DoctorGenoma, autor en Blog de Laboratorio

¿Haremos viajes interestelares?

20 febrero, 2013 DoctorGenoma Ciencia

¿Quién no ha fantaseado alguna vez con viajar por el espacio y hacer viajes interestelares? Ya sea por escritos de ciencia ficción como por la mera imaginación humana, mirar a las estrellas deriva en pensar un «pelín» más allá. Y ya no digamos lo que pasa en la cabeza de científicos como yo que, por nuestra naturaleza inquieta, nos llama la atención todo lo que puede depararnos el Universo (o Universos).
Estos días con el revuelo cósmico de meteoritos y asteroides y mi intento fallido de acabar un curso de Astrobiología (no es que no tuviera tiempo, es que ese curso me aburría muuucho), me vino a la cabeza un vídeo que pude disfrutar hace tiempo. Rebuscando en mi historial he podido dar con él y siempre es mejor un buen archivo multimedia que muchas palabras que leer. Y encima de la calidad del documento, el chico vocaliza espléndidamente. Sin más, abróchense los cinturones y asombraos (o no) de lo lejos que estamos de dar al botón de velocidad interestelar.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=lD08CuUi_Ek[/youtube]

What is DNA?

5 febrero, 2013 DoctorGenoma Ciencia

De vez en cuando te topas con pequeñas joyitas divulgativas como esta. Si queréis, podéis activar la traducción de los subtítulos. No va demasiado mal. Aunque recordad, el ADN no siempre codifica proteínas. Ni mucho menos. Eso se lo dejaron en el tintero. Aunque a mi me vale como genetista que cualquier persona a la que preguntara en la calle «¿qué es el ADN?» supiera lo que se dice aquí ;D.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=zwibgNGe4aY[/youtube]

Youtube sirve para más cosas que para ver gaticos y monetes ;D

Regala JoF por Navidad

24 diciembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia

Journal of Feelsynapsis (JoF para los amigos) es una revista de divulgación científica multidisciplinar y gratuita. ¿Quién podría resistirse a regalar algo tan rico y barato estas navidades?. Pues es lo que animo a todo el mundo desde aquí. Enviad y difundid conocimiento de forma original entre todos los que podáis. Y no hay cosa más sencilla que «el golpe de clic». Yo ya tengo apalabrados con Papá Noel y los Reyes Magos varios envíos cargados de ciencia. Familiares, amigos y conocidos tendrán un regalito estos días: CULTURA.

Accede a todos los números de Journal of Feelsynapsis

Para todos los que queráis seguirme repartiendo regalos, AQUÍ TENÉIS EL ENLACE DEL PORTAL CON TODAS LAS REVISTAS PUBLICADAS. Podéis elegir los formatos en Alta calidad o Smartphone. Con el número 7 se ha cumplido un año desde su primera publicación, así que la fiesta es doble.
¡FELICES FIESTAS A TODOS! ;D

Decoración navideña de laboratorio

19 diciembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

¿Qué científico loco no ha estado flipando con las figuras y colores que se forman cuando se hace un cultivo de microorganismos en placas de Petri? Pues ya se lleva haciendo un tiempo para dar color a la Navidad de una manera totalmente original.
Por ejemplo, el cultivo del árbol de navidad que sirve de portada está compuesto por Talaromyces stipitatus en lo más alto, Aspergillus nidulans como verde del árbol, Penicillium marneffei como decoraciones y Aspergillus terreus como tronco. Una familia de hongos muy particular y que puede alegrar la vista de forma sorprendente.

Aquí os dejo otro ejemplo de bolas de navidad para los árboles.

Varias placas de petri con cultivos de microorganismos coloristas a modo de adorno navideño.

Una forma diferente de sacar partido a esos medios de cultivo que caducan y que no se es tiene demasiada fiabilidad. Y si se le ocurre a alguno, dos cosas: que se acuerde de sellarlo bien para que no dar problemas y que hagan una foto para compartirla con todos nosotros. ¡Dadle a la imaginación! ¡Feliz Navidad! ;D

Fuentes:
Seasonal Scientific Decor en «TrendHunter»
Tumblr de Geneticist
Assume Awesome

Foto actual del ADN

5 diciembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia

Aunque esto no es noticia puesto que fue publicado hace casi dos semanas, en el blog de un genetista esto es muy pero que muy relevante. Desde siempre la única foto «verdadera» del ADN eran las que se observaban gracias a la difracción de Rayos X (como la famosa imagen de Rosalind Franklin allá por los años 50 del siglo pasado -ver figura 1-).

Figura 1. Imagen de la doble hélice de ADN tomada mediante difracción de rayos X de 1952. Pulsar para agrandar

Ahora se ha conseguido sacar una instantánea de la doble hélice mediante microscopía electrónica. El trabajo se detalla en la publicación de Gentile y colaboradores del pasado 22 de noviembre y consiste en la obtención de la imagen mediante la suspensión de siete moléculas de ADN entre dos pivotes de silicio. En medio de esos pivotes se coloca un agujero por el que se hace pasar el haz de electrones que atravesará el objetivo a retratar: el ADN.
La verdad es que la foto (ver imagen de cabecera) no da una información muy obvia a simple vista pero, según se describe, se puede observar la periodicidad del enrollamiento de la doble hélice. En la imagen, las flechas en rojo señalan esas vueltas para así hacernos una idea de cómo estarían las moléculas «estiradas» de forma perpendicular a dichas marcas.

La verdad es que se aclaran bastantes cosas en el pdf suplementario al artículo (ya que se puede descargar sin pago previo) donde se muestra cómo se sitúan las dobles hélices en el experimento gracias a modelos en tres dimensiones y así poderse comparar con lo observado con la microscopía de transmisión de electrones.

Figura 2. Simulación de la imagen del ADN en 3D, la primera a la izquierda, y cómo se debería ver mediante el microscopio, las cuatro de la derecha.

Figura 3. Imagen de la colocación de las siete dobles hélices de ADN (parte superior) y la imagen obtenida mediante microscopía de transmisión de electrones (parte inferior). Pulsar para agrandar.

Ya tenemos otra foto que añadir al álbum del ADN.

Referencias:
Francesco Gentile, Manola Moretti, Tania Limongi, Andrea Falqui, Giovanni Bertoni, Alice Scarpellini, Stefania Santoriello, Luca Maragliano, Remo Proietti Zaccaria, and Enzo di Fabrizio. Direct Imaging of DNA Fibers: The Visage of Double Helix. Nano Letters Article ASAP, 22 nov 2012.(http://dx.doi.org/10.1021/nl3039162).

Novedades en las búsquedas BLAST

26 noviembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia, Tecnología

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe «View these results in the new enhanced report» junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=yfITRIk34Js[/youtube]

Doy las gracias al Dr. Carlos Polanco del área de Genética de la Universidad de León por seguir enviando esos correos que ayudan a estar al día de estas pequeñas grandes cosas.

Los horrores del currículo normalizado

16 noviembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia, Tecnología

Como bien sabe la comunidad investigadora, el currículo normalizado es una herramienta de selección de personal que todos los investigadores deben tener actualizado. Hace que la selección de personal sea más eficiente. O eso espero. El problema estriba a la hora de generar ese curriculum vitae. En España existe un organismo, La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) que nos «facilita» el desarrollo. Cosa que agradecemos mucho en un principio. Excepto cuando hay que trabajar con la aplicación que permite la generación de ese Currículum Vítae Normalizado (CVN).

Para los que no conozcan lo que es un CVN, la definición que ponen en la FECYT es la siguiente: «es un fichero electrónico en formato PDF (CVN-PDF) con tecnología CVN-XML incrustada, de tal manera que esta información normalizada puede ser tratada electrónicamente por distintas bases de datos para de este modo evitar que los investigadores tengan que teclear su currículo normalizado en los formularios/aplicaciones que se utilizan para las distintas convocatorias». Perfecto. El problema existe cuando vienen esas «distintas convocatorias».

Por naturaleza humana, no solemos tener todos los CV actualizados al día que se presenta la candidatura para cada convocatoria. No somos máquinas y tenemos muchas cosas científicas que hacer todos los días. Por lo tanto, se produce un gran flujo de información proveniente de todos los que quieren actualizar el currículo normalizado. El problema es que se puede perfectamente pasar varios días para actualizarlo dependiendo de los campos a rellenar. Y esto desespera cuando se tiene poco tiempo para hacer estos trámites y más aún cuando las convocatorias literalmente vuelan.

En fin, sólo quería enseñar la problemática de los CVN a los que no lo conocían y desahogarme como les sucede a muchos de mi gremio. Los investigadores nos pasamos mucho tiempo en lides administrativas y ésta es una de las menos importantes (dentro de su gran importancia).
Por cierto, he escrito estas líneas mientras el navegador intentaba cargar una de mis publicaciones. ¿Sabéis lo que ha sucedido al final, verdad?.

NOTA IMPORTANTE: La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología se ha disculpado de forma pública ante todos los «insensatos» que estábamos actualizando el CVN en estos momentos. Chapeau por ellos y muchas gracias desde aquí ;D

P.D.: Espero os hayáis dado cuenta de las distintas formas con y sin tildes con las que he escrito CV 😉

Science Friday: de lo mejor para escuchar

9 noviembre, 2012 DoctorGenoma Ciencia, Ocio, Tecnología

Voy a comentar una excelente forma de ocio científico gracias a uno de los mejores programas de divulgación que existen ahora mismo. Y no me quedo corto. Si eres un loco de la ciencia y tu inquietud sobre temas nuevos altera tus neuronas, este podcast es perfecto. Y no sólo por los temas que trata (ciencia, salud y tecnología) sino porque tanto el locutor como el ritmo y el cuidadísimo audio hacen que sea uno de los podcasts que espero todos los viernes. Porque el título del propio programa es fiel a la periodicidad de publicación: todos los viernes estará disponible casi a primera hora en horario español.
Luis Quevedo es el culpable de que me tenga atrapado, ya que es la voz que transmite toda la temática de lo más multidisciplinar que inundará los oídos durante los 30 minutos que mantienen la atención automáticamente.
Noticias, entrevistas a los científicos responsables de los estudios más punteros a nivel mundial y todo en español, ya que Science Friday es un portal estadounidense dedicado a la ciencia y tecnología con programas emitidos en la Radio Nacional Pública (NPR) y que ya los escuchaba antes, aunque no tan asiduamente como esta edición en mi lengua materna.
Lo mejor es que es divulgación en estado puro. Todo lo explicado lo puede comprender cualquiera que preste atención. Además en el penúltimo episodio existe una charla sobre la dificultad de divulgar y la importancia de la comunicación científica ahora que somos el mayor número de científicos que ha existido jamás en la faz de la tierra.
Sin más, os animo a que os suscribáis. Pero ya. DESDE AQUÍ MISMO si queréis. Y disfrutad de la ciencia.

Rumbo al TEDx Valladolid

30 octubre, 2012 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

Tras gozarlas con muchas de las conferencias TED que se han celebrado a nivel mundial, se celebra en esta región una de tipo local el próximo viernes 9 de noviembre. Para poner un poco de criterio en todo esto, os expongo la definición que tienen escrita en el sitio oficial para este evento:

TED es una organización sin ánimo de lucro con un evento anual en el que algunos de los pensadores y emprendedores más importantes del mundo están invitados a compartir lo que más les apasiona. “TED” significa Tecnología, Entretenimiento y Diseño, tres grandes áreas que en conjunto están dando forma a nuestro futuro. Hoy ya se ha ampliado a cualquier disciplina de interés general y ha crecido para apoyar a aquellos que a través de sus ideas intentan cambiar el mundo por medio de distintas iniciativas.
Los asistentes a las conferencias TED las denominan “el mejor balneario del cerebro” y “un viaje de cuatro días al futuro”. El público – ejecutivos, científicos, creativos, filántropos – es casi tan extraordinario como los oradores, que han sido personalidades de la talla de Bill Clinton, Bill Gates, Jane Goodall, Frank Gehry, Gilbert, Sir Richard Branson, Benoit Mandelbrot, Philippe Starck, Ngozi Okonjo-Iweala, Isabel Allende o Gordon Brown.
Con el propósito de difundir las ideas que merecen la pena, TED ha creado TEDx, un programa de conferencias locales y organizadas de forma independiente que permiten disfrutar de una experiencia similar a las conferencias TED.

Y a este tipo último de conferencias es al que voy a asistir: el TEDx Valladolid. Y os preguntaréis porqué. Pues en primer lugar para darme un chapuzón de ideas con todos los «speakers». Pero en esta ocasión, hay varios ponentes que tienen que ver con el laboratorio. Directa o indirectamente.
Escucharé a Raquel Ibáñez, Doctora en Biología Molecular y Biotecnología por el Australian Centre for Astrobiology (Macquarie University, Australia).
Raquel regresó a España en el año 2009 con una idea y un objetivo claro: conseguir acercar ciencia y sociedad.
Observaré a Pedro Tomás Delgado, Emprendedor Social y Fundador y CEO de Aquaphytex S.L. Pionero en la producción biotecnológica para la Fitodepuración.
Por último podré presenciar una presentación de Alberto Acedo (la segunda desde hace unos cuantos años, cuando asistí a su exposición de la tesina realizada en nuestros laboratorios de Genética de León), Co-Fundador y CEO de AC-Gen “Reading life”, premio Genoma España 2011 y al que me une algo más que simple inquietud científica.

Por supuesto el evento se emitirá en streaming y colgaré todo tipo de actualizaciones vía twitter, a parte de enlazar dicha retransmisión a la web siempre que me sea posible.

Se les puede seguir en las redes sociales con su cuenta de Twitter y su página oficial de Facebook. Además, si se está dispuesto a ayudar como voluntario sólo hay que decírselo por AQUÍ.

Lo dicho, ¡nos vemos en el TEDx Valladolid!

Open Access Explained!

28 octubre, 2012 DoctorGenoma Ciencia

He tenido la oportunidad de ver este vídeo de la gente de «Phd comics» sobre las publicaciones científicas y quería compartirlo. Para verlo mejor, se aconseja activar la opción de alta definición (HD)

Autor: DoctorGenoma