Recordando Barcelona

curso de Certfem
curso de Certfem

El pasado julio estuve en un curso de post-grado impartido por la Universidad de Barcelona sobre Filogenias y Genealogías de DNA. Está dirigido al ámbito bioinformático. Por ahora es lo mejorcito del verano, con esto de que hasta dentro de 15 días no cojo las vacaciones. Fue un curso intensivo pero muy ameno y con proporción entre teoría y práctica del 50%. Además, el personal que impartió las clases era de lo mejorcito en el ámbito de filogenias y, sobre todo, aplicaciones bioinformáticas dirigidas a ello.
Creo que se debería de mandar a más de un becario a que cursara estas lecciones porque siempre se debe poner algún aporte estadístico en las publicaciones sobre genética y, más aún, si se trabaja con un gran número de individuos. Sin embargo, y por lo que pude comprobar allí, también los directores de tesis tendrían que asistir al menos una vez en la vida y varias si lo que se quiere es tener conocimientos más avanzados. Puedo recordar el caso de varios directores que estaban asistiendo al curso porque no se fiaban de lo que escribían sus becarios para las publicaciones. Vamos, que seguramente un número indeterminado de publicaciones (o intentos de publicaciones) llevarán lo más seguro errores de tipo estadístico y por tanto no será del todo cierta la información que den allí.
Animo a todo el que esté asociado a este mundillo que vaya a este curso el año que viene. Y que se deje de mirar tanto por el dinero a la hora de asistir a eventos de este tipo, que se trata de obtener una buena formación y labrarte un futuro. Si alguien quiere más información al respecto, que lo escriba a modo de comentario o en los foros.

Escuchando: Anthea Ibiza-Voice.com podcast

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Contraer o no contraer los músculos

Parece ser que esa parte de DNA que antes se creía «basura» sigue teniendo cada vez más importancia. Ahora se ha descubierto que la contracción muscular está regulada indirectamente por microRNAs. Estos microRNAs actúan a nivel de la expresión de genes reguladores del flujo sanguíneo, el cuál es necesario para la contracción.
Cada día me maravillo más con la naturaleza.
Fuente – PhysOrg.com

Escuchando: PuroMac nº150

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A la caza de variación genética

Después de varios años utilizando como marcadores moleculares los desfasados RFLPs, RAPDs y AFLPs, he podido saber de buena tinta que el futuro pasa de largo por los muy utilizados microsatélites (SSRs) y que va directo a los SNPs. Todo esto se debe, claro, a la aplicación que están teniendo estos marcadores en genética humana. Pero, sobre todo, el gran avance se debe a las tecnologías nuevas a la hora de su detección. Los «Next-generation DNA sequencing methods» son los verdaderos culpables del avance científico a la hora de hallar nuevas variaciones en el DNA.
De todas formas, estamos esperando nuevas tecnologías que permitan una secuenciación parecida a la basada en los métodos convencionales de Sanger, pero con mucha más precisión y obteniendo secuencias más grandes que 600 pares de bases (número de bases en los que estos métodos tienen menor número de errores).
La ciencia sigue siendo paciencia en un 95%.

Escuchando: Vera-Ibiza.com podcast

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Virus de la gripe

Tan sólo os dejo un vídeo para que la gente se entere un poco de lo que realmente sucede en el mundo y no lo que los medios de información nos dan a entender. Moraleja: dinero, dinero y más dinero.
[youtube=http://www.youtube.com/watch?v=gKwk8Kq8QXA]

Escuchando: el sonido del ventilador de la CPU

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La Mitosis

La mitosis es la división celular con la repartición del material hereditario en células eucariotoas. Las fáses principales son: Interfase, Profase, Anafase, Telofase, Metafase y Cariocinesis.
Esquema de la Mitosis
La división de las células eucarióticas es parte de un ciclo vital continuo, el ciclo celular, en el que se distinguen dos períodos mayores, la interfase, durante la cual se produce la duplicación del ADN, y la mitosis, durante la cual se produce el reparto idéntico del material antes duplicado. La mitosis es una fase relativamente corta en comparación con la duración de la interfase.

Interfase

La célula está ocupada en la actividad metabólica preparándose para la mitosis (las próximas cuatro fases que conducen e incluyen la división nuclear). Los cromosomas no se disciernen claramente en el núcleo, aunque una mancha oscura llamada nucleolo, puede ser visible. La célula puede contener un centrosoma con un par de centriolos (o centros de organización de microtúbulos en los vegetales) los cuales son sitios de organización para los microtúbulos.

Profase

Profase: Los dos centros de origen de los microtúbulos (en verde) son los centrosomas. La cromatina ha comenzado a condensarse y se observan las cromátidas (en azul). Las estructuras en color rojo son los cinetocoros. (Micrografía obtenida utilizando marcajes fluorescentes).
Es la fase más larga de la mitosis. Se produce en ella la condensación del material genético (ADN, que en interfase existe en forma de cromatina), para formar unas estructuras altamente organizadas, los cromosomas. Como el material genético se ha duplicado previamente durante la fase S, los cromosomas replicados están formados por dos cromátidas, unidas a través del centrómero por moléculas de cohesinas.
Uno de los hechos más tempranos de la profase en las células animales es duplicación del centrosoma; los dos centrosomas hijos (cada uno con dos centriolos) migran entonces hacia extremos opuestos de la célula. Los centrosomas actúan como centros organizadores de microtúbulos, controlando la formación de unas estructuras fibrosas, los microtúbulos, mediante la polimerización de tubulina soluble. De esta forma, el huso de una célula mitótica tiene dos polos que emanan microtúbulos.
En la profase tardía desaparece el nucléolo y se desorganiza la envoltura nuclear.

Prometafase

Prometafase: La membrana nuclear se ha disuelto, y los microtúbulos (verde) invaden el espacio nuclear. Los microtúbulos pueden anclar cromosomas (azul) a través de los cinetocoros (rojo) o interactuar con microtúbulos emanados por el polo opuesto.
La membrana nuclear se desensambla y los microtúbulos invaden el espacio nuclear. Esto se denomina mitosis abierta, y ocurre en una pequeña parte de los organismos multicelulares. Los hongos y algunos protistas, como las algas o las tricomonas, realizan una variación denominada mitosis cerrada, en la que el huso se forma dentro del núcleo o sus microtúbulos pueden penetrar a través de la membrana nuclear intacta. Cada cromosoma ensambla dos cinetocoros hermanos sobre el centrómero, uno en cada cromátida. Un cinetocoro es una estructura proteica compleja a la que se anclan los microtúbulos. Aunque la estructura y la función del cinetocoro no se conoce completamente, contiene varios motores moleculares, entre otros componentes. Cuando un microtúbulo se ancla a un cinetocoro, los motores se activan, utilizando energía de la hidrólisis del ATP para «ascender» por el microtúbulo hacia el centrosoma de origen. Esta actividad motora, acoplada con la polimerización/despolimerización de los microtúbulos, proporcionan la fuerza de empuje necesaria para separar más adelante las dos cromátidas de los cromosomas.
Cuando el huso crece hasta una longitud suficiente, los microtúbulos asociados a cinetocoros empiezan a buscar cinetocoros a los que anclarse. Otros microtúbulos no se asocian a cinetocoros, sino a otros microtúbulos originados en el centrosoma opuesto para formar el huso mitótico. La prometafase se considera a veces como parte de la profase.

Metafase

A medida que los microtúbulos encuentran y se anclan a los cinetocoros durante la prometafase, los centrómeros de los cromosomas se congregan en la «placa metafásica» o «plano ecuatorial», una línea imaginaria que es equidistante de los dos centrosomas que se encuentran en los dos polos del huso. Este alineamiento equilibrado en la línea media del huso se debe a las fuerzas iguales y opuestas que se generan por los cinetocoros hermanos. El nombre «metafase» proviene del griego μετα que significa «después.»
Dado que una separación cromosómica correcta requiere que cada cinetocoro esté asociado a un conjunto de microtúbulos (que forman las fibras cinetocóricas), los cinetocoros que no están anclados generan una señal para evitar la progresión prematura hacia anafase antes de que todos los cromosomas estén correctamente anclados y alineados en la placa metafásica. Esta señal activa el checkpoint de mitosis.

Anafase

Cuando todos los cromosomas están correctamente anclados a los microtúbulos del huso y alineados en la placa metafásica, la célula procede a entrar en anafase (del griego ανα que significa «arriba», «contra», «atrás» o «re-«).
Entonces tienen lugar dos sucesos. Primero, las proteínas que mantenían unidas ambas cromatidas hermanas (las cohesinas), son cortadas, lo que permite la separación de las cromátidas. Estas cromátidas hermanas, que ahora son cromosomas hermanos diferentes, son separados por los microtúbulos anclados a sus microtúbulos al desensamblarse, dirigiéndose hacia los centrosomas respectivos.
A continuación, los microtúbulos no asociados a cinetocoros se alargan, empujando a los centrosomas (y al conjunto de cromosomas que tienen asociados) hacia los extremos opuestos de la célula. Este movimento parece estar generado por el rápido ensamblaje de los microtúbulos. Estos dos estadios se denominan a veces anafase temprana y anafase tardía. La anafase temprana viene definida por la separación de cromátidas hermanas, mientras que la tardía por la elongación de los microtúbulos que produce la separación de los centrosomas. Al final de la anafase, la célula ha conseguido separar dos juegos idénticos de material genético en dos grupos definidos, cada uno alrededor de un centrosoma.

Telofase

La telofase (del griego τελος, que significa «finales») es la reversión de los procesos que tuvieron lugar durante profase y prometafase. Durante la telofase, los microtúbulos no unidos a cinetocoros continúan alargándose, estirando aún más la célula. Los cromosomas hermanos se encuentran cada uno asociado a uno de los polos. La membrana nuclear se reforma alrededor de ambos grupos cromosómicos, utilizando fragmentos de la membrana nuclear de la célula original. Ambos juegos de cromosomas, ahora formando dos nuevos núcleos, se descondensan de nuevo en cromatina. La cariocinesis ha terminado, pero la división celular aún no está completa.

Citocinesis

La citocinesis es un proceso independiente, que se inicia simultáneamente a la telofase. Técnicamente no es parte de la mitosis, sino un proceso aparte, necesario para completar la división celular. En las células animales, se genera un surco de escisión (cleavage furrow) que contiene un anillo contráctil de actina en el lugar donde estuvo la placa metafásica, estrangulando el citoplasma y aislando así los dos nuevos núcleos en dos células hijas. Tanto en células animales como en plantas, la división celular está dirigida por vesículas derivadas del aparato de Golgi, que se mueven a lo largo de los microtúbulos hasta la zona ecuatorial de la célula. En plantas esta estructura coalesce en una placa celular en el centro del fragmoplasto y se desarrolla generando una pared celular que separa los dos núcleos. El fragmoplasto es una estructura de microtúbulos típica de plantas superiores, mientras que algunas algas utilizan un vector de microtúbulos denominado ficoplasto durante la citocinesis. Al final del proceso, cada célula hija tiene una copia completa del genoma de la célula original. El final de la citocinesis marca el final de la fase M.

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Congreso de Genética 2007

Pedaso de congreso que se organizó en nuestra Universidad de León. La verdad es que es para echar flores a la organización. Chapó. No faltó de nada: buenas ponencias, buenos posters, buenos cafeeées…y comidita de la rica, rica. No hubo comparación. Además, el colofón final se lo repartió una cenita en San Marcos y una comidita en Castrillo de los Polvazares. Madre mía. Yo no pude con la comida. Terminé reventado. Y no sólo por la comida, jeje. La fiesta nos la montamos casi sin gente. Ni del congreso ni de León. Los bares estaban desiertos.Pero la compañia fue inmejorable. Los madrileños Javi y Ernesto, los "cordobeses" Carlos y Yawad y otro grupito fueron suficientes para animar los garitos.
Se tiene que repetir…con congreso o sin él.

P.D.: Si quereis ver imágenes, visitad el foro e id a la sección de Genética.

Escuchando: The Pot – Tool

AU REVOIRE QUE DIJO VOLTAIRE

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Recuperando y…a ver castillos húngaros

Hola de nuevo. Al final me puse a dieta y me he logrado recuperar en dos días. La verdad es que no era nada grave pero el malestar en las tripas era incómodo. Después de ver la devacle del Barcelona en la Copa y que el Madrid ganó el sábado por la noche, tenía que olvidar esas malas noticias. Es broma. Pero Andrea me llevó a ver un pueblecito típico de Hungría. Se llama Hollókò. Si intentais pronunciarlo, aquí nadie sabrá de que estás hablando. Fuímos en coche. Pero era la primera vez que iba Andrea conduciendo, así que me tocó ser el copiloto. En ciertos sitios me parecía a Luis Moya dando órdenes a Carlos Sainz, pero en inglés. Menudas carreteritas. Madre mía. Todas como las comarcales perdidas de España. Y eso que es un sitio turístico. Al llegar fuimos directos al castillo. Estuvo bien. Pero era chiquito porque tan sólo servía para avistar. Luego fuimos a los que es el pueblo en sí. Pude comprar algún souvenir, pero el sol era terrible. Parecía que estaba en España en Agosto. Por Dios, si vimos un termómetro que alcanzó los 40 ºC. Luego fuimos a comer y probé una carne guisada procedente de un animal indígena de la zona. Como la ternera, vamos. Por último, según volvíamos en el coche Andrea me enseño algo de culturilla musical en el coche. Tenía un Cd con música desde Queen hasta Navideña pero pasando por exitos Húngaros y rumanos. Inquietante experiencia. Bueno, a pesar de lo de Alonso en la F1, viva Nadal y la selección de fútbol sub 17 que son campeones de europa.

I´ll be back soon

Escuchando: Rihanna – Umbrella.

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La comida hace estragos

Hola de nuevo. Hace días…no…semanas que no escribo nada. Pero el trabajo es lo primero. Incluso el finde he tenido que currar para tener el máximo número de cosas listas.
La foto que veis pertenece al camino que todos los días cruzo para ir a comer. Es un atajo, pero estás completamente en el bosque. Lo bueno es que tienes sombra casi todo el camino, porque aquí está empezando a hacer calor otra vez. Y eso para mi pequeña pero inquietante afección alérgica no es bueno.
Estos dos días llevo el  "bajo vientre" revuelto. Para mi que fue la sopa de fruta que me tomé. No sé. Estaba rica, pero no merece la pena el revoltijo en la tripa. Además, hace que no veo una hortaliza sin que esté inmersa en salsas…pues un mes. Además, está todo pasado de especias y sal. Eso sí, te encuentras maíces en todos los platos. Hasta si vas a pedir un bocadillo. Impresionante.

Bueno, hasta otra. Me piro a currar.

See youuu

Escuchando: Sonidos de mi interior.JAJAJA

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Finde de relax

El sábado nada más levantarnos decidimos ir al pueblo a comprar comida. Bueno, más que decidirlo arrastré a la gente. Después de comer, nos fuímos a Budapest para ver lo que eran los famosos baños termales. Llegamos tardísimo, pero la culpa la tiene la camarera del restaurante en el que comimos, que conste. Era sobre las 6 de la tarde cuando entramos en los baños. Parecía una piscina a primera vista. Una cosa que me hizo gracia es que siendo un sitio tan turístico, no hubiera nadie que supiera perfectamente hablar en inglés. Tuve que ayudar a una pareja a comunicarse con una de las chicas que están para "ayudar" porque no sabían como decirle si había algún sitio donde podían comprar unas chanclas.
Los vestuarios son curiosos. Hay taquillas, pero no llave con qué cerrarlas. Lo sé de seguro porque volví a preguntar después de haber bajado. Una vez en los baños, nos metimos en el primero. Era una piscina que tenía la atracción de que en el medio se generaba una corriente y ibas dando vueltas como una lavadora sin tener que nadar. Allí Ana me advertió la cantidad de españoles que había. ¡En un momento parecía una piscina de verano española!.
Después y corriendo, porque afuera del agua hace frío en comparación, fuímos a los baños de dentro. Allí había baños a 34, 38, 40º C. Pero el que más me gustó fué el de 15º C: cómo me recordaba a las pozas de los ríos ó al mar en Abril. Genial. Además, la sensación de entrar desde 38º C a 15º C es indescriptible. Después seguimos en las distintas saunas. Pero no muy tarde nos echaron porque cerraban la parte de dentro. No estuvo mal la experiencia. Tan sólo era un poco sospechosa la cierta turbidez del agua en algunos baños.
Ya cuando salimos, tomamos algo en una terracita en la plaza donde se encuentra la Ópera en Budapest y recorrimos un trozo de la avenida Andrassy. De ahí, a coger el tren para Gödöllö.
Esa noche cenamos un Gyro. es como un kebap pero de origen griego. Se suele tomar cuando acabas de salir de fiesta. Luego por la noche intercambiamos fotos del día anterior.
Al día siguiente nos volvimos a reunir. Ana se iba el lunes para España y sería el último día aquí. Después de comer estuvimos viendo una peli. Por último fuimos a cenar a un pub tipo ingles. Yo tomé un filete de ternera cubierto de aros de cebolla. Pero cuando digo cubierto es cubierto. Increíble. Al final de la noche Claudia dijo que tenía que pasar a comprar algo a un super. Pues el domingo de un puente a las 22:30 había un super como un carrefour abierto. Y me dijeron que estaría abierto toda la noche. Están locos estos húngaros. Con la de paseos que me he dado durante la semana para encontrar  un sitio donde comprar comida más allá de las 6 de la tarde.
El resto del finde, excepto salir con Tibor y Antonello a correr, casi no he salido. Tenía que organizar el trabajo, leer separatas…y limpiar el pisito este donde vivo.

See youuu

Escuchando: Give it to me – Nelly furtado feat. Timbaland & Justin Timberlake

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Happy birthday to mee

El título de esta entrada en el blog lo dice todo. El pasado viernes fue mi cumpleaños. Se notó bastante lo del roaming. Vamos que no me llamó todo el mundo. Pero cuando miré los correos, me dí un alegrón al ver que la gente que no me llamó, me había escrito un mail. Incluso ciertas personas que no suelen tocar un ordenata.
El día empezó como todos. Andrea pasa a buscarme y nos vamos al ABC. Ya en el camino, no pude contener la emoción. Le solté a Andrea que era mi cumpleaños. Mientras llegábamos al lugar de trabajo, la expliqué como eran los cumpleaños en España y cómo los celebraba cada año con los amigos. Me dijo que aquí es un poco más intimista. Sólo lo comparten con los más cercanos. No arman fiestas ni nada. Y, claro, la dije que sería la primera vez en muchos años que no lo celebraría.
A la hora de comer nos juntamos con Dana y Violeta, dos chicas rumanas ammigas de Andrea. Me dijo Dana que se iba a su país el domingo. Después estuve con Ana, la única compatriota, Antonello, Nicoletta…y ya se me encendió la chispa "española": Teníamos que salir de fiesta.
Así, al finalizar la jornada de trabajo, yo parecía una mezcla entre Astérix en las doce pruebas, subiendo y bajando escaleras, y el correcaminos. Consultando con Andrea, lo mejor era salir por Gödöllö. Tampoco era liarla demasiado. Yo sólo quería invitar a mis nuevos amigos a que celebraran conmigo mi cumpleaños. Por supuesto, en cuanto utilicé la palabra universal "fiesta" nadie dijo que no.
A las 9 y media empezó el movimiento. Perdimos de vista a alguno y no lo pudimos avisar, así que finalmente éramos un grupo reducido: Ana, Antonello, Nicoletta, Dana, Violeta, Claudia y yo. Andrea quedaría más tarde con nosotros.
Empezamos tomando unas "cervecitas" en una cervecería que hay en el propio campus. Para situarnos, donde vivimos la mayoría de los foráneos trabajadores del ABC está más allá del campus, y éste se encuentra entre el ABC y nuestra casa. Por último, lo que es Gödöllö está más allá del ABC. Retomando lo de las cervecitas. Pues eso, que no son cervecitas. Aquí como no la pidas pequeña te la dan de medio litro. La verdad es que en ese bareto lo pasamos genial. Necesitábamos desconectar un poco del trabajo.
Después nos fuimos al Trofo. Es un disco-bar muy conocido aquí. Bueno, lo que son disco vares, sólo hay dos en el pueblín, así quee. Cuando entramos nos llevamos la sorpresa: hoy era noche de Heavy metal. Pero si los únicos que saltábamos eramos nosotros. Era la primera vez que veía un concierto de este estilo en una sala tan pequeña y que todo el mundo estuviera sentado. No sé, pero el heavy metal no es para cerrar los ojitos y escuchar minuciosamente los acordes de los músicos, vamos.
Al rato nos pasamos a la sala de arriba. Ya nos dolían los oídos. Allí el barman era genial. No tenía ni idea de inglés. Pero como se esforzaba. En la parte de afuera de la sala había una terraza que servían perritos calientes. Así que la gran mayoría hizo pit-stop allí.
En esos momentos llegó Andrea con un amigo. Ya estábamos todos. El barman de antes me preguntó que si podía hacernos una foto para la web del local (ya sé, que como me dijo todo eso si no sabía inglés. Pues porque con una cámara en la mano y señalándome a todos me dijo: foto y web page. Aclarado entonces). Así que si buscais en internet este disco bar seguro que salimos.
Luego nos dirigimos a algún bar dónde poder brincar y bailar un poquito. Como aluciné. No había dos grupos de personas que dieran el mismo perfil. Había raperos, medio skins, heavys, abueletes(sí sí, de unos 80 años), pijos, grupitos de adolescentes…e incluso un rastafari que parecía coreano. Alucinante. Y sin problemas los unos con los otros. Lo mejor de la noche fué cuando a los dos minutos de entrar pusieron ¡¡SKap!!. Era como de nuestros años adolescentes, así que nos comportamos como tales.
Después se fué recogiendo la gente paulatinamente. Cuando me despedí de la gente hasta el día siguiente y me metí en la habitación me sentí genial. No creía que este año mi cumpleaños hubiera sido tan especial. Y rodeado de toda esta peaso de gente. De todas formas, no creais que os vais a librar en España de mi fiesta anual. NO NO!!!

See youuu

Escuchando: What goes around, comes around – Justin Timberlake

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