Mejorando los recursos del blog

Este es un artículo algo atípico. Simplemente quería informar sobre ciertos cambios en la interfaz del blog y alguna que otra mejora que facilitará el intercambio de información.
Como podréis ver, la cantidad de botones referidos a las páginas del blog han disminuido. Esto es porque se han aglutinado todo lo que podrían llamarse RECURSOS en una página con ese nombre. Ahí podréis encontrar tanto ENLACES de interés relacionados con la investigación, SOFTWARE que ha sido analizado en el blog o de utilidad, información sobre el PODCASTING para todos aquellos que quieran pasar un buen rato con contenidos a la carta y una zona de SWITCHERS para los novatos en el mundo MAC.

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La tecnología para los científicos en Tecno

Me he encontrado con una grata sorpresa cuando esta mañana me dispuse a escuchar uno de los podcast sobre entrevistas a gente hablando sobre tecnología y cómo afecta a sus vidas llamado Tecno (@tecnopodcast en Twitter) y vi que era un científico el que estaba invitado.

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Nexus One, impresiones y comparativa con iPhone 4

Review Nexus One y iPhone 4
Esta vez voy a empezar el año con algo que he podido experimentar durante un tiempo y que me ha facilitado mucho la gestión de todo lo que hago. Se trata del Nexus One. Además, al final, haré una ligera comparativa con el iPhone 4 ya que he podido trastear con uno bastante. Empecemos.

NEXUS ONE

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Deseando un mejor y feliz 2011

Feliz 2011
Desde el laboratorio es muy oportuno desear un mejor y feliz 2011. Esperemos que sea al menos un poco mejor que este 2010. Sobre todo en el plano científico, que se ve venir un poco oscuro en nuestro país con la crisis en la que vivimos. Pero sin decaer. Ánimo a todos los que investigan y que no se deje de poner ganas en el trabajo científico, que es lo que realmente importa.
Este blog seguirá intentando divulgar el conocimiento científico de primera mano de los artículos publicados por los investigadores a nivel mundial junto con las experiencias y conocimientos propios en técnicas de biología molecular. Se completará con contenidos tecnológicos, fitness y ocio como se viene haciendo, pero sin comer espacio a la ciencia. Como siempre, está abierto a ideas y temas para mejorarlo. No dudéis en mandar un e-mail, comentarlo en el blog, página de Facebook o Twitter. Incluso ahora disponéis de un formulario de contacto en una de las páginas del blog.
Un saludo para todos y ¡¡A PASARLO BIEN EN ESTAS FIESTAS!!

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Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics‘), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el «tema» no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

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Semana de la ciencia 2010

Semana de la ciencia 2010
La semana del 8 al 21 de noviembre en León y Ponferrada se puede disfrutar de una de las actividades más interactivas en cuanto a la ciencia y tecnología se refiere: La semana de la ciencia.
Para este año se han enfocado en tres temas principales:
– Ciencia y tecnología de los alimentos: la ciencia en la cocina.
– Salud y calidad de vida.
– Biodiversidad.

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BioLinux 6.0


Este artículo lo escribo con cierta rabia e indignación, por debajo de la alegría de encontrar algo tan útil como este sistema operativo. Lo comento así porque llevo interesado en mejorar el estado de la bioinformática en este país (donde no hay una carrera o especialización como debería), ya que todos los estudios genéticos necesitan un soporte informático ya sea por un análisis de datos o por un estudio estadístico. Es como si los biólogos tuvieran miedo de meterse en la bioinformática. Pero lo curioso es que, en un congreso al que asistí este pasado verano, hablando distendidamente con grandes cargos de la sociedad española de genética ellos estaban también preocupados por el tema y discutimos la situación de este campo en España. La verdad es que somos pocos los biólogos que nos gusta trastear con los ordenadores y sacarles el máximo partido sin mandarles al carajo, pero la conclusión a la que llegamos es que deberían ser Biólogos y no informáticos los que desarrollaran una especialización en esta materia para poder adecuar mejor los datos a la realidad. Después de esta pequeña pataleta, el motivo de la entrada es mi «descubrimiento» de la nueva versión del sistema operativo Biolinux: la 6.0.
Esta distribución de Linux está basada en Ubuntu 10.04 y la desarrollaron para un público que necesita el uso de herramientas bioinformáticas para sus respectivos proyectos. El grupo que lo ha llevado a cabo es NERC Environmental Bioinformatics Centre y, para no tener que instalarlo de cero en usuarios que ya tengan Ubuntu en su ordenador, han posibilitado la instalación de todos los paquetes necesarios para que se transforme en BioLinux en cuanto a las aplicaciones se refiere. Esto es de gran ayuda puesto que muchos tenemos alojados en algún equipo ese sistema operativo y reinstalar de cero no es de mucho agrado.

La única desventaja es que toda la documentación al respecto está en inglés, pero es algo asumible y que viene siendo habitual. Así se tienen aplicaciones instaladas como el QTLcartographer o CLCsequence viewer, que sirven para mapeo genético y manejo de secuencias. Así también, está adaptado para búsquedas para análisis como Blast. De todas formas AQUÍ está un listado con los paquetes instalados de serie con su descripción.
Siempre que hablo con biólogos que no usan más que güindous sobre sistemas Linux, son un poco esquivos a la hora de instalarlos. No tenéis que instalar el sistema operativo para probarlo con todas las funcionalidades. Estas distribuciones Linux vienen en modo Live, que significa que tan sólo tendréis que iniciar el ordenador (ya sea Mac o PC) para que arranque en el CD ó DVD donde se encuentre la distribución y podréis comprobar la potencia de este software libre.

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Problemas con la bibliografía

Aplicaciones bibliográficas
Tras varios años como investigador me he topado siempre con un problema a la hora de escribir publicaciones y es el manejo de la bibliografía. Antes no se pensaba lo más mínimo en gestionar la bibliografía ayudándose de la informática más que para hacer listados para saber dónde se encontraban los papers o libros que servirían para completar un escrito. Ahora el volumen de la información es infinitamente superior. No hace falta escribir a un autor si se quiere tener su publicación. Las editoriales permiten la descarga, con «incentivos» o no dependiendo del artículo. Eso hace que se tengan que gestionar muchos más reseñas bibliográficas que antes.
Ahora bien, el problema llega a la hora de administrar todo lo recopilado. A la hora de descargar un artículo, en teoría viene etiquetado con un número de identificación llamado D.O.I. Esto facilita la clasificación ya que incluye en el archivo información como los autores, título, revista, año…etc. Pero no siempre es así. Debería ser un estándar a la hora de publicar on-line. Descartando este inconveniente de editarlo a mano, se pasa a añadirlo a la biblioteca de cada uno. Pues más vale editar cada artículo antes de guardarlo porque si no será un caos, ya que si te descargas el artículo suele tener un nombre tipo «fulltext.pdf» o «BMC124566.pdf», nombres nada intuitivos para saber de qué va el paper. Por lo tanto necesitamos un gestor de bibliografía.
He podido trabajar con 3 gestores distintos: Papers, End note y Mendeley. El primero es específico para Mac y los otros dos son multiplataforma.
EndNote fue el primero que pude probar. No permitía la importación rápida de los artículos y se tenía que añadir toda la información a mano. Pero tenía una ventaja y era la perfecta integración con Microsoft Word para ir añadiendo la bibliografía eligiendo el formato de la misma. Pero había notables diferencias en las versiones para cada Sistema Operativo. Como habréis notado, me he referido en pasado ya que lo dejé de usar porque cuando se añaden a la biblioteca más de dos o tres artículos al día es bastante cansado ir etiquetando todo para que se pueda clasificar el artículo. Además, no permitía la reordenación en directorios como ya veremos más adelante. A todo esto hay que añadir la pega de que costaba alrededor de 300€ la licencia básica.
Mendeley parecía una buena opción al ser gratuito y permitir la importación de los artículos asumiendo el D.O.I.. Sin embargo sigue sin poder organizar las carpetas contenedoras de las publicaciones a nuestro antojo y la búsqueda de nuevos papers requiere una configuración nada intuitiva (o poco «user friendly» ;-D) y tampoco permite una exportación de la reseña fácil para añadirla a nuestro documento final.
De esta forma sólo me queda Papers. Tiene una gran pega y es que no se puede elegir el modo de generar la cita como en EndNote. Me explico. End note tiene una característica muy buena y es que permite generar una cita bibliográfica con el estilo de la revista científica que se desee. Por lo menos así era antes. De esta forma y al publicar un artículo, siempre se cumplía con las normas dictadas por la revista en cuestión sin errores ya que existían actualizaciones cada cierto tiempo. En Papers sólo existe una forma de exportar (por método de «copiar y pegar» y también «arrastrando y soltando» donde se quiera) y que tiene el gran fallo de que no añade toda la lista de autores, si no que sólo genera una cita con el nombre del primer autor más la coletilla «et al.» (es una locución proeniente del latin et alii que significa literalmente «y otros» pero que puede ser traducida como «y colaboradores»). A parte de este GRAN fallo, es la mejor interfaz de todas. También hay que decir que lo diseñaron unos científicos. Pero de eso ya os hablé en ESTE ARTÍCULO. Sólo quería destacar que aquí permite manejar todo en la misma ventana: buscar en distintas bases de datos, gestionar y buscar artículos de la biblioteca de cada uno e importar datos D.O.I. siempre que estén incluidos en el archivo pdf, haciendo que tan sólo en un clic se tenga el paper clasificado y perfectamente localizable puesto que permite ordenar los directorios a nuestro antojo: por fecha, año, editorial, autor…etc y en el orden que se quiera. Lo mejor, es el precio: 34€. Digo lo mejor porque merece la pena probarlo y ver las diferencias con Mendeley, que es el único que permite competencia por precio.
Lo bueno que tienen todos los gestores que he comentado es que el etiquetado del pdf permitirá siempre importar el paper a uno u otro software asumiendo toda la información. Siempre hago la misma comparación pero así se entiende mejor: es igual que la información que tienen los archivos de música que se ven en el display de los reproductores de mp3, detallándose la canción, autor, álbúm, letra…etc. pero en términos bibliográficos.
Al final de todo me he quedado con mejores sensaciones que años atrás, pero que me dejan mal sabor de boca. Parece que están jugando con nosotros. No se genera la aplicación definitiva de gestión bibliográfica y es muy, pero que muy necesario para que no se haga pesado el manejo de todos los artículos y lograr un mejor avance en ciencia.

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