DoctorGenoma, autor en Blog de Laboratorio

Los pollos ven mejor que el ser humano

7 abril, 2010 DoctorGenoma Ciencia

El titular de este artículo lo dice todo, aunque sólo se está seguro a la luz del día. Luego entenderéis por qué. Investigadores de la Escuela de Medicina de la Universidad Washington en San Luis han examinado detenidamente el ojo del pollo y mapearon cinco tipos de receptores de luz en el ojo del pollo. Descubrieron que los receptores están distribuidos en mosaicos entrelazados que maximizan la capacidad del pollo para ver muchos colores en cualquier parte de la retina, la estructura fotosensible en el fondo del ojo. La organización de los receptores de color en la retina del pollo supera ampliamente a la observada en muchas otras retinas, incluidas las de mamíferos.
Joseph C. Corbo, perteneciente al equipo de investigación, tiene pensado efectuar estudios de seguimiento sobre cómo se establece esta organización, convencido de que ese conocimiento podría ser de utilidad a los científicos que buscan utilizar células madre y otras técnicas nuevas para tratar los aproximadamente 200 trastornos genéticos involucrados en diversas formas de ceguera.
A modo de repaso de clase de histología y organolgrafía de la carrera, la visión proviene de las células fotorreceptoras sensibles a la luz en la retina. La visión nocturna se basa en receptores llamados bastoncillos, que surgieron en el ojo de los mamíferos durante la era de los dinosaurios. La visión diurna se basa en receptores diferentes, conocidos como conos. Las aves, reconocidas mayoritariamente como descendientes de los dinosaurios, nunca pasaron por un período similar de vida principalmente nocturna. Como resultado, poseen más tipos de conos que los mamíferos.
Todo esto podría dar a la nueva expresión «Ves mejor que un pollo», aunque no creo que sea del agrado de muchos «animales nocturnos». Espero que os hay gustado.

Fuente: Scitech-News

Sacando partido a los metros cuadrados

6 abril, 2010 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

Contra la crisis y los apartamentos pequeños, soluciones venidas de Japón. Es de admirar cómo los japoneses sacan partido a los espacios reducidos. Pero este invento es genial. Se trata de una superficie que puede servir de alfombra o esterilla y que se transforma en un escritorio y zona de lectura en un santiamén. No sé como se resentirán las posaderas al pasar las horas, pero ingenioso es un rato. Aquí os dejo las imágenes.

Para más información, el invento se llama Land Peel y ha sido desarrollado por un estudiante del Instituto de Tecnología de Kyoto.

Fuente: Geekologie

Escuchando: Episodio 24 de Gravina 82

El estrés y el ADN

5 abril, 2010 DoctorGenoma Ocio

Desde el año pasado con los premios Nobel, los telómeros han dado que hablar más allá de la comunidad científica. Los estudios realizados en temas relacionados con estas porciones finales de los cromosomas siempre tienen un factor común: la asociación con los efectos del envejecimiento. Pues bien, se ha podido realizar un estudio muy curioso sobre este tema, pero que tiene que ver con los lagartos y el estrés sufrido ante la cercanía de la muerte. Mats Olsson, de la Universidad de Wollongong, en Nueva Gales del Sur, Australia, y sus colegas midieron los telómeros de los lagartos de arena silvestres, Lacerta agilis. Encontraron que la longitud del telómero se vio afectado en los animales cuya cola se había desprendido para escapar de los ataques de los depredadores especialmente en varones. Los lagartos que habían sido atacados hacía poco tiempo eran más propensos a tener telómeros más cortos, y este efecto fue mayor en los machos grandes que en los pequeños y en las hembras más grandes y que en los varones y las hembras más pequeñas. Los machos más grandes tienen una vida más estresante que los pequeños ya que su capacidad reproductiva es mayor (es que el ligar estresa también a los lagartos XDD) y son más atacados por los depredadores. También tienen niveles más altos de corticoides que los lagartos pequeños. atacados por los depredadores. La pérdida de la cola, reduce las posibilidades de supervivencia futura puesto que la cola ya no es la misma que la original: no contiene los huesos, sólo cartílagos, por lo que no se puede «quitar» de nuevo. La pérdida de la cola también provoca un cambio en el comportamiento, adoptando un estilo de vida menos activo. Así que lo mejor es no estresarse y tomarse la vida con más tranquilidad. Por lo menos si eres lagarto.

Referencias: Biology letters

Listados de primers con AmplifX

31 marzo, 2010 DoctorGenoma Ciencia, Tecnología

Hace un tiempo expliqué algo sobre esta aplicación llamada AmplifX. Indagando un poco, he logrado sacarla un poco más de provecho al solucionar un problema. Disponía de una colección de primers o cebadores para hacer reacciones prueba de PCR y las temperaturas de anillamiento para programar los termocicladores se habían extraviado con los apuntes de una antigua compañera en el laboratorio. El problema es que eran más de 100 parejas y no quería ir secuencia por secuencia analizando las temperaturas de cada uno. Sin embargo con AmplifX pude ver las Tm para cada primer y poder así diseñar los programas. En el vídeo-ejemplo que he generado a continuación, os muestro cómo se haría para un total de 10 parejas, pero se puede hacer con el número que se quiera. El único problema estriba en la colocación del orden de las secuencias y los nombres. Y siempre debe haber una tabulación entre esos datos, cosa que con una hoja de cálculo es automático ese formato entre celdas. Aquí os lo dejo.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=MbHPOt_Shnc[/youtube]
Ver vídeo en Vimeo
Espero que os haya gustado. Si tenéis dudas, comentádmelas.

Escuchando: El silencio de la tarde de Miércoles Santo en la Universidad.

Bicicleta esquelética y abrelatas remoto

30 marzo, 2010 DoctorGenoma Ciencia, Ocio, Tecnología

Vamos a dar un toque inventivo hoy al blog. Navegando por esta gran red de internet he podido encontrar un par de inventos, o por lo menos ideas hechas realidad, que me han hecho gracia.
La primera es la bicicleta esqueleto: como podéis ver en la imagen, el esqueleto es de tamaño real y la cabeza y las manos se mueven al son del manillar. Más de una vez me hubiera gustado llevar este vehículo para que me dejaran pasar con la boca abierta.

El segundo invento es el abrelatas inserto en el control remoto de algún sistema multimedia. La verdad es que este sí que tiene algo de futuro. Implementar en un mando a distancia un abrelatas quita muchos problemas, porque lo que no se pierde nunca de vista es el mando de la tele. El invento tiene nombre y se llama Clicker. A ver si nos pillamos alguno para este mundial de Sudáfrica.

Fuentes: Geekologie y Dvice

Estudios sobre evolución de las plantas

29 marzo, 2010 DoctorGenoma Ciencia

Un estudio que aparece «on line» en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias (PNAS), revela 100 millones de años de evolución a través de un extenso análisis de genomas de plantas. Se dirige a uno de los momentos importantes en la evolución de la planta, cuando los antepasados de la mayoría de las plantas con flores del mundo se dividió en dos grupos principales.
Juntos, los dos grupos representan casi el 70 por ciento de todas las plantas con flores y se parte de un clado conocido como Pentapetalae, lo que significa cinco pétalos. Comprender cómo se relacionan estas plantas podría ayudar a comprender mejor a los ecólogos cuáles especies son más vulnerables a los factores ambientales, como el cambio climático.
Poco después de que los dos grupos se separasen, comenzó una explosión de nuevas especies que duró 5 millones de años. Este estudio muestra cómo las especies están relacionadas y arroja más luz sobre el surgimiento de plantas con flores, un fenómeno evolutivo descrito por Charles Darwin como un «misterio abominable».
Pentapetalae tiene una diversidad enorme y contiene casi todas las plantas con flores. Los dos grandes grupos de este gran conjunto fueron separados entre 111 millones y 98 millones de años y ahora representan más de 200.000 especies. Uno de estos grupos incluye el hibisco, robles, el algodón y rosas. El otro, incluye a la menta, azaleas, cerezos silvestres y girasoles.
Los primeros estudios fueron limitados por la tecnología ya que participan sólo cuatro o cinco genes. Esos estudios coincidían con los resultados encontrados en el nuevo estudio, pero «carecían de apoyo estadístico», dijo el co-autor del estudio Pam Soltis, profesor distinguido de la Florida y perteneciente al Museo de Historia Natural de la sistemática molecular y genética evolutiva.
El nuevo estudio analizó 86 secuencias completas del genoma de plastidios(también llamados plastos) de una amplia gama de especies de plantas. Plastidios son el componente celular de las plantas responsables de la fotosíntesis.
Análisis genéticos previos de Pentapetalae no desentrañan las relaciones entre las especies vivas, lo que sugiere que las plantas se separaron rápidamente hace más de 5 millones de años.
La secuenciación del genoma en plantas lleva más tiempo que en el caso de los animales ya que el ADN de los plastidios es aproximadamente 10 veces más grande que el ADN mitocondrial utilizados en el estudio de los genomas de animales. Pero las mejoras continuas en las tecnologías de secuenciación de ADN están permitiendo a los investigadores analizar grandes cantidades de datos más rápidamente (recordad todo lo que os he contado antes sobre secuenciadores y los next generation sequencing methods).
El estudio proporciona un marco importante para seguir investigando las relaciones evolutivas, proporcionando una imagen mucho más clara de la profunda divergencia que llevó a la división dentro de las plantas con flores, que dio lugar a la especiación de las dos ramas separadas.
Finalmente, los investigadores esperan cierta coincidencia entre estos estallidos de evolución con fenómenos geológicos y climáticos en la historia de la Tierra.
Bueno, espero que os haya gustado.

Fuente: PNAS

Foursquare

27 marzo, 2010 DoctorGenoma Ocio, Tecnología

Os voy a presentar una red social nueva en crecimiento. Con Twitter, Facebook o Tuenti en España es más que suficiente, pero esta tiene un gran potencial. El vídeo que os dejo a continuación es perfecto para que lo entendáis.

La verdad es que es bastante divertido en ciudades grandes y permite «jugar» con las visitas que haces así como recomendar lugares. Lo mejor es que hay aplicaciones para Android, iPhone, Blackberry, Palm…y para el resto se dispone de una interfaz adaptada. Si queréis probarlo, ánimo. A mí será fácil encontrarme.
Enlace a foursquare

Escuchando: Los Mortimer otra vez XDD

El Registro de Pruebas Genéticas

26 marzo, 2010 DoctorGenoma Ciencia

El NIH anunció planes para crear un registro de acceso público de las pruebas genéticas. El Registro de pruebas genéticas (GTR=Genetic Testing Registry) se espera que esté disponible en 2011 y contendrá información facilitada de forma voluntaria por los proveedores de prueba genética. La noticia es importante y tiene implicaciones para los laboratorios clínicos que facilitan la prueba genética, de los que prestan el servicio y los compradores de los ensayos genéticos.
En la actualidad, más de 1.600 pruebas genéticas están disponibles para los pacientes y los consumidores, pero no hay un solo recurso público que proporciona información detallada sobre ellos. GTR está destinado a llenar ese vacío.
El Registro tiene varias funciones clave:
-Alentar a los proveedores de las pruebas genéticas para aumentar la transparencia a la hora de compartir públicamente información sobre la disponibilidad y utilidad de las pruebas.
-Proporcionar una fuente de información para el público, incluidos los investigadores, proveedores y los pacientes, para localizar los laboratorios que ofrecen pruebas de forma particular.
-Facilitar los datos genómicos y los nuevos descubrimientos científicos.

El proyecto GTR será supervisado por la Oficina del Director del NIH. El Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (NCBI), perteneciente a la Biblioteca Nacional de Medicina del NIH, será responsable de desarrollar el registro, que se espera que esté disponible en 2011. Los datos de los ensayos genéticos del GTR se integrarán con la información del NIH/ncbi genética, científicos, médicos y bases de datos para facilitar el proceso de investigación.
Todo esto es en Estados Unidos, pero lo mejor de todo es la integración que esto supone a la hora del avance científico al disponer de una importante base de datos que irá en aumento. La era de la Genética sigue por buen camino. Sólo hace falta que tanta información no corrompa a nadie. Espero que os haya gustado.

Fuente: NIH

Correr aumenta el deseo sexual

25 marzo, 2010 DoctorGenoma Deporte

Hacía tiempo que no escribía sobre deporte. Me ha llegado en el día de hoy un correo que me parece importante viendo el descenso tanto de la actividad deportiva de la gente como del «vigor».

Correr aumenta el deseo sexual

Los problemas de deseo sexual, tanto del hombre como de la mujer, son cada vez más frecuentes o, por lo menos, cada vez la gente consulta más. Pero no existe mejor remedio que el «Viagra» natural: correr regularmente

De las diferentes formas de disfunción sexual en la mujer, el problema más frecuente con diferencia es el llamado ‘deseo sexual hipoactivo’. En la fisiología sexual de la mujer, que sin duda es más compleja que la del hombre, es difícil saber con exactitud qué afecta al deseo sexual, y no parece ser efecto de una sola cosa.

En el hombre sabemos que la testosterona juega un papel crucial y en un gran número de pacientes, ante el síntoma ‘poca libido’, cuando midamos sus niveles de esta hormona, nos daremos cuenta de que no son los adecuados.

Además de los diferentes diagnósticos diferenciales, pruebas complementarias y opciones de tratamiento que disponemos en ambas situaciones, no debemos olvidar el posible efecto beneficioso de las ‘cosas sencillas’ y los cambios en el estilo de vida, que por otro lado, tanto nos cuestan.

Claramente, los cambios propiciados por el ejercicio pueden afectar el interés por las relaciones sexuales.

Un estudio entre 250 hombres y mujeres realizado en la Universidad de California reveló que aquellas personas que realizan ejercicio físico un promedio 40 minutos diarios tienen el doble de actividad sexual y aproximadamente el doble de deseo sexual que aquellas personas que dedican 20 minutos diarios a ejercitarse en disciplinas como caminar o correr, y ya no digamos en comparación con los que llevan vida totalmente sedentaria.

Dra. Nuria Garatachea Vallejo

Dpto. Ciencias Biomédicas (ULE)

Espero que se haya sacado algo en claro. JEJE. A cuidarse se ha dicho.

Escuchando: TerritoriMac

Marcadores moleculares para mapas genéticos

24 marzo, 2010 DoctorGenoma Ciencia

Con motivo de mi trabajo, voy a comentar un poco sobre los marcadores moleculares que se utilizan para mapeo genético. Los tipos de marcadores moleculares son dos: los basados en proteínas y los basados en ADN. Los últimos son los que interesan a la hora de mapear, colocar esos marcadores en los cromosomas (o grupos de ligamiento para ser más exactos). Pero ¿qué son los marcadores?. Muy sencillo, son fragmentos de ADN que sirven para analizar individuos y que permiten un estudio de los mismos mediante los datos que nos proporcionan. Estos fragmentos de ADN pueden ser obtenidos mediante PCR, enzimas de restricción o combinación de ambas. Los sistemas de secuenciación están ayudando mucho a la generación de marcadores moleculares y poco a poco se obtienen más y mejores. Sobre todo mejores en precisión, como los SNPs que tanto están de moda y que me encantan.
He podido encontrar una tabla muy completa sobre los tipos de marcadores basados en ADN que se usan para mapeo y sus características. Siento que esté en inglés, pero en investigación es el idioma que manda ahora mismo. Podéis observar si están basados en técnicas de PCR, la abundancia en polimorfismos, el tipo de dominancia, la reproducibilidad, la automatización y el coste.

Por supuesto, os añado el listado de qué significa cada sigla que da el nombre a cada marcador:
-RFLP: restriction fragment length polymorphism.
-RAPD: random amplified polymorphic DNA.
-SCARS: sequence-characterized amplified region.
-CAPS: cleaved amplified polymorphic sequences.
-AFLP: amplified fragment length polymorphism.
-SSR: simple sequence repeat or microsatellite.
-ISSR: inter-simple sequence repeats.
-STS: sequence-tagged sites.
-SRAP: sequence-related amplified polymorphism.
-EST: expressed sequence tags.
-IRAP: inter-retrotransposon amplified polymorphism.
-REMAP: retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism.
-SNP: single-nucleotide polymorphism.

Y estos no son todos los marcadores moleculares que se utilizan en genética. Son los más utilizados a la hora de conformar mapas genéticos. Espero que os haya gustado. Si tenéis alguna duda o queréis saber más sobre el tema, no dudéis en comentarlo.

Escuchando: Gpodcast

Autor: DoctorGenoma