Jugando a alinear secuencias con Phylo

Por | Diciembre 9, 2010

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics‘), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo

Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko


4 interacciones en “Jugando a alinear secuencias con Phylo

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  2. avatarJuan

    ¿A tí cómo te ha ido? Yo le he echao un par de ratillos y la cuenta atras siempre se me acaba antes de poder acabar.
    Me estaba extrañando que no escribieras sobre el jueguito este. jeje.
    Un saludete Doc

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  3. doctorGENoma Post author

    @Juan: Pues si te digo la verdad, hice tres alineamientos para enseñárselos a la familia y luego lo dejé. Pero eso del timer me pasaba a mi también, jajaja. He jugado poco. Todos los días me toca hacer alineamientos. Y más ahora con la revisión de resultados para la tesis. Así que sería un “poco obsesivo-compulsivo” jugar mucho a ello, ¿no crees? ;-P.
    Pero está genial que al menos se dedique un jueguecito de estos de vez en cuando a nuestro colectivo. Muchas gracias por la información y abrazo desde el laboratorio 😉

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