DoctorGenoma, autor en Blog de Laboratorio

Él sobre ella

10 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

No seáis malpensados. Voy a comentar algo básico en un laboratorio: el uso de ácidos a la hora de ser diluídos. Hay una regla que me explicaron en primer año de carrera. A las chicas les pareció machista y a nosotros práctico. Como dijo nuestro profesor de Bioquímica : «recordad, siempre él sobre ella». Gran consejo. Cuando se manejan ácidos en el laboratorio, a la hora de mezclar con otros líquidos se genera cierta inestabilidad. Lo más común en los laboratorios es hacer soluciones en las que se mezclan varios líquidos, entre los que están los ácidos. Normalmente las cantidades con las que se manejan no ocasionan peligro. Pero sí que puede llevarse un susto el newbiee de laboratorio. Lo mejor es añadir el ácido al final de todas los solutos (componentes de una disolución), a no ser que se contraindique o que se sepa de antemano que pueda ser más inestable que la opción anterior. Yo puedo hablar desde mi experiencia y casi todos los años surgen dudas sobre ello. La solución: él sobre ella.

Relaciones genéticas y bioinformática

9 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

El grupo de investigación en Minería de Datos y Bioinformática de la Universidad Pablo de Olavide, liderado por el profesor Jesús Aguilar, ha publicado un artículo en la revista Briefings in Bioinformatics sobre el uso de las técnicas de extracción de patrones frecuentes a partir de datos de expresión génica, lo que contribuye a la mejora de la identificación de las relaciones entre genes en procesos biológicos o enfermedades.
El objetivo del estudio es ofrecer a los investigadores en bioinformática, más próximos a las ciencias de la vida, los conceptos y técnicas fundamentales de la minería de datos (técnica que prepara, sondea y explora los datos para extraer el conocimiento oculto en ellos), así como su posible aplicación, en relación con el análisis de patrones frecuentes en datos de expresión génica. En el ámbito humano, el objetivo principal de la minería de datos es saber cómo los cambios en la expresión de los genes de un individuo afectan al riesgo de desarrollar enfermedades comunes (como por ejemplo el cáncer). Esto es muy importante para ayudar a mejorar el diagnóstico, prevención y tratamiento de las enfermedades.

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El cine en 3D en León

9 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ocio

Desde el verano pasado y con el estreno de «La edad de hielo 3», se comenzaron a proyectar películas en 3 dimensiones en los cines Van Gogh. Aconsejo que los leoneses vayan a ver una de las películas que estén en cartelera. Los precios son muy baratos en comparación con ciudades como Barcelona (que me costó 10€). Aquí los precios son de 7,90€ los fines de semana y de 7,50€ de lunes a viernes, reduciéndose la tarifa el día del espectador (los miércoles) a 6,50€. Algo bueno nos deja el cine.

La SGAE contraataca de nuevo

9 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ocio

Es curioso ver lo que hace esa “sociedad” para llamar la atención. Los intereses de esos individuos debería ser buscar nuevas vías para promocionar la música y no cortar por lo sano. Este post viene a colación por lo sucedido en la peluquería en la que estaban con la radio puesta. Por favor. Que quieren hacer ahora, ¿ir negocio por negocio en busca de todo lo que tenga derechos de autor? Ya sé que habrá gente que esté leyendo esto y que se sienta aludida. Pero tan sólo pido un poco de sentido común. Para que sea más comprensible, voy a poner un ejemplo que me pilla de lleno. En el mundo en el que trabajo, el uso de dispositivos informáticos es obligado: manejo de archivos, edición de imágenes, búsquedas, almacenamiento…etc. Ya demasiado que estando en una Universidad pública, tengamos que buscarnos la vida a la hora de adquirir licencias de todo tipo (como sistemas operativos, suites de ofimática u otro software destinado al manejo de datos bioinformáticos). Encima los ordenadores, discos duros, memorias usb, CDs y DVDs y demás consumibles llevan ese canon de derechos de autor. Como piensan esa gente que nosotros vamos a utilizar el material destinado a investigación para bajarnos o manejar música o libros u otra cosa con copyright. Eso se hace en casa de cada uno. En vez de capar esas opciones, pues a pagar se ha dicho. Es muy gracioso. En China no les permiten entran en youtube y aquí podemos hacer lo que queramos trabajando para poder llevarse el canon los de la SGAE. Y encima pagando ya por hacer piratería.
Es que me parece muy gracioso. Ahora no vamos a poder poner una radio en el laboratorio para trabajar en un ambiente distendido. Y ¿qué pasa con los conductores profesionales? ¿Tampoco pueden escuchar la radio? Es alucinante. Ya sé que recibiré comentarios de gente de todo tipo. Todos quieren barrer para su casa. Pero tan sólo pido que sigan un sentido común. Yo no quiero que el señor David Bisbal o el señor Alejandro Sanz sigan ganando más en sus mansiones de lujo y tampoco que las nuevas promesas no tengan dinero para comer. Se llama equilibrio. Tan sólo quería desahogarme un poco y compartir opiniones.

La semana de la Ciencia

8 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

Comienza la semana de la Ciencia que se celebra del 9 al 22 de noviembre por octavo año consecutivo en todas las comunidades autónomas. Este 2009 ha sido declarado “Año de Darwin» para conmemorar el bicentenario del nacimiento de Charles Robert Darwin, así como el aniversario de los 150 años de la publicación de su gran obra, “El origen de las especies”. Un motivo más de fiesta. Espero que no sea una ayuda más de esas del ministerio de ciencia e innovación (lo de las minúsculas es a propósito XD).

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El ADN

7 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

El ácido desoxirribonucléico ó ADN es una molécula de tipo polímero ya que está compuesta por una cadena de monómeros unidos entre sí. Cada monómero se llama nucleótido, que a su vez está constituído por tres componentes: una base nitrogenada, una pentosa (azúcar de cinco carbonos) y un fosfato.
La base del código genético la dictan las bases nitrogenadas. Son cuatro en el ADN Adenina y Guanina (A y G), que son bases púricas y Citosina y Timina (C y T), que son bases pirimidínicas. En el ARN la Timina deja lugar a la base llamada Uracilo (U). Por lo tanto existen cinco tipos de bases nitrogenadas. La combinación de las bases nitrogenadas provoca la generación del código genético. Por eso se pueden ver que las secuencias de ADN son del tipo «AACTGGGTCATGCGAA».

A forma de repaso, quería recalcar que las bases nitrogenadas se unen a los azúcares (ribosas en el caso del ADN) y dan lugar a nucleósidos. Posteriormente, esos nucleósidos al unirse los fosfatos dan lugar a los nucleótidos. Era para recordar ese anuncio de una crema que anunciaba el descubrimiento de una molécula llamada Adenosina. Es para reirse. Que es la Adenosina más que el nucleósido que tiene la Adenina como base nitrogenada. Pero, qué se le va a hacer. Finalmente, el ADN (se puede extrapolar igualmente al ARN si se recuerda que las Timinas son Uracilos) no es más que la polimerización de nucleótidos que se unen mediante enlaces fosfato. A lo largo de la hebra van quedando los residuos de fosfato, con carga negativa, que confieren el carácter ácido a la molécula.
Hasta ahora se ha hablado de la formación de una hebra de ADN. Pero la forma básica de nuestro material hereditario no se encuentra un una sola hebra. Dos de estas hebras, que son complementarias por las uniones entre las bases púricas y las pirimidínicas (A con T y C con G), forman la doble hélice de ADN. Tiene un tamaño de 20 Armtrongs de diámetro y da una vuelta completa cada 34 Armstrongs.

Hay otras formas de hélice, pero esta es la forma natural y estable que se encuentra en la mayoría de las células. Posteriormente esta doble hélice sufrirá empaquetamientos sucesivos que daran lugar a su compresión y formación de los distintos cromosomas.
Bueno, espero que haya sido de utilidad. Si tenéis dudas, comentadlas e intentaré aclararlas todas.

Droidcast

6 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ocio, Tecnología

Como bien se escucha nada más empezar el podcast, se trata de un podcast sobre Android y mucho más. Quiero recomendarlo porque me parece muy original. Al comienzo del programa el tema a tratar es el sistema operativo Android, sobre las aplicaciones, teléfonos y todo lo que puede ofrecer ese software de Google.
Pero luego comienza una segunda parte donde los temas son libres. Se puede oir desde Bonsais a fotografía, de seguridad en la red a podcasting en general. Incluso opinar sobre programas de televisión o sobre la forma en la que se está llevando la política de empleo.
Sencillamente genial. Llevo muchos podcast a la espalda y este engancha sobremanera. Podéis suscribiros en la sección de podcasting del blog.

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Editar y fusionar PDFs

6 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia, Tecnología

Cuando se trabajan con varios artículos y se quiere tener un archivo limpio, la duda de cómo lograr un pdf a la carta surge al instante. En todas las plataformas se puede hacer fácilmente con la versión Pro del Adobe Reader. Sin embargo, no está el bolsillo para adquirir licencias. Los usuarios de Mac OS lo tenemos fácil. Tan solo hay que abrir el archivo pdf con Vista previa y empezar a editar. Se pueden quitar páginas dando símplemente a eliminar seleccionando las que se quiera quitar. También se pueden añadir más páginas arrastrándolas a la posición deseada en la barra lateral. Permite así fusionar pdfs y hacerlos a medida. Para guardar el archivo final, tan sólo hay que seleccionar todas las páginas, ir a «Archivo» y después seleccionar «imprimir». En el diálogo se puede ver el botón «PDF» y seguidamente «guardar como pdf». Sólo hay que rellenar los campos necesarios para guardarlo y listo. Os dejo un vídeo hecho por mí para que veais lo simple que es:
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=8l-sdnsp6Ig[/youtube]

Flujo de trabajo con Snow Leopard

5 noviembre, 2009 DoctorGenoma Tecnología

Aquí dejo un vídeo similar al que hice casi un par de años atrás sobre el flujo de trabajo que se puede generar con un «pequeño» Macbook negro. Es una simple muestra, pero se ve como no hay ningún problema en trabajar con vídeo, música, suites de ofimática e incluso correr el dichoso Windows en modo de máquina virtual.
Me dejo de palabras y disfrutad con el vídeo.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=vD25qIr0_eM[/youtube]

Manipulación de muestras de ADN

4 noviembre, 2009 DoctorGenoma Ciencia

A la hora del manejo de las muestras de ADN hay que tener varios factores en cuenta: primero la esterilidad y pureza del lugar donde se depositan. Evidentemente las muestras de ADN no se almacenan en un tubo cualquiera. El vial destinado para ello debe ser estéril y haber sido autoclavado previamente. Parece una redundancia, pero no es así. Los viales vienen de las empresas comercializadoras con un certificado de esterilidad. En un laboratorio suele haber un grupo amplio de investigadores. Cada uno con sus manías y sus protocolos de esterilización. Lo usual es que se repartan viales en otros recipientes para que cada uno tenga su material. Y esos contenedores deben ser de un material, como el vidrio, que resista altas temperaturas. De este modo no hay que preocuparse tampoco de cómo han sido rellenados los recipientes con los viales ya que, antes de pasar al investigador, son autoclavados: esterilizados mediante la acción de vapor de agua a cierta presión durante un tiempo determinado.
Así también pasan por el mismo proceso todos los materiales desechables que se utilicen como puntas de micropipetas, tubos de ensayo, probetas u otros recipientes y viales.
Algo que no he comentado es la situación del personal del laboratorio. Se deben usar guantes en todo momento. Esto es debido a que en las manos tenemos unas enzimas llamadas DNAsas que digieren el ADN. El simple contacto de los viales y/o las muestras con las DNAsas sería fatal. Otra precaución que se toma siempre es mantener las muestras en frío siempre y cuando los protocolos de manipulación no indiquen lo contrario. El recipiente de poliestireno relleno de hielo picado es otro compañero más en el laboratorio.
Dependiendo del tipo de muestras y del nivel de purificación que se necesite para su procesado y estudios posteriores, hay que almacenar el ADN diluído desde simple Agua estéril y filtrada (Agua MiliQ) hasta en buffers (soluciones tamponadas) específicos que permitan una mayor eficiencia en el análisis. También puede que necesiten seguir algún protocolo de purificación mediante técnicas tradicionales o con kit especiales para ello.
Por último, el almacenamiento de las muestras debe realizarse a 4ºC si se van a utilizar en periodos de tiempo medio (unas semanas) o a -20ºC si se piensa almacenar para análisis no a corto plazo. Nunca se deben congelar y descongelar muy sucesivamente las muestras porque los cristales de hielo formados en la congelación pueden romper las hebras de ADN, empeorando rendimientos.
Seguiré con más lecciones de laboratorio pronto.

Escuchando:

Autor: DoctorGenoma