Problemas con la bibliografía

Aplicaciones bibliográficas
Tras varios años como investigador me he topado siempre con un problema a la hora de escribir publicaciones y es el manejo de la bibliografía. Antes no se pensaba lo más mínimo en gestionar la bibliografía ayudándose de la informática más que para hacer listados para saber dónde se encontraban los papers o libros que servirían para completar un escrito. Ahora el volumen de la información es infinitamente superior. No hace falta escribir a un autor si se quiere tener su publicación. Las editoriales permiten la descarga, con «incentivos» o no dependiendo del artículo. Eso hace que se tengan que gestionar muchos más reseñas bibliográficas que antes.
Ahora bien, el problema llega a la hora de administrar todo lo recopilado. A la hora de descargar un artículo, en teoría viene etiquetado con un número de identificación llamado D.O.I. Esto facilita la clasificación ya que incluye en el archivo información como los autores, título, revista, año…etc. Pero no siempre es así. Debería ser un estándar a la hora de publicar on-line. Descartando este inconveniente de editarlo a mano, se pasa a añadirlo a la biblioteca de cada uno. Pues más vale editar cada artículo antes de guardarlo porque si no será un caos, ya que si te descargas el artículo suele tener un nombre tipo «fulltext.pdf» o «BMC124566.pdf», nombres nada intuitivos para saber de qué va el paper. Por lo tanto necesitamos un gestor de bibliografía.
He podido trabajar con 3 gestores distintos: Papers, End note y Mendeley. El primero es específico para Mac y los otros dos son multiplataforma.
EndNote fue el primero que pude probar. No permitía la importación rápida de los artículos y se tenía que añadir toda la información a mano. Pero tenía una ventaja y era la perfecta integración con Microsoft Word para ir añadiendo la bibliografía eligiendo el formato de la misma. Pero había notables diferencias en las versiones para cada Sistema Operativo. Como habréis notado, me he referido en pasado ya que lo dejé de usar porque cuando se añaden a la biblioteca más de dos o tres artículos al día es bastante cansado ir etiquetando todo para que se pueda clasificar el artículo. Además, no permitía la reordenación en directorios como ya veremos más adelante. A todo esto hay que añadir la pega de que costaba alrededor de 300€ la licencia básica.
Mendeley parecía una buena opción al ser gratuito y permitir la importación de los artículos asumiendo el D.O.I.. Sin embargo sigue sin poder organizar las carpetas contenedoras de las publicaciones a nuestro antojo y la búsqueda de nuevos papers requiere una configuración nada intuitiva (o poco «user friendly» ;-D) y tampoco permite una exportación de la reseña fácil para añadirla a nuestro documento final.
De esta forma sólo me queda Papers. Tiene una gran pega y es que no se puede elegir el modo de generar la cita como en EndNote. Me explico. End note tiene una característica muy buena y es que permite generar una cita bibliográfica con el estilo de la revista científica que se desee. Por lo menos así era antes. De esta forma y al publicar un artículo, siempre se cumplía con las normas dictadas por la revista en cuestión sin errores ya que existían actualizaciones cada cierto tiempo. En Papers sólo existe una forma de exportar (por método de «copiar y pegar» y también «arrastrando y soltando» donde se quiera) y que tiene el gran fallo de que no añade toda la lista de autores, si no que sólo genera una cita con el nombre del primer autor más la coletilla «et al.» (es una locución proeniente del latin et alii que significa literalmente «y otros» pero que puede ser traducida como «y colaboradores»). A parte de este GRAN fallo, es la mejor interfaz de todas. También hay que decir que lo diseñaron unos científicos. Pero de eso ya os hablé en ESTE ARTÍCULO. Sólo quería destacar que aquí permite manejar todo en la misma ventana: buscar en distintas bases de datos, gestionar y buscar artículos de la biblioteca de cada uno e importar datos D.O.I. siempre que estén incluidos en el archivo pdf, haciendo que tan sólo en un clic se tenga el paper clasificado y perfectamente localizable puesto que permite ordenar los directorios a nuestro antojo: por fecha, año, editorial, autor…etc y en el orden que se quiera. Lo mejor, es el precio: 34€. Digo lo mejor porque merece la pena probarlo y ver las diferencias con Mendeley, que es el único que permite competencia por precio.
Lo bueno que tienen todos los gestores que he comentado es que el etiquetado del pdf permitirá siempre importar el paper a uno u otro software asumiendo toda la información. Siempre hago la misma comparación pero así se entiende mejor: es igual que la información que tienen los archivos de música que se ven en el display de los reproductores de mp3, detallándose la canción, autor, álbúm, letra…etc. pero en términos bibliográficos.
Al final de todo me he quedado con mejores sensaciones que años atrás, pero que me dejan mal sabor de boca. Parece que están jugando con nosotros. No se genera la aplicación definitiva de gestión bibliográfica y es muy, pero que muy necesario para que no se haga pesado el manejo de todos los artículos y lograr un mejor avance en ciencia.

Web de EndNote
Web de Mendeley
Web de Papers

Escuchando: Gravina 82 episodio 34

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El agradable olor a tierra mojada

Ahora que va a comenzar el otoño, quería compartir con todos algo que me encantó en los primeros años de carrera. Cuando comenzamos a dar Microbiología, Streptomyces fue (es y será) un organismo modelo en estudios de todo tipo. A modo de curiosidad nuestro profesor nos comentó si nos agradaba el olor a tierra mojada. Y nos expuso la explicación científica: Se debía a una sustancia llamada geosmina (que viene del griego y significa aroma a tierra mojada) que era sintetizada por este microorganismo, además de por ciertas cianobacterias
En general, Streptomyces produce más de 6.000 productos químicos distintos, que incluyen agentes antibacterianos muy conocidos como la tetraciclina, la eritromicina, la rifampicina o la kanamicina, antifúngicos como la nistatina, además de agentes antitumorales, antihelmínticos e inmunosupresores, entre otros. Los trabajos en este microorganismo han conducido recientemente a que el genoma de S. coelicolor haya sido completamente secuenciado. Gracias a esto, los investigadores han localizado uno de los genes responsables de la producción de este olor a tierra mojada entre los 8.000 genes que aproximadamente contiene su genoma. Los investigadores localizaron un gen, que al mutarlo, eliminaban la producción de este olor típico, para después, comprobar que la bacteria había dejado de producir geosmina. Así se ha descubierto el primer gen implicado en la biosíntesis de esta sustancia, Sco6073 (cyc2), que codifica para una proteína de 700 aminoácidos que tiene dos dominios sesquiterpeno sintasa, uno de los cuales, el N-terminal, es necesario para la biosíntesis de geosmina.

estructura molecular de la Geosmina
estructura molecular de la geosmina

Todavía no se conoce con detalle cómo es la biosíntesis de geosmina, aunque el reciente descubrimiento de un segundo gen que codifica para la germacradienol sintasa puede ayudar a elucidar la ruta bioquímica que lleva a su síntesis. Se ha sugerido que la formación de la geosmina probablemente implica la acción de una sesquiterpeno-germacranoide sintasa o farnesil pirofosfato. La enzima germacradienol sintasa probablemente catalizaría la ciclación del farnesil pirofosfato, que es uno de los primeros pasos para la biosíntesis de geosmina. Los siguientes pasos teóricos incluirían la acción de al menos tres enzimas, tales como una ciclasa, una reductasa y una hidrolasa.
Después de todo este embrollo molecular, ya podéis vacilar un poco a los amigos cuando comencéis a captar ese olorcillo tan característico y que a casi todos nos agrada de la tierra mojada. Espero que os haya gustado.

Referencias: Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2); Expression and mechanistic analysis of a germacradienol synthase from Streptomyces coelicolor implicated in geosmin biosynthesis; The earth’s perfume; El olor de la tierra y la sed de los camellos.

Escuchando: Radio Podcastellano

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XXXII Congreso de la Sociedad Española de Farmacología

Este año este congreso se celebra en León, así que hay que hacer un poco de promoción. Se celebrará los días 15, 16 y 17 de septiembre en las instalaciones del «Edificio El Albéitar» (situado en la Avenida de la Facultad de Veterinaria nº 25). La web creada para el acontecimiento está muy bien elaborada. Incluso tiene la opción de ver un vídeo para dar un paseo por León para la gente que venga de fuera.
Es la primera vez que esta ciudad acoje esta reunión anual de farmacólogos así que el entusiasmo de los organizadores es un buen handicap, por lo que animo a cualquiera que quiera observar los verdaderos avances en farmacología se pase por allí. Por cierto, hay un estudio pionero en farmacocinética sobre un modelo in vitro de una ubre ovina perfundida que permite estudiar la distribución tisular de un fármaco a nivel de la glándula mamaria contribuyendo a completar los estudios farmacocinéticos ya existentes in vivo. Doy fe que es alucinante ver colgada una ubre (sólo la ubre) de un soporte metálico y que siga viva (fisiológicamente hablando).

Escuchando: Desde el matadero, el podcast

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El Alzheimer en las redes sociales

Para empezar, quería exponer la situación de esta enfermedad tal cual lo explican en Alzheimer Universal, centro de este artículo:

«La enfermedad de Alzheimer (EA) es una enfermedad degenerativa de las neuronas de caracter progresivo, de origen todavía desconocido, y frenta a la que no se puede, actualmente, ofrecer ningún tratamiento capaz de curarla o de prevenirla. Es la más frecuente de las demencias, la segunda causa de muerte en población de 65 años y más, y la primera causa de dependencia.
Afecta al 5-7% de la población de más de 65 años (cerca de 800.000 personas en nuestro país)y casi al 25% de los mayores de ochenta y cinco años, es decir, a esta edad, afecta a una de cada cuatro personas.
El número de personas afectadas se duplicará hacia el 2020, debido al envejecimiento continuo de la población, lo que convierte a esta enfermedad en uno de los problemas de salud más graves al que se enfrenta la Sociedad.
Esta enfermedad se manifiesta por perturbaciones progresivas de todas las funciones cognitivas aprendizaje, juicio, pensamiento, etc., El lenguaje, la coordinación de los gestos y las actividades diarias se hacen cada vez más difíciles hasta llegar a la incapacidad absoluta.
Entre el 85% y 90% de las personas afectadas vivien con sus familias, que llevan el peso físico, psicológico y económico al cuidarlas.»

La verdad es que alguna de las causas sí que se conocen, pero no voy a entrar en temas moleculares en esta ocasión. El verdadero problema de la enfermedad es que, y tan sólo en España, están afectadas alrededor de 2 millones y medio de personas. En éste cálculo se incluyen tanto los enfermos como los cuidadores. Y para mejorar la vida de todas esas personas se ha formado una agrupación llamada «Alzheimer Universal» que ha tenido la idea de compartir temas relacionados con ayudar a todo lo que rodea a esta enfermedad. Lo mejor es que son consejos prácticos para sobrellevar este gran problema. Además, se han servido de las redes sociales para abarcar más público y ya son casi 6000 las personas que apoyan la iniciativa en Facebook. También se encuetran en Twitter y tienen un canal de Youtube donde recopilan videos sobre esta enfermedad neurodegenerativa. Os dejo todos los enlaces para acceder a continuación. Iniciativas como estas hacen que sirvan verdaderamente para algo las redes sociales, no sólo como un parque de juegos y distracción.

WEb de Alzheimer universal
Twitter de Alzheimer universal
Facebook de Alzheimer universal
Canal de Youtube de Alzheimer universal

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Descuentos de Apple para el sector educativo 2010

PromociónApple2010
Como todos los años, Apple nos ofrece los descuentos a los pertenecientes al sector educativo. Ya sean profesores o alumnos que puedan demostrar (teóricamente) que pertenecen a Colegios, Institutos o Universidades. La promoción de descuento es a lo largo de todo el año y permite un descuento en todos los Mac. Sin embargo y con «la vuelta al cole», a esta oferta se añade un descuento de 160€ para la compra de un iPod. Para ello, hay que comprar un Mac y un iPod y, posteriormente y gracias a la factura de compra, se reembolsa esos 160€. Este año han reducido el período de promoción hasta este 7 de septiembre. Siempre había sido hasta principios de octubre al menos.
Los requisitos de Apple son los siguientes:

-Clientes de educación superior
* Empleados o miembros del personal de un centro educativo público o privado en España
* Estudiantes mayores de 18 años, que acudan o estén matriculados en un centro de enseñanza superior público o privado en España
* Padres que compren en nombre de un hijo (mayor de 18 años) que acuda o esté matriculado en un centro de estudios superiores público o privado en España
-Otros clientes de educación
* Empleados de centros académicos públicos o privados en España
* Actuales miembros de la junta académica que hayan sido elegidos o nombrados
* Directivos o ejecutivos elegidos o nombrados que trabajen en un centro educativo oficial
* Particulares que sigan programas homologados de educación en casa
* Empleados de centros de preescolar públicos o privados, con o sin ánimo de lucro.

Si estáis interesados en comprar un ordenador, ya sea de sobremesa o portátil, aconsejo la adquisición de uno de esos equipos. Yo tengo un Macbook de policarbonato desde hace 3 años y la batería me sigue durando de 4 a 6 horas. Y no he tenido problema alguno con él. Es el material perfecto para trabajar ayuda mucho para ser más productivo.
Bueno, que no me paga Apple. Ahí queda el recordatorio.

Enlace a la promoción de educación de Apple

Escuchando: Gravina 82

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