Los manuscritos de Darwin

Charles DarwinEl trabajo que hizo Charles Darwin a lo largo de toda su vida es sobradamente conocido. Pero ¿habéis podido observar sus manuscritos?. Pues hay un proyecto denominado «El trabajo completo de Charles Darwin online» (The Complete Work of Charles Darwin Online) o simplemente «Darwin Online», que nos lo muestra de forma muy detallada. Contiene 97000 páginas y 213000 imágenes digitalizadas. Más aún si se suma la colección privada del señor Darwin.
Esta web lleva aportando contenido desde el año 2002 y ha sido llevada a cabo por más de 20 grupos de Universidades como Cambridge o Harvard. Nunca me canso de ver tanto las notas tomadas de su puño y letra como los geniales dibujos de estructuras anatómicas realizados a mano alzada y que son de lo más realista que he visto en Biología.
Os dejo el enlace de la web porque más vale todas esas imágenes que mil palabras mías. Disfrutad de ello tanto como yo lo he hecho.

Enlace a Darwin Online

Continue reading

Ineficacia del funcionariado como lastre evolutivo

Rectorado de León
Como este blog se basa en la experimentación y la experiencia, espero que esto sirva para los venideros universitarios porque a los que ya hemos pasado por el aro de todo lo que hacen (más bien no hacen) los funcionarios de las universidades, todo esto lo sabemos muy bien. En fin, en este artículo me quería referir a lo mal que te hacen pasar los funcionarios trabajadores de la Universidad. Esos que, en cuanto tienen que hacer un trámite que requiera un esfuerzo mayor al de hacer clic dos o tres veces en su grandísima y complicada interfaz tipo suite de ofimática y más de tres casillas para rellenar lanzan suspiros y te miran mal. Esos que, aún siendo tú un licenciado con un currículo bastante amplio y que te estás partiendo el culo por un sueldo mil eurista (si llega), no son capaces de tratarte de usted. Vaya por Dios!, menudo esfuerzo. A mi me han enseñado desde pequeño a tratar a las personas con educación y ni por asomo se me ocurre tutear a alguien que no conozco de primeras en el ámbito laboral. Ya se que soy un tiquismiquis, pero el respeto empieza por el ejemplo y las generaciones venideras están perdiendo ambos. Volviendo a las personas que deben tramitar los papeleos, pocas son las que te dicen buenos días antes de que tú lo digas o que te atienden con una sonrisa. No se si se creerán que todos los papeleos son para putearles, pero eso parece desde fuera. Eso sí, como conozcas a alguien del entorno y «marujees» un rato, tienes abiertas todas las puertas. Curioso ¿verdad?. Esos trabajadores que tienen como norma hora y media de café sin contar los pitillos o las visitas a las amigas/os de turno…ains!!. Os lo explico con un ejemplo práctico: aquí, en León, el rectorado (que es el lugar donde se debe tramitar todo el papeleo) se encuentra tal que a 45 minutos a toda castaña andando, 25 minutos si vas en bus y 13 minutos en bici (sí, lo tengo cronometrado). Bien, si se trabaja en el campus y más como yo en un laboratorio, tienes que diseñar tus proyectos con días de antelación en ocasiones para tener un tiempo para tramitar papeleos. (NOTA: me refiero a papeleos que estén fuera del correo interno, que menos mal, funciona relativamente bien para cosas que se responsabilizan ELLOS). Pues tienes que saber de antemano quién te tiene que atender para estimar cuándo toma el café y si fuma o no. Y si tiene un colegueo más que desarrollado para añadir sorpresas. Es fantástico. Y luego te suspiran, resoplan, miran mal, no te respetan y, por supuesto, no se esforzarán ni para hacer una fotocopia (a no ser de que apliques tácticas de integración social, marujeo…etc.).
No creo que se hayan parado a pensar alguna vez en lo que pasamos los verdaderos currantes para que estas personas tan ineficaces trabajen. Irónico.
Y todo esto tan sólo para la primera fase de los papeleos, porque la inoperancia en cuanto a revisiones de solicitudes, registros, reclamaciones y demás deberían revisarse con calma y yo no tendría espacio en el servidor para decir todo lo que se después de muchos años.
De todas formas, a todos los que empiecen con papeleos los recomiendo que tengan la mente en blanco cuando se enfrenten al funcionariado, si son irascibles por naturaleza que escuchen o vean antes de ir algo que les haga sonreir y que, si se tiene un día malo mejor dejar la visita para otro momento si es posible. Yo tengo amigos funcionarios y creo que en la Universidad se acentúa el problema. Soy tajante en esto pero es una verdad como un templo: sobran la mitad de esas personas y a la otra mitad habría que revisarlas. Y si no, id a la hora de fichar, contad a las personas que entran a trabajar, seguidlas a su puesto y luego repetid la operación a las 12 de la mañana. Sería un estudio estadístico con resultados bien conocidos.
Bueno, tengo la ligera esperanza que la selección natural acabe con ciertas cosas y que la genética me ayude un poco para eliminar de la evolución a esta raza que es muy pero que muy inferior a la media. Menuda afirmación más radical pensaréis, pero nada más lejos de la realidad. El avance científico se debe motivar y ayudar en la medida de lo posible y estos individuos están siendo un lastre que implica un retraso en el avance científico. Y creo que la ciencia tiene un cierto peso en nuestra forma de evolucionar, ¿no creéis?.
Espero no compartir con muchos esto que acabo de exponer, pero me da que hay cierta «clonación» en esto del funcionariado.

Continue reading

Semana de la ciencia 2010

La semana del 8 al 21 de noviembre en León y Ponferrada se puede disfrutar de una de las actividades más interactivas en cuanto a la ciencia y tecnología se refiere: La semana de la ciencia.
Para este año se han enfocado en tres temas principales:
– Ciencia y tecnología de los alimentos: la ciencia en la cocina.
– Salud y calidad de vida.
– Biodiversidad.

La biodiversidad tiene un espacio especial puesto que nos encontramos en el año internacional dedicado a este tema.
Lo mejor de estas jornadas es, como he dicho antes, la interactividad. Hay un total de 9 actividades a disfrutar entre las que se incluyen multitud de talleres, entre los que destacan los culinarios como catas de vino y queso o también un taller de fisioterapia y otro dedicado a la memoria, y una visita a puertas abiertas en la Universidad de León.
Para que las jornadas fluyan sin problema, se ha habilitado un formulario de inscripción donde poderse apuntar. Esto es porque los aforos de los talleres y visitas es limitado. Así que, si se tiene ganas de asistir visitad la página web habilitada para ello y a apuntarse se ha dicho.

Continue reading

Ya son siete los genomas humanos secuenciados

Doble hélice de ADN
Un varón japonés no identificado se ha unido al grupo de humanos cuyo genoma ya ha sido secuenciado en su totalidad desde 2001. Los otros seis individuos son el genoma de James Watson, que co-descubrió la estructura del ADN, Craig Venter, el magnate de los EE.UU. de la biotecnología, un hombre de la etnia Yoruba de África occidental, dos hombres coreanos, y un varón de etnia china Han.
El estudio, publicado en la revista especializada Nature Genetics, está encabezado por Tatsuhiko Tsunoda del Centro de Medicina Genómica de Yokohama.
Un consorcio internacional de investigación ha puesto en marcha el denominado «Proyecto Mil Genomas» (Thousand Genomes Project), dirigido a la secuenciación completa del genoma de 1.000 personas anónimas y publicar los datos en el dominio público.
El proyecto tiene como objetivo arrojar luz sobre las variaciones genéticas que pueden explicar la vulnerabilidad sobre enfermedades hereditarias y poder adaptar los medicamentos a las necesidades individuales.
Tsunoda dijo que estaba cauteloso acerca de hacer una comparación rápida entre los japoneses y los otros genomas conocidos. «Más muestras -decenas- sería necesario, que es nuestro plan de futuro», dijo.
Tsunoda dijo que su equipo estaá trabajando en nuevas maneras de detectar patrones de múltiples variaciones en el código genético.
«En el futuro, seremos capaces de encontrar gran número de variaciones en los genomas individuales que deberían estar relacionadas con muchas enfermedades», dijo Tsunoda.
Al paso que van los avances en secuenciación, no tengo duda que en un futuro cercano podremos pedir que nos impriman una copia de nuestro ADN como si el informe de vida laboral se tratara. Espero que os haya gustado.

Enlace al estudio de secuenciación japonés

Continue reading

BioLinux 6.0


Este artículo lo escribo con cierta rabia e indignación, por debajo de la alegría de encontrar algo tan útil como este sistema operativo. Lo comento así porque llevo interesado en mejorar el estado de la bioinformática en este país (donde no hay una carrera o especialización como debería), ya que todos los estudios genéticos necesitan un soporte informático ya sea por un análisis de datos o por un estudio estadístico. Es como si los biólogos tuvieran miedo de meterse en la bioinformática. Pero lo curioso es que, en un congreso al que asistí este pasado verano, hablando distendidamente con grandes cargos de la sociedad española de genética ellos estaban también preocupados por el tema y discutimos la situación de este campo en España. La verdad es que somos pocos los biólogos que nos gusta trastear con los ordenadores y sacarles el máximo partido sin mandarles al carajo, pero la conclusión a la que llegamos es que deberían ser Biólogos y no informáticos los que desarrollaran una especialización en esta materia para poder adecuar mejor los datos a la realidad. Después de esta pequeña pataleta, el motivo de la entrada es mi «descubrimiento» de la nueva versión del sistema operativo Biolinux: la 6.0.
Esta distribución de Linux está basada en Ubuntu 10.04 y la desarrollaron para un público que necesita el uso de herramientas bioinformáticas para sus respectivos proyectos. El grupo que lo ha llevado a cabo es NERC Environmental Bioinformatics Centre y, para no tener que instalarlo de cero en usuarios que ya tengan Ubuntu en su ordenador, han posibilitado la instalación de todos los paquetes necesarios para que se transforme en BioLinux en cuanto a las aplicaciones se refiere. Esto es de gran ayuda puesto que muchos tenemos alojados en algún equipo ese sistema operativo y reinstalar de cero no es de mucho agrado.

La única desventaja es que toda la documentación al respecto está en inglés, pero es algo asumible y que viene siendo habitual. Así se tienen aplicaciones instaladas como el QTLcartographer o CLCsequence viewer, que sirven para mapeo genético y manejo de secuencias. Así también, está adaptado para búsquedas para análisis como Blast. De todas formas AQUÍ está un listado con los paquetes instalados de serie con su descripción.
Siempre que hablo con biólogos que no usan más que güindous sobre sistemas Linux, son un poco esquivos a la hora de instalarlos. No tenéis que instalar el sistema operativo para probarlo con todas las funcionalidades. Estas distribuciones Linux vienen en modo Live, que significa que tan sólo tendréis que iniciar el ordenador (ya sea Mac o PC) para que arranque en el CD ó DVD donde se encuentre la distribución y podréis comprobar la potencia de este software libre.

Enlace de descarga de la distribución BioLinux 6.0

Escuchando: El Club vintage

Continue reading

Hablando con científicos: Tutankhamon la tumba y sus tesoros

Hablando con científicosDesde pequeño siempre me ha gustado todo el mundo de los faraones, las pirámides y el misterio que había detrás de las historias y maldiciones que rodeaban este mundo de la egiptología. En este programa de Cienciaes.com, la invitada es Esther Pons, egiptóloga y conservadora del Departamento de Antigüedades egipcias del Museo Arqueológico Nacional. Es todo un placer poder escuchar de primera mano de una investigadora española especialista en el mundo egipcio cómo fue el descubrimiento de la tumba allá en los inicios del siglo pasado y conocer cómo fue la vida del faraón más conocido por todos: Tutankhamon.
Desde este blog, mando un saludo a los compañeros de Cienciaes.com por el incidente sufrido en sus estudios y que nos dejarán huérfanos por unos días del amparo de sus podcasts científicos. Ánimo.

Enlace al audio

Escuchando: Comunicando podcast

Continue reading

Problemas con la bibliografía

Aplicaciones bibliográficas
Tras varios años como investigador me he topado siempre con un problema a la hora de escribir publicaciones y es el manejo de la bibliografía. Antes no se pensaba lo más mínimo en gestionar la bibliografía ayudándose de la informática más que para hacer listados para saber dónde se encontraban los papers o libros que servirían para completar un escrito. Ahora el volumen de la información es infinitamente superior. No hace falta escribir a un autor si se quiere tener su publicación. Las editoriales permiten la descarga, con «incentivos» o no dependiendo del artículo. Eso hace que se tengan que gestionar muchos más reseñas bibliográficas que antes.
Ahora bien, el problema llega a la hora de administrar todo lo recopilado. A la hora de descargar un artículo, en teoría viene etiquetado con un número de identificación llamado D.O.I. Esto facilita la clasificación ya que incluye en el archivo información como los autores, título, revista, año…etc. Pero no siempre es así. Debería ser un estándar a la hora de publicar on-line. Descartando este inconveniente de editarlo a mano, se pasa a añadirlo a la biblioteca de cada uno. Pues más vale editar cada artículo antes de guardarlo porque si no será un caos, ya que si te descargas el artículo suele tener un nombre tipo «fulltext.pdf» o «BMC124566.pdf», nombres nada intuitivos para saber de qué va el paper. Por lo tanto necesitamos un gestor de bibliografía.
He podido trabajar con 3 gestores distintos: Papers, End note y Mendeley. El primero es específico para Mac y los otros dos son multiplataforma.
EndNote fue el primero que pude probar. No permitía la importación rápida de los artículos y se tenía que añadir toda la información a mano. Pero tenía una ventaja y era la perfecta integración con Microsoft Word para ir añadiendo la bibliografía eligiendo el formato de la misma. Pero había notables diferencias en las versiones para cada Sistema Operativo. Como habréis notado, me he referido en pasado ya que lo dejé de usar porque cuando se añaden a la biblioteca más de dos o tres artículos al día es bastante cansado ir etiquetando todo para que se pueda clasificar el artículo. Además, no permitía la reordenación en directorios como ya veremos más adelante. A todo esto hay que añadir la pega de que costaba alrededor de 300€ la licencia básica.
Mendeley parecía una buena opción al ser gratuito y permitir la importación de los artículos asumiendo el D.O.I.. Sin embargo sigue sin poder organizar las carpetas contenedoras de las publicaciones a nuestro antojo y la búsqueda de nuevos papers requiere una configuración nada intuitiva (o poco «user friendly» ;-D) y tampoco permite una exportación de la reseña fácil para añadirla a nuestro documento final.
De esta forma sólo me queda Papers. Tiene una gran pega y es que no se puede elegir el modo de generar la cita como en EndNote. Me explico. End note tiene una característica muy buena y es que permite generar una cita bibliográfica con el estilo de la revista científica que se desee. Por lo menos así era antes. De esta forma y al publicar un artículo, siempre se cumplía con las normas dictadas por la revista en cuestión sin errores ya que existían actualizaciones cada cierto tiempo. En Papers sólo existe una forma de exportar (por método de «copiar y pegar» y también «arrastrando y soltando» donde se quiera) y que tiene el gran fallo de que no añade toda la lista de autores, si no que sólo genera una cita con el nombre del primer autor más la coletilla «et al.» (es una locución proeniente del latin et alii que significa literalmente «y otros» pero que puede ser traducida como «y colaboradores»). A parte de este GRAN fallo, es la mejor interfaz de todas. También hay que decir que lo diseñaron unos científicos. Pero de eso ya os hablé en ESTE ARTÍCULO. Sólo quería destacar que aquí permite manejar todo en la misma ventana: buscar en distintas bases de datos, gestionar y buscar artículos de la biblioteca de cada uno e importar datos D.O.I. siempre que estén incluidos en el archivo pdf, haciendo que tan sólo en un clic se tenga el paper clasificado y perfectamente localizable puesto que permite ordenar los directorios a nuestro antojo: por fecha, año, editorial, autor…etc y en el orden que se quiera. Lo mejor, es el precio: 34€. Digo lo mejor porque merece la pena probarlo y ver las diferencias con Mendeley, que es el único que permite competencia por precio.
Lo bueno que tienen todos los gestores que he comentado es que el etiquetado del pdf permitirá siempre importar el paper a uno u otro software asumiendo toda la información. Siempre hago la misma comparación pero así se entiende mejor: es igual que la información que tienen los archivos de música que se ven en el display de los reproductores de mp3, detallándose la canción, autor, álbúm, letra…etc. pero en términos bibliográficos.
Al final de todo me he quedado con mejores sensaciones que años atrás, pero que me dejan mal sabor de boca. Parece que están jugando con nosotros. No se genera la aplicación definitiva de gestión bibliográfica y es muy, pero que muy necesario para que no se haga pesado el manejo de todos los artículos y lograr un mejor avance en ciencia.

Web de EndNote
Web de Mendeley
Web de Papers

Escuchando: Gravina 82 episodio 34

Continue reading

El agradable olor a tierra mojada

Ahora que va a comenzar el otoño, quería compartir con todos algo que me encantó en los primeros años de carrera. Cuando comenzamos a dar Microbiología, Streptomyces fue (es y será) un organismo modelo en estudios de todo tipo. A modo de curiosidad nuestro profesor nos comentó si nos agradaba el olor a tierra mojada. Y nos expuso la explicación científica: Se debía a una sustancia llamada geosmina (que viene del griego y significa aroma a tierra mojada) que era sintetizada por este microorganismo, además de por ciertas cianobacterias
En general, Streptomyces produce más de 6.000 productos químicos distintos, que incluyen agentes antibacterianos muy conocidos como la tetraciclina, la eritromicina, la rifampicina o la kanamicina, antifúngicos como la nistatina, además de agentes antitumorales, antihelmínticos e inmunosupresores, entre otros. Los trabajos en este microorganismo han conducido recientemente a que el genoma de S. coelicolor haya sido completamente secuenciado. Gracias a esto, los investigadores han localizado uno de los genes responsables de la producción de este olor a tierra mojada entre los 8.000 genes que aproximadamente contiene su genoma. Los investigadores localizaron un gen, que al mutarlo, eliminaban la producción de este olor típico, para después, comprobar que la bacteria había dejado de producir geosmina. Así se ha descubierto el primer gen implicado en la biosíntesis de esta sustancia, Sco6073 (cyc2), que codifica para una proteína de 700 aminoácidos que tiene dos dominios sesquiterpeno sintasa, uno de los cuales, el N-terminal, es necesario para la biosíntesis de geosmina.

estructura molecular de la Geosmina
estructura molecular de la geosmina

Todavía no se conoce con detalle cómo es la biosíntesis de geosmina, aunque el reciente descubrimiento de un segundo gen que codifica para la germacradienol sintasa puede ayudar a elucidar la ruta bioquímica que lleva a su síntesis. Se ha sugerido que la formación de la geosmina probablemente implica la acción de una sesquiterpeno-germacranoide sintasa o farnesil pirofosfato. La enzima germacradienol sintasa probablemente catalizaría la ciclación del farnesil pirofosfato, que es uno de los primeros pasos para la biosíntesis de geosmina. Los siguientes pasos teóricos incluirían la acción de al menos tres enzimas, tales como una ciclasa, una reductasa y una hidrolasa.
Después de todo este embrollo molecular, ya podéis vacilar un poco a los amigos cuando comencéis a captar ese olorcillo tan característico y que a casi todos nos agrada de la tierra mojada. Espero que os haya gustado.

Referencias: Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2); Expression and mechanistic analysis of a germacradienol synthase from Streptomyces coelicolor implicated in geosmin biosynthesis; The earth’s perfume; El olor de la tierra y la sed de los camellos.

Escuchando: Radio Podcastellano

Continue reading

XXXII Congreso de la Sociedad Española de Farmacología

Este año este congreso se celebra en León, así que hay que hacer un poco de promoción. Se celebrará los días 15, 16 y 17 de septiembre en las instalaciones del «Edificio El Albéitar» (situado en la Avenida de la Facultad de Veterinaria nº 25). La web creada para el acontecimiento está muy bien elaborada. Incluso tiene la opción de ver un vídeo para dar un paseo por León para la gente que venga de fuera.
Es la primera vez que esta ciudad acoje esta reunión anual de farmacólogos así que el entusiasmo de los organizadores es un buen handicap, por lo que animo a cualquiera que quiera observar los verdaderos avances en farmacología se pase por allí. Por cierto, hay un estudio pionero en farmacocinética sobre un modelo in vitro de una ubre ovina perfundida que permite estudiar la distribución tisular de un fármaco a nivel de la glándula mamaria contribuyendo a completar los estudios farmacocinéticos ya existentes in vivo. Doy fe que es alucinante ver colgada una ubre (sólo la ubre) de un soporte metálico y que siga viva (fisiológicamente hablando).

Escuchando: Desde el matadero, el podcast

Continue reading

El Alzheimer en las redes sociales

Para empezar, quería exponer la situación de esta enfermedad tal cual lo explican en Alzheimer Universal, centro de este artículo:

«La enfermedad de Alzheimer (EA) es una enfermedad degenerativa de las neuronas de caracter progresivo, de origen todavía desconocido, y frenta a la que no se puede, actualmente, ofrecer ningún tratamiento capaz de curarla o de prevenirla. Es la más frecuente de las demencias, la segunda causa de muerte en población de 65 años y más, y la primera causa de dependencia.
Afecta al 5-7% de la población de más de 65 años (cerca de 800.000 personas en nuestro país)y casi al 25% de los mayores de ochenta y cinco años, es decir, a esta edad, afecta a una de cada cuatro personas.
El número de personas afectadas se duplicará hacia el 2020, debido al envejecimiento continuo de la población, lo que convierte a esta enfermedad en uno de los problemas de salud más graves al que se enfrenta la Sociedad.
Esta enfermedad se manifiesta por perturbaciones progresivas de todas las funciones cognitivas aprendizaje, juicio, pensamiento, etc., El lenguaje, la coordinación de los gestos y las actividades diarias se hacen cada vez más difíciles hasta llegar a la incapacidad absoluta.
Entre el 85% y 90% de las personas afectadas vivien con sus familias, que llevan el peso físico, psicológico y económico al cuidarlas.»

La verdad es que alguna de las causas sí que se conocen, pero no voy a entrar en temas moleculares en esta ocasión. El verdadero problema de la enfermedad es que, y tan sólo en España, están afectadas alrededor de 2 millones y medio de personas. En éste cálculo se incluyen tanto los enfermos como los cuidadores. Y para mejorar la vida de todas esas personas se ha formado una agrupación llamada «Alzheimer Universal» que ha tenido la idea de compartir temas relacionados con ayudar a todo lo que rodea a esta enfermedad. Lo mejor es que son consejos prácticos para sobrellevar este gran problema. Además, se han servido de las redes sociales para abarcar más público y ya son casi 6000 las personas que apoyan la iniciativa en Facebook. También se encuetran en Twitter y tienen un canal de Youtube donde recopilan videos sobre esta enfermedad neurodegenerativa. Os dejo todos los enlaces para acceder a continuación. Iniciativas como estas hacen que sirvan verdaderamente para algo las redes sociales, no sólo como un parque de juegos y distracción.

WEb de Alzheimer universal
Twitter de Alzheimer universal
Facebook de Alzheimer universal
Canal de Youtube de Alzheimer universal

Continue reading

Uso de cookies

Este sitio web utiliza cookies para que usted tenga la mejor experiencia de usuario. Si continúa navegando está dando su consentimiento para la aceptación de las mencionadas cookies y la aceptación de nuestra política de cookies, pinche el enlace para mayor información. ACEPTAR

Aviso de cookies