La revista Popular Science en conjunto con Google ha escaneado todas las paginas que han publicado durante 137 años (desde 1872) para crear un gran archivo digital de todos sus ejemplares, lo mejor de todo es que se encuentran indexados, así que cualquier búsqueda es relativamente fácil. Resulta todo un descubrimiento ver estas revistas desde la década de los 50s hasta ahora. Los años anteriores son más científicos que técnicos, pero de igual manera encierran un montón de pequeñas joyas del conocimiento humano. El archivo también es indispensable para cualquier persona que le interese la historia del siglo XX y todos sus grandes avances científicos y tecnológicos.
Me parece una iniciativa muy atractiva y desde que por Abril del 2008 se hiciera una versión española de esta revista, creo que ganará más adeptos. No va a ser mala idea ver documentos de hace dos siglos.
Los genes de nuevo tienen que ver con algo que nos asusta: el dolor. Los investigadores dirigidos por el genetista clínico Geoffrey Woods, del Instituto Cambridge de Investigación Médica del Reino Unido, examinaron el ADN de 578 personas con osteoartritis dolorosa. Woods y sus colegas buscaron variaciones genéticas que podrían estar vinculadas con cuánto dolor sufre un paciente. Es una medida subjetiva, pero en la actualidad es lo mejor que los investigadores pueden tener.
El equipo encontró que las personas que tuvieron mayores niveles de dolor fueron más propensos a llevar una base de ADN particular, una A en lugar de una G, en un lugar específico en el gen SCN9A.
Los investigadores también analizaron la variante genética en 186 mujeres sanas que habían sido evaluadas sobre la base a sus respuestas a una serie de estímulos dolorosos. Las mujeres con mayores respuestas fueron más propensos a tener la variante A en lugar de la G.
La variación genética afecta a la estructura de una proteína que se encuentra en el exterior de las células nerviosas y permite la entrada de sodio en los estímulos dolorosos. Esto ocasiona el envío de un mensaje de dolor al cerebro.
La verdad es que me parece alucinante que un simple SNP tenga la culpa de tener más o menos dolor. Pero así es la genética.
Fuente: Body & Brain
Escuchando: Hablando con científicos
Ya he comentado en alguna ocasión la gran utilidad de Google Docs para la creación y manejo de los documentos para no generar copias de más y compartir la información. Muy útil a la hora de realizar informes y compartirlos con los directores, por ejemplo para nuestra aplicación científica. Aunque eso ocasiona una enseñanza a los jefes en muchos de los casos. Ya dedicaré un artículo que explique esta aplicación gratuita del servicio de Google.
Lo importante de la noticia de hoy es la adquisición por parte de este gigante de la red de DocVerse. Es una utilidad creada por extrabajadores de Microsoft que permite la compatibilidad con los archivos de Office, la Suite de ofimática por autonomasia. No debe haber sentado muy bien a los creadores del sistema operativo de las ventanitas, pero supone un gran avance para los usuarios. Esperemos que sea tan asequible como todas las herramientas que proporcionan. No querría entrar en polémicas pero ¿podremos trabajar sin Google en un futuro? Por el bien del desarrollo científico esperemos que no haya cambios en la política de esta gran empresa.
Fuente: Blog oficial de Google.
Escuchando: Los programas despertadores de la radio matutinos.
La explicación de la replicación del ADN sería muy laboriosa y dura de seguir para los no «vocacionales» en el tema. He indagado un poco por esta autopista de la información y he encontrado un vídeo y unas imágenes valen más que mil palabras. Además, hace una breve introducción sobre el descubrimiento de la estructura del ADN que me gusta.
Gran parte de la traducción es automática, como sucedía en el artículo del Gran colisionador de hadrones. Robotizada. Pero los vídeos que muestran la actuación de la ADN polimerasa son geniales. Incluso lo presenta un tal Doctor Asso, que en EE.UU. no tendría mucha gracia pero en España…jeje. La pena es que no sea biólogo, pero en USA los buenos genetistas suelen ser médicos. Disfrutad el vídeo.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=n7wtjTFLi9g[/youtube]
Después de hacer limpieza de los apuntes de la carrera, una pregunta siempre me ronda la cabeza: ¿por qué se vuelven amarillos los papeles almacenados?. Pues he podido dar con la causa científica. Todo se debe a la lignina. Después de los polisacáridos, la lignina es el polímero orgánico más abundante en el mundo vegetal. Es importante destacar que es la única fibra no polisacárido que se conoce. Lo que hace es dar consistencia a los árboles. Ya se conoce que el papel está compuesto por celulosa en su mayoría. Pero como la materia prima para hacer el papel son los árboles, a parte de la celulosa llevará lignina. En el proceso de producción de papel, se pasa por una fase de blanqueado ya que tiene un mayor atractivo que el papel en bruto. Este blanqueado consiste gran parte en extraer el oxígeno. Esto provoca que la lignina, que da un color marrón, pierda fuerza y se vean las hojas blancas.
Cuando se dejan hojas en un sitio almacenado por un tiempo, las hojas van tornándose amarillas debido a la acción del oxígeno y a la luz, que ayuda a que la lignina vuelva a coger peso en la coloración. Un experimento que se puede hacer es dejar en algún lugar soleado una hoja de periódico y otra del mismo rotativo en un lugar a oscuras y con poco oxígeno. Al cabo de unos días se pueden ver los cambios de color que sufren.
Como podéis observar, todo tiene su explicación. Proceso de fabricación del papel
Al final vamos a tener una cartilla genética. Sí sí. A este paso seguro. El profesor Marjo-Riitta Jarvelin de la Escuela de Salud Pública del Imperial College de Londres ha realizado un estudio con 6000 individuos con cierto seguimiento a lo largo de los años, y han encontrado 5 genes que están relacionados con el desarrollo de los dientes de leche. Además, han descubierto que uno de los genes identificados se asoció con un 35% más de riesgo de requerir tratamiento de ortodoncia por la edad de 30 años.
Los autores enfatizan que el desarrollo del diente no es un hecho aislado. Los dientes y otros órganos tienen un crecimiento común y vías de desarrollo en los primeros años de vida. Algunos de los genes identificados se han relacionado en estudios previos con el desarrollo del cráneo, mandíbulas, orejas, dedos, dedos de los pies y el corazón. El descubrimiento de los genes que influyen en el crecimiento del diente puede dar lugar a innovaciones en el tratamiento precoz y la prevención de problemas congénitos y la oclusión dental.
Nada, yo ya tengo un listado de un par de folios para añadir a la cartilla de la seguridad social. El mundo de Gattaca está cerquita.
Referencias: Pillas D, Hoggart CJ, Evans DM, O’Reilly PF, Sipilä K, et al. (2010) Genome-Wide Association Study Reveals Multiple Loci Associated with Primary Tooth Development during Infancy. PLoS Genet 6(2): e1000856. doi:10.1371/journal.pgen.1000856
Pues habrá que ponerse a inventar cosas. La última es un cazamosquitos. Es la versión del cazamoscas del siglo XXI. Como lo vea mi abuela, capaz de usar el aspirador directamente. Animalicos.
La preparación de gel de agarosa para electroforesis parece de cocinitas, pero es algo básico en un laboratorio de biología molecular.
Información sobre el gel de agarosa para electroforesis
La agarosa es un polisacárido formado por galactosas alfa y beta que se extrae de las algas de los géneros Gellidium y Gracillaria. De lo que se trata es de formar una matriz inerte y no tóxica para construir geles que permitan separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente se utiliza para el cultivo celular y microbiología.
Otros usos menos extendidos son la utilización de estos geles como matrices en la reparación de tejidos dañados.
Una vez puestos en materia nos quedamos con la idea principal: separación de moléculas gracias a un entramado que lo permite. Esta separación se produce gracias a la aplicación de un campo eléctrico. Las muestras migrarán de un lado a otro dirigidas por ese campo eléctrico. Así moléculas como los ácidos nucleicos que son de polaridad negativa se dirigirán al ánodo.
Preparación de gel de agarosa para electroforesis
Para la preparación de un gel de agarosa se precisan 4 cosas:
La agarosa en polvo.
Tampón en el que se disuelve la agarosa y que sirve para embeber el gel y transmitir el campo eléctrico.
Fuente de calor o microondas para mezclar y fundir la agarosa en el tampón.
Cubeta y molde para solidificar el gel y sumergirlo en el tampón. La cubeta tiene los bornes para conectar los cables a la fuente de alimentación.
Pasos a seguir
En un matraz, verter la cantidad de tampón para completar el volumen del molde a rellenar con el gel.
Medir la cantidad de agarosa dependiendo de la concentración a la que se quiera obtener el gel. A más concentración, mayor resolución. Por ejemplo, un gel al 2% sería 2 gramos de agarosa en polvo disueltos en 100 ml de tampón. Como podéis comprobar, la concentración se obtienen mediante la relación peso/volumen. Sencillo.
Se procede a mezclar la agarosa con el tampón y fusionar los componentes para obtener el gel. Se necesita una fuente de calor como un baño (poco recomendable si se quiere rapidez) a una temperatura que permita fundir la agarosa o un microondas, que permite realizar el proceso más rápidamente. Con la experiencia, es todo un arte dependiendo de las concentraciones y las agarosas. Pero esto es sólo a modo introductorio.
Se enfría el gel para poder verterlo en la cubeta. Siempre hay que acordarse de poner unos límites con cinta para que no se disperse el gel por la mesa y el peine que formará los pocillos. En unos minutos, al enfriarse del todo, se tiene el gel polimerizado.
Por último se introduce en la cubeta que contiene el tampón, a la misma concentración que el que se ha utilizado para generar el gel.
Ya sólo queda cargar las muestras y correr el gel al voltaje predeterminado (generalmente a 10 voltios por cm de gel, pero depende de las muestras, el gel y los protocolos a seguir). Luego se deberá realizar una tinción para poder ver las bandas. Existen varios métodos para la preparación de gel de agarosa para electroforesis y serán limitantes para el posterior visionado, pero eso lo comentaré en otro artículo.
El gel final se puede fotografiar y guardar la imagen. Incluso se pueden extraer bandas de interés para un posterior análisis, como podéis ver en la imagen que he tomado estos días donde estuve cortando unas banditas.
Ejemplo del resultado de una preparación de gel de agarosa para electroforesis.Continue reading
Vaya vaya. Parece ser que la genética vuelve a revolucionar la medicina. Por primera vez en la historia, un estudio de secuenciación de ADN ha hecho cambiar el diagnóstico de los médicos. Se trata de un caso en Turquía en el que un niño de pocos meses padecía un trastorno que provocaba pérdida de peso y deshidratación. Al principio, los médicos diagnosticaron como causa más probable el síndrome de Bartter. Es un mal que afecta a uno de cada 100000 bebés y causa bajos niveles de potasio y otras sales ocasionando un fallo en el riñón. Menos mal que, para completar el estudio, enviaron muestras de sangre al genetista Richard Lifton del Yale Medical School. De esta forma querían ratificar cuál era el gen causante de la enfermedad. Pero Lifton sospechó de que no era ese síndrome el culpable de la enfermedad del niño y lo que hizo fue secuenciar el genoma del bebé. Esto hubiera sido impensable hace años por los costes, el tiempo y la tecnología a utilizar, pero ahora es otro cantar. Pues menuda sorpresa se llevaron todos al comprobar que el síndrome de Bartter no era la causa sino otro trastorno llamado «congenital chloride diarrhea», que provoca también bajos niveles de sales.
El caso ha sido publicado en Proceedings of the National Academies of the Sciences (PNAS, para los que estamos muy metidos) el pasado octubre. Para que os hagáis una idea, el coste de descifrar 6 mil millones de bases en el genoma humano a caído de 1 million de dólares en 2007 a menos de 20000 dólares hoy en día. Lifton utilizó un método de extracción de dos pasos y secuenció sólo el 1% de esas bases, que contienen genes conocidos, disminuyendo el coste a 2500 dólares.
Como podéis deducir, una nueva era médica basada en la genética está comenzando a llegar. Antes no se aprobaba el diagnóstico por secuenciación. Ya no sólo por la tecnología, sino por los acuerdos con los seguros médicos.
Realmente, noticias como esta hacen que me guste cada vez más mi profesión.
Fuente: Genetic diagnosis by whole exome capture and massively parallel DNA sequencing
Para los amantes de la Entomología hay una muy buena noticia: se está montando un nuevo programa dedicado al mundo de los insectos gracias a Cienciaes.com y José Rafael Esteban. La semana pasada salió a la luz una nueva entrega de Hablando con científicos. En esta ocasión se recordó una entrevista realizada a José Rafael Esteban Durán en la que se hablaba de los insectos en general y de un tipo de lepidóptero en particular. Lo mejor de todo es que se comprometieron a ampliar la parrilla de podcast dedicando uno al mundo de los insectos. Escuchadlo y veréis lo apasionante de esta parte de la Zoología.
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