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Listados de primers con AmplifX

Hace un tiempo expliqué algo sobre esta aplicación llamada AmplifX. Indagando un poco, he logrado sacarla un poco más de provecho al solucionar un problema. Disponía de una colección de primers o cebadores para hacer reacciones prueba de PCR y las temperaturas de anillamiento para programar los termocicladores se habían extraviado con los apuntes de una antigua compañera en el laboratorio. El problema es que eran más de 100 parejas y no quería ir secuencia por secuencia analizando las temperaturas de cada uno. Sin embargo con AmplifX pude ver las Tm para cada primer y poder así diseñar los programas. En el vídeo-ejemplo que he generado a continuación, os muestro cómo se haría para un total de 10 parejas, pero se puede hacer con el número que se quiera. El único problema estriba en la colocación del orden de las secuencias y los nombres. Y siempre debe haber una tabulación entre esos datos, cosa que con una hoja de cálculo es automático ese formato entre celdas. Aquí os lo dejo.

Ver vídeo en Vimeo
Espero que os haya gustado. Si tenéis dudas, comentádmelas.

AmplifX

Estamos ante un programa muy básico que permite simular PCRs y así permite verificar que los primers diseñados para amplificar una secuencia específica, están bien construidos. Esta aplicación permite guardar los primers a modo de base de datos. Así se pueden tener varias parejas de cebadores guardadas y probar con varios fragmentos de ADN secuenciados para probar la reacción de amplificación.

Tiene una funcionalidad añadida: informa sobre la teórica temperatura de anillamiento óptima para llevar a cabo la amplificación de forma específica. Sin embargo es mejor seguir con las indicaciones habituales que seguir esta recomendación (lo he podido comprobar en amplificaciones específicas). Así también, al añadir la pareja de cebadores, muestra un diálogo que comenta la temperatura de fusión, porcentaje de c+g o la estabilidad del extremo 3’ entre otros parámetros.
Es otra herramienta que puede facilitar algo el trabajo del laboratorio.