Nuestros amigos de Agilent Technologies nos hicieron un regalito en uno de sus paquetes:
una oveja genómica
Pulsa para ampliar a la Oveja Genómica
En realidad, en cada una de las cajitas de sus productos vinieron unos sobres adheridos con estas curiosas ovejas. Cada cual de un color pero anunciando todas un conocido analizador de ácidos nucleicos.
¿Tienes alguna foto curiosa de tu laboratorio? Participa en #Photosinthelab con el hashtag o, si quieres que salga en el «Blog de laboratorio», háznoslo saber por las redes sociales (Twitter @bloglaboratorio, Facebook /blogdelaboratorio) o envíanosla por email contacto@blogdelaboratorio.com.
Una de las imágenes más vistas por muchos. Aquí tenemos uno de los amigos que más nos ayuda en la investigación básica en biomedicina. No me preguntéis qué fue de él, pero os aseguro que dejó huella. En esta ocasión, me lo encontré en un lugar algo inusual como es un laboratorio de análisis de muestras genómicas. Debía estar de paso hacia otra estancia y ahí estaba yo para pasar un rato jugando con el animalillo.
Os dejo con la foto. Recordad que podéis seguir enlazando o enviando las vuestras por todos los medios que queráis y con el hashtag #photosinthelab.
Una de las dificultades que tenemos los científicos es hacer llegar lo que hacemos al resto de la gente. Muchas veces nuestra pasión en el trabajo en los distintos laboratorios nos hace olvidar el entorno. Y de eso va a consistir esta iniciativa: acercar el laboratorio al público mediante fotografías. Serán fotografías simples y sin retoques de elementos cotidianos del día a día en un laboratorio de biología molecular. Bueno, de ahí saldrán las primeras. Pero si se tienen instantáneas de otros laboratorios, compartidlas con el hashtag #PhotosintheLab en las redes sociales. Cualquiera. En Instagram, también. Las recopilaremos todas. Será divertido tener una galería de imágenes de todo el mundo y acercar así todo tipo de laboratorios a la gente que los desconoce.
La primera #Photosinthelab
Y, como no, aquí va la primera: #PhotosintheLab número 1 cuyo título es «Fiesta por un tubo».
Desde el momento en que escribí aquel artículo destinado a saciar curiosidades sobre cómo montar un laboratorio de forma sencilla (tanto como el laboratorio en sí), sabía que iban a llover una serie de comentarios. La mayoría fueron comparativos en cuanto a derroche en algunas instalaciones. Pero hubo gente que creyó que iba a ser una guía para montar un laboratorio competitivo a nivel de análisis.
Como bien sabe la mayoría de científicos, esto de bueno, bonito y barato en ciencia… como que no existe. Hay que darse cuenta que la calidad se obtiene en la especialización. Y esta especialización de los productos conlleva unos precios que pueden parecer elevados.
Con todo esto aparece el eterno debate. Que no es único en nuestro campo científico. Nos rodea en todo lo que usamos. ¿La calidad de un producto va en concordancia con el precio del mismo?, ¿si es más caro es mejor?. Según mi opinión, todo depende del uso. Si lo que buscamos es un aparataje que nos salve el trasero de algún que otro análisis de vez en cuando, uno a la semana, pues quizá no hace falta usar lo mejor. Pero en cuanto se necesitan hacer análisis exhaustivos y tener máquinas funcionando todo el día, se ha de buscar muy bien si no se quiere salir del presupuesto. Y sí, lo caro suele ser de lo mejor. Aunque siempre hay excepciones.
Por eso no está de más comparar casas comerciales. Y distribuidores. Una búsqueda que puede durar una tesis doctoral. O varias hasta ver que algo falla.
Existen multitud de empresas que se dedican a la distribución de material de laboratorio de calidad. Dar con la adecuada que venda esa calidad que buscamos y que también tenga una logística aceptable. Por no decir del servicio postventa. Vaya, si esto parece que es igual en todo lo que nos rodea: un coche, un portátil, una lavadora…al final queremos esas «tres B’s» del principio. ¿Habéis conseguido algún material o aparato de laboratorio que os haya sorprendido por su precio y prestaciones? Pero sorprendido de verdad. De no creerse que iba a ir tan bien. En mi caso podría decir algún que otro kit de PCR en pruebas y muestras para hacer distintos análisis. Porque, en esos casos, la rentabilidad estaba asegurada, si salía todo bien, al ser gratuitos. Lo que recuerdo es el caso contrario sí que me pasó: adquirir algo caro y bonito pero ser un fiasco. Y era una de las bases del análisis que trataba de llevar a cabo: obtuve unos tubos de ensayo para PCR la mar de monos derretidos en la placa térmica del termociclador.
Han pasado ya los años en los que entrar en un laboratorio de investigación era como un sueño. Mirar alrededor y observar, con los ojos como platos, maquinaria que habías visto en los libros, películas o incluso sólo oído hablar. Un acceso a los laboratorios que se sentía como algo exclusivo. Y no sólo porque te dejaran entrar con facilidad, si no por el difícil acceso que antes se tenía a la hora de poder adquirir material de laboratorio. Pero eso ha cambiado con una simple y conocida aliada: la compra online.
Yo soy de los que crecieron con películas de aventuras donde los inventos y los laboratorios hacían chiribitas mis ojos. Incluso aquel laboratorio de Dexter (que algo sí parece haber inspirado mi caricatura en el blog) me arrancaba una sonrisa durante la duración de los capítulos. Y no precisamente por las aventuras vividas, si no por ese ambiente de laboratorio montado de incógnito y que todos (o la mayoría) de los que nos encanta la ciencia hemos querido tener. Bueno, seguro que muchos de vosotros pedíais «juguetes» científicos cuyos nombres venían con sufijos como -cefa o -nova. Momento «remember». Ese era la mejor manera de montar un pequeño laboratorio en casa. Y coger algunos cacharros de la cocina.
Más tarde, cuando ya estás en el instituto y comienzas a ver más material de laboratorio en esas aulas de ciencias, la exclusividad también era palpable. Pero en muchos casos con la mirada asustadiza de los profesores en cuanto los alumnos manipulábamos instrumentos como probetas de cristal, los microscopios o una simple maqueta. Pobre gente. Sabían que conseguir más material de algo científico para la enseñanza no debía ser agradable. Lo digo por los fondos destinados.
¿Y qué pasó en la universidad? Mis experiencias son de principios de siglo (qué mal suena eso…pero sólo son 10 años). Las prácticas en los laboratorios también destacaban por las advertencias del material a utilizar. Aquellas micropipetas comunes que, aunque ya antiguas, se guardaban como oro en paño. Y que para utilizar algún instrumento verdaderamente interesante, tendrías que tener suerte o ser más agresivo e intentar meterte en algún grupo de investigación como alumno interno antes de terminar la carrera. Término de carrera que empalma con las primeras tomas de contacto de verdad en un laboratorio. Sólo voy a hablar del material y maquinaria, pero la planificación con la bata blanca va intrínseca en las labores científicas. No os olvidéis. Un entorno que se vuelve algo hostil fuera de la dirección de las prácticas dadas por esos mismos profesores que serán tus mentores. Aparatos caros, realmente caros por sólo destinarse para los laboratorios. Siempre nos quedamos con las diferencias de precios que existen entre un homogeinizador y una batidora de cocina, si en el laboratorio se va a usar para hacer cocinitas básicas y que no requieran ni mucha precisión ni mucho desgaste. O pedir un arcón frigorífico específico de laboratorio, o un lavabo. Todo un mundo.
Vista del paraíso del descanso en un laboratorio. Imagen de PHD Comics.
Pero ya comenzaron en aquella época las triquiñuelas de utilizar internet para adquirir material no proveniente de las casas comerciales científicas de forma directa: el mercado de segunda mano. Ese mercado que permitían reponer máquinas o aumentar el rendimiento del laboratorio por unos cuantos euros menos de lo que podía ser una ruina para el grupo de investigación. Un mercado que podría ser un poco oscuro pero que con eBay se permitió un flujo de productos inimaginable.
Pero eso puede haber pasado a la prehistoria. La verdad es que montarse un laboratorio en condiciones aún era difícil a golpe de clic y sin pasar por infinidad de registros en cada casa comercial. Sin embargo ¿cuál es la situación actual?. Ahora podemos estar seguros que por un puñado de euros y acceso a internet podemos tener en muy poco tiempo un laboratorio sencillo de calidad. Ya sabemos que comprar electrodomésticos es tan fácil que desde cualquier tienda especializada de venta online se puede adquirir ese aparataje tan específico como es un frigorífico, un microondas o un homogeinizador.
Pero vayamos a eso que nos importa: el verdadero material de laboratorio. Micropipetas, pipetas, tubos de ensayo, puntas de plástico, autoclaves, sistemas de electroforesis, centrífugas…etc. Tan sólo una simple búsqueda en un navegador nos puede llevar a un gran almacén de distribución conocido por todos y que venden prácticamente de todo. Y, sí, también encontraremos material de laboratorio a tutiplén. Veamos una compra simple para hacer, por ejemplo, un análisis de PCR básico. Para ello necesitaremos tubos de ensayo de 1,5 mL y 0,2 mL, un par de micropipetas con sus puntas de recambio, un termociclador y un sistema de electroforesis básico con su fuente de alimentación, agarosa y cinta para contener el gel. Yendo un poco más allá, añadiremos al carrito una centrífuga y unos soportes para los tubos de ensayo. Contando de que disponemos de electrodomésticos como un microondas y un frigorífico con congelador.
Pues bien, si hacemos una selección de este material tirando por lo bajo y sin buscar la excelencia, un kit de laboratorio así puede costarnos a golpe de un clic sobre unos 2500$ (unos 1820€). Todo nuevo. Algo barato. Lo sé. Y el termociclador vale 1550€ él solito, algo que puede que de segunda mano lo encontremos más barato. Todo esto pensado para un laboratorio de muy bajo coste pero funcional al 100% y sin excesivos riesgos de contaminación (pero con dedos de frente).
Pero lo más curioso es que no he tenido que salir de la misma tienda, que nos suministra los productos de varios fabricantes. A todo esto habría que incluir reactivos de PCR y un marcador de pesos moleculares. A parte de la muestra. Pero en estas últimas «minucias», la experiencia es un grado y sabemos que hay que dirigirse a las casas comerciales y gastarse unos euros en condiciones. No os lo iba a poner tan fácil ¿verdad?.
P.D.: Desde «Blog de laboratorio» advertimos que no nos hacemos responsables del desastre de resultados que pueden obtenerse con una compra así. Por favor, consulte con su científico favorito mediante email, redes sociales y…¡utilice los comentarios!. Gracias ;D
Para ya no tener excusa para leer algo de ciencia hemos decidido lanzar una aplicación para terminales Android (por ahora). ¡Que no se diga que la divulgación científica no está en la onda tecnológica!.
Con una interfaz intuitiva y a elegir entre tonos oscuros o claros para facilitar la lectura, la aplicación de Blog de laboratorio permite leer los artículos del blog mucho más rápido que si se quiere acceder a la web, con un sistema de notificaciones ampliamente configurable (se pueden modificar los tonos, vibración y led de notificaciones al gusto. Y también se puede mantener desactivado si se prefiere), incluyendo la opción de controlar los intervalos de sincronización.
También se puede acceder directamente a todas las redes sociales activas (Twitter, Facebook y Google Plus) y, por supuesto, compartir cualquier artículo desde la misma interfaz sin esfuerzo gracias a la gran interoperabilidad que ofrece Android que permite conectar con casi todo tipo de programas instalados en el terminal móvil.
Capturas de pantalla de la aplicación de Blog de laboratorio. Pulsar para ampliar.
Poco a poco se irán ampliando las opciones para hacer una aplicación de lo más completa posible.
Lo dicho, más fácil no se puede: suscripción por el feed (ya sea con vuestro gestor o por email), seguimiento por Twitter, Facebook o Google plus y ahora mediante una aplicación totalmente gratuita.
Por cierto, podéis descargarla en la Tienda de aplicaciones de Google (Google play) desde el enlace que os pongo abajo y sirve para dispositivos con Android 2.2 (Froyo) o superior, así que no habrá problemas para casi nadie. ¿A qué esperas? Pruébala y comenta qué te parece.
Hoy voy a contar una historia particular sobre el buen uso de la tecnología. Empecemos. Cuando April y Bryan Gionfriddo trajeron a casa a su hijo recién nacido, Kaiba, en octubre de 2011, parecía un bebé sano. Pero una noche, cuando la familia fue a cenar, Kaiba dejó de ser capaz de respirar y se volvió azul. Bryan puso Kaiba, de sólo 6 semanas de edad, en la mesa de restaurante y pudo realizar compresiones en el pecho de él antes de que fuera trasladado de urgencia al hospital.
Después de 10 días, Kaiba fue enviado a casa, pero se volvió azul de nuevo dos días después. Fue entonces cuando los médicos se dieron cuenta de que Kaiba tenía una rara enfermedad llamada traqueobroncomalacia, en la que la tráquea es tan débil que se comprime, impidiendo que el aire fluya hacia los pulmones.
El caso de Kaiba es la primera vez que la impresión 3D se ha utilizado para crear un dispositivo médico que permite salvar la vida de alguien, dijeron los investigadores.
Poco a poco este tipo de tecnologías están en boca de todos. Lo que al principio se utilizó para la mejora y desarrollo de materiales en diversos campos, rápidamente se extendió a todo tipo de ideas relacionadas con la biología de los seres humanos y su implicación en la cura de enfermedades. A este paso, podremos ver estas impresoras al lado de las convencionales. Incluso las veremos en lugares de venta de cupones como cuponation.com, donde poder adquirir de forma rebajada todo tipo de artículos tecnológicos a precios más asequibles con el simple canjeo de dichos cupones.
En fin, que tenemos que hacernos a la idea de que esto será el día a día y que permitirá una mejor calidad de vida en muchos casos. O eso espero.
Tras algún intento de probar la supercomputación para mi tesis doctoral, finalmente he podido tener acceso al servicio prestado por la Fundación del Centro de Supercomputación de Castilla y León donde pude disfrutar de darle a los comandos para usar algún que otro core de Caléndula, que así se llama el «monstruo» en cuestión.
Parte interior de uno de los clústeres de cálculo de Caléndula. Pulsar para ampliar.
El curso trataba de los análisis de metagenomas mediante supercomputación con mucha temática dirigida al uso de la ultrasecuenciación. Como ya les comenté a los organizadores, es una pena que exista una muy deficiente base informática en los investigadores de biología molecular. De los 19 presentes, yo era el único que sabía teclear en condiciones instrucciones en UNIX. Pero seguro que, al menos los asistentes, espabilarán. Casi todos mostraron interés por probar de una vez alguna distribución de Linux.
Pasando al meollo, la verdad es que para un friki de la tecnología como yo es un curso muy recomendable. A parte del título que te brinda por un precio nada despreciable de 350€ (más que ajustado ante los demás cursos ofertados sobre temas bioinformáticos a nivel nacional), la experiencia de meterse de lleno en análisis de secuencias genómicas y metagenómicas procedentes de distintos sistemas de próxima generación como los Roche 454 o los HiSeq de Illumina es apasionante. Trabajar de forma práctica siguiendo todos los pasos como si fuera un proyecto real abre mucho la mente ante todo el trabajo que hay detrás de un análisis de este estilo. Eso y que no estoy sólo en esto del frikismo bioinformático.
Hubo una primera parte en la que Jesús Lorenzana, uno de los responsables directos de Caléndula, nos dio unas nociones técnicas del proceso del sistema de supercomputación instalado en el CRAI-TIC de la Universidad de León. Datos técnicos que para algunos sólo servirán para aburrir pero que quitan el hipo cuando te has pasado años montando equipos.
Esquema de la disposición y caracterísiticas del Supercomputador Caléndula. Pulsar para ampliar.
Después Mariví López nos dio las nociones básicas para manejarse en condiciones en el entorno Linux. Cosas simples, sí, pero que incluso a un autodidacta como yo vienen bien recordar de vez en cuando. Muchas de las órdenes que he dado a través del terminal las he tecleado por inercia sin saber específicamente alguno de los atributos. Pero bueno, también son más de 12 años aprendiendo a fuerza bruta y me vino genial. Algunos comandos que luego se necesitaron no se pudieron dar, pero no hubo problemas puesto que dichas órdenes fueron necesarias posteriormente en otra clase en la que la falta de tiempo no era lo primordial y se aprendieron sobre la marcha sin problemas.
Simpáticas animaciones del cliente para el acceso SSH MobaXterm. Pulsar para ampliar.
La tarde de ese primer día fue más relajada tras el «estrés» mañanero Jesús A. Gómez-Ochoa hizo una muy sensata introducción a la bioinformática preguntando al principio cuál era nuestra experiencia y que facilitó la orientación de la charla.
En la mañana del segundo día, Alexander Sánchez Pla introdujo los sistemas de secuenciación de próxima generación y nos mostró el uso de FastQC en modo gráfico, muy importante para comprender y comparar lo que tenemos delante tras pasar nuestro ADN por un Illumina.
Aunque todas las clases fueron amenas, en el momento en el que llegó la hora de picar comandos para analizar datos de verdad el caos se hizo presente. Posiblemente el profesor encargado de la partes de RNAseq creyó que todos tenían un background en el uso de linux lo suficientemente correcto como para no estar pensando más en la orden que dar que en el análisis en sí, en los pasos a dar. La ejecución de los scripts que es básica llegó como un jarro de agua fría para mis compañeros. Y es normal. Posiblemente en otras ediciones se baraje dar una formación algo más gradual dejando esta parte de RNAseq casi para el final. Todo también unido a que fue la última clase de la mañana y la falta de azúcar hizo estragos.
Las sesiones vespertinas posteriores fueron teóricas iniciándose con el análisis mediante el uso de Microarrays por Enrique J. de Andrés Galiana. Una ponencia que, desde mi punto de vista, fue muy matemática y en la que me sentí bastante perdido.
Características de cuatro supercomputadores punteros a nivel mundial. Pulsar para ampliar.
Javier Tamames siguió con su parte dedicada al análisis de la diversidad microbiana y de metagenómica explicando todos y cada uno de los pasos a seguir para cada tipo de experimento. Con una página web creada para el curso como apoyo tanto para él como para los alumnos y agilizando el aprendizaje correctamente, se intercalaron los usos de la supercomputación con herramientas vía web para análisis menos exigentes. La repetición de los pasos y la consecución de los análisis siguiendo esas instrucciones provocó una buena asimilación de estos estudios que se basaban en análisis de secuencias del 16S con sistemas Roche 454.
Las prácticas con el Dr. Tamames duraron hasta el último minuto del último día de clase mañanera, tras el cuál nos dispusimos a visitar el sistema de supercomputación Caléndula. Jesús nos desgranó, a nivel comprensible por todos, tanto los sistemas de emergencia como las tecnologías que componen el gigantesco puzzle de supercomputación que hasta hace poco se encontraba entre el Top 500 mundial.
Para que notéis la sensación de estar en el superordenador, os pongo a continuación el sonido ensordecedor grabado in situ.–>PULSAR AQUÍ para escuchar el sonido del supercomputador.
Accediendo a Caléndula desde Android. Pulsar para ampliar.
Aunque tras terminar el curso no se había podido asimilar todo el temario, la disponibilidad para descargarse todo lo impartido y tener acceso a Caléndula durante la semana siguiente (para mí poco tiempo debido a la cercanía de la Semana Santa y que soy un biólogo algo inquieto), provoca que se pueda exprimir al máximo el evento. Aunque para mí, una semana me supo a poco. Ojalá, en un futuro no demasiado lejano, todos los inquietos por estos sistemas de análisis se puedan dividir en categorías para saciar las distintas mentes. Pero al día de hoy es una buena experiencia que no está al alcance de muchos. Eso sí, después de ver las tripas de Caléndula se me va a hacer pequeño cualquier otro sistema informático convencional.
Imagen de uno de los días del curso.
Agradecimientos: quiero dar las gracias tanto a todos y cada uno de los instructores por su paciencia y buen hacer y en especial a Jesús Lorenzana y Ruth Alonso por la ayuda prestada para la recopilación de datos e imágenes para este artículo.
En el suplemento Innova del ejemplar de hoy del Diario de León, Blog de laboratorio aparece en la sección dedicada a la divulgación científica. Se puede saber un poco más de lo que hay detrás del «Doctor Genoma», datos de los locos por la ciencia y la tecnología que leéis el blog e incluso sobre ciertos proyectos de divulgación científica que traspasan la blogosfera para atacar a la podcastfera.
Sin más, os animo a adquirir un ejemplar del períodico. Y si no podéis por la distancia, también se puede obtener uno con sus suplementos incluidos mediante el portal Kiosko y más.
Durante los últimos años la tecnología ha permitido avanzar en el análisis de muestras de ADN de una forma increíble. Dejando a un lado la secuenciación masiva tanto de organismos únicos cómo a nivel metagenómico, el uso de chips siempre ha estado presente. Los más conocidos son los microarrays y puede que más de uno haya utilizado sistemas de detección de variaciones del ADN como el Experion. Dichos sistemas permiten el análisis para la detección de enfermedades e incluso su tratamiento observando el patrón de expresión.
En esta ocasión la firma japonesa Panasonic junto con los laboratorios belgas IMEC, han desarrollado un chip que permite el análisis del ADN procedente de muestras sanguíneas y que se destinará (según dicen ellos) para el tratamiento de ciertas enfermedades al detectar las variaciones de un sólo nucleótido (SNPs) de nuestro ácido desoxirribonucléico. Lo curioso es que aseguran que todo el proceso se realiza en 1 hora con la consecución de 30 ciclos de PCR en tan sólo 9 minutos. A continuación dejo un vídeo del producto en cuestión donde nos los explican casi todo:
De lo que no se habla es del coste por análisis el cuál no debería ser elevado puesto que los sistemas de secuenciación tienden cada vez más a abaratar la obtención del genoma entero de un individuo, que pronto bajará de los 1000€. La detección de enfermedades de índole genética y su tratamiento eficaz será algo muy usual dentro de poco. Aunque ponga los pelos de punta si recordamos la película GATTACA.
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