Sacalalengua

Hay un nuevo programa educativo que vi el martes pasado por la noche (a eso de las 23:30hrs) en TVE1 sobre el lenguaje. El programa del otro día iba sobre animales y fue muy didáctico. Enseñan palabras técnicas y coloquiales, la etimología, acepciones de otros idiomas y curiosidades. Además, lo curioso es que la manera de mostrarlo en la televisión hace que se retenga en la memoria. A modo de títulos resaltados, repasan la palabra de la que se está hablando en ese momento. Perfecto para que se quede grabado en el cerebro.
Me encanta que el conocimiento se difunda, pero todavía esta ganando la batalla el sensacionalismo en España ya que lo ponen a unas difíciles para aprender.

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La gente sigue sin entender la Gripe A

Estoy algo más que cabreado. La gente que me conoce sabe que no soy muy amigo del periodismo. Y menos en este país sensacionalista. Estoy harto de que los periodistas, sobre todo televisivos, manejen la opinión del conjunto de la población a su antojo. La afirmación de que el individuo es inteligente y la gente es gilip*… que aplico a menudo, no se escapa en este caso. Las ovejas tienen más poder de decisión que la gente. No sé si visteis el post sobre un vídeo en el que se hablaba de todo el embrollo que ocurre alrededor de la gripe A. Pues ayer en las noticias de la TV (ya sé que no es el mejor medio, pero no tengo tiempo más que a la hora de las comidas para enterarme qué pasa por el mundo), voy y oigo como «noticia» que los EE.UU. van a dar «GRATIS» la vacuna de la gripe A. JAJAJA!!. Alucinante. Ellos son los que impulsaron el estudio e invirtieron en ello. Si llegan a cobrarse a ellos mismos, sería más que satírico. Y en España, como estamos llenos de mandatarios que sólo hacen amén a lo que dicen los EE.UU., pues a la saca de las arcas…y luego dicen que hay crisis económica.
Bueno, ya me he desahogado un poco. A ver si así se me bajan los humos un poco. Un saludo a todos.

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Preparándose para el Congreso de la SEG 2009

CONGRESO SEG 2009
Ya estamos preparándonos para el congreso de la Sociedad Española de Genética que se celebrará en Torremolinos, Málaga, a finales de este mes. Como cada 2 años se organiza esta reunión para compartir los avances de la genética en España, pudiendo cambiar impresiones con gente muy diversa del campo de la biología molecular. Espero que sea igual de atractivo que otros años. El pasado congreso lo organizamos nosotros en León. Yo no puedo opinar mal, pero nos lo pasamos genial. A ver si este año puedo asistir a alguna ponencia que, con eso de pertenecer a la organización, no pude ver nada más que un par de ellas y a cachos.
Así que ¡Torremolinos, allá vamos!.

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Conteo de segmentos de genoma duplicados

Los investigadores responsables del método han llamado a la herramienta mrFAST, acrónimo de micro-read Fast Alignment Search Tool. El título del trabajo que engloba la herramienta se llama «Personalized Copy Number and Segmental Duplication Maps Using Next Generation Sequencing.»Sus autores principales son el Dr. Can Alkan y Jeffrey M. Kidd, estudiante de graduado, ambos pertenecientes al departamento de Ciencias del Genoma de la Universidad de Washington.

Enlace a la noticia- PhysOrg.

Escuchando: the Black Eyed Peas – Renegotiations

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Nueva tanda de SSRs

Parece ser que el uso de nuevas tecnologías esta dando efecto. Un grupo en Canadá acaba de analizar más de 36000 (sí sí, más de 36000) secuencias no redundantes procedentes de unas 190000 secuencias iniciales de ESTs de Medicago truncatula. Lo bueno que tiene esto es que el estudio a ido dirigido para analizar la transferencia del uso de estos marcadores a otras especies, ya sean leguminosas o no.

Enlace: Development and characterization of genic SSR markers in Medicago truncatula and their transferability in leguminous and non-leguminous species

Escuchando: Podcast Frikeando.es

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Biotechniques

El journal Biotechniques es uno de las publicaciones que todo investigador debería tener como referencia. Como su nombre indica, trata de técnicas utilizadas en estudios biológicos. Más frecuentemente en biología molecular. Permite a los investigadores estar al tanto de mejoras o innovaciones en las tecnologías a aplicar a cada campo de las ciencias de la vida. Por ejemplo, el lunes 24 publicaron que el uso de acetona como solvente principal en las reacciones de síntesis química de nucleótidos mejora el proceso. Para mí no es de importancia, pero los que se dedican al tema seguro que les ha facilitado algo el trabajo.

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Bata de laboratorio de la ULE

Acabo de adquirir una nueva bata de laboratorio en la tienda de la ULE (Universidad de León). Quería destacar esto como noticia porque la empresa textil que se encarga de fabricar estas batas, Fundotex, tiene un gran número de discapacitados en la plantilla. Espero que haya sido de ayuda mi aportación. Por cierto, es la bata más barata que he podido encontrar. Ahí queda eso.

Escuchando: el hambre rugiendo

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Lo maravilloso de las micropipetas


El ajuar de laboratorio es siempre escaso. Y el cansancio que conlleva intentar mejorar esas condiciones es proporcional al material disponible: cuanto más y mejor material se tiene, menos cansancio se acumula. Esto que parece una bobada, cuando se trata de estar haciendo reacciones de PCR durante toda una semana para poder mapear genes…pues deja de ser un simple pipeteo a convertirse en un destroza hombros, antebrazos y pulgares. Y, si además para ver mejor el alicuoteo para cada muestra, el proceso se debe hacer de pie…pues hay que añadir cansancio en las piernas y la espalda. Vamos, que acabas el día como si hubieras trabajado en la obra, con el agotamiento mental añadido de estar concentrado para no pifiarla a la hora de pipetear. Para los que no se hacen una idea: una tanda de PCR normal que realizo yo en el laboratorio consiste en 105 muestras en las que, en cada una de ellas, hay que añadir un volumen determinado de dNTPs, buffer de reacción para la polimerasa, Taq polimerasa, Agua estéril Mili Q y el DNA correspondiente. Todo el mundo científico se vale de la maravillosa ayuda de las casas comerciales que permiten no tener que hacer a mano los búfferes de reacción. Y los dNTPs junto con el búffer y el agua se puede juntar para hacer un mix. Incluso si tienes unos cebadores que vayan bien, puedes incluirlos en el mix. Pero, cuando se trata de mapear genes y tienes que hacer la reacción para cada uno de los 105 individuos para ese gen determinado, pues, al menos, necesitas pipetear…unas 210 veces si haces el mix con primers incluidos y no tienes una micropipeta. A eso hay que añadir los pipeteos de la preparación de los mix de reacción. Todo esto lleva un gasto de tiempo bastante grande. Pero, si se quiere estar seguro de que vaya una concentración determinada de cada pareja de cebadores en cada muestra, pues el número de pipeteos se duplica. Todo esto lo cuento para un científico que no tiene la posibilidad de tener una micropipeta multicanal.
A eso quería yo llegar. Para los que no lo sepan, una pipeta multicanal es, como su nombre indica, una micropipeta que tiene muchos canales. Dependiendo del modelo, las hay de 8 ó 12 canales. Por lo tanto, cada vez que accionamos el émbolo para dejar soltar la alícuota pertinente en una batería de muestras, haremos el mismo trabajo reducido en una octava parte como poco. Vamos, que se puede hacer lo mismo que con la micropipeta normal pero 8 veces más rápido (si tiene ocho canales) ó 12 veces más rápido, como es el caso de la micropipeta que dispongo.
A eso de la reducción de esfuerzo hay que añadir una reducción de error de pipeteo, ya que cada vez que se acciona el mecanismo la succión y vertido es el mismo en los 12 pocillos a la vez.
Pero hay algo más. El cansancio mental también se reduce puesto que no se tiene que estar tan concentrado (esto no significa que no haya que estarlo para que todo vaya bien, eh!) a la hora de controlar los pipeteos.
Si a esto sumamos la pericia de cada investigador a la hora de hacer mixes, la reducción del número de pipeteos se reduce hasta un número de…¡¡36 pipeteos por cada tanda de 105 reacciones!!.
Todo esto también tiene un fallo: la captura de cada punta con las micropipetas multicanal. Cada casa comercial que fabrique este tipo de pipetas, produce unas puntas específicas que permite un mejor anclaje de éstas. Sin embargo, en la gran mayoría de los laboratorios se piden puntas a granel para todas la pipetas y pedir un cargamento a mayores de esas puntas tan específicas conlleva un gasto bastante grande. Siempre que se usan puntas no especiales, se suele tener que apretar un poco cada punta para que tome el volumen correcto. Esto hay que hacerlo con cuidado para preservar las condiciones de esterilidad. Pero cuando ya lo has hecho unas cuantas veces, la maña bate por goleada a la falta de presupuesto.
En fin, que todo laboratorio que tenga que manejar un número considerable de muestras, debería tener unas cuantas micropipetas multicanal. Tan sólo un consejo más: cada pipeta debería ser personal en intransferible. Para evitar continuas descalibraciones.

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