El semen para la cura de la diabetes tipo 1

kit para inyectar la insulinaAnte de nada hay que refrescar la memoria sobre qué es la diabetes. La diabetes mellitus es un conjunto de trastornos metabólicos que afecta a diferentes órganos y tejidos, dura toda la vida y se caracteriza por un aumento de los niveles de glucosa en la sangre: hiperglucemia. Es causada por varios trastornos, incluyendo la baja producción de la hormona insulina, secretada por las células β del páncreas, o por su inadecuado uso por parte del cuerpo, que repercutirá en el metabolismo de los carbohidratos, lípidos y proteínas.

Los síntomas principales de la diabetes mellitus son emisión excesiva de orina (poliuria), aumento anormal de la necesidad de comer (polifagia), incremento de la sed (polidipsia), y pérdida de peso sin razón aparente. La Organización Mundial de la Salud reconoce tres formas de diabetes mellitus: tipo 1, tipo 2 y diabetes gestacional (ocurre durante el embarazo), cada una con diferentes causas y con distinta incidencia.
La diabetes de tipo 1 corresponde a la llamada antiguamente Diabetes Insulino dependiente o Diabetes de comienzo juvenil. Se presenta mayoritariamente en individuos jóvenes, aunque puede aparecer en cualquier etapa de la vida, y se caracteriza por la nula producción de insulina debida a la destrucción autoinmune de las células β de los Islotes de Langerhans del páncreas mediadas por las células T.
La diabetes de tipo 2 se caracteriza por un complejo mecanismo fisiopatológico, cuyo rasgo principal es el déficit relativo de producción de insulina y una deficiente utilización periférica por los tejidos de glucosa (resistencia a la insulina), esto quiere decir que los receptores de las células que se encargan de facilitar la entrada de la glucosa a la propia célula están dañados. Se desarrolla a menudo en etapas adultas de la vida, y es muy frecuente la asociación con la obesidad; anteriormente llamada diabetes del adulto o diabetes relacionada con la obesidad. Varios fármacos y otras causas pueden, sin embargo, causar este tipo de diabetes.
La diabetes gestacional (también llamada diabetes del embarazo) aparece durante la gestación en un porcentaje de 1% a 14% de las pacientes, y casi siempre, debuta entre las semanas 24 y 28 del embarazo. En ocasiones puede persistir después del parto y se asocia a incremento de trastornos en la madre (hipertensión o presión arterial elevada, infecciones vaginales y en vías urinarias, parto prematuro y cesárea) y daños graves al bebé (muerte fetal o macrosomía, esto es, crecimiento exagerado del producto debido a que está expuesto a mayor cantidad de glucosa que la habitual —esto se debe a que estimula su páncreas y segrega abundante insulina que contribuye a incrementar su desarrollo—, lo que puede generarle lesiones al momento de pasar por el canal de parto).
Existe un trabajo de investigación publicado a finales del año pasado en el que se han obtenido pruebas satisfactorias al sustituir las células pancreáticas en individuos con diabetes mellitus tipo 1 con células provenientes de la producción de esperma y que no hace falta tratarlas para convertirlas en pluripotentes (células madre con la capacidad de formar cualquier tipo celular proveniente de las 3 capas de origen embrionario, pero no un organismo completo). Pero en esta ocasión no voy a desvelar todo el estudio escribiéndolo. Os animo a conocer más sobre este avance escuchando el podcast en el que se habla de ello: el podcast «La media hostia». Con ese nombre ya es atractivo curiosear sobre su contenido y en este penúltimo episodio trata de este avance en la cura de la diabetes. Os dejo el enlace al blog del podcast y el audio por si queréis escucharlo desde aquí directamente.
Audio del podcast La media hostia sobre el semen como cura para la diabetes tipo 1

Escuchando: Podcasts con tono navideño…aún.

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Nexus One, impresiones y comparativa con iPhone 4

Review Nexus One y iPhone 4
Esta vez voy a empezar el año con algo que he podido experimentar durante un tiempo y que me ha facilitado mucho la gestión de todo lo que hago. Se trata del Nexus One. Además, al final, haré una ligera comparativa con el iPhone 4 ya que he podido trastear con uno bastante. Empecemos.

NEXUS ONE

Después de trotar este teléfono durante los últimos 5 meses, creo que ya puedo hacer una review en condiciones y, lo más importante, muy pero que muy objetiva.
Cuando me llegó el teléfono gracias a un grandísimo amigo (que todavía no he podido agradecérselo en condiciones ;)), lo primero que se pregunta uno es ¿cuánto me costará liberarlo?. Pues exactamente esto: 0€. Y es que, aún viniendo de la operadora Vodafone, este terminal viene libre de fábrica, así que no caigáis en la trampa de ciertas empresas liberadoras para pagar ese código.

Hardware
En cuanto se coge con las manos se nota la robustez. Los plásticos casi no se aprecian y el toque metálico es inmejorable. Nada de crujidos en 5 meses y le he hecho perrerías de todo tipo: cambios de tarjeta tanto SIM como microSD, extracciones de la batería en algunos casos de cuelgue extremo, montaje de carcasas…etc.
El tacto es muy agradable y es extremadamente fino. Viene con una funda de neopreno de serie que permite no tener que comprar otro protector al móvil. Si se usa mucho, con un protector de pantalla (que tiene, por cierto 3,7 pulgadas con una resolución de 800×480 píxeles) adhesivo es suficiente. 130 gramos, procesador 1 GHz Qualcomm QSD 8250 Snapdragon con unas dimensiones ajustadas de 59,8x119x11,5mm asombran al cogerlo y encenderlo por primera vez. Las teclas de desbloqueo así como las de volumen parecen un poco endebles, pero bien disimuladas y sin sobresalir. Los botones táctiles de «retroceso», «menú», «home» y «buscar» son perfectos para dejar los clics de lado. Y lo acompañan el poderosísimo trackball con luces configurables para cada notificación dependiendo de la versión de Android instalada. La cámara de 5 mpx con flash es un poco inferior en calidad que mi antiguo N95, pero viniendo de una Magic, no hay color. Y de noche el flash es bastante más potente de lo que parece. Todo lo concerniente a la radio (en cuanto a sistemas de redes, que radio FM tiene y funciona perfectamente), tanto la wifi como los datos 3G se aprovechan muy bien por la potencia del terminal. El GPS es rápido y preciso asistido por los datos y tarda menos que la Magic en geolocalizar sin red.
Una de las cosas que deberían copiar el resto de marcas (y que creo que el nuevo Nexus S no lo tiene) son los 3 pines de carga que están en la zona del conector microUSB. Sirven para no tener que forzar ese conector cada vez que se cargue el smartphone y olvidarse de su posible avería.
Cosas a mejorar, el sobresaliente de la cámara la hace susceptible a roturas o rayones del cristal que lo recubre, aunque el aro metálico hace una buena función de protección. El trackball podría haber sido tan suave y robusto como el de la HTC Magic, aunque con el uso que lo doy no parece resentirse.
Se ha informado varias veces de los deterioros del boton de encendido-reposo de la parte superior. Como comenté anteriormente, sí que parece algo frágil. Sin embargo, yo he podido trastear bastante con el Nexus y todavía no me ha dado problemas. Además, en las últimas versiones de roms que vienen con el software Spare Parts preinstalado, permiten modificar el desbloqueo para que se pueda accionar también con el trackball.
Cuando se calienta (porque si se le da caña, se calienta un montón) por el uso o por la carga, la pantalla capacitiva pierde sensibilidad. Pero que vuelve a su ser en cuanto se bloquea y desbloquea el terminal. No se si será sólo fallo del mío porque no he leído problemas del estilo al resto de usuarios, pero a mí me pasa.
Otro fallo que se puede considerar es el altavoz, que no es una maravilla y cuando se quiere tener un «todo en uno» podría mejorar. Posiblemente un manual de usuario en la caja para los usuarios no tan avanzados no estaría mal. Aunque a mi me parece muy intuitivo todo, sí que hay ciertas funciones que deberían explicarse un poco.
Y el gran talón de Aquiles de todos los Smartphones: la batería. Sus 1400mAH no permiten más de 24 de buen (pero buen uso) del terminal si tener que cargarlo para disponer de él al día siguiente. Vale que dejándolo sin conexiones inalámbricas aguanta lo suyo, pero para eso me compraría un Nokia 2630 o así y no un Smartphone. A ver si a lo largo de este año se echa mano de la tecnología de los materiales piezoeléctricos o se inventa algo nuevo para que podamos disfrutar más tiempo de nuestros cacharritos.

Software
Como bien se sabe, el sistema operativo de este dispositivo en Android. Y esto es lo que lo hace verdaderamente potente. Se saca partido a todo el hardware del terminal. No hay nada capado cuando tienes privilegios de administrador (el llamado acceso root): control de la CPU, administradores de tareas, configuración de las notificaciones, administración de copias de seguridad…etc. Las posibilidades de personalización son casi infinitas.
Todas las aplicaciones se mueven con fluidez por su potente y todavía actual hardware después de un año de su salida al mercado. Para mi es una oficina móvil completa. No pierdo un correo por su sistema de notificaciones push, la continua sincronización con las herramientas de Google me permite aprovechar el tiempo al máximo, los widgets no ralentizan el terminal (como sí me ocurría con la Magic por su escasísima memoria RAM) y me informan de ciertas cosas sin necesidad de abrir la aplicación…etc. Como aplicaciones imprescindibles podría resaltar un gestor de procesos como Autokiller para que la batería no se funda en medio día, Titanium backup para gestionar copias de seguridad, Spare Parts para personalizar el terminal, Gtasks para tomar notas e ideas y sincronizarlas con Google, Car Home para activar un menú especial para cuando se viaja en el coche y, sin duda, algo que ha cambiado completamente el uso de los teclados virtuales: Swype. Ya pondré un vídeo cuando regrese de las vacaciones. El problema de el teclado táctil y que tanto hace mirar de reojo a las Blackberrys, se olvida con este perfecto programa de teclado. Simplemente, escribir todo lo necesario con una mano y a una velocidad endiablada. Esa es la descripción. Por cierto, todo esto no es único del Nexus. Pero sí se saca el máximo partido con este primer teléfono de Google.
Cosas a mejorar: el Market todavía podría mejorar. Incluso con su nuevo lavado de cara parece un poco mas lento cargando. Vale que la aplicación de Facebook tenga notificaciones push, pero lo veo más útil para Twitter y todavía se tiene que esperar al refresco de actualización que se ha configurado. Un widget de la aplicación Calendar de Google y lo mismo para Reader añadiendo la lectura de artículos de nuestro feed en modo off-line.
Algo que no puedo dejar de comentar es la falta de un todo. Me explico. Se coja la ROM que se coja, nunca se obtiene todo lo que podría tenerse: si la interfaz es buena o rápida, puede fallar la batería o las opciones a personalizar…si no se es muy cacharrero, estas cosas no se aprecian. Pero viendo el potencial de Android, estaría genial no hacer mil ROMs distintas, sino 1 que esté «niquelada».
Me dejaré un montón de cosas, pero os dejo que lo comentéis vosotros.

COMPARATIVA CON EL IPHONE 4
Nexus One y iPhone 4
Después de todo, he podido comparar bastante el Nexus One con el iPhone 4 y tengo unas cuantas apreciaciones que comentar tanto en Hardware como en Software.

Hardware
El hardware del iPhone es superior en materiales que el del Nexus. Aunque el rediseño del terminal de Apple ha perdido en tacto, sigue dando esa sensación de robustez y exclusividad. Habría que ver qué sucedería si al iPhone 4 se le pudiera meter mano para cambios de batería teniendo más piezas, pero como se ha visto con el Nexus S las variables para tener que abrir el terminal como las tarjetas de memoria se van a ir reduciendo (y no me importaría que todos fueran unibody, ya que significaría que se habría llegado a una optimización total de las baterías).
El mayor punto fuerte del iPhone 4 en la primera manipulación es la pantalla. Lo de la Retina Display es impresionante. Leer los feeds o los twitts es otra cosa con este tipo de pantallas. Además, se añade que la sensibilidad es sublime y mucho mejor a la hora de usar el teclado virtual.
La cámara en igual condiciones de luz son iguales, pero la mejor configuración de las variables del Nexus le dan un punto más. Eso sí, lo del vídeo es brutal en el iPhone 4: es genial. No había visto nunca unas grabaciones así desde un móvil. Y la edición es lo que tiene que ser: rápida y útil.
Los altavoces y botones también son de mayor calidad en el terminal de la factoría de Cupertino que en el de HTC y el puntazo del botón de silencio mecánico deja de lado tener que activar el terminal.
El trackball es una de las cosas que tanto en navegación como para las notificaciones dan un plus al Nexus y que recomendaría añadir (aunque fuera óptico y no con bolita) al iPhone. Y un led frontal al menos para notificar en el iPhone también, que eso de sólo darse cuenta por los soniquetes no es suficiente en ciertas situaciones.
En cuanto a la carcasa de ambos, debo esperar unos meses para ver el deterioro del iPhone 4. Por ahora el Nexus lo tengo igual que al principio con esa funda de Neopreno. Ah! Se me olvidaba una cosa. El famoso caso del Antenagate. Bien. El terminal iPhone 4 que pude tener para trastear se adquirió a principios de Diciembre y debo decir que sí se nota un poco lo de la cobertura. Por lo menos con los datos, ya que ambos teléfonos estaban en iguales condiciones puesto que la red móvil es la misma y siempre que los comparé estuvieron uno al lado del otro. Y sí, los cambié de manos para no añadir error al muestreo ;).

Software
En cuanto al trote diario con iOS y Android, los sistemas de notificaciones son clave. Teniendo un smartphone de alta gama lo mínimo que se pide es controlar todo lo que te llegue al dispositivo y poder personalizarlo dependiendo de las necesidades. Por ejemplo, en muchas ocasiones debo tener el móvil en silencio y no quiero que forme parte de mi cuerpo. Vamos, que si quiero ir al baño no lo quiero tener que llevar. Si estoy esperando un twitt de alguien o un correo, he visto (corregidme los usuarios de iPhone si no es así) que en el iPhone 4 la notificación es con sonido o se mantiene un pequeño periodo de tiempo la pantalla encendida para avisar. Pero luego se apaga y como no vayas a activar el teléfono ahí puede estar esperando a ser vista. En el Nexus puedes personalizar el color del trackball para cada notificación (dependiendo de la ROM que se utilice) y lucirá hasta que lo leas.
De siempre me ha encantado la integración entre todos los productos de Apple, pero cuando se prueba la sincronización con la nube con un servicio gratuito como el que ofrece Google, te vuelves dependiente de ello. Mobile me te ofrece mucho más. Sobre todo en espacio. Y para los negocios yo lo veo perfecto. Pero para un usuario medio lo veo excesivo.
Esa sincronización con Google permite olvidarse de necesitar un ordenador. Un simple ejemplo: me voy de viaje y llevo sólo el Nexus. Pero, por avatares del destino, se me cae y le pasa un coche encima destrozando todo. Si he sido precavido, antes de salir de viaje habré podido guardar una copia de seguridad de los datos de la microSD. Pero necesito un dispositivo parecido y puedo conseguir otro terminal Android para pasar del apuro. Pues no tengo más que rescatar la SIM (o pedir una nueva y en 3 días está en la dirección que se solicite) y encender el móvil. Se accede a tu cuenta de Google y sólo se tiene que esperar en lo que te tomas un café para que tengas todo igual. Incluso las aplicaciones. Y sin necesitar un ordenador. Eso es movilidad.
Cuando me topé con el iPhone (por si no se me conoce, soy maquero y usuario de iPods no Touch, pero también linuxero y por obligación laboral pecero con Windows) no entendía eso que tanto decían sobre su uso. En primer lugar se necesita activarlo. Vale. Pasamos por todo el engorro de registro en iTunes. La SIM debe ser microSIM y si se pide el terminal libre Apple no te regala una cortadora por si acaso. Vale. Pasamos por ello. Venga, ya cargado y activado voy a instalar una app, por ejemplo, de Dropbox que es gratis. ¡Vaya! ,debo meter la clave de mi ID en iTunes. Y es que se debe recordar que la mayoría de las aplicaciones en la App Store son de pago. Que no tengo nada en contra. Todo lo contrario, soy de los que piensan que toda buena aplicación de pago se debe comprar ya que así se premia el buen hacer del desarrollador. Pero ¿no sería mejor permitir la instalación de aplicaciones gratis sin necesidad de meter claves y pedirlas sólo cuando sean de pago?. Menos mal que con la multitarea se mantiene un tiempo la clave en memoria.
Configuraciones en AndroidSiempre se ha comentado que manejar un Android es menos intuitivo que un iPhone (mezclo s.o. con terminal porque no hay más terminales móviles con iOS ;)). Yo desde mi anterior HTC Magic no lo veía así. Yo venía de un Nokia n95 (antes n73, n70, sony ericsson z520, Sharp GX17…etc.) y la interfaz Android es más intuitiva y fácil de aprender y configurar. Creo que es cuestión de haberse acostumbrado a una u otra interfaz. Y la capacidad de adaptación del usuario es crucial: si se ha usado iOS mucho tiempo, cambiar a otra interfaz y adaptarse puede no ser de buen gusto. En mi caso no me costaría ya que soy un tecnófilo incorregible. Incluso lo de que los ajustes sean tan simples en el iPhone y que no sea todo tan configurable como en el Nexus lo hace, para mí, un poco menos intuitivo.
El Market de Android ha sufrido varios lavados de cara y cuando he querido buscar apps en la App Store en el iPhone (no en iTunes) se tarda mucho más en encontrar lo que uno quiere. Que al final se encuentra, sin duda. Búsquedas en el Android MarketQue haya más aplicaciones de pago en la tienda de Apple, pues supongo que también tiene que ver con los distintos modelos de negocio y la depuración de las aplicaciones. En unos casos hay programas que me gustan más en Android (como Foursquare o Gmail) y otros que mejoran en iOS (como Twitter, que es push).
Sin embargo un punto muy fuerte que tiene el producto de la manzanita es el reproductor de música: el iPod. Por mis necesidades, estoy harto de andar con dos cacharros a todos lados para escuchar mis podcasts y usar el móvil. Y por mucho que digan mis amigos Fandroids, no. No hay punto de comparación. Hay que saber separar las cosas y poder sincronizar los podcasts al llegar a casa con iTunes es perfecto. No por el hecho de conectarlo por el USB, si no por la gestión y administración pudiendo, por ejemplo, seguir escuchando podcasts en el ordenador mientras trabajas y luego seguir desde el mismo punto que lo dejaste cuando sales. Y no creo que tarden en dar el gustazo de sincronizar vía wifi con tu cuenta. O igual sí.
Hay una visible diferencia entre las baterías. La del iPhone 4 gana por goleada a la del Nexus One. Por mucho que se instale un gestor de aplicaciones para ir cerrándolas, el 3G funde la batería de cualquier terminal Android en un día. En el iPhone se puede estirar hasta dos días, pero se nota la diferencia entre ambos cuando se trabaja con ellos en pareja.
Esa búsqueda de un todo en uno hace que siempre me encuentre entre tragar con todo lo que Apple quiere o no tenerlo todo y hacer lo que me salga de las narices. Daos cuenta que no he comentado nada sobre la libertad de movimientos que te da un sistema operativo respecto a otro. El jailbreak no he podido probarlo así que mejor no comentar de lo que no he experimentado. Pero obtener permisos de administrador completos (acceso root) en Android no es necesario. Pero sí recomendable si quieres sacar el máximo partido al terminal. Hay multitud de manuales que lo permiten hacer sin mayor dificultad que seguir los pasos a pies juntillas y estar seguros de lo que se teclea.

Concluyendo, me parecen los dos terminales más apetecibles para un geek. Y la decisión de uno u otro no debería basarse en las ideologías. Fanboys de Apple y Fandroids saben lo bueno y lo malo de cada sistema operativo y de cada teléfono. Si yo, que me encanta Android, veo que iOS mejora las notificaciones y permite sincronizar con la nube de una forma parcialmente gratuita similar a Google, por mis necesidades no veo por qué no cambiarme al lado iPhone. Repito, por mis necesidades.

Bueno, espero que tanto los amantes de Android como los de iOS puedan mejorar este artículo con vuestros comentarios. Que este blog es para aprender a base de experimentar.

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Deseando un mejor y feliz 2011

Feliz 2011
Desde el laboratorio es muy oportuno desear un mejor y feliz 2011. Esperemos que sea al menos un poco mejor que este 2010. Sobre todo en el plano científico, que se ve venir un poco oscuro en nuestro país con la crisis en la que vivimos. Pero sin decaer. Ánimo a todos los que investigan y que no se deje de poner ganas en el trabajo científico, que es lo que realmente importa.
Este blog seguirá intentando divulgar el conocimiento científico de primera mano de los artículos publicados por los investigadores a nivel mundial junto con las experiencias y conocimientos propios en técnicas de biología molecular. Se completará con contenidos tecnológicos, fitness y ocio como se viene haciendo, pero sin comer espacio a la ciencia. Como siempre, está abierto a ideas y temas para mejorarlo. No dudéis en mandar un e-mail, comentarlo en el blog, página de Facebook o Twitter. Incluso ahora disponéis de un formulario de contacto en una de las páginas del blog.
Un saludo para todos y ¡¡A PASARLO BIEN EN ESTAS FIESTAS!!

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Virus ARN y su transmisión vía polen

Abeja transportando polen
Abeja transportando polen
Conocemos de sobra la labor de las comunidades animales polinizadores como las abejas. Ese trabajo que hacen en favor de la naturaleza así como al desarrollo de la agricultura. Pero también tiene un lado oscuro: portan virus ARN nocivos para su propia supervivencia.

Diana Cox-Foster, co-autora de este estudio y profesora de entomología en la Universidad de Pennsylvania State, dice que las poblaciones de polinizadores han disminuido por diversas razones. Una de ellas son los virus ARN (son virus que tienen ARN= ácido ribonucleico como material genético o que necesitan de ese ARN para su proceso de replicación), que se están convirtiendo en una seria amenaza para la supervivencia de estos insectos ya que se ha observado una fuerte relación entre estos virus y el descenso de ciertas colonias de abejas.
Los investigadores estudiaron la distribución viral en gránulos de polen de abejas y otros polinizadores de las plantas con flores en Pennsylvania, Nueva York e Illinois en los Estados Unidos. «Por primera vez, los virus ARN como el virus de las alas deformadas se detectaron en gránulos de polen recogidos directamente por las abejas forrajeras», dijo Cox-Foster. «Pellets de polen de varias abejas forrajeras no infectadas fueron detectados con el virus, lo que indica que el virus se puede alojar y transmitir por el polen. Se demostró que tanto el polen como la miel almacenada en la colmena de estas abejas eran infecciosas. Incluso se probó a dar alimento infectado a la reina de la colonia para comprobar esa transmisión de la infección a los huevos».
La detección de los virus de ARN en otros polinizadores, como abejas, abejorros, abejas y avispas solitarias, sugiere que los virus podrían tener un impacto más profundo en la salud del ecosistema, dado que estos polinizadores son esenciales para la mayoría de las plantas de producción de semilla, así como de la producción de frutas, nueces, bayas y verduras. Los hallazgos son importantes para la comunidad pública y científica en todo el mundo, dado el papel de los polinizadores en la agricultura y el medio ambiente y la reciente disminución de polinizadores nativos. Los resultados plantean también cuestiones de bioseguridad porque se importa el polen en muchos países para alimentar a las abejas utilizadas en la polinización agrícola.

Referencia: Singh R, Levitt AL, Rajotte EG, Holmes EC, Ostiguy N, et al. 2010 RNA Viruses in Hymenopteran Pollinators: Evidence of Inter-Taxa Virus Transmission via Pollen and Potential Impact on Non-Apis Hymenopteran Species. PLoS ONE 5(12): e14357. doi:10.1371/journal.pone.0014357

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Sobre el uso de la sangre materna para saber el genoma del feto

Descifrando el genoma del fetoEl pasado 8 de Diciembre, en la revista Science Translational Medicine se publicó cierto avance sobre el diagnóstico de enfermedades genéticas gracias a la obtención del genoma del feto mediante al análisis de la sangre de la madre. El estudio revela que hay una cierta cantidad de ADN del futuro hijo en el plasma de la sangre materna. Este ADN está degradado y por lo tanto son multitud de fragmentos «flotando» por ese suero sanguíneo.

Las avanzadas técnicas de secuenciación que ya hemos comentado en el blog, permiten el análisis de una gran cantidad de fragmentos y los programas bioinformáticos permiten ordenar esas secuencias. Los estudios para desenmascarar ese ADN del feto son muy exhaustivos y costosos (por ahora), pero se espera que en un futuro no muy lejano los costes se abaraten y sea una prueba que permita eliminar métodos invasivos como la amniocentesis para detectar enfermedades hereditarias.
El estudio se comprobó mediante un análisis a una pareja que podría dotar a su todavía no nato hijo la enfermedad de la beta-talasemia. Gracias a la comparativa del ADN de la madre y del padre junto con el obtenido del plasma sanguíneo comprobaron que la técnica permitía averiguar con certeza si el hijo tendría esa herencia perjudicial para su salud. Recordando un poco de genética, ese gen causante de la beta-talasemia está envuelto en la formación de la hemoglobina y que provoca un bajo rendimiento en la toma de oxígeno. Su herencia es clásica (si los padres son portadores del alelo mutado o malo) con un 25% de probabilidades de que herede los dos alelos «buenos», un 50% de que herede con ambos alelos sin causar la enfermedad y un 25% de probabilidades de que lleve ambos alelos malos y desarrolle la enfermedad. El estudio del genoma del feto por medio del análisis del plasma sanguíneo permite obtener unas proporciones de los genes de ambos genomas, de la madre y del niño. Estudiando esa proporción se puede estimar si el niño lleva o no la carga genética buena o la mala. Mediante el estudio con la amniocentesis se corroboró todo y se pudo asegurar que el futuro hijo nacerá sano. En el trabajo se pudo secuenciar e identificar el 94% del genoma del feto para su comparación final de más de 900000 puntos a contrastar.

He podido leer en varios periódicos, como la Vanguardia, que explican el estudio pero verdaderamente no lo aclaran, llevando a la confusión a los lectores que comentaban cosas como que se podía conocer todo ya que las células sanguíneas dan toda la información como el cariotipo (esquema de la colocación e identificación de los cromosomas gracias a encontrarse en la fase metafase). Lo que realmente importa es que el ADN del feto que se obtiene está disgregado en el PLASMA. No hay células sanguíneas completas del feto para hacer un estudio cromosómico. Que se pueda deducir una enfermedad del tipo Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21) por una estimación de los genes que están contenidos en ese cromosoma 21 es una cosa y otra es obtener el cariotipo.
Como siempre, las noticias científicas no son informadas con el rigor que se debería. Yo ya he tomado cartas en este asunto ya que me parece un grandísimo avance. Ya me gustaría que todos mis compañeros investigadores cada vez que vieran faltas de rigor lo comunicaran. Así los periodistas tampoco estarían tan mal valorados.

Referencia: Y. M. Dennis Lo, K. C. Allen Chan, Hao Sun, Eric Z. Chen, Peiyong Jiang, Fiona M. F. Lun, Yama W. Zheng, Tak Y. Leung, Tze K. Lau, Charles R. Cantor and Rossa W. K. Chiu. Maternal Plasma DNA Sequencing Reveals the Genome-Wide Genetic and Mutational Profile of the Fetus. Journal of Systematics and Evolution Vol. 2, Issue 61, p. 61ra91 DOI: 10.1126/scitranslmed.3001720

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Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el «tema» no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

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A los becarios nos quitan el 5% del sueldo

Aunque recientemente he dejado de ser becario en el sentido estricto de la palabra, todavía me considero como tal. Y más ahora con lo que nos aplican al llamado «funcionariado». Como sabréis todos los funcionarios han recibido ciertos recortes en su salario debido a la crisis económica en la que nos encontramos. Para ir al grano, hace aproximadamente 15 días nos convocaban a todos los becarios con contrato laboral FPI, FPU, ULE (Universidad de León) y becarios de proyectos dependientes de subvenciones de organismos oficiales para darnos la fantástica noticia de que nos quitan el 5% del sueldo y que se aplica desde Junio de este mismo año (que en realidad es desde el 20 de Mayo). Menuda broma. Después de muchos años de lucha para que nos dieran el beneplácito de incluirnos en un régimen de contrato a partir del tercer año para poder cotizar en seguridad social y que cuente para cobrar el paro, ahora nos incluyen a todos los efectos en lo que llaman funcionariado cuando antes sólo éramos curritos post-universitarios. Vale, venga, me trago que nos incluyan «en su mundo» pero ¿desde Junio? Bien claro lo dejaron diciendo que los que hayamos dejado de ser becarios entre la fecha de aplicación y la fecha actual también se nos aplica. Y sí. Me ha llegado una carta solicitando el pago a la Universidad de León del dinero correspondiente a la «deuda» por ese 5%. Irónico: becario y ahora endeudado.
Se nos ha comunicado que debemos esperar por si se puede apelar. Apelar, ¿A quién? Pues las dos salidas que nos dan son un recurso contencioso administrativo ante el Juzgado de lo Contencioso Administrativo de nuestra ciudad o un recurso de reposición ante el Rectorado de nuestra Universidad. Ya es bastante difícil vivir con nuestro sueldo y con la mitad de tu trabajo perdido a efectos de desempleo para que encima nos quiten un 5% y a destiempo.

Notificación Deuda Becarios

Esto es a nivel nacional, pero nuestra Universidad también tiene la dejadez de no avisar a los alumnos de doctorado que el pago de la tutela académica (pago que se tiene que realizar para mantener en registro el título de tesis doctoral) este año no se hace más que por la secretaría virtual (un servicio web) y siempre se ha enviado una carta para pagarlo un mes después como tope. También se añade el mamoneo que existe para ciertas becas sobre temas específicos (ya sabemos que el mamoneo «normal» es cosa del día a día). Y hay muchos más temas que provocan un desprecio por mi parte a este país, que siempre hacen perder el tiempo y preocuparnos por más cosas de las que deberíamos siendo investigadores. Claramente lo digo desde mi punto de vista como científico. Excepto el apego por los familiares, siempre terminamos mirando fuera de las fronteras como cachorros enjaulados. Menos mal que, en ocasiones, se tiene un grupo humano trabajando contigo que hace que te olvides de estas cosas. Pero todo esto corrobora que en España, la ciencia va por muy mal camino.

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Herramientas para la detección de sandeces

Hoy mismo se ha publicado en el blog de la Aldea Irreductible un artículo en el que se trata cómo nos creemos más lo que nos dice un tipo con bata. Me he quedado con el vídeo que ha enlazado al final del post y que he querido mostrar también en este blog puesto que nos llega muy pero que muy directamente a los que estamos metidos en Ciencia. El vídeo dura 15 minutos y consta de dos partes que os pongo a continuación. Vedlos y sacad conclusiones.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=6mBbA_TlLZI[/youtube]
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=bSapkPHuLNU[/youtube]

¿A que son claras esas herramientas? Los que nos estamos doctorando sabes muy bien lo que es el Método científico. Perfecta esa última frase del señor Michael Shermer: «La Ciencia es la mejor cosa jamás ingeniada para comprender el mundo».

Escuchando: Teleadictos podcast

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El sentido común en el laboratorio

Desde que estoy metido en un laboratorio, muchos «novatos» han pasado delante de mí y siempre les digo lo mismo: Usa el sentido común y todo irá bien.

Campana de flujo laminar
Campana de flujo laminar
Aunque sea tan obvio, los nervios ocasionan errores y en un laboratorio no se pueden borrar como se da a la tecla suprimir en el ordenador. Hay errores peligrosos y otros que no son tan peligrosos en una primera vez pero que la reincidencia ocasiona efectos muy graves. En un laboratorio se está rodeado por compuestos tanto líquidos como sólidos como gaseosos que, en muchos casos, son inestables. ¿Qué se haría con un poco de sentido común? Pues leer las etiquetas, advertencias de seguridad y manipulación y, sobre todo, respetar al producto tanto para lo bueno como para lo malo: ese producto seguramente va a ser utilizado por otras personas que, al igual que tú, «intentarán» utilizarlo de una manera correcta. Por ejemplo, se usa una campana de flujo laminar como la que podéis ver en la foto. Generalmente cada investigador tiene su propio kit de trabajo con sus medios, placas, micropipetas…etc., pero el lugar de trabajo es común. ¿Qué os sugiere comenzar a trabajar ahí?. Se trata de mantener un ambiente lo más limpio posible para que no haya contaminaciones, así que la limpieza es crucial antes, durante y después de trabajar. Pero pueden suceder problemas durante el trabajo como vertidos o incluso deflagraciones por un mál uso de los mecheros. En todos esos casos hay que seguir unas normas de seguridad que se basan en ese sentido común como apartarse, no expandir el problema, llamar a los técnicos en caso de deterioro de la maquinaria…etc. Desde fuera parece normal seguir las normas, pero no es así en muchos casos. Y más aún en lugares como en el que trabajo donde la gente suele utilizar equipos sin tener un control directo de sus jefes. No es poco habitual encontrarse las superficies sucias, filtros obstruídos y campanas abiertas sin apagar durante un día entero por «no tener responsabilidades directas» en el uso de los aparatos.
Instrucciones de uso del transiluminador
Instrucciones de uso del transiluminador
Vamos con otro ejemplo: el uso del Bromuro de Etidio. Este compuesto es altamente MUTAGÉNICO, vamos que puede producir CÁNCER. Siempre se ha de tener muy claro cómo se utiliza y dónde. Generalmente hay cuartos preparados para la manipulación, pero en ocasiones hay que trasladar ciertos materiales de una habitación a otra para un correcto análisis. ¿Es tan difícil mantener los materiales contaminados en su sitio sin contaminar otras zonas? Pues desde el sentido común es muy sencillo pero la mente humana es muy pero que muy torpe para mantener a raya estas peligrosidades. Aún poniendo muy pero que muy visibles las normas de uso, que más se parecen a unas instrucciones para niños de 3 años (sólo falta llevarles de la manita y decirles «muy bien, guapo/a. Toma un caramelito») se encuentran cubetas, cintas e incluso guantes en mesas que «estaban» limpias y que ahora hay que desconfiar. Para la gente que no esté familiarizada, el Bromuro de etidio es un compuesto que se comercializa en polvo o en líquido y que se utiliza en el laboratorio para visualizar las bandas de geles ya que bajo la luz ultravioleta se pueden obtener imágenes para el análisis. Su acción es intercalarse entre las moléculas de ADN, por lo tanto ese efecto puede darse igualmente en las células de la piel, por ejemplo, si se entra en contacto con ello. Nosotros intentamos mantener nuestro laboratorio particular como un búnquer alejado de contaminaciones, pero hay sítios que pueden llegar a parecer una discoteca al pasar una lámpara ultravioleta. Menos mal que los tenemos localizados. A no ser de que vuelvan a no seguir ese sentido común.
Estos han sido un par de ejemplos muy sencillos a los que se suelen sumar infinidad de ellos dependiendo de los laboratorios (o cualquier lugar de trabajo en el que se requiera cierta seguridad) y la actividad que se lleve a cabo en ellos. Lo único que pido a todos los «newbies» es que TRABAJEN CON SENTIDO COMÚN. Que no es tan difícil.
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