Monthly Archives: Septiembre 2010

Problemas con la bibliografía

Aplicaciones bibliográficas
Tras varios años como investigador me he topado siempre con un problema a la hora de escribir publicaciones y es el manejo de la bibliografía. Antes no se pensaba lo más mínimo en gestionar la bibliografía ayudándose de la informática más que para hacer listados para saber dónde se encontraban los papers o libros que servirían para completar un escrito. Ahora el volumen de la información es infinitamente superior. No hace falta escribir a un autor si se quiere tener su publicación. Las editoriales permiten la descarga, con “incentivos” o no dependiendo del artículo. Eso hace que se tengan que gestionar muchos más reseñas bibliográficas que antes.
Ahora bien, el problema llega a la hora de administrar todo lo recopilado. A la hora de descargar un artículo, en teoría viene etiquetado con un número de identificación llamado D.O.I. Esto facilita la clasificación ya que incluye en el archivo información como los autores, título, revista, año…etc. Pero no siempre es así. Debería ser un estándar a la hora de publicar on-line. Descartando este inconveniente de editarlo a mano, se pasa a añadirlo a la biblioteca de cada uno. Pues más vale editar cada artículo antes de guardarlo porque si no será un caos, ya que si te descargas el artículo suele tener un nombre tipo “fulltext.pdf” o “BMC124566.pdf”, nombres nada intuitivos para saber de qué va el paper. Por lo tanto necesitamos un gestor de bibliografía.
He podido trabajar con 3 gestores distintos: Papers, End note y Mendeley. El primero es específico para Mac y los otros dos son multiplataforma.
EndNote fue el primero que pude probar. No permitía la importación rápida de los artículos y se tenía que añadir toda la información a mano. Pero tenía una ventaja y era la perfecta integración con Microsoft Word para ir añadiendo la bibliografía eligiendo el formato de la misma. Pero había notables diferencias en las versiones para cada Sistema Operativo. Como habréis notado, me he referido en pasado ya que lo dejé de usar porque cuando se añaden a la biblioteca más de dos o tres artículos al día es bastante cansado ir etiquetando todo para que se pueda clasificar el artículo. Además, no permitía la reordenación en directorios como ya veremos más adelante. A todo esto hay que añadir la pega de que costaba alrededor de 300€ la licencia básica.
Mendeley parecía una buena opción al ser gratuito y permitir la importación de los artículos asumiendo el D.O.I.. Sin embargo sigue sin poder organizar las carpetas contenedoras de las publicaciones a nuestro antojo y la búsqueda de nuevos papers requiere una configuración nada intuitiva (o poco “user friendly” ;-D) y tampoco permite una exportación de la reseña fácil para añadirla a nuestro documento final.
De esta forma sólo me queda Papers. Tiene una gran pega y es que no se puede elegir el modo de generar la cita como en EndNote. Me explico. End note tiene una característica muy buena y es que permite generar una cita bibliográfica con el estilo de la revista científica que se desee. Por lo menos así era antes. De esta forma y al publicar un artículo, siempre se cumplía con las normas dictadas por la revista en cuestión sin errores ya que existían actualizaciones cada cierto tiempo. En Papers sólo existe una forma de exportar (por método de “copiar y pegar” y también “arrastrando y soltando” donde se quiera) y que tiene el gran fallo de que no añade toda la lista de autores, si no que sólo genera una cita con el nombre del primer autor más la coletilla “et al.” (es una locución proeniente del latin et alii que significa literalmente “y otros” pero que puede ser traducida como “y colaboradores”). A parte de este GRAN fallo, es la mejor interfaz de todas. También hay que decir que lo diseñaron unos científicos. Pero de eso ya os hablé en ESTE ARTÍCULO. Sólo quería destacar que aquí permite manejar todo en la misma ventana: buscar en distintas bases de datos, gestionar y buscar artículos de la biblioteca de cada uno e importar datos D.O.I. siempre que estén incluidos en el archivo pdf, haciendo que tan sólo en un clic se tenga el paper clasificado y perfectamente localizable puesto que permite ordenar los directorios a nuestro antojo: por fecha, año, editorial, autor…etc y en el orden que se quiera. Lo mejor, es el precio: 34€. Digo lo mejor porque merece la pena probarlo y ver las diferencias con Mendeley, que es el único que permite competencia por precio.
Lo bueno que tienen todos los gestores que he comentado es que el etiquetado del pdf permitirá siempre importar el paper a uno u otro software asumiendo toda la información. Siempre hago la misma comparación pero así se entiende mejor: es igual que la información que tienen los archivos de música que se ven en el display de los reproductores de mp3, detallándose la canción, autor, álbúm, letra…etc. pero en términos bibliográficos.
Al final de todo me he quedado con mejores sensaciones que años atrás, pero que me dejan mal sabor de boca. Parece que están jugando con nosotros. No se genera la aplicación definitiva de gestión bibliográfica y es muy, pero que muy necesario para que no se haga pesado el manejo de todos los artículos y lograr un mejor avance en ciencia.

El agradable olor a tierra mojada

Ahora que va a comenzar el otoño, quería compartir con todos algo que me encantó en los primeros años de carrera. Cuando comenzamos a dar Microbiología, Streptomyces fue (es y será) un organismo modelo en estudios de todo tipo. A modo de curiosidad nuestro profesor nos comentó si nos agradaba el olor a tierra mojada. Y nos expuso la explicación científica: Se debía a una sustancia llamada geosmina (que viene del griego y significa aroma a tierra mojada) que era sintetizada por este microorganismo, además de por ciertas cianobacterias
En general, Streptomyces produce más de 6.000 productos químicos distintos, que incluyen agentes antibacterianos muy conocidos como la tetraciclina, la eritromicina, la rifampicina o la kanamicina, antifúngicos como la nistatina, además de agentes antitumorales, antihelmínticos e inmunosupresores, entre otros. Los trabajos en este microorganismo han conducido recientemente a que el genoma de S. coelicolor haya sido completamente secuenciado. Gracias a esto, los investigadores han localizado uno de los genes responsables de la producción de este olor a tierra mojada entre los 8.000 genes que aproximadamente contiene su genoma. Los investigadores localizaron un gen, que al mutarlo, eliminaban la producción de este olor típico, para después, comprobar que la bacteria había dejado de producir geosmina. Así se ha descubierto el primer gen implicado en la biosíntesis de esta sustancia, Sco6073 (cyc2), que codifica para una proteína de 700 aminoácidos que tiene dos dominios sesquiterpeno sintasa, uno de los cuales, el N-terminal, es necesario para la biosíntesis de geosmina.

estructura molecular de la Geosmina

estructura molecular de la geosmina

XXXII Congreso de la Sociedad Española de Farmacología


Este año este congreso se celebra en León, así que hay que hacer un poco de promoción. Se celebrará los días 15, 16 y 17 de septiembre en las instalaciones del “Edificio El Albéitar” (situado en la Avenida de la Facultad de Veterinaria nº 25). La web creada para el acontecimiento está muy bien elaborada. Incluso tiene la opción de ver un vídeo para dar un paseo por León para la gente que venga de fuera.
Es la primera vez que esta ciudad acoje esta reunión anual de farmacólogos así que el entusiasmo de los organizadores es un buen handicap, por lo que animo a cualquiera que quiera observar los verdaderos avances en farmacología se pase por allí. Por cierto, hay un estudio pionero en farmacocinética sobre un modelo in vitro de una ubre ovina perfundida que permite estudiar la distribución tisular de un fármaco a nivel de la glándula mamaria contribuyendo a completar los estudios farmacocinéticos ya existentes in vivo. Doy fe que es alucinante ver colgada una ubre (sólo la ubre) de un soporte metálico y que siga viva (fisiológicamente hablando).

Descuentos de Apple para el sector educativo 2010

PromociónApple2010
Como todos los años, Apple nos ofrece los descuentos a los pertenecientes al sector educativo. Ya sean profesores o alumnos que puedan demostrar (teóricamente) que pertenecen a Colegios, Institutos o Universidades. La promoción de descuento es a lo largo de todo el año y permite un descuento en todos los Mac. Sin embargo y con “la vuelta al cole”, a esta oferta se añade un descuento de 160€ para la compra de un iPod. Para ello, hay que comprar un Mac y un iPod y, posteriormente y gracias a la factura de compra, se reembolsa esos 160€. Este año han reducido el período de promoción hasta este 7 de septiembre. Siempre había sido hasta principios de octubre al menos.
Los requisitos de Apple son los siguientes: