Listados de primers con AmplifX

Por | marzo 31, 2010

Hace un tiempo expliqué algo sobre esta aplicación llamada AmplifX. Indagando un poco, he logrado sacarla un poco más de provecho al solucionar un problema. Disponía de una colección de primers o cebadores para hacer reacciones prueba de PCR y las temperaturas de anillamiento para programar los termocicladores se habían extraviado con los apuntes de una antigua compañera en el laboratorio. El problema es que eran más de 100 parejas y no quería ir secuencia por secuencia analizando las temperaturas de cada uno. Sin embargo con AmplifX pude ver las Tm para cada primer y poder así diseñar los programas. En el vídeo-ejemplo que he generado a continuación, os muestro cómo se haría para un total de 10 parejas, pero se puede hacer con el número que se quiera. El único problema estriba en la colocación del orden de las secuencias y los nombres. Y siempre debe haber una tabulación entre esos datos, cosa que con una hoja de cálculo es automático ese formato entre celdas. Aquí os lo dejo.

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Espero que os haya gustado. Si tenéis dudas, comentádmelas.

Escuchando: El silencio de la tarde de Miércoles Santo en la Universidad.


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  3. avatarumla

    sirve para diseño de primers? es free? de todas formas voy a ver si lo encuentro y me lo bajo. Muchas gracias, puede ser realmente util!!!

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    1. avatardoctorGENoma Post author

      Hola, Umla! Siento la tardanza por contestar, pero las vacaciones llegaron al laboratorio. En cuanto a tus preguntas, sí que sirve para diseñar primers. Debes tener la secuencia (no he probado varios formatos, pero en fasta va bien). Yo nunca lo he llegado a utilizar, pero no tiene mala pinta. Cuando yo me lo bajé, sí que era libre. Ya tiene casi un par de años, pero puedes probarlo a descargar desde el artículo inicial sobre el programa. Al final hay un enlace, que ahora lo tengo corregido. Hay versión para Mac y también para Windows. Suerte y ya me contarás si haces pruebas. Muchas gracias por el comentario.

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