. Cantor and Rossa W. K. Chiu. Maternal Plasma DNA Sequencing Reveals the Genome-Wide Genetic and Mutational Profile of the Fetus. Journal of Systematics and Evolution Vol. 2, Issue 61, p. 61ra91 DOI: 10.1126/scitranslmed.3001720

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Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el «tema» no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

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