Mejorando los recursos del blog

Este es un artículo algo atípico. Simplemente quería informar sobre ciertos cambios en la interfaz del blog y alguna que otra mejora que facilitará el intercambio de información.
Como podréis ver, la cantidad de botones referidos a las páginas del blog han disminuido. Esto es porque se han aglutinado todo lo que podrían llamarse RECURSOS en una página con ese nombre. Ahí podréis encontrar tanto ENLACES de interés relacionados con la investigación, SOFTWARE que ha sido analizado en el blog o de utilidad, información sobre el PODCASTING para todos aquellos que quieran pasar un buen rato con contenidos a la carta y una zona de SWITCHERS para los novatos en el mundo MAC.

Recursos en el Blog de laboratorio
Nuevos menús de la página de RECURSOS. Hacer clic o tap para agrandar

Pero, además, hay una novedad. El uso de las redes sociales facilita mucho el intercambio de información y la capacidad de compartir contenidos. Twitter (una de las redes sociales más de moda actualmente) permite mediante su API diseñar entornos como el que se ha creado para el Blog. Se ha podido generar un timeline especial que aglutina información referida a la investigación y temas similares. Este timeline está situado en la misma página de recursos y, de forma fija, en la barra lateral del blog. Por lo tanto se puede ver en todo momento desde cualquier página del blog.

Nuevo widget de Twitter con un timeline relacionado con temas científicos
Nuevo widget de Twitter con un timeline relacionado con temas científicos. Hacer clic o tap para agrandar.

Localización del widget de Twitter en la barra lateral del blog
Localización del widget de Twitter en la barra lateral del blog. Hacer clic o tap para agrandar.

Espero que estos cambios sean de vuestro agrado. Los contenidos se irán mejorando pero si tenéis alguna sugerencia para mejorar lo que sea, no dudéis en hacer un comentario o mandar un correo al mail destinado para ello.

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24symbols, el Spotify de los libros

logo de 24symbols
Después de estar metido en tanta bibliografía por trabajo, me ha llegado a mis oídos y ojos el proyecto 24symbols. Se trata, como dice el título del artículo, de un sistema de lectura de libros online como hace en Spotify con la música.

La industria tecnológica está modificando considerablemente los sistemas de negocio y este proyecto es un gran avance para el mundo de los libros. Habrá una serie de suscripciones con por tiempo descuentos añadidos comenzando por una suscripción mensual a 10 euros, una versión trimestral a 20 euros y llegándose a la suscripción anual con un descuento de un 50%, pagando unos 60 euros. Esto es en cuanto a la versión premium. Pero hay una versión gratuita donde se acepta la entrada de publicidad a cambio de disfrutar del contenido (como sucede en Spotify). Como dice uno de los fundadores en el podcast del Arca de la Alianza, si se es un consumidor de libros y se tan sólo dos o tres libros al año, sale rentable.
Sin duda, es un método genial para poder devorar libros. Y además se integrará todo el mundo 2.0, con red social y la posibilidad de crear como Clubs de lectura. Lo mejor es que es un proyecto que lo han formado 10 ingenieros españoles.
Ahora está en fase beta y sólo se puede acceder mediante su página de Facebook y dar a su botón me gusta. Al instante se ve el password para acceder y registrarte en su web para poder disfrutar del contenido.
La gran salida de esta plataforma será a partir del 30 de junio con la llegada de las aplicaciones para iPad, iPhone y Android. En cuanto termine con tanta bibliografía por trabajo, seguro que mis ojos piden algún libro y este método es uno de los que más se pueden ajustar al día de hoy.

Página web de 24symbols

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La tecnología para los científicos en Tecno

Me he encontrado con una grata sorpresa cuando esta mañana me dispuse a escuchar uno de los podcast sobre entrevistas a gente hablando sobre tecnología y cómo afecta a sus vidas llamado Tecno (@tecnopodcast en Twitter) y vi que era un científico el que estaba invitado.

Siempre que hablo con alguien fuera del trabajo sobre la situación tecnológica en los laboratorios me dicen cosas como «Ah! sí, como en CSI…». Pues al igual que a mí, al Profesor Bacterio (científico bioquímico, @PrfBacterio en Twitter por si queréis seguirle) le inquietó el tema y contactó con el conductor del programa, Sebas oliva, y le propuso hacer este episodio. Y parecía que me estaba escuchando a mi mismo. En cuanto a la perspectiva. El trabajo es distinto, pero no importa. En la entrevista comentan los avances de la tecnología y cómo afecta a la ciencia tanto económicamente como en eficiencia, el tremendo cambio que ha provocado Internet en nuestras vidas científicas o el buen uso (que espero tener la oportunidad de darle algún día en un futuro no muy lejano) que se le da al iPad para estar al día en cuanto a publicaciones.
No quiero aburrir más sobre el tema. Por favor, escuchadlo. Yo me he sentido plenamente identificado y creo que la gran mayoría de los investigadores se sentirán como yo. No hace falta ser un geek. ¿Opináis lo mismo que yo?, ¿Os imagináis la Ciencia sin Internet?.

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Nexus One, impresiones y comparativa con iPhone 4

Review Nexus One y iPhone 4
Esta vez voy a empezar el año con algo que he podido experimentar durante un tiempo y que me ha facilitado mucho la gestión de todo lo que hago. Se trata del Nexus One. Además, al final, haré una ligera comparativa con el iPhone 4 ya que he podido trastear con uno bastante. Empecemos.

NEXUS ONE

Después de trotar este teléfono durante los últimos 5 meses, creo que ya puedo hacer una review en condiciones y, lo más importante, muy pero que muy objetiva.
Cuando me llegó el teléfono gracias a un grandísimo amigo (que todavía no he podido agradecérselo en condiciones ;)), lo primero que se pregunta uno es ¿cuánto me costará liberarlo?. Pues exactamente esto: 0€. Y es que, aún viniendo de la operadora Vodafone, este terminal viene libre de fábrica, así que no caigáis en la trampa de ciertas empresas liberadoras para pagar ese código.

Hardware
En cuanto se coge con las manos se nota la robustez. Los plásticos casi no se aprecian y el toque metálico es inmejorable. Nada de crujidos en 5 meses y le he hecho perrerías de todo tipo: cambios de tarjeta tanto SIM como microSD, extracciones de la batería en algunos casos de cuelgue extremo, montaje de carcasas…etc.
El tacto es muy agradable y es extremadamente fino. Viene con una funda de neopreno de serie que permite no tener que comprar otro protector al móvil. Si se usa mucho, con un protector de pantalla (que tiene, por cierto 3,7 pulgadas con una resolución de 800×480 píxeles) adhesivo es suficiente. 130 gramos, procesador 1 GHz Qualcomm QSD 8250 Snapdragon con unas dimensiones ajustadas de 59,8x119x11,5mm asombran al cogerlo y encenderlo por primera vez. Las teclas de desbloqueo así como las de volumen parecen un poco endebles, pero bien disimuladas y sin sobresalir. Los botones táctiles de «retroceso», «menú», «home» y «buscar» son perfectos para dejar los clics de lado. Y lo acompañan el poderosísimo trackball con luces configurables para cada notificación dependiendo de la versión de Android instalada. La cámara de 5 mpx con flash es un poco inferior en calidad que mi antiguo N95, pero viniendo de una Magic, no hay color. Y de noche el flash es bastante más potente de lo que parece. Todo lo concerniente a la radio (en cuanto a sistemas de redes, que radio FM tiene y funciona perfectamente), tanto la wifi como los datos 3G se aprovechan muy bien por la potencia del terminal. El GPS es rápido y preciso asistido por los datos y tarda menos que la Magic en geolocalizar sin red.
Una de las cosas que deberían copiar el resto de marcas (y que creo que el nuevo Nexus S no lo tiene) son los 3 pines de carga que están en la zona del conector microUSB. Sirven para no tener que forzar ese conector cada vez que se cargue el smartphone y olvidarse de su posible avería.
Cosas a mejorar, el sobresaliente de la cámara la hace susceptible a roturas o rayones del cristal que lo recubre, aunque el aro metálico hace una buena función de protección. El trackball podría haber sido tan suave y robusto como el de la HTC Magic, aunque con el uso que lo doy no parece resentirse.
Se ha informado varias veces de los deterioros del boton de encendido-reposo de la parte superior. Como comenté anteriormente, sí que parece algo frágil. Sin embargo, yo he podido trastear bastante con el Nexus y todavía no me ha dado problemas. Además, en las últimas versiones de roms que vienen con el software Spare Parts preinstalado, permiten modificar el desbloqueo para que se pueda accionar también con el trackball.
Cuando se calienta (porque si se le da caña, se calienta un montón) por el uso o por la carga, la pantalla capacitiva pierde sensibilidad. Pero que vuelve a su ser en cuanto se bloquea y desbloquea el terminal. No se si será sólo fallo del mío porque no he leído problemas del estilo al resto de usuarios, pero a mí me pasa.
Otro fallo que se puede considerar es el altavoz, que no es una maravilla y cuando se quiere tener un «todo en uno» podría mejorar. Posiblemente un manual de usuario en la caja para los usuarios no tan avanzados no estaría mal. Aunque a mi me parece muy intuitivo todo, sí que hay ciertas funciones que deberían explicarse un poco.
Y el gran talón de Aquiles de todos los Smartphones: la batería. Sus 1400mAH no permiten más de 24 de buen (pero buen uso) del terminal si tener que cargarlo para disponer de él al día siguiente. Vale que dejándolo sin conexiones inalámbricas aguanta lo suyo, pero para eso me compraría un Nokia 2630 o así y no un Smartphone. A ver si a lo largo de este año se echa mano de la tecnología de los materiales piezoeléctricos o se inventa algo nuevo para que podamos disfrutar más tiempo de nuestros cacharritos.

Software
Como bien se sabe, el sistema operativo de este dispositivo en Android. Y esto es lo que lo hace verdaderamente potente. Se saca partido a todo el hardware del terminal. No hay nada capado cuando tienes privilegios de administrador (el llamado acceso root): control de la CPU, administradores de tareas, configuración de las notificaciones, administración de copias de seguridad…etc. Las posibilidades de personalización son casi infinitas.
Todas las aplicaciones se mueven con fluidez por su potente y todavía actual hardware después de un año de su salida al mercado. Para mi es una oficina móvil completa. No pierdo un correo por su sistema de notificaciones push, la continua sincronización con las herramientas de Google me permite aprovechar el tiempo al máximo, los widgets no ralentizan el terminal (como sí me ocurría con la Magic por su escasísima memoria RAM) y me informan de ciertas cosas sin necesidad de abrir la aplicación…etc. Como aplicaciones imprescindibles podría resaltar un gestor de procesos como Autokiller para que la batería no se funda en medio día, Titanium backup para gestionar copias de seguridad, Spare Parts para personalizar el terminal, Gtasks para tomar notas e ideas y sincronizarlas con Google, Car Home para activar un menú especial para cuando se viaja en el coche y, sin duda, algo que ha cambiado completamente el uso de los teclados virtuales: Swype. Ya pondré un vídeo cuando regrese de las vacaciones. El problema de el teclado táctil y que tanto hace mirar de reojo a las Blackberrys, se olvida con este perfecto programa de teclado. Simplemente, escribir todo lo necesario con una mano y a una velocidad endiablada. Esa es la descripción. Por cierto, todo esto no es único del Nexus. Pero sí se saca el máximo partido con este primer teléfono de Google.
Cosas a mejorar: el Market todavía podría mejorar. Incluso con su nuevo lavado de cara parece un poco mas lento cargando. Vale que la aplicación de Facebook tenga notificaciones push, pero lo veo más útil para Twitter y todavía se tiene que esperar al refresco de actualización que se ha configurado. Un widget de la aplicación Calendar de Google y lo mismo para Reader añadiendo la lectura de artículos de nuestro feed en modo off-line.
Algo que no puedo dejar de comentar es la falta de un todo. Me explico. Se coja la ROM que se coja, nunca se obtiene todo lo que podría tenerse: si la interfaz es buena o rápida, puede fallar la batería o las opciones a personalizar…si no se es muy cacharrero, estas cosas no se aprecian. Pero viendo el potencial de Android, estaría genial no hacer mil ROMs distintas, sino 1 que esté «niquelada».
Me dejaré un montón de cosas, pero os dejo que lo comentéis vosotros.

COMPARATIVA CON EL IPHONE 4
Nexus One y iPhone 4
Después de todo, he podido comparar bastante el Nexus One con el iPhone 4 y tengo unas cuantas apreciaciones que comentar tanto en Hardware como en Software.

Hardware
El hardware del iPhone es superior en materiales que el del Nexus. Aunque el rediseño del terminal de Apple ha perdido en tacto, sigue dando esa sensación de robustez y exclusividad. Habría que ver qué sucedería si al iPhone 4 se le pudiera meter mano para cambios de batería teniendo más piezas, pero como se ha visto con el Nexus S las variables para tener que abrir el terminal como las tarjetas de memoria se van a ir reduciendo (y no me importaría que todos fueran unibody, ya que significaría que se habría llegado a una optimización total de las baterías).
El mayor punto fuerte del iPhone 4 en la primera manipulación es la pantalla. Lo de la Retina Display es impresionante. Leer los feeds o los twitts es otra cosa con este tipo de pantallas. Además, se añade que la sensibilidad es sublime y mucho mejor a la hora de usar el teclado virtual.
La cámara en igual condiciones de luz son iguales, pero la mejor configuración de las variables del Nexus le dan un punto más. Eso sí, lo del vídeo es brutal en el iPhone 4: es genial. No había visto nunca unas grabaciones así desde un móvil. Y la edición es lo que tiene que ser: rápida y útil.
Los altavoces y botones también son de mayor calidad en el terminal de la factoría de Cupertino que en el de HTC y el puntazo del botón de silencio mecánico deja de lado tener que activar el terminal.
El trackball es una de las cosas que tanto en navegación como para las notificaciones dan un plus al Nexus y que recomendaría añadir (aunque fuera óptico y no con bolita) al iPhone. Y un led frontal al menos para notificar en el iPhone también, que eso de sólo darse cuenta por los soniquetes no es suficiente en ciertas situaciones.
En cuanto a la carcasa de ambos, debo esperar unos meses para ver el deterioro del iPhone 4. Por ahora el Nexus lo tengo igual que al principio con esa funda de Neopreno. Ah! Se me olvidaba una cosa. El famoso caso del Antenagate. Bien. El terminal iPhone 4 que pude tener para trastear se adquirió a principios de Diciembre y debo decir que sí se nota un poco lo de la cobertura. Por lo menos con los datos, ya que ambos teléfonos estaban en iguales condiciones puesto que la red móvil es la misma y siempre que los comparé estuvieron uno al lado del otro. Y sí, los cambié de manos para no añadir error al muestreo ;).

Software
En cuanto al trote diario con iOS y Android, los sistemas de notificaciones son clave. Teniendo un smartphone de alta gama lo mínimo que se pide es controlar todo lo que te llegue al dispositivo y poder personalizarlo dependiendo de las necesidades. Por ejemplo, en muchas ocasiones debo tener el móvil en silencio y no quiero que forme parte de mi cuerpo. Vamos, que si quiero ir al baño no lo quiero tener que llevar. Si estoy esperando un twitt de alguien o un correo, he visto (corregidme los usuarios de iPhone si no es así) que en el iPhone 4 la notificación es con sonido o se mantiene un pequeño periodo de tiempo la pantalla encendida para avisar. Pero luego se apaga y como no vayas a activar el teléfono ahí puede estar esperando a ser vista. En el Nexus puedes personalizar el color del trackball para cada notificación (dependiendo de la ROM que se utilice) y lucirá hasta que lo leas.
De siempre me ha encantado la integración entre todos los productos de Apple, pero cuando se prueba la sincronización con la nube con un servicio gratuito como el que ofrece Google, te vuelves dependiente de ello. Mobile me te ofrece mucho más. Sobre todo en espacio. Y para los negocios yo lo veo perfecto. Pero para un usuario medio lo veo excesivo.
Esa sincronización con Google permite olvidarse de necesitar un ordenador. Un simple ejemplo: me voy de viaje y llevo sólo el Nexus. Pero, por avatares del destino, se me cae y le pasa un coche encima destrozando todo. Si he sido precavido, antes de salir de viaje habré podido guardar una copia de seguridad de los datos de la microSD. Pero necesito un dispositivo parecido y puedo conseguir otro terminal Android para pasar del apuro. Pues no tengo más que rescatar la SIM (o pedir una nueva y en 3 días está en la dirección que se solicite) y encender el móvil. Se accede a tu cuenta de Google y sólo se tiene que esperar en lo que te tomas un café para que tengas todo igual. Incluso las aplicaciones. Y sin necesitar un ordenador. Eso es movilidad.
Cuando me topé con el iPhone (por si no se me conoce, soy maquero y usuario de iPods no Touch, pero también linuxero y por obligación laboral pecero con Windows) no entendía eso que tanto decían sobre su uso. En primer lugar se necesita activarlo. Vale. Pasamos por todo el engorro de registro en iTunes. La SIM debe ser microSIM y si se pide el terminal libre Apple no te regala una cortadora por si acaso. Vale. Pasamos por ello. Venga, ya cargado y activado voy a instalar una app, por ejemplo, de Dropbox que es gratis. ¡Vaya! ,debo meter la clave de mi ID en iTunes. Y es que se debe recordar que la mayoría de las aplicaciones en la App Store son de pago. Que no tengo nada en contra. Todo lo contrario, soy de los que piensan que toda buena aplicación de pago se debe comprar ya que así se premia el buen hacer del desarrollador. Pero ¿no sería mejor permitir la instalación de aplicaciones gratis sin necesidad de meter claves y pedirlas sólo cuando sean de pago?. Menos mal que con la multitarea se mantiene un tiempo la clave en memoria.
Configuraciones en AndroidSiempre se ha comentado que manejar un Android es menos intuitivo que un iPhone (mezclo s.o. con terminal porque no hay más terminales móviles con iOS ;)). Yo desde mi anterior HTC Magic no lo veía así. Yo venía de un Nokia n95 (antes n73, n70, sony ericsson z520, Sharp GX17…etc.) y la interfaz Android es más intuitiva y fácil de aprender y configurar. Creo que es cuestión de haberse acostumbrado a una u otra interfaz. Y la capacidad de adaptación del usuario es crucial: si se ha usado iOS mucho tiempo, cambiar a otra interfaz y adaptarse puede no ser de buen gusto. En mi caso no me costaría ya que soy un tecnófilo incorregible. Incluso lo de que los ajustes sean tan simples en el iPhone y que no sea todo tan configurable como en el Nexus lo hace, para mí, un poco menos intuitivo.
El Market de Android ha sufrido varios lavados de cara y cuando he querido buscar apps en la App Store en el iPhone (no en iTunes) se tarda mucho más en encontrar lo que uno quiere. Que al final se encuentra, sin duda. Búsquedas en el Android MarketQue haya más aplicaciones de pago en la tienda de Apple, pues supongo que también tiene que ver con los distintos modelos de negocio y la depuración de las aplicaciones. En unos casos hay programas que me gustan más en Android (como Foursquare o Gmail) y otros que mejoran en iOS (como Twitter, que es push).
Sin embargo un punto muy fuerte que tiene el producto de la manzanita es el reproductor de música: el iPod. Por mis necesidades, estoy harto de andar con dos cacharros a todos lados para escuchar mis podcasts y usar el móvil. Y por mucho que digan mis amigos Fandroids, no. No hay punto de comparación. Hay que saber separar las cosas y poder sincronizar los podcasts al llegar a casa con iTunes es perfecto. No por el hecho de conectarlo por el USB, si no por la gestión y administración pudiendo, por ejemplo, seguir escuchando podcasts en el ordenador mientras trabajas y luego seguir desde el mismo punto que lo dejaste cuando sales. Y no creo que tarden en dar el gustazo de sincronizar vía wifi con tu cuenta. O igual sí.
Hay una visible diferencia entre las baterías. La del iPhone 4 gana por goleada a la del Nexus One. Por mucho que se instale un gestor de aplicaciones para ir cerrándolas, el 3G funde la batería de cualquier terminal Android en un día. En el iPhone se puede estirar hasta dos días, pero se nota la diferencia entre ambos cuando se trabaja con ellos en pareja.
Esa búsqueda de un todo en uno hace que siempre me encuentre entre tragar con todo lo que Apple quiere o no tenerlo todo y hacer lo que me salga de las narices. Daos cuenta que no he comentado nada sobre la libertad de movimientos que te da un sistema operativo respecto a otro. El jailbreak no he podido probarlo así que mejor no comentar de lo que no he experimentado. Pero obtener permisos de administrador completos (acceso root) en Android no es necesario. Pero sí recomendable si quieres sacar el máximo partido al terminal. Hay multitud de manuales que lo permiten hacer sin mayor dificultad que seguir los pasos a pies juntillas y estar seguros de lo que se teclea.

Concluyendo, me parecen los dos terminales más apetecibles para un geek. Y la decisión de uno u otro no debería basarse en las ideologías. Fanboys de Apple y Fandroids saben lo bueno y lo malo de cada sistema operativo y de cada teléfono. Si yo, que me encanta Android, veo que iOS mejora las notificaciones y permite sincronizar con la nube de una forma parcialmente gratuita similar a Google, por mis necesidades no veo por qué no cambiarme al lado iPhone. Repito, por mis necesidades.

Bueno, espero que tanto los amantes de Android como los de iOS puedan mejorar este artículo con vuestros comentarios. Que este blog es para aprender a base de experimentar.

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Deseando un mejor y feliz 2011

Feliz 2011
Desde el laboratorio es muy oportuno desear un mejor y feliz 2011. Esperemos que sea al menos un poco mejor que este 2010. Sobre todo en el plano científico, que se ve venir un poco oscuro en nuestro país con la crisis en la que vivimos. Pero sin decaer. Ánimo a todos los que investigan y que no se deje de poner ganas en el trabajo científico, que es lo que realmente importa.
Este blog seguirá intentando divulgar el conocimiento científico de primera mano de los artículos publicados por los investigadores a nivel mundial junto con las experiencias y conocimientos propios en técnicas de biología molecular. Se completará con contenidos tecnológicos, fitness y ocio como se viene haciendo, pero sin comer espacio a la ciencia. Como siempre, está abierto a ideas y temas para mejorarlo. No dudéis en mandar un e-mail, comentarlo en el blog, página de Facebook o Twitter. Incluso ahora disponéis de un formulario de contacto en una de las páginas del blog.
Un saludo para todos y ¡¡A PASARLO BIEN EN ESTAS FIESTAS!!

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Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el «tema» no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

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Semana de la ciencia 2010

La semana del 8 al 21 de noviembre en León y Ponferrada se puede disfrutar de una de las actividades más interactivas en cuanto a la ciencia y tecnología se refiere: La semana de la ciencia.
Para este año se han enfocado en tres temas principales:
– Ciencia y tecnología de los alimentos: la ciencia en la cocina.
– Salud y calidad de vida.
– Biodiversidad.

La biodiversidad tiene un espacio especial puesto que nos encontramos en el año internacional dedicado a este tema.
Lo mejor de estas jornadas es, como he dicho antes, la interactividad. Hay un total de 9 actividades a disfrutar entre las que se incluyen multitud de talleres, entre los que destacan los culinarios como catas de vino y queso o también un taller de fisioterapia y otro dedicado a la memoria, y una visita a puertas abiertas en la Universidad de León.
Para que las jornadas fluyan sin problema, se ha habilitado un formulario de inscripción donde poderse apuntar. Esto es porque los aforos de los talleres y visitas es limitado. Así que, si se tiene ganas de asistir visitad la página web habilitada para ello y a apuntarse se ha dicho.

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BioLinux 6.0


Este artículo lo escribo con cierta rabia e indignación, por debajo de la alegría de encontrar algo tan útil como este sistema operativo. Lo comento así porque llevo interesado en mejorar el estado de la bioinformática en este país (donde no hay una carrera o especialización como debería), ya que todos los estudios genéticos necesitan un soporte informático ya sea por un análisis de datos o por un estudio estadístico. Es como si los biólogos tuvieran miedo de meterse en la bioinformática. Pero lo curioso es que, en un congreso al que asistí este pasado verano, hablando distendidamente con grandes cargos de la sociedad española de genética ellos estaban también preocupados por el tema y discutimos la situación de este campo en España. La verdad es que somos pocos los biólogos que nos gusta trastear con los ordenadores y sacarles el máximo partido sin mandarles al carajo, pero la conclusión a la que llegamos es que deberían ser Biólogos y no informáticos los que desarrollaran una especialización en esta materia para poder adecuar mejor los datos a la realidad. Después de esta pequeña pataleta, el motivo de la entrada es mi «descubrimiento» de la nueva versión del sistema operativo Biolinux: la 6.0.
Esta distribución de Linux está basada en Ubuntu 10.04 y la desarrollaron para un público que necesita el uso de herramientas bioinformáticas para sus respectivos proyectos. El grupo que lo ha llevado a cabo es NERC Environmental Bioinformatics Centre y, para no tener que instalarlo de cero en usuarios que ya tengan Ubuntu en su ordenador, han posibilitado la instalación de todos los paquetes necesarios para que se transforme en BioLinux en cuanto a las aplicaciones se refiere. Esto es de gran ayuda puesto que muchos tenemos alojados en algún equipo ese sistema operativo y reinstalar de cero no es de mucho agrado.

La única desventaja es que toda la documentación al respecto está en inglés, pero es algo asumible y que viene siendo habitual. Así se tienen aplicaciones instaladas como el QTLcartographer o CLCsequence viewer, que sirven para mapeo genético y manejo de secuencias. Así también, está adaptado para búsquedas para análisis como Blast. De todas formas AQUÍ está un listado con los paquetes instalados de serie con su descripción.
Siempre que hablo con biólogos que no usan más que güindous sobre sistemas Linux, son un poco esquivos a la hora de instalarlos. No tenéis que instalar el sistema operativo para probarlo con todas las funcionalidades. Estas distribuciones Linux vienen en modo Live, que significa que tan sólo tendréis que iniciar el ordenador (ya sea Mac o PC) para que arranque en el CD ó DVD donde se encuentre la distribución y podréis comprobar la potencia de este software libre.

Enlace de descarga de la distribución BioLinux 6.0

Escuchando: El Club vintage

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Problemas con la bibliografía

Aplicaciones bibliográficas
Tras varios años como investigador me he topado siempre con un problema a la hora de escribir publicaciones y es el manejo de la bibliografía. Antes no se pensaba lo más mínimo en gestionar la bibliografía ayudándose de la informática más que para hacer listados para saber dónde se encontraban los papers o libros que servirían para completar un escrito. Ahora el volumen de la información es infinitamente superior. No hace falta escribir a un autor si se quiere tener su publicación. Las editoriales permiten la descarga, con «incentivos» o no dependiendo del artículo. Eso hace que se tengan que gestionar muchos más reseñas bibliográficas que antes.
Ahora bien, el problema llega a la hora de administrar todo lo recopilado. A la hora de descargar un artículo, en teoría viene etiquetado con un número de identificación llamado D.O.I. Esto facilita la clasificación ya que incluye en el archivo información como los autores, título, revista, año…etc. Pero no siempre es así. Debería ser un estándar a la hora de publicar on-line. Descartando este inconveniente de editarlo a mano, se pasa a añadirlo a la biblioteca de cada uno. Pues más vale editar cada artículo antes de guardarlo porque si no será un caos, ya que si te descargas el artículo suele tener un nombre tipo «fulltext.pdf» o «BMC124566.pdf», nombres nada intuitivos para saber de qué va el paper. Por lo tanto necesitamos un gestor de bibliografía.
He podido trabajar con 3 gestores distintos: Papers, End note y Mendeley. El primero es específico para Mac y los otros dos son multiplataforma.
EndNote fue el primero que pude probar. No permitía la importación rápida de los artículos y se tenía que añadir toda la información a mano. Pero tenía una ventaja y era la perfecta integración con Microsoft Word para ir añadiendo la bibliografía eligiendo el formato de la misma. Pero había notables diferencias en las versiones para cada Sistema Operativo. Como habréis notado, me he referido en pasado ya que lo dejé de usar porque cuando se añaden a la biblioteca más de dos o tres artículos al día es bastante cansado ir etiquetando todo para que se pueda clasificar el artículo. Además, no permitía la reordenación en directorios como ya veremos más adelante. A todo esto hay que añadir la pega de que costaba alrededor de 300€ la licencia básica.
Mendeley parecía una buena opción al ser gratuito y permitir la importación de los artículos asumiendo el D.O.I.. Sin embargo sigue sin poder organizar las carpetas contenedoras de las publicaciones a nuestro antojo y la búsqueda de nuevos papers requiere una configuración nada intuitiva (o poco «user friendly» ;-D) y tampoco permite una exportación de la reseña fácil para añadirla a nuestro documento final.
De esta forma sólo me queda Papers. Tiene una gran pega y es que no se puede elegir el modo de generar la cita como en EndNote. Me explico. End note tiene una característica muy buena y es que permite generar una cita bibliográfica con el estilo de la revista científica que se desee. Por lo menos así era antes. De esta forma y al publicar un artículo, siempre se cumplía con las normas dictadas por la revista en cuestión sin errores ya que existían actualizaciones cada cierto tiempo. En Papers sólo existe una forma de exportar (por método de «copiar y pegar» y también «arrastrando y soltando» donde se quiera) y que tiene el gran fallo de que no añade toda la lista de autores, si no que sólo genera una cita con el nombre del primer autor más la coletilla «et al.» (es una locución proeniente del latin et alii que significa literalmente «y otros» pero que puede ser traducida como «y colaboradores»). A parte de este GRAN fallo, es la mejor interfaz de todas. También hay que decir que lo diseñaron unos científicos. Pero de eso ya os hablé en ESTE ARTÍCULO. Sólo quería destacar que aquí permite manejar todo en la misma ventana: buscar en distintas bases de datos, gestionar y buscar artículos de la biblioteca de cada uno e importar datos D.O.I. siempre que estén incluidos en el archivo pdf, haciendo que tan sólo en un clic se tenga el paper clasificado y perfectamente localizable puesto que permite ordenar los directorios a nuestro antojo: por fecha, año, editorial, autor…etc y en el orden que se quiera. Lo mejor, es el precio: 34€. Digo lo mejor porque merece la pena probarlo y ver las diferencias con Mendeley, que es el único que permite competencia por precio.
Lo bueno que tienen todos los gestores que he comentado es que el etiquetado del pdf permitirá siempre importar el paper a uno u otro software asumiendo toda la información. Siempre hago la misma comparación pero así se entiende mejor: es igual que la información que tienen los archivos de música que se ven en el display de los reproductores de mp3, detallándose la canción, autor, álbúm, letra…etc. pero en términos bibliográficos.
Al final de todo me he quedado con mejores sensaciones que años atrás, pero que me dejan mal sabor de boca. Parece que están jugando con nosotros. No se genera la aplicación definitiva de gestión bibliográfica y es muy, pero que muy necesario para que no se haga pesado el manejo de todos los artículos y lograr un mejor avance en ciencia.

Web de EndNote
Web de Mendeley
Web de Papers

Escuchando: Gravina 82 episodio 34

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