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Mi experiencia en la supercomputación con Caléndula

Imagen de la parte externa del supercomputador Caléndula

Tras algún intento de probar la supercomputación para mi tesis doctoral, finalmente he podido tener acceso al servicio prestado por la Fundación del Centro de Supercomputación de Castilla y León donde pude disfrutar de darle a los comandos para usar algún que otro core de Caléndula, que así se llama el “monstruo” en cuestión.

Imagen de la parte interior de uno de los clústeres de cálculo de Caléndula. Pulsar para ampliar.

Parte interior de uno de los clústeres de cálculo de Caléndula. Pulsar para ampliar.

Nuevo secuenciador: HiSeq 2000

Seq2000

Esta semana ha sido presentado el nuevo “next-generation DNA sequencing method”, que ya se ha clasificado como de segunda generación: el Seq2000. Es de Illumina. Hay dos cambios importantes. El aumento del número de datos obtenidos pasa de 3Gb de datos por análisis a 200Gb. Y el área de análisis también se ha aumentado considerablemente. Eso es lo que se ha publicado recientemente. Pero he podido comprobar que el manejo de datos y análisis posterior podría generar problemas de tamaño, ya que incluso se comenta que para trabajar sin restricciones se deberían tener discos duros de 32 Terabytes. Alucinante.
La interfaz con el usuario también ha sido mejorada, pudiendo introducir datos mediante teclado o también gracias a la pantalla táctil.
Los precios de los que se hablan es de 650.000$ por el secuenciador y 10.000$ por los componentes y todo lo necesario para su funcionamiento. Lo bueno es que parece que hay cierta subvención a los propietarios de los aparatos Illumina anteriores a este.
Todavía no se habían instaurado los “antiguos” secuenciadores y ya hay más novedades. Y lo mejor creo que está por llegar en breve.

Fuente: Pathogenomics