What is DNA?

De vez en cuando te topas con pequeñas joyitas divulgativas como esta. Si queréis, podéis activar la traducción de los subtítulos. No va demasiado mal. Aunque recordad, el ADN no siempre codifica proteínas. Ni mucho menos. Eso se lo dejaron en el tintero. Aunque a mi me vale como genetista que cualquier persona a la que preguntara en la calle «¿qué es el ADN?» supiera lo que se dice aquí ;D.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=zwibgNGe4aY[/youtube]

Youtube sirve para más cosas que para ver gaticos y monetes ;D

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Regala JoF por Navidad

Imagen de Blog de laboratorio repartiendo Journal of Feelsynapsis
Journal of Feelsynapsis (JoF para los amigos) es una revista de divulgación científica multidisciplinar y gratuita. ¿Quién podría resistirse a regalar algo tan rico y barato estas navidades?. Pues es lo que animo a todo el mundo desde aquí. Enviad y difundid conocimiento de forma original entre todos los que podáis. Y no hay cosa más sencilla que «el golpe de clic». Yo ya tengo apalabrados con Papá Noel y los Reyes Magos varios envíos cargados de ciencia. Familiares, amigos y conocidos tendrán un regalito estos días: CULTURA.

Accede a todos los números de Journal of Feelsynapsis
Accede a todos los números de Journal of Feelsynapsis

Para todos los que queráis seguirme repartiendo regalos, AQUÍ TENÉIS EL ENLACE DEL PORTAL CON TODAS LAS REVISTAS PUBLICADAS. Podéis elegir los formatos en Alta calidad o Smartphone. Con el número 7 se ha cumplido un año desde su primera publicación, así que la fiesta es doble.
¡FELICES FIESTAS A TODOS! ;D

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Decoración navideña de laboratorio

Árbol navideño formado por cultivo de microorganismos.

Otro árbol de Navidad mediante cultivo de microorganismos.¿Qué científico loco no ha estado flipando con las figuras y colores que se forman cuando se hace un cultivo de microorganismos en placas de Petri? Pues ya se lleva haciendo un tiempo para dar color a la Navidad de una manera totalmente original.
Por ejemplo, el cultivo del árbol de navidad que sirve de portada está compuesto por Talaromyces stipitatus en lo más alto, Aspergillus nidulans como verde del árbol, Penicillium marneffei como decoraciones y Aspergillus terreus como tronco. Una familia de hongos muy particular y que puede alegrar la vista de forma sorprendente.

Aquí os dejo otro ejemplo de bolas de navidad para los árboles.

Varias placas de petri con cultivos de microorganismos coloristas a modo de adorno navideño.
Varias placas de petri con cultivos de microorganismos coloristas a modo de adorno navideño.

Una forma diferente de sacar partido a esos medios de cultivo que caducan y que no se es tiene demasiada fiabilidad. Y si se le ocurre a alguno, dos cosas: que se acuerde de sellarlo bien para que no dar problemas y que hagan una foto para compartirla con todos nosotros. ¡Dadle a la imaginación! ¡Feliz Navidad! ;D

Fuentes:
Seasonal Scientific Decor en «TrendHunter»
Tumblr de Geneticist
Assume Awesome

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Foto actual del ADN

Imagen de varias moléculas de ADN mediante microscopía de transmisión de electrones
Aunque esto no es noticia puesto que fue publicado hace casi dos semanas, en el blog de un genetista esto es muy pero que muy relevante. Desde siempre la única foto «verdadera» del ADN eran las que se observaban gracias a la difracción de Rayos X (como la famosa imagen de Rosalind Franklin allá por los años 50 del siglo pasado -ver figura 1-).

Imagen de la doble hélice de ADN tomada mediante difracción de rayos X de 1952
Figura 1. Imagen de la doble hélice de ADN tomada mediante difracción de rayos X de 1952. Pulsar para agrandar
Ahora se ha conseguido sacar una instantánea de la doble hélice mediante microscopía electrónica. El trabajo se detalla en la publicación de Gentile y colaboradores del pasado 22 de noviembre y consiste en la obtención de la imagen mediante la suspensión de siete moléculas de ADN entre dos pivotes de silicio. En medio de esos pivotes se coloca un agujero por el que se hace pasar el haz de electrones que atravesará el objetivo a retratar: el ADN.
La verdad es que la foto (ver imagen de cabecera) no da una información muy obvia a simple vista pero, según se describe, se puede observar la periodicidad del enrollamiento de la doble hélice. En la imagen, las flechas en rojo señalan esas vueltas para así hacernos una idea de cómo estarían las moléculas «estiradas» de forma perpendicular a dichas marcas.

La verdad es que se aclaran bastantes cosas en el pdf suplementario al artículo (ya que se puede descargar sin pago previo) donde se muestra cómo se sitúan las dobles hélices en el experimento gracias a modelos en tres dimensiones y así poderse comparar con lo observado con la microscopía de transmisión de electrones.

Simulación de la imagen del ADN en 3D, la primera a la izquierda, y cómo se debería ver mediante el microscopio, las cuatro de la derecha.
Figura 2. Simulación de la imagen del ADN en 3D, la primera a la izquierda, y cómo se debería ver mediante el microscopio, las cuatro de la derecha.

Imagen de la colocación de las siete dobles hélices de ADN (parte superior) y la imagen obtenida mediante microscopía de transmisión de electrones (parte inferior).
Figura 3. Imagen de la colocación de las siete dobles hélices de ADN (parte superior) y la imagen obtenida mediante microscopía de transmisión de electrones (parte inferior). Pulsar para agrandar.

Ya tenemos otra foto que añadir al álbum del ADN.

Referencias:
Francesco Gentile, Manola Moretti, Tania Limongi, Andrea Falqui, Giovanni Bertoni, Alice Scarpellini, Stefania Santoriello, Luca Maragliano, Remo Proietti Zaccaria, and Enzo di Fabrizio. Direct Imaging of DNA Fibers: The Visage of Double Helix. Nano Letters Article ASAP, 22 nov 2012.(http://dx.doi.org/10.1021/nl3039162).

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Novedades en las búsquedas BLAST

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe «View these results in the new enhanced report» junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=yfITRIk34Js[/youtube]

Doy las gracias al Dr. Carlos Polanco del área de Genética de la Universidad de León por seguir enviando esos correos que ayudan a estar al día de estas pequeñas grandes cosas.

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Los horrores del currículo normalizado

Imagen del currículum vítae normalizado
Como bien sabe la comunidad investigadora, el currículo normalizado es una herramienta de selección de personal que todos los investigadores deben tener actualizado. Hace que la selección de personal sea más eficiente. O eso espero. El problema estriba a la hora de generar ese curriculum vitae. En España existe un organismo, La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) que nos «facilita» el desarrollo. Cosa que agradecemos mucho en un principio. Excepto cuando hay que trabajar con la aplicación que permite la generación de ese Currículum Vítae Normalizado (CVN).

Para los que no conozcan lo que es un CVN, la definición que ponen en la FECYT es la siguiente: «es un fichero electrónico en formato PDF (CVN-PDF) con tecnología CVN-XML incrustada, de tal manera que esta información normalizada puede ser tratada electrónicamente por distintas bases de datos para de este modo evitar que los investigadores tengan que teclear su currículo normalizado en los formularios/aplicaciones que se utilizan para las distintas convocatorias». Perfecto. El problema existe cuando vienen esas «distintas convocatorias».

Por naturaleza humana, no solemos tener todos los CV actualizados al día que se presenta la candidatura para cada convocatoria. No somos máquinas y tenemos muchas cosas científicas que hacer todos los días. Por lo tanto, se produce un gran flujo de información proveniente de todos los que quieren actualizar el currículo normalizado. El problema es que se puede perfectamente pasar varios días para actualizarlo dependiendo de los campos a rellenar. Y esto desespera cuando se tiene poco tiempo para hacer estos trámites y más aún cuando las convocatorias literalmente vuelan.

En fin, sólo quería enseñar la problemática de los CVN a los que no lo conocían y desahogarme como les sucede a muchos de mi gremio. Los investigadores nos pasamos mucho tiempo en lides administrativas y ésta es una de las menos importantes (dentro de su gran importancia).
Por cierto, he escrito estas líneas mientras el navegador intentaba cargar una de mis publicaciones. ¿Sabéis lo que ha sucedido al final, verdad?.

NOTA IMPORTANTE: La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología se ha disculpado de forma pública ante todos los «insensatos» que estábamos actualizando el CVN en estos momentos. Chapeau por ellos y muchas gracias desde aquí ;D

P.D.: Espero os hayáis dado cuenta de las distintas formas con y sin tildes con las que he escrito CV 😉

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Science Friday: de lo mejor para escuchar

Logo de Science Friday en Español
Voy a comentar una excelente forma de ocio científico gracias a uno de los mejores programas de divulgación que existen ahora mismo. Y no me quedo corto. Si eres un loco de la ciencia y tu inquietud sobre temas nuevos altera tus neuronas, este podcast es perfecto. Y no sólo por los temas que trata (ciencia, salud y tecnología) sino porque tanto el locutor como el ritmo y el cuidadísimo audio hacen que sea uno de los podcasts que espero todos los viernes. Porque el título del propio programa es fiel a la periodicidad de publicación: todos los viernes estará disponible casi a primera hora en horario español.
Luis Quevedo es el culpable de que me tenga atrapado, ya que es la voz que transmite toda la temática de lo más multidisciplinar que inundará los oídos durante los 30 minutos que mantienen la atención automáticamente.
Noticias, entrevistas a los científicos responsables de los estudios más punteros a nivel mundial y todo en español, ya que Science Friday es un portal estadounidense dedicado a la ciencia y tecnología con programas emitidos en la Radio Nacional Pública (NPR) y que ya los escuchaba antes, aunque no tan asiduamente como esta edición en mi lengua materna.
Lo mejor es que es divulgación en estado puro. Todo lo explicado lo puede comprender cualquiera que preste atención. Además en el penúltimo episodio existe una charla sobre la dificultad de divulgar y la importancia de la comunicación científica ahora que somos el mayor número de científicos que ha existido jamás en la faz de la tierra.
Sin más, os animo a que os suscribáis. Pero ya. DESDE AQUÍ MISMO si queréis. Y disfrutad de la ciencia.

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Rumbo al TEDx Valladolid

Logo de TEDx Valladolid con presencia de blogdelaboratorio.com
Tras gozarlas con muchas de las conferencias TED que se han celebrado a nivel mundial, se celebra en esta región una de tipo local el próximo viernes 9 de noviembre. Para poner un poco de criterio en todo esto, os expongo la definición que tienen escrita en el sitio oficial para este evento:

TED es una organización sin ánimo de lucro con un evento anual en el que algunos de los pensadores y emprendedores más importantes del mundo están invitados a compartir lo que más les apasiona. “TED” significa Tecnología, Entretenimiento y Diseño, tres grandes áreas que en conjunto están dando forma a nuestro futuro. Hoy ya se ha ampliado a cualquier disciplina de interés general y ha crecido para apoyar a aquellos que a través de sus ideas intentan cambiar el mundo por medio de distintas iniciativas.
Los asistentes a las conferencias TED las denominan “el mejor balneario del cerebro” y “un viaje de cuatro días al futuro”. El público – ejecutivos, científicos, creativos, filántropos – es casi tan extraordinario como los oradores, que han sido personalidades de la talla de Bill Clinton, Bill Gates, Jane Goodall, Frank Gehry, Gilbert, Sir Richard Branson, Benoit Mandelbrot, Philippe Starck, Ngozi Okonjo-Iweala, Isabel Allende o Gordon Brown.
Con el propósito de difundir las ideas que merecen la pena, TED ha creado TEDx, un programa de conferencias locales y organizadas de forma independiente que permiten disfrutar de una experiencia similar a las conferencias TED.

Y a este tipo último de conferencias es al que voy a asistir: el TEDx Valladolid. Y os preguntaréis porqué. Pues en primer lugar para darme un chapuzón de ideas con todos los «speakers». Pero en esta ocasión, hay varios ponentes que tienen que ver con el laboratorio. Directa o indirectamente.
Escucharé a Raquel Ibáñez, Doctora en Biología Molecular y Biotecnología por el Australian Centre for Astrobiology (Macquarie University, Australia).
Raquel regresó a España en el año 2009 con una idea y un objetivo claro: conseguir acercar ciencia y sociedad.
Observaré a Pedro Tomás Delgado, Emprendedor Social y Fundador y CEO de Aquaphytex S.L. Pionero en la producción biotecnológica para la Fitodepuración.
Por último podré presenciar una presentación de Alberto Acedo (la segunda desde hace unos cuantos años, cuando asistí a su exposición de la tesina realizada en nuestros laboratorios de Genética de León), Co-Fundador y CEO de AC-Gen “Reading life”, premio Genoma España 2011 y al que me une algo más que simple inquietud científica.

Por supuesto el evento se emitirá en streaming y colgaré todo tipo de actualizaciones vía twitter, a parte de enlazar dicha retransmisión a la web siempre que me sea posible.

Se les puede seguir en las redes sociales con su cuenta de Twitter y su página oficial de Facebook. Además, si se está dispuesto a ayudar como voluntario sólo hay que decírselo por AQUÍ.

Lo dicho, ¡nos vemos en el TEDx Valladolid!

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Pirateando con Charles Darwin

Charles Darwin y el Capitán Pirata.

Las películas de animación tienen algo especial. Pero más aún las que están realizadas con la técnica de stop-motion. ¿Os gustó Chicken run o Wallace y Gromit? Pues de los mismos creadores viene una historia de piratas muy científica. Sí. No he escrito mal.

Exponiendo el dodo en la Royal Society
Exponiendo el dodo en la Royal Society. Pulsar para agrandar.

Posiblemente si no tuviera un churumbel en casa no me habría decantado por ver este film. Y menos mal que así fue. Cuento la trama de la forma más sintética: un grupo de piratas (encabezados por el gran Capitán Pirata) decide participar en el evento de la Royal Society para ganar el premio al mejor científico del año al tener en su posesión a un «dodo» (supuestamente extinto) en vez de lo que creían tener como loro. Después entran más aventuras y desventuras, pero científicamente esto es lo importante. ¿A que no sabéis quién es el científico que identifica al especimen? Pues sí, nada más y nada menos que Charles Darwin.

Tras intentar dar con varios botines abordando barcos, se encuentran de sopetón con el navío del científico Charles Darwin. A punto de tirarlo por la borda es cuando se da cuenta de la especie casi extinta y deciden darlo todo por conseguir un botín y hacerse pasar por científicos. ¿Piratas científicos? Pues ahí la gracia. Que estamos ante una película inglesa y cuyo humor lo han utilizado aquí. Posiblemente a alguno le mosquee un poco ciertas afirmaciones, pero yo soy de risa fácil y esto es una película en la que se enseña a los niños que Charles Darwin es un científico. Con más o menos guasa. Pero escuchar a mi pequeño de dos años citar a Darwin mientras jugamos a piratas… me vale.

Charles Darwin en su momento de ocio. Pulsar para agrandar.
Charles Darwin en su momento de ocio. Pulsar para agrandar.
Volviendo a la película, aunque suceden muchas más cosas que tienen que ver con la fama y el poder todo ello en una época en la que reinaba Vicky (la reina Victoria del Reino Unido), esos momentos en los que Darwin está presente son de los más graciosos. Primero muestran la desesperación del científico en su ardua labor investigadora. Cómo le brillan los ojos cuando cree que va a ganar el premio al investigador del año. Una vuelta de tortilla que hace que saque la maldad que lleva dentro para intentar tener él el prestigio. Y todo con la Royal Society y varios investigadores conocidos por ahí. Desde la presentación de algún invento a la opinión, siempre pensando en que es comedia, de algún que otro miembro de la Sociedad e incluso dan ciertas nociones de química con una escena que tendrá su importancia para el final de la película. Os pongo ahora la manera que tienen de verificar que el, en ese momento, Capitán Científico es un verdadero investigador.

Corte 1 de la verificación como científico en la Royal Society
Corte 2 de la verificación como científico en the Royal Society
Corte 3 de la verificación como científico en la Royal Society

El carácter evolutivo ligado a la figura de Darwin se da a conocer en pequeñas dosis. El investigador tienen como compañero a un chimpancé que se comunica mediante tarjetas escritas. Cosas como el parecido entre ambos o el porqué «humanizar» al simio provocan una sonrisa a todo amante de la ciencia. ¿Y qué os parecería que las ideas evolucionistas de Darwin fueran infundadas por palabrerías de un pirata fanfarrón?

David Tennant como Charles Darwin. Pulsar para agrandar.
David Tennant como Charles Darwin. Pulsar para agrandar.

Por si fuera poco, el personaje de Charles Darwin es doblado por uno de los protagonistas más queridos del mundo freak por su papel de Doctor en la afamada serie Doctor Who: el señor David Tennant. Para mi, toda una guinda de este pastel: diversión, piratas, acción y ciencia todo mezclado con humor y realizado con una técnica de animación laboriosa.

Para terminar, os comento una frase que dijo el señor Charles Darwin cuando se vio de patitas en la calle (para que veáis que esta película lo tiene todo): «Ahora somos vagabundos. Es parecido a ser científico pero con menos experimentos y más beberse el propio sudor». Ahí queda eso.

Aunque este disparatado post no sea muy esplendoroso en las artes científicas, va a participar en el XVII Carnaval de Biología que lo organiza @Ununcuadio en su blog «Pero esa es otra historia…«

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