Novedades en las búsquedas BLAST

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe «View these results in the new enhanced report» junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=yfITRIk34Js[/youtube]

Doy las gracias al Dr. Carlos Polanco del área de Genética de la Universidad de León por seguir enviando esos correos que ayudan a estar al día de estas pequeñas grandes cosas.

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Los horrores del currículo normalizado

Imagen del currículum vítae normalizado
Como bien sabe la comunidad investigadora, el currículo normalizado es una herramienta de selección de personal que todos los investigadores deben tener actualizado. Hace que la selección de personal sea más eficiente. O eso espero. El problema estriba a la hora de generar ese curriculum vitae. En España existe un organismo, La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) que nos «facilita» el desarrollo. Cosa que agradecemos mucho en un principio. Excepto cuando hay que trabajar con la aplicación que permite la generación de ese Currículum Vítae Normalizado (CVN).

Para los que no conozcan lo que es un CVN, la definición que ponen en la FECYT es la siguiente: «es un fichero electrónico en formato PDF (CVN-PDF) con tecnología CVN-XML incrustada, de tal manera que esta información normalizada puede ser tratada electrónicamente por distintas bases de datos para de este modo evitar que los investigadores tengan que teclear su currículo normalizado en los formularios/aplicaciones que se utilizan para las distintas convocatorias». Perfecto. El problema existe cuando vienen esas «distintas convocatorias».

Por naturaleza humana, no solemos tener todos los CV actualizados al día que se presenta la candidatura para cada convocatoria. No somos máquinas y tenemos muchas cosas científicas que hacer todos los días. Por lo tanto, se produce un gran flujo de información proveniente de todos los que quieren actualizar el currículo normalizado. El problema es que se puede perfectamente pasar varios días para actualizarlo dependiendo de los campos a rellenar. Y esto desespera cuando se tiene poco tiempo para hacer estos trámites y más aún cuando las convocatorias literalmente vuelan.

En fin, sólo quería enseñar la problemática de los CVN a los que no lo conocían y desahogarme como les sucede a muchos de mi gremio. Los investigadores nos pasamos mucho tiempo en lides administrativas y ésta es una de las menos importantes (dentro de su gran importancia).
Por cierto, he escrito estas líneas mientras el navegador intentaba cargar una de mis publicaciones. ¿Sabéis lo que ha sucedido al final, verdad?.

NOTA IMPORTANTE: La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología se ha disculpado de forma pública ante todos los «insensatos» que estábamos actualizando el CVN en estos momentos. Chapeau por ellos y muchas gracias desde aquí ;D

P.D.: Espero os hayáis dado cuenta de las distintas formas con y sin tildes con las que he escrito CV 😉

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Science Friday: de lo mejor para escuchar

Logo de Science Friday en Español
Voy a comentar una excelente forma de ocio científico gracias a uno de los mejores programas de divulgación que existen ahora mismo. Y no me quedo corto. Si eres un loco de la ciencia y tu inquietud sobre temas nuevos altera tus neuronas, este podcast es perfecto. Y no sólo por los temas que trata (ciencia, salud y tecnología) sino porque tanto el locutor como el ritmo y el cuidadísimo audio hacen que sea uno de los podcasts que espero todos los viernes. Porque el título del propio programa es fiel a la periodicidad de publicación: todos los viernes estará disponible casi a primera hora en horario español.
Luis Quevedo es el culpable de que me tenga atrapado, ya que es la voz que transmite toda la temática de lo más multidisciplinar que inundará los oídos durante los 30 minutos que mantienen la atención automáticamente.
Noticias, entrevistas a los científicos responsables de los estudios más punteros a nivel mundial y todo en español, ya que Science Friday es un portal estadounidense dedicado a la ciencia y tecnología con programas emitidos en la Radio Nacional Pública (NPR) y que ya los escuchaba antes, aunque no tan asiduamente como esta edición en mi lengua materna.
Lo mejor es que es divulgación en estado puro. Todo lo explicado lo puede comprender cualquiera que preste atención. Además en el penúltimo episodio existe una charla sobre la dificultad de divulgar y la importancia de la comunicación científica ahora que somos el mayor número de científicos que ha existido jamás en la faz de la tierra.
Sin más, os animo a que os suscribáis. Pero ya. DESDE AQUÍ MISMO si queréis. Y disfrutad de la ciencia.

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Aplicaciones Android imprescindibles para científicos

Captura de pantalla de escritorio de mi AndroidTras mucho tiempo trasteando con este sistema operativo móvil no está de más aconsejar unas cuantas aplicaciones para científicos. Muchas de ellas tienen su versión en iOS. Y todas son gratuitas en Android. Vamos al grano:

LabTimer, por GrayWolf Mobile

Como bien se puede adivinar, es un timer para controlar los tiempos de los experimentos. Útil cuando hay pocos de esos cacharritos alarmantes en los laboratorios.

RealCalcScientificCalculator, por Quartic Software

Sinceramente, desde que vi esta calculadora ya no uso otra. Y algunos de los que han trabajado conmigo la han utilizado. En un laboratorio, una calculadora científica es esencial. Y generalmente sólo hay una. Curioso.

Formulae, por Espian(dev)

Esto hubiera sido un puntazo años atrás para mi. Una recopilación de fórmulas y ecuaciones nunca vienen mal. Aunque parece ser que la versión pro es más interesante.

PeriodicDroid, por DroidLa

Los 118 elementos de la tabla periódica con sus propiedades. Y configurable.

ClickCounterFree, por Digital Fish

En ocasiones se nos ha podido ir la cabeza cuando estamos contando algún tipo de células. Estaría bien un contador a mano por eso de no volver a empezar desde el principio ¿no?. Pues este es uno y muy sencillito.

PubMedMobile, por CRinUS

La aplicación oficial de la base de datos bibliográfica PubMed. Permite administrar las búsquedas de artículos científicos y, gracias a la interoperabilidad de Android, enviarlas por correo o archivarlas en programas como Evernote.

Promega, por the Promega Corporation

Yo también me quedé asombrado de que Promega tuviera una aplicación y que fuera tan completa. Incluye herramientas como BioMath, con todo tipo de soluciones para cálculos de laboratorio, y utilidades muy interesantes para los genetistas que nos gusta tanto el ADN y «juguetear» con ese ácido tan especial.

NEBTools, por New England Biolabs, Inc.

New England Biolabs se ha currado esta aplicación para facilitarnos la vida cuando tenemos que trabajar con enzimas de restricción. Llevar esto en el bolsillo y tenerlo en todas partes es una joya.

Protocolpedia, por Hue Medscience Pvt ltd

Se la ha descrito como “La mayor base de datos de protocolos de laboratorio”, todo clasificado por categorías. Y si quieres añadir tus propios protocolos se puede hacer en su sitio web

Twitter, por Twitter Inc.

Supongo que estés siguiendo Blog de laboratorio (@Bloglaboratorio) desde esta red social. Llamarlo así es poco. Hay que estar ahí si verdaderamente se quiere disfrutar de un flujo de información incesante y construído por cada usuario a medida. Si no perteneces a esta red, recomiendo hacerse un perfil.

Evernote, por Evernote corp.

Para mí es esencial. Lo uso para casi todo. Y también fuera del laboratorio. Es como una caja donde guardo todo lo que me interesa y puedo tener esa información siempre gracias a su sincronización. Y parece que el espacio gratuito puede quedar corto. Desde mi experiencia científica os puedo decir que…PARA NADA.

GoogleDrive, por Google Inc.

Otra herramienta que la utilizo mucho por su capacidad colaborativa. Si se tiene una cuenta de google, se dispone de esos 5 Gb de espacio para documentos de texto, hojas de cálculo, presentaciones, pdfs, vídeos…siempre con esa sincronización inmediata de Google. Aunque prefiero la siguiente

Dropbox, por Dropbox inc.

La herramienta de sincronización por excelencia que todos deberíamos tener. Sólo nos ofrecen 2 Gb de almacenamiento, pero cada cierto tiempo tienen ofertas y juegos que permiten ampliar esa capacidad. Además de los 500 mb adicionales por cada invitación aceptada y que instale la aplicación. Siendo multiplataforma, es clave. Y su interfaz web también es de lo mejor.

App2SD, por Sam Lu

Esta la pongo porque también ha pasado a algún compañero que se ha quedado sin espacio en la memoria para instalar aplicaciones. Con esta sencilla aplicación se puede pasar de la memoria del teléfono aquellas aplicaciones que se estime oportuno. No se debe pasar todo sin un poco de sentido común. Pero muchos jueguecitos (sí, que sé que os gustan ;D) pueden ocupar demasiado y así dejar hueco a cosas más interesantes…¡como las aplicaciones que os estoy describiendo!

QuickSettings, por halfbit

Bajar la barra de notificaciones y controlar ciertos ajustes rápidamente como el sonido, bluetooth, red de datos, wifi o la luz del flash de la cámara. Yo soy un poco cacharrero y suelo tener alguna ROM especial que ya tiene estas características, pero para el resto existe esta aplicación.

Hay muchas más, pero esta es una selección que he utilizado para aumentar mi productividad en el laboratorio.
Y tú, ¿cuáles utilizas?

Referencias: Bitesizebio.com

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Mini-microscopio gratis para iPhone

Mini-microscopio para iPhone
Mini-microscopio para iPhone
Acabo de recibir un correo de la empresa Invitrogen que «me anima» a realizar un pedido superior a 550 libras en el Reino Unido (unos 640€) y de 750€ en España. Añadiendo el número de catálogo MICROSCOPE se recibirá de forma gratis el mini-microscopio que se ve en la imagen. Además, si se quiere una camiseta con la doble hélice, se puede añadir también al pedido el número de catálogo HELIXT. La oferta es sólo para pedidos entre el 12 y el 16 de septiembre. Si alguien tiene que pedir algo con esos precios a Invitrogen, no dudéis en añadir los artículos (revisando las condiciones que están en letra pequeña)…y ya me contaréis que tal el aparatito.
Por cierto, el gadget cuesta alrededor de 13€ si lo queréis sin hacer pedidos. Lo podéis encontrar en la web de mobile.brando.com o por menos de 10€ (siempre sin gastos de envío) en meritline.com. Os dejo también una review del mini-microscopio y el vídeo de meritline.com.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=9Psey8TCFR0[/youtube]

Para terminar, os pongo un vídeo curioso de cómo hacer una lupa para un iPhone.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=fHieORuEsnQ[/youtube]

Oferta de Invitrogen

Escuchando: Esta peli ya la he visto episodio 21

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Descuento de Apple para el sector educativo 2011

Promoción sector educativo Mac 2011
Como todos los años, la empresa de la manzana promociona sus equipos para que sean adquiridos a precios reducidos en el sector de la educación (profesores o alumnos que puedan demostrar que pertenecen a Colegios, Institutos o Universidades). Este año la oferta no es tan suculenta como en otras ocasiones -debe ser por lo bien que les va a los de Cupertino-. Se trata de una tarjeta de 75€ para las compras a realizar en las Mac App Store, el App Store y el iTunes Store. La oferta termina el próximo 20 de septiembre.

Recuerdo las personas que podrían beneficiarse del descuento educativo:
-Estudiantes universitarios o admitidos en una universidad.
-Padres que realicen un pedido para estudiantes universitarios o admitidos en una universidad
-Personal docente o administrativo de cualquier nivel de un centro educativo.

Este descuento es posible durante todo el año (excepto la promoción de la tarjeta) y las condiciones en cuanto al número de maquinitas con la manzanita por cada año son las siguientes:
-Ordenadores de sobremesa: uno (1) por año académico
-Mac mini: uno (1) por año académico
-Ordenadores portátiles: uno (1) por año académico
-Pantalla: un máximo de dos (2) por año académico
-Programas: un máximo de dos (2) por año académico
-Apple TV: sin límite
-iPod: sin límite.

Sigo diciendo que es el material perfecto para trabajar y ayuda mucho para ser más productivo. Y en el campo científico eso se nota. Además, se de buena tinta que Linux se lleva muy bien con estos ordenadores y aconsejo la virtualización para correr Windows (va mejor que nativamente con Boot camp).
Bueno, que no me paga Apple. Ahí queda el recordatorio.

Enlace a la promoción de educación de Apple

Escuchando: Pokipsi podcast

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TECNO: «El instinto tecnológico» con @doctorGENoma

doctorGENoma en TECNO
Durante estos últimos meses me veo inmerso en finalizar mi Tesis doctoral. Como muchos sabréis, el podcasting forma gran parte de mi día a día. Pues, hace un tiempo, tuve el honor de ser entrevistado por Sebas Oliva para su podcast Tecno. Y digo honor porque es todo un privilegio encontrarse en un programa en el que han participado gente como América Valenzuela, Juande Santander, Sonia Blanco, Isabel Iglesias, David Serantes..etc. por decir los más sonados a nivel nacional (que no me olvido de otros conocidos como SXenia, Joaquín García, Dani Aragay, Óscar J. Baeza, José María Ortiz, Ramón Rey, Roberto Tomás y el Profesor Bacterio).
Como ya comenté en un anterior post, este podcast está dedicado a conversar sobre el entorno tecnlógico en el que viven los entrevistados. En mi caso, damos un repaso a mis inicios en la tecnología y mi evolución en la misma. Así también comentamos las dos webs en las que estoy inmerso (cuando el tiempo me lo permite): blogdelaboratorio.com y lapodcastfera.net. Los que ya me conocen, no les va a extrañar nada de lo que oigan. Al resto, os animo a que nos escuchéis. Creo que no os aburriréis demasiado. Y no olvidéis de comentar (en cualquier sitio; Facebook, Twitter, Google plus, comentarios en los respectivos blogs, correo electrónico…como queráis) qué os ha parecido.

Escuchando: ummmh!¿Qué creéis? ;-P

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El Estatuto del Personal Investigador en Formación

Hoy (sí, hoy) me ha llegado vía rss una publicación informativa sobre el Real Decreto que aprobó hace 5 años el estatuto del personal investigador en formación. Os voy a poner el resumen de lo que se explica en dicho escrito para los que no se hayan informado hasta ahora, ya que son escritos que no te los dan como complemento a la formación.

Ha sido tradicional en España que los inicios de la carrera investigadora estén ausentes de regulación y, por ello, se han ubicado dentro de la amplia labor de fomento que las distintas Administraciones públicas realizan en el ejercicio de sus competencias. Esta inercia, se quebró, siquiera en una primera fase, con el Real Decreto 1326/2003, de 24 de octubre, por el que se aprueba el Estatuto del becario de investigación. No obstante, esta disposición, por una parte, tenía un ámbito subjetivo de aplicación parcial, que contemplaba exclusivamente a los doctores o a aquellos titulados universitarios que habían obtenido el reconocimiento de su suficiencia investigadora, y, por otra parte, carecía de innovación alguna respecto a la relación jurídica del becario de investigación.

Con el Real Decreto 63/2006 se pretende, por ello, ampliar el ámbito subjetivo de aplicación, así como prever, para los últimos años de la formación de investigador, una relación jurídica laboral dentro del marco normativo general vigente.

En efecto, el distinto régimen jurídico que se establece respecto al personal investigador en formación obedece a la distinta naturaleza y características de la actividad que realiza el personal de «beca» y el personal de «contrato». Por ello, la exclusión del personal investigador en formación «de beca» del régimen jurídico laboral se hace sólo con carácter declarativo, por cuanto que la nota esencial y diferencial que concurre es su primordial finalidad de facilitar el estudio y formación del becario, sin que conlleve ninguna aportación al centro, organismo o universidad de adscripción. Pero cuando el personal investigador ya tiene acreditada administrativamente una formación avanzada, a través del correspondiente Diploma de Estudios Avanzados o del documento administrativo que lo sustituya, la actividad de dicho personal investigador aprovecha, fundamentalmente, al centro, organismo o universidad de adscripción, concurriendo lo elementos definitorios de una relación laboral de acuerdo con el Estatuto de los Trabajadores. Elementos de la relación laboral que, obviamente, están presentes cuando se trata de personal investigador doctor.

En el real decreto se configura un sistema obligatorio para todos los programas de ayudas que tengan por finalidad la formación de personal investigador, teniendo como premisa necesaria que ello no es posible sin la obtención última del título de Doctor. Con este ámbito material de aplicación, el real decreto regula, por un lado, los derechos y deberes del personal investigador en formación y, por otro, las relaciones con los centros de adscripción.

El real decreto, de acuerdo con la habilitación normativa que contiene el artículo 97.2 l) del texto refundido de la Ley General de Seguridad Social, extiende los beneficios del sistema de Seguridad Social a los becarios de los dos primeros años de los programas sujetos a la norma, mientras que establece la obligación, con cumplimiento de determinados requisitos, de la contratación laboral para los años siguientes de los citados programas.

Concepto de Personal Investigador en Formación

El Estatuto establece que tienen la condición de personal investigador en formación aquellos graduados universitarios que sean beneficiarios de programas de ayudas dirigidos al desarrollo de actividades de formación y especialización científica y técnica a través, como mínimo, de los correspondientes estudios oficiales de doctorado, sin perjuicio de las especialidades previstas en la Ley 44/2003, de 21 de noviembre, de ordenación de las profesiones sanitarias.

Derechos y Deberes del Personal Investigador en Formación

El Estatuto define dichos derechos, destacando el correspondiente a la asimilación al Régimen General de la Seguridad Social, con la única exclusión de la protección por desempleo, ya que se considera que la actividad ejercida por el personal investigador en formación no tiene carácter laboral sino formativo.

La entidad que otorgue la beca asumirá los derechos y obligaciones establecidos para los empresarios en el Régimen General de la Seguridad Social.

La incorporación al Régimen General de la Seguridad Social, con la consiguiente afiliación y/o alta, así como su baja, se hará efectiva a partir de la fecha concreta en la que se acredite el inicio o cese de la actividad del beneficiario.

El personal investigador en formación de contrato disfruta de los derechos de carácter laboral, así como los relativos a los de seguridad social, que se derivan del contrato que formalicen con el organismo, centro o universidad de adscripción.

Asimismo, se regula básicamente la cuestión de los derechos de propiedad intelectual y de propiedad industrial respecto de la actividad realizada por el personal investigador en formación.

Entre los deberes del citado personal, destaca el de asumir las obligaciones que le correspondan por razón de su inclusión en el Régimen General de la Seguridad Social, de acuerdo con lo previsto en el Real Decreto 63/2006, así como también, en el caso del personal investigador en formación de contrato, las derivadas de su contrato de trabajo.

Obligaciones del Organismo de Adscripción del Personal Investigador en Formación

El Estatuto contempla diversas obligaciones, entre las que destaca la de respetar el desarrollo del programa de formación del personal investigador en formación, sin que pueda exigirse la realización de cualquier otra actividad que no esté relacionada con el desarrollo de su investigación o de la formación específica requerida para ésta durante su transcurso.

No obstante, permite que el personal que desarrolle su actividad en una universidad pueda colaborar en tareas docentes, dentro de los límites que se establezcan en la correspondiente convocatoria, sin que en ningún caso pueda desvirtuarse la finalidad investigadora y formativa de las ayudas.

Registro General de Programas de Ayudas a la Investigación

El Real Decreto 63/2006, de 27 de enero, establece en su artículo 3 que la entidad convocante deberá comunicar los programas de ayudas incluidos en el ámbito de aplicación de este Real Decreto al Registro General de Programas de Ayudas a la Investigación.

Bueno, espero que haya servido de ayuda para los que todavía no habían tenido la oportunidad de leer estas bases. Os dejo el enlace del documento original a continuación.

Enlace al Real Decreto 63/2006
Fuente: Ministerio de Ciencia e Innovación

Escuchando: Trending podcast

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Gestión bibliográfica con Paperpile

Ya se comentó en otro artículo las herramientas que había probado sobre gestión y administración de la bibliografía científica (y no científica). Sin embargo me llegó hace unos meses la invitación a probar una beta de una aplicación open source: Paperpile.

Se trata de una aplicación que está disponible para los sistemas UNIX Linux y MacOSX. Windows aún no tiene versión, pero están pensando en lanzarla pronto. Para poder probar esta beta hay que pedirlo mediante correo electrónico.
A mí que sea de código abierto ya hace que me atraiga más de lo normal. Que en Ciencia se distribuyan estas cosas gratuítamente y pensando en todas las funcionalidades abiertas, es más que un plus para probarlo al menos.
La interfaz es muy intuitiva. No es tan completa como otros software como Papers, pero se asemeja en lo limpia que es (ver imagen). A la izquierda todas la utilidades de gestión y navegación como la administración de las publicaciones por etiquetas, importación y exportación, suscripciones que se tengan a ciertos lectores de feeds que interesen o enlace a bases de datos bibliográficas. Se nota que está destinado a la investigación puesto que las bases de datos colocadas son Pubmed y Google Scholar y feed predefinidos los de Science, Nature y PLoS One.

interfaz de paperpile
Captura de pantalla con la interfaz de Paperpile versión 0.5.1 beta. Hacer clic o tap para agrandar

Para probar simplemente cómo exporta las citas por ejemplo, sólo tendréis que exportar vuestra bibliografía gestionada con otra aplicación a algún formato que lo pueda leer como es el BibText, RIS, o tipo xml o sqlite (como lo hacen Zotero o Mendeley).
Todavía es una versión beta y en su web tendréis la posibilidad de ver una galería de imágenes con muestras del funcionamiento e interfaz del programa así como las mejoras introducidas en cada nueva versión.
Probadlo y ya me diréis que os parece.

Web de Paperpile

Escuchando: Memoria histérica

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