Mi experiencia en la supercomputación con Caléndula

Imagen de la parte externa del supercomputador Caléndula

Tras algún intento de probar la supercomputación para mi tesis doctoral, finalmente he podido tener acceso al servicio prestado por la Fundación del Centro de Supercomputación de Castilla y León donde pude disfrutar de darle a los comandos para usar algún que otro core de Caléndula, que así se llama el “monstruo” en cuestión.

Imagen de la parte interior de uno de los clústeres de cálculo de Caléndula. Pulsar para ampliar.

Parte interior de uno de los clústeres de cálculo de Caléndula. Pulsar para ampliar.

Blog de laboratorio en Innova

Imagen de la cabecera del suplemento Innova donde aparece Blog de laboratorio
En el suplemento Innova del ejemplar de hoy del Diario de León, Blog de laboratorio aparece en la sección dedicada a la divulgación científica. Se puede saber un poco más de lo que hay detrás del “Doctor Genoma”, datos de los locos por la ciencia y la tecnología que leéis el blog e incluso sobre ciertos proyectos de divulgación científica que traspasan la blogosfera para atacar a la podcastfera.
Sin más, os animo a adquirir un ejemplar del períodico. Y si no podéis por la distancia, también se puede obtener uno con sus suplementos incluidos mediante el portal Kiosko y más.

Nuevo chip para análisis ultrarrápidos de ADN

Nuevo Chip para la detección ultrarrápida de SNPs
Durante los últimos años la tecnología ha permitido avanzar en el análisis de muestras de ADN de una forma increíble. Dejando a un lado la secuenciación masiva tanto de organismos únicos cómo a nivel metagenómico, el uso de chips siempre ha estado presente. Los más conocidos son los microarrays y puede que más de uno haya utilizado sistemas de detección de variaciones del ADN como el Experion. Dichos sistemas permiten el análisis para la detección de enfermedades e incluso su tratamiento observando el patrón de expresión.
En esta ocasión la firma japonesa Panasonic junto con los laboratorios belgas IMEC, han desarrollado un chip que permite el análisis del ADN procedente de muestras sanguíneas y que se destinará (según dicen ellos) para el tratamiento de ciertas enfermedades al detectar las variaciones de un sólo nucleótido (SNPs) de nuestro ácido desoxirribonucléico. Lo curioso es que aseguran que todo el proceso se realiza en 1 hora con la consecución de 30 ciclos de PCR en tan sólo 9 minutos. A continuación dejo un vídeo del producto en cuestión donde nos los explican casi todo:

Los genes nuevos no son tan raros

Imprimiendo un análisis de ADN
Es más fácil copiar algo que desarrollar algo nuevo. Un principio que se creyó durante mucho tiempo y que se aplica también a la evolución de los genes. De acuerdo con esto, la evolución copia genes existentes y entonces se asignan nuevas tareas a las copias. Sin embargo, los científicos del Instituto Max Planck de Biología Evolutiva en Plön han revelado ahora que los nuevos genes se forman a partir de cero frecuentemente. Sus análisis en genes de ratones, seres humanos y peces han demostrado que los genes nuevos son más cortos que los antiguos y más simples en estructura. Estas y otras diferencias entre los genes jóvenes y viejos indican que nuevos genes también se pueden formar completamente a partir de regiones del genoma correspondientes a zonas no codificantes anteriormente. Por otra parte, los nuevos genes a menudo utilizan elementos reguladores existentes en otros genes antes de originarse.

¡Queremos más dibujos animados!

Eraseunavezlavida-ADN
Ahora que he pasado a la etapa de padre, parece mentira que tenga que preocuparme en conseguir una serie de dibujos animados de los años ochenta para que mi hijo disfrute y aprenda de algo tan cercano cómo es su propio cuerpo.
Los que seáis tan viejunos como yo os habrá venido rápidamente a la cabeza la serie “Érase una vez la vida” donde se mostraban los entresijos del funcionamiento del cuerpo humano. Desde el comienzo de la vida, pasando por la fecundación y siguiendo por todos los sistemas del cuerpo humano.
Si sé que al menos la didáctica básica si que la cumplen todos los nuevos dibujos (aunque de dibujo ya tengan poco), pero mi parte científica siempre intenta mostrar al pequeño humano de la casa lo que nos rodea y saber más sobre el propio cuerpo. Es de lo más divertido. Y ya no digamos toda la serie con “Érase una vez el hombre” o “Érase una vez los inventores” (y si os queréis sorprender, visitad esta entrada de la Wikipedia porque yo desconocía alguna de esas series). Lo curioso es que mi mochuelo de casi 3 años se queda literalmente pegado observando estas series. Sobre todo la dedicada al cuerpo humano. Tanto los dibujos como la música lo inquietan. Y pregunta. Y vemos la serie juntos, comentando y aprendiendo.
Pero ¿por qué no hacen un hueco las cadenas para volverla a emitir? ¿no interesa? Es mejor atontarles con animaciones coloristas de dibujos esponjosos. En mi casa seguirán habiendo esos dibujos animados divulgativos tan geniales como los de estas series (o los del Dinotren, por decir uno que también nos encanta). Repito, no digo que TODOS los dibujos sean para atontar. Pero meter más de este estilo, que enseñen ciencia, podría ayudar a espabilar esas mentes en potencia.

¿Haremos viajes interestelares?

¿Quién no ha fantaseado alguna vez con viajar por el espacio y hacer viajes interestelares? Ya sea por escritos de ciencia ficción como por la mera imaginación humana, mirar a las estrellas deriva en pensar un “pelín” más allá. Y ya no digamos lo que pasa en la cabeza de científicos como yo que, por nuestra naturaleza inquieta, nos llama la atención todo lo que puede depararnos el Universo (o Universos).
Estos días con el revuelo cósmico de meteoritos y asteroides y mi intento fallido de acabar un curso de Astrobiología (no es que no tuviera tiempo, es que ese curso me aburría muuucho), me vino a la cabeza un vídeo que pude disfrutar hace tiempo. Rebuscando en mi historial he podido dar con él y siempre es mejor un buen archivo multimedia que muchas palabras que leer. Y encima de la calidad del documento, el chico vocaliza espléndidamente. Sin más, abróchense los cinturones y asombraos (o no) de lo lejos que estamos de dar al botón de velocidad interestelar.

What is DNA?

De vez en cuando te topas con pequeñas joyitas divulgativas como esta. Si queréis, podéis activar la traducción de los subtítulos. No va demasiado mal. Aunque recordad, el ADN no siempre codifica proteínas. Ni mucho menos. Eso se lo dejaron en el tintero. Aunque a mi me vale como genetista que cualquier persona a la que preguntara en la calle “¿qué es el ADN?” supiera lo que se dice aquí ;D.

Youtube sirve para más cosas que para ver gaticos y monetes ;D

Regala JoF por Navidad

Imagen de Blog de laboratorio repartiendo Journal of Feelsynapsis
Journal of Feelsynapsis (JoF para los amigos) es una revista de divulgación científica multidisciplinar y gratuita. ¿Quién podría resistirse a regalar algo tan rico y barato estas navidades?. Pues es lo que animo a todo el mundo desde aquí. Enviad y difundid conocimiento de forma original entre todos los que podáis. Y no hay cosa más sencilla que “el golpe de clic”. Yo ya tengo apalabrados con Papá Noel y los Reyes Magos varios envíos cargados de ciencia. Familiares, amigos y conocidos tendrán un regalito estos días: CULTURA.

Accede a todos los números de Journal of Feelsynapsis

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Para todos los que queráis seguirme repartiendo regalos, AQUÍ TENÉIS EL ENLACE DEL PORTAL CON TODAS LAS REVISTAS PUBLICADAS. Podéis elegir los formatos en Alta calidad o Smartphone. Con el número 7 se ha cumplido un año desde su primera publicación, así que la fiesta es doble.
¡FELICES FIESTAS A TODOS! ;D