Congreso de la SEG 2009: resumen

Empezó el martes por la tarde. La ciudad de Torremolinos es perfecta para el descanso, pero para la gente joven está bastante apartada de las expectativas. El lugar donde se celebró el certamen fue el hotel Amaragua, de 4 estrellas pero de lujo. Las conferencias se desarrollaron en un grandísimo salón de actos pero soterrado literalmente, donde las conexiones wifi y la cobertura móvil no era posible. De todas formas, fue muy agradable encontrarse con unas instalaciones dignas con mesa para poder tomar apuntes. Pero empecemos por el principio: cuando fue el momento de la inscripción, nos llevamos la sorpresa del obsequio con la documentación. Era una bolsa de una gasa muy particular. Similar a la ropa que te prestan en los centros de masaje. Con un aspecto desechable. El color, azul. Dentro se encontraba la documentación con el certificado de asistencia, un mapa de google con las zonas de tapas de Málaga (no se si era cachondeo o es que primeramente se diseñaría el congreso en la capital, pero estábamos en Torremolinos), y obsequios varios de la diputación y turismo de Málaga y Torremolinos. Curioso. Ningún bolígrafo con la serigrafía del congreso. No. Tampoco libro alguno relacionado con la genética.
Los encargados de la colocación de los pósters fueron amabilísimos. Enseguida nos echaron una mano. Entre 5 personas colocaron nuestros 5 trabajos. En eso se superaron a otros congresos, donde simplemente se suele indicar donde se tienen que colocar los pósters y se facilitan los adhesivos. Lo malo es que la sala dedicada a los paneles era reducida y la iluminación escasa. Desgraciadamente mi póster fue perjudicado porque no incidía luz directa en él y los colores de mi diseño requerían luminosidad. Vamos, que casi era ilegible. Lástima.
La recepción era a las ocho y cuarto de la tarde. Fue fría. Y no por la temperatura. Se trató de un catering simple con unas 12 mesas dispuestas al azar con snacks: cacahuetes, patatas fritas, aceitunas y galletitas saladas. Ni sandwiches ni canapés ni pan con aceite. Lo recalco porque cuando eres joven y vienes de viaje (sobre todo de lejos) sin comer desde las dos ó tres de la tarde, no se espera unos cacahuetes. Las miradas de los becarios era como los depredadores del Serengueti en época de sequía. Por suerte, yo tenía pensión completa en el hotel. No es común cuando eres predoctoral y vas a un congreso. Se suele ir con lo pelado: alojamiento y, si procede, desayuno. No más. Pero en mi caso la oferta hotelera estuvo de mi lado a la hora de reservar.
Después de la recepción, cada uno se fue a su alojamiento o a buscar algo que comer.

Al día siguiente, las primeras conferencias fueron temprano. Cada hora y media había pausa y café. Yo esperaba cierto color gastronómico, ya que el año anterior estuvimos en Córdoba y nos dieron a degustar productos típicos. Sin embargo no hubo más que pastas y café. Pero sólo pastas y café. El zumo se hizo esperar hasta la segunda pausa. Sería que el exprimidor estaba estropeado.
Las comunicaciones y conferencias fueron algo que no me decepcionaron, pero me dejaron más o menos igual. A medida que veo más reuniones de este tipo me doy cuenta que los investigadores muestran sus resultados y no enseñan tanto las técnicas e ideas de los estudios. Esto hace que se pierda el interés en la exposición.
Al final de la tarde, se organizó una visita guiada a Málaga con recepción en el Rectorado. Yo no asistí, pero me contaron que rectificaron los errores anteriores y dieron una buena comida. Parece que se busca siempre la comida antes que las charlas científicas, pero cuando se pasan 5 horas por la mañana y otras 4 por la tarde casi sin comer y no se anda holgado de dinero, no hay cosa que más reconforte que una buena donación gastronómica.
El Jueves se disponían a presentar las charlas de las sesiones de Genética humana y de biotecnología animal y vegetal. Pero la sección de genética malagueña está dedicada a los microorganismos y generaron un Simposium. Así que el resto de las sesiones tuvieron que darse en un salón derivado del principal. Lo malo es que al principio de la mañana no había sitios preparados para las charlas de genética humana. Y me tocó escuchar bacterias. Que, al final no estuvo mal. Pero me hubiera gustado escuchar otras conferencias. Lo mejor del día fue la conferencia plenaria impartida por Enrique Cerdá. No tuvo desperdicio. Y con la Ministra delante no tuvo reparos en criticar el estado del Estado respecto a la investigación en España.
Por la noche tuvo lugar la cena del congreso. Pero había que pagar a mayores, así que seguimos de bufé en el hotel.
Al día siguiente se mascaba el final del meeting. Poca gente en las ponencias, falta de pósters y revuelo de despedidas. Vimos que el próximo congreso será en Madrid en julio del año que viene. Allí nos veremos. Con más ánimos espero.

Escuchando: Rec (la película) de fondo en la tele

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Adenosina: ¿un nuevo descubrimiento?

Estoy más que harto que no hagan más que decir chorradas en la televisión relacionada con ciencia. Ya lleva más de un año en la parrilla publicitaria, pero no he tenido la oportunidad de escribir sobre el nuevo descubrimiento de Shiseido: la adenosina. Hay que tocarse las narices. Ahora van y dicen que han descubierto un nuevo compuesto llamado Adenosina. ¿Es que no hay ningún comité científico que evalúe las mentiras que se pueden llegar a decir por la televisión? A ver si ahora va a ser mentira lo que estudié en primero de carrera sobre el ribonucleósido llamado adenosina, imprescindible para formarse el Adenosin trifosfato (ATP) que es la molécula principal de generación de energía. Yo alucino cada día más.
Deberían hacer más hincapié en hacer un seguimiento sobre la malainformación y dejarse de cobrar tantos canones por la propiedad intelectual. ¿Acaso no es propiedad intelectual de TODOS que lo que se diga en los medios sea VERDADERO y no MALINFORMACIÓN?

EScuchando: Como se calienta el procesador, igual que yo.

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MAPMAKER/EXP 3.0

Este programita generado por Lander y colaboradores en 1987, es uno de los más utilizados (si no es el que más). Es un software basado en MS-DOS que se basa en cálculos matemáticos para generar mapas genéticos. Simplemente la función que realiza es ordenar mediante cálculos de frecuencias alélicas, los marcadores (porciones de ADN que pueden ser o no genes) para formar los distintos grupos de ligamiento (que posteriormente podremos asignarles cromosomas). Estas operaciones serían casi imposibles por el tiempo que llevarían hacerlas a mano. Tan sólo hay un método que puede (y digo puede) ser más sencillo y realizarse a mano: el Color Mapping o mapeo por color. Pero eso será otro cantar.
Intentaré hacer un tutorial sobre la utilización del programa. Lo que sí quería destacar son las peculiaridades del programita. Al ser un MS-DOS (por lo tanto hablamos de estar trabajando en Windows), el acceso y ejecución de órdenes tiene que ser por teclado. Lo primero de todo es el formato del archivo y su ubicación. Todo tiene que estar dentro del mismo directorio que el ejecutable. Y el archivo para trabajar tiene que estar en formato .RAW. Ese archivo es un simple archivo de texto cuya extensión de cambia a .raw. Para generar un archivo con la matriz de datos recopilados, tan sólo hay que copiar de excel todas las celdas y pegar en el bloc de notas. El encabezado de los datos del archivo tiene que tener una nomenclatura y orden preciso. Es necesario porque si no el programa dará error a la hora de leer el archivo. Ese encabezado debe estar en la parte superior del archivo y tiene esta pinta:

data type f2 intercross
113 174 0

donde se observa que los tipos de datos son una población F2 y que hay 113 individuos en los que se analizan 174 marcadores.
Estas son las nociones básicas para poder arrancar el programa y los datos que se han obtenido en la experimentación. Espero que haya servido de algo.

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Yoga contra el estrés laboral

Veinte minutos diarios de yoga y meditación en el lugar de trabajo, combinados con seis sesiones semanales en grupo, pueden aliviar la sensación de estrés en más de un 10 por ciento, y mejorar la calidad del sueño de los sedentarios empleados de oficina, sugiere un estudio piloto.
“Se asocia el estrés crónico con las enfermedades crónicas. Por eso, me centro en cómo reducir el estrés antes de que se convierta en causa de enfermedad”, explica Maryanna Klatt, autora principal del estudio y profesora de la Universidad Estatal de Ohio. “Mi interés es comprobar si la gente llega a reducir su uso de asistencia médica al reducir su estrés. Pretendo desarrollar algo que cueste poco y sea aplicable en el propio lugar de trabajo, algo práctico y que pueda hacerse con regularidad”.
De todas formas el estudio fue algo irreal. Cada día se dedicaba 20 minutos para el yoga y luego se hacían además 6 sesiones semanales de 1 hora en grupo. Todos sabemos que esto no es posible. Por lo menos en este país, donde prima mucho más un café que el bienestar personal.

Escuchando: Michael Jackson – Beat it

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Papers

Esta es una aplicación dirigida a admnistrar papers o artículos de investigación ó papers. Escribir la bibliografía cuando se está escribiendo un artículo para alguna revista o tesis es una tarea engorrosa para alguien novato en el tema. Este programa hace más fácil todo eso.
Primero hay que saber ciertas nociones a la hora de tratar con artículos de investigación. Como las canciones mp3, estos archivos en pdf, tienen la posibilidad de ser etiquetados. Estas etiquetas permitirán añadir datos como el nombre del artículo, autor o revista para que puedan luego catalogarse mejor. Este método de asignar las etiquetas es lo que da trabajo porque se tiene que hacer uno a uno si el archivo no las incluye.
Papers tiene integrado un buscador enlazado con ciertas bases de datos como Google o PubMed y permite importar directamente los pdf, siempre que se esté suscrito a la revista o el artículo sea libre. Mediante esta importación, las etiquetas ya están añadidas y no hace falta reescribirlas. De todas formas, siempre habrá algún paper perdido que necesite ser editado.
La interfaz es muy similar al iTunes en cuanto a aspecto. En el panel principal se pueden ver a la izquierda las bases de datos (ya sean nuestras o del exterior), en el medio las publicaciones listadas con una miniventana con la preview del artículo que esté seleccionado y junto con botones de acceso rápido para imprimir o abrir el pdf completamente. Y a la derecha está el panel donde se encuentra toda esa información de las etiquetas del artículo y que se puede modificar con simples clics de ratón.

interfaz del Papers

A la hora de añadir una cita bibliográfica lo único que hay que hacer es arrastrar al documento que queremos completar y listo. Todo esto es configurable. También se pueden hacer cosas como sincronizar con el iPhone, pero no lo voy a contar todo!.
Sin embargo hay una pega: es de pago. Son 29€ si eres estudiante. Pero siempre se puede bajar la versión de 30 días para probarlo. Hay otros productos como Mendeley Desktop que está tanto para Mac como para PC, pero todavía no les he hechado el ojo. No he hablado del EndNote porque estamos en crisis y ese sí que cuesta una pasta.

Referencia: Papers

Escuchando: F*ck me I’m famous podcast

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GTD para laboratorio

Ahora que he podido aprender la metodología del GTD (Getting things done) gracias a la ayuda de Berto Pena de ThinkWasabi y sus fantásticos screencasts, me he dado cuenta que desde hacía tiempo había utilizado un programa para Mac que se basaba en algo muy parecido: Lab Assistant.

imagen de LabAssistant en acción
imagen de LabAssistant en acción

Este software permite gestionar las tareas del laboratorio dividiéndolas en Cosas por hacer, recordatorios e incluso genera un log donde almacena todo lo que se ha ido recopilando quedando en un archivo de texto que puede servir como cuaderno de laboratorio digital.
Es una aplicación gratuita y desarrollada por el grupo de Mekentosj, famoso en creación de aplicaciones para uso en investigación. La única pega es que es una excusa más para estar pegado delante de la pantalla y el teclado, aunque en ocasiones haya que hacerlo.

Escuchando: nada de nada

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Un gen del sueño

Aunque la mayoría de las personas suele dormir menos de ocho horas diarias (el promedio en un día no laboral es de 7,4 horas), y algunos sienten que pueden pasar con incluso menos cuando se dedican a actividades placenteras o de ocio en general, las evidencias científicas demuestran que, con el tiempo, el cuerpo sufre daños por este régimen de sueño escaso.
Tal como señala la neuróloga Ying-Hui Fu, coautora del estudio, y profesora en la Universidad de California en San Francisco, las alteraciones crónicas y a corto plazo en el número ideal de horas a dormir pueden traer serias consecuencias para la cognición, el estado anímico y la salud física, incluyendo el desarrollo de cáncer y alteraciones en las funciones endocrinas. Sin embargo, al principio este impacto puede quedar disfrazado con el consumo de estimulantes tales como el café y el chocolate.
En la nueva investigación, el equipo estudió una familia en la que una madre y su hija adulta habían tenido de por vida menores requerimientos de sueño que la mayoría de los individuos, seis horas por día en lugar de las ocho a ocho y media que, según estudios realizados, necesitamos los humanos para mantener una salud óptima. El laboratorio de Fu analizó muestras de sangre de estas mujeres y de sus parientes, e identificaron una mutación en un gen conocido como hDEC2, el cual es un factor de transcripción que reprime la expresión de otros genes y está implicado en la regulación de los ritmos circadianos.
A continuación, los investigadores modificaron genéticamente a ratones y moscas de la fruta para expresar el gen humano mutado, y estudiaron el impacto en sus patrones de sueño y en su comportamiento. Las observaciones demostraron que durmieron menos.
Luego, el equipo comparó la respuesta de los ratones modificados genéticamente con la de ratones normales ante las consecuencias de seis horas de privación del sueño. Los ratones modificados tuvieron necesidad de compensar su pérdida de horas de sueño en mucho menor grado que los normales.
Estos cambios en la necesidad de dormir de los ratones mutantes podrían proporcionar una explicación de por qué las personas con esta mutación son capaces de vivir sin ser afectadas a lo largo de sus vidas por la menor cantidad de horas de sueño.

Escuchando: 50 Cent – In my hood

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Convocatoria de Campus de Excelencia Internacional

En el blog de actualidad leonesa con mayor número de lectores, ha vuelto a aparecer un tema universitario con referencia a la convocatoria de Campus de Excelencia Internacional (atención a los comentarios de los lectores):
Post de La pícara

A esta convocatoria se han presentado el 85% de la universidades públicas y habrá una preselección de las 15 mejores en la segunda quincena de octubre. Ver noticia

Yo tras mi humilde posición, más me gustaría a mí poder alzar algo el prestigio de esta Universidad. Pero para mí que no está el horno ni las arcas para bollos.

Escuchando: Mapmaker haciendo sufrir al procesador

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Genoma España también en crisis

No había más que esperar para ver que la crisis afectaría aún más a la investigación. Por si ya no fuera poco la poca subvención que obtenemos de fondos públicos, ahora hay más recortes de I+D y afectan de lleno a Genoma España. La Fundación Genoma España ha anunciado oficialmente que dejará de financiar al Instituto Nacional de Proteómica (Proteored), al Centro Nacional del genotipado (Cegen), al Instituto Nacional de Bioinformática (INB) y al banco de ADN de Salamanca a partir del 31 de mayo de 2010. Pues bien. Qué alegría. Cerrando más puertas de las que había abiertas. No sé si llorar o llamar a Bin Laden.

Fuente : DiarioMedico.com

Escuchando: el ventilador del Mac

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