No existe el genoma de la leucemia

En el momento en el que me llegó la noticia vía Twitter, mi primera impresión fue de extrañeza ante el titular, ya que una de las cosas que se aprende en la carrera (y en mi caso la idea quedó más arraigada ya que me dedico a ello) es que el genoma es el conjunto de información genética que contiene un organismo en particular. Pero me importaba más leer el artículo científico y no di más importancia al tema al asociarlo a los medios de comunicación, que suelen buscar llamar la atención. En general, el titular era «se ha secuenciado el genoma de la leucemia».
Por falta de tiempo no pude más que leer el artículo del que se hablaba en todos los medios y me sumergí en él sin volver a pensar en ello más de lo que comenté con los de mi entorno el primer día. Sin embargo pude leer el artículo del blog La muerte de un ácaro (que recomiendo la suscripción) que relata perfectamente lo sucedido. Voy a citar la explicación sencilla de por qué no es correcta la afirmación de «secuenciar el genoma de la leucemia» (extracto del artículo del blog «La muerte de un ácaro»)

[…]Secuenciar es obtener el orden de los nucleótidos de un fragmento de ADN. Es eso de: ATTCGGCCT pero mucho más largo. Para secuenciar necesitamos un poco de material genético o por contra todo el genoma. El Genoma no es otra cosa que la información genética que posee un organismo (o sus mitocondrias). La Leucemia Linfática Crónica (LLC) es una enfermedad de la sangre que afecta a los glóbulos blancos. No está provocada por un virus, una bacteria o un protozoo. No hay un “ente biológico” susceptible de ser capturado, estudiado y secuenciado (como sí que se puede hacer con el SIDA o el Chagas por poner un par de ejemplos). Decir que se ha secuenciado la leucemia es exactamente lo mismo que decir que se ha secuenciado la calvicie.[…]

Además, en el blog de Emilio Cervantes (Científico Titular del CSIC (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) en el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca) titulado Biología y pensamiento hace mención a lo mismo que se escribe aquí y en «La muerte de un ácaro». Citaré una parte del artículo más que aclaratoria:

[…]El ICGC es un consorcio internacional dedicado al estudio del cáncer en el que participan grupos de investigación de diversos paises. Según explica en su web, y en un detallado artículo en la revista Nature, su objetivo es lanzar y coordinar un gran número de proyectos de investigación para esclarecer los cambios presentes en los genomas de pacientes que presentan diversas formas de cáncer. (Tales cambios en los genomas pueden ser, como en el artículo indicado más abajo, lo que siempre se llamó mutaciones, y afectan a determinados genes o secuencias particulares del genoma; ni una mutación, ni un cambio constituye un genoma nuevo).
Algunos grupos españoles participan en particular en el análisis de la Leucemia linfocítica crónica (CLL) y su objetivo explicado en la web es obtener un catálogo completo de las alteraciones genéticas en 500 tumores independientes. A tal fin se ha publicado recientemente en Nature el artículo titulado Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia.
Es un disparate indicar como la mayoría de las noticias vienen haciendo que se haya secuenciado el genoma de la Leucemia. La leucemia es una enfermedad y como tal carece de genoma.
Lo que se ha hecho es secuenciar el genoma de pacientes con leucemia identificándose ciertas mutaciones. Algunas de ellas se asocian con determinados genes.[…]

[…]Pero convendría también recordar que ningún genoma ni humano, ni de metazoos ha sido secuenciado en su totalidad. En todos los proyectos de secuenciación de genomas existen huecos correspondientes a los centrómeros, heterocromatina y otras regiones ricas en secuencias repetidas.
El trabajo publicado y al que hacen referencia las noticias consiste en el primer análisis exhaustivo de la CLL, combinando la secuenciación del genoma con características y resultados clínicos. Se destaca la utilidad de este enfoque para la identificación de mutaciones clínicamente relevantes en el cáncer.
No se secuencia el genoma de la leucemia. La leucemia no tiene genoma.[…]

Después de exponer todo lo anterior, creo que queda claro tanto la definición de GENOMA como el por qué de el error en la afirmación de los titulares.
He podido saber que todo fue un cúmulo de situaciones y el error ya está subsanado, como se puede comprobar en la nueva nota de prensa del CSIC y CNB.
Espero que, como me ha pasado a mi, lo que realmente haya llegado a la gente no sea este error sino el avance científico que supone la detección de nuevas mutaciones en genes responsables de un cáncer. Eso es lo que importa.

[Nota: Quiero agradecer al equipo de Noticias del CSIC y CNB por ayudar a esclarecer los hechos y demostrar su gran profesionalidad para asegurarse de que se haya divulgado correctamente el estudio sobre la leucemia linfocítica crónica]

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Fumar arriesga el ADN en sólo 15 minutos

Bueno, creo que no está de más ayudar al conjunto de fumadores que no encuentra una verdadera motivación para dejar su vicio. Y más ahora con la ley antitabaco en vigor. El estudio que voy a comentar a continuación se puede resumir en una frase: la inhalación de humo de los fumadores regulares produce ciertos productos químicos que generan daño genético asociado con el cáncer.

Si todavía y después de todos los estudios científicos (Repito. Estudios científicos, avalados por científicos y contrastados por la comunidad científica. No son chorradas tipo Leyendas urbanas) la gente no quiere dejar de fumar, pues este estudio demuestra lo arriesgado que es ser fumador. Los Hidrocarburos aromáticos policíclicos son moléculas químicas que están presentes en el humo del tabaco. En el cuerpo humano, esos hidrocarburos forman parte de metabolitos que actúan dañando el ADN y que están relacionados con la generación de ciertos tumores.

Stephen Hecht y colaboradores de la Universidad de Minnesota en Estados Unidos preguntaron a varios pacientes que tenían en común un historial de fumador regular si querían probar a fumar cigarros con Fenantreno, que es un hidrocarburo aromático policíclico que sí se une al ADN pero que no ocasiona daño tumoral. De esta forma, y siempre cuidando que no les ocasionaban daño genético, se fueron analizando a diversos tiempos antes, durante y después del consumo del tabaco la velocidad en la producción de metabolitos generados a partir del fenantreno en el cuerpo de cada paciente.
La producción de esos metabolitos (análogos a los que pudieran generar daño al ADN) tuvo un pico máximo al cabo de entre 15 y 30 minutos después de la inhalación del humo, sugiriendo que un fumador habitual puede arriesgar su material hereditario dentro de ese periodo de tiempo.

Formación de metabolitos causantes de cáncer por fumar
Formación de metabolitos derivados del fenantreno y análogos a los causantes de daño genético. Gráfica perteneciente al artículo científico referido.

La gente sigue siendo reacia a dejar este vicio, pero deben pensar ya no en ellos mismos, sino en los fumadores pasivos. Esto es algo que el ser humano sigue sin entender y es muy triste que alguien pueda generar un daño irreparable a sus hijos «sin querer». Y encima seguir defendiéndose con respecto al resto de no fumadores.

Referencias: Yan Zhong, Steven G. Carmella, Pramod Upadhyaya, J. Bradley Hochalter, Diane Rauch, Andrew Oliver, Joni Jensen, Dorothy Hatsukami, Jing Wang, Cheryl Zimmerman, Stephen S. Hecht. (2010) Immediate Consequences of Cigarette Smoking: Rapid Formation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Diol Epoxides.
Chemical Research in Toxicology

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El sentido común en el laboratorio

Desde que estoy metido en un laboratorio, muchos «novatos» han pasado delante de mí y siempre les digo lo mismo: Usa el sentido común y todo irá bien.

Campana de flujo laminar
Campana de flujo laminar
Aunque sea tan obvio, los nervios ocasionan errores y en un laboratorio no se pueden borrar como se da a la tecla suprimir en el ordenador. Hay errores peligrosos y otros que no son tan peligrosos en una primera vez pero que la reincidencia ocasiona efectos muy graves. En un laboratorio se está rodeado por compuestos tanto líquidos como sólidos como gaseosos que, en muchos casos, son inestables. ¿Qué se haría con un poco de sentido común? Pues leer las etiquetas, advertencias de seguridad y manipulación y, sobre todo, respetar al producto tanto para lo bueno como para lo malo: ese producto seguramente va a ser utilizado por otras personas que, al igual que tú, «intentarán» utilizarlo de una manera correcta. Por ejemplo, se usa una campana de flujo laminar como la que podéis ver en la foto. Generalmente cada investigador tiene su propio kit de trabajo con sus medios, placas, micropipetas…etc., pero el lugar de trabajo es común. ¿Qué os sugiere comenzar a trabajar ahí?. Se trata de mantener un ambiente lo más limpio posible para que no haya contaminaciones, así que la limpieza es crucial antes, durante y después de trabajar. Pero pueden suceder problemas durante el trabajo como vertidos o incluso deflagraciones por un mál uso de los mecheros. En todos esos casos hay que seguir unas normas de seguridad que se basan en ese sentido común como apartarse, no expandir el problema, llamar a los técnicos en caso de deterioro de la maquinaria…etc. Desde fuera parece normal seguir las normas, pero no es así en muchos casos. Y más aún en lugares como en el que trabajo donde la gente suele utilizar equipos sin tener un control directo de sus jefes. No es poco habitual encontrarse las superficies sucias, filtros obstruídos y campanas abiertas sin apagar durante un día entero por «no tener responsabilidades directas» en el uso de los aparatos.
Instrucciones de uso del transiluminador
Instrucciones de uso del transiluminador
Vamos con otro ejemplo: el uso del Bromuro de Etidio. Este compuesto es altamente MUTAGÉNICO, vamos que puede producir CÁNCER. Siempre se ha de tener muy claro cómo se utiliza y dónde. Generalmente hay cuartos preparados para la manipulación, pero en ocasiones hay que trasladar ciertos materiales de una habitación a otra para un correcto análisis. ¿Es tan difícil mantener los materiales contaminados en su sitio sin contaminar otras zonas? Pues desde el sentido común es muy sencillo pero la mente humana es muy pero que muy torpe para mantener a raya estas peligrosidades. Aún poniendo muy pero que muy visibles las normas de uso, que más se parecen a unas instrucciones para niños de 3 años (sólo falta llevarles de la manita y decirles «muy bien, guapo/a. Toma un caramelito») se encuentran cubetas, cintas e incluso guantes en mesas que «estaban» limpias y que ahora hay que desconfiar. Para la gente que no esté familiarizada, el Bromuro de etidio es un compuesto que se comercializa en polvo o en líquido y que se utiliza en el laboratorio para visualizar las bandas de geles ya que bajo la luz ultravioleta se pueden obtener imágenes para el análisis. Su acción es intercalarse entre las moléculas de ADN, por lo tanto ese efecto puede darse igualmente en las células de la piel, por ejemplo, si se entra en contacto con ello. Nosotros intentamos mantener nuestro laboratorio particular como un búnquer alejado de contaminaciones, pero hay sítios que pueden llegar a parecer una discoteca al pasar una lámpara ultravioleta. Menos mal que los tenemos localizados. A no ser de que vuelvan a no seguir ese sentido común.
Estos han sido un par de ejemplos muy sencillos a los que se suelen sumar infinidad de ellos dependiendo de los laboratorios (o cualquier lugar de trabajo en el que se requiera cierta seguridad) y la actividad que se lleve a cabo en ellos. Lo único que pido a todos los «newbies» es que TRABAJEN CON SENTIDO COMÚN. Que no es tan difícil.
Si tenéis algún comentario, no dudéis de ponerlo en común tanto aquí, como en la página de Facebook o por Twitter.

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Nanopartículas magnéticas en la lucha contra el cáncer

Células tumoralesDesde hace unos años se está trabajando con la nanotecnología para intentar batir a las células tumorales de forma definitiva. Un equipo de científicos del Instituto Tecnológico de Georgia y del Instituto para la lucha contra el Cáncer Ovárico ha perfeccionado un nuevo tratamiento potencial contra el cáncer. Se trata de la utilización de nanopartículas magnéticas que se adhieren a las células cancerosas para conseguir moverlas y dirigirlas para su posterior eliminación.
Como gran parte de los avances, en un comienzo estas partículas fueron diseñadas para la lucha contra virus y bacterias en otras enfermedades. En un primer estudio, John McDonald y Ken Scarberry ( profesores de la Escuela de Biología del Instituto Tecnológico de Georgia) aplicaron a las células cancerosas de los ratones una etiqueta verde fluorescente, y colorearon de rojo las nanopartículas magnéticas. Luego, usando un imán, consiguieron mover las células verdes cancerosas a la región abdominal. Ahora McDonald y Scarberry han demostrado que la técnica magnética también funciona con las células cancerosas humanas.
La nueva técnica está diseñada para filtrar la sangre o el fluido peritoneal y eliminar esas células cancerosas, por lo que se espera que aumente la longevidad de los pacientes al impedir la constante diseminación metastásica del cáncer.
No olvidemos que, a menudo, la letalidad del cáncer no se debe al tumor original sino al surgimiento de tumores distantes del tumor primario, provocados por células cancerosas que se diseminan por otras partes del cuerpo. Las células tumorales ambulantes son tan peligrosas porque pueden implantarse en sitios distantes dando lugar a los tumores secundarios.
Esperemos que este y otros avances se lleven a buen término y no haya trabas burocrático-financieras de por medio que lo hundan.

Fuente: Georgia Institute of Technology

Escuchando: Macníacos número 65

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Dieta mediterránea aliada contra el cáncer

Se ha podido demostrar que la dieta mediterránea ayuda a prevenir el cáncer de cólon. El estudio ha incluido 485.044 personas de entre 35 y 70 años procedentes de diez países europeos. Se hizo un seguimiento de los participantes durante cerca de nueve años y se recogieron datos sobre su dieta y estilos de vida.
Todos recibieron una puntuación del 0 al 18 según su adherencia a la dieta mediterránea: elevado consumo de fruta, verduras, cereales, legumbres, frutos secos, pescado y aceite de oliva, moderado consumo de alcohol y bajo consumo de lácteos y carne.
Después de nueve años de seguimiento, 449 personas desarrollaron cáncer gástrico. Según el estudio, los individuos con una mejor puntuación, es decir, con mayor adherencia a la dieta mediterránea, tenían un 33% menos de posibilidades de desarrollar este tipo de tumores que aquéllos con peor puntuación. El trabajo también concluye que cada punto de más, lo que implica unos cambios mínimos en la dieta, confiere un 5% más de protección.
Este proyecto en el que han participado un grupo de científicos del Instituto Catalán de Oncología (ICO) y del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL), liderado por Genevieve Buckland y Carlos A. González, se publica en ‘American Journal of Clinical Nutrition’.
Me encanta saber que comer bien en España tiene sus frutos. Por cierto, me rugen las tripas. Voy a practicar un poco de profilaxis.

FUENTE: American Journal of Clinical Nutrition, online 9 de diciembre del 2009.

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Hadrones para curar el cáncer

Instalaciones del Gran Colisionador de Hadrones del CERN en Ginebra (Suiza)
Desde que se pudo utilizar la energía de los rayos X para combatir las células cancerígena ha habido el problema de dirigir eficientemente esos rayos contra las células tumorales. Los rayos X pueden originar daños igualmente a las células malignas como a las colindantes que están sanas. Y eso es más peligroso cuando se encuentran cerca de órganos vitales.
La posibilidad de manejar los hadrones (es una partícula subatómica que experimenta la interacción nuclear fuerte. Los neutrones y protones son ejemplos de hadrones) para dirigirlos contra las células mutadas puede ayudar bastante en el tratamiento de diversas enfemedades cancerígenas.
Lo malo de todo esto es el gasto que conlleva: 100 millones de euro es el coste aproximado de una instalación típica. En Europa hay 9 y en Estados Unidos otros 5. Aunque se sabe que en Valencia se está comenzando a desarrollar un grupo de investigación en el que se construiría un colisionador para los estudios del cáncer. Según tengo informado, ya han recibido este tipo de terapia unos 80.000 pacientes en todo el mundo que sufrían, en su mayoría, problemas en los ojos. Sin embargo se tienen unas declaraciones de un paciente mediático en EE.UU.: “No sentí náuseas ni sufrí quemaduras por la radiación, y la terapia duró menos de dos minutos”, dijo Stan Jordan, congresista de Florida, que recibió terapia de protones para un cáncer de próstata avanzado en el Instituto de Prototerapia de la Universidad de Florida, en Shands Jacksonville.
Os podéis descargar este artículo en formato pdf donde explican un poco el desarrollo de esta técnica. Está en inglés, pero es bastante gráfico.
Más fusiones científicas en favor de la vida. Esto me empieza a gustar.

Fuente: Popular Science

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El gen suicida contra el cáncer

Y la noticia es «Made in Spain». El equipo de investigación del Departamento de Anatomía y Embriología Humana de la Universidad de Granada ha demostrado la posibilidad de reducir las dosis de los fármacos dedicados a la lucha contra el cáncer al usarse en combinación con terapia génica gracias al gen suicida E. Este gen provoca la muerte celular de las células tumorales que originan el cáncer de pecho, pulmón y de colon y previene además su crecimiento. Según dice Ana Rosa Rama Ballesteros, investigadora que ha llevado a cabo el estudio, el gen E induce la apoptosis (muerte celular) a través de daño en las mitocondrias de estas células tumorales. Los primeros estudios realizados han demostrado que se puede reducir hasta 100 veces la dosis de los fármacos utilizados en la quimioterapia combinados con la terapia génica, obteniéndose una inhibición del crecimiento tumoral de hasta un 21% en el caso del cáncer de pecho.
Vamos por el buen camino.
Referencias: Antonia Aránega Jiménez. Departamento de Anatomía y Embriología Humana de la Universidad de Granada.

Escuchando: Lista de reproducción Lounge de Jamendo.com

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Tomorregulina, ¿represor tumoral?

Se están abriendo nuevos campos en el estudio del cáncer. La universidad de Santiago de Compostela y gracias al grupo liderado por Anxo Vidal Figueroa, ha estudiado esta proteína. La tomorregulina (Tmeff2), una proteína transmembrana que es segregada como hormona, encuentra disminuida su expresión en diferentes tipos tumorales, como el cáncer colorrectal, uno de los que provoca mayor mortalidad después del cáncer de pulmón. Se descubrió que la proteína se vuelve inactiva en los estadios iniciales del cáncer.
Por ahora el estudio se encuentra en análisis preclínicos observando la acción de la sobreexpresión del gen en ratones transgénicos.

Fuente: USC

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