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What is DNA?

De vez en cuando te topas con pequeñas joyitas divulgativas como esta. Si queréis, podéis activar la traducción de los subtítulos. No va demasiado mal. Aunque recordad, el ADN no siempre codifica proteínas. Ni mucho menos. Eso se lo dejaron en el tintero. Aunque a mi me vale como genetista que cualquier persona a la que preguntara en la calle “¿qué es el ADN?” supiera lo que se dice aquí ;D.

Imagen de previsualización de YouTube

Youtube sirve para más cosas que para ver gaticos y monetes ;D

Novedades en las búsquedas BLAST

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe “View these results in the new enhanced report” junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid

“We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose nucleic acid (D.N.A.). […]”. Así es como empieza el escrito enviado por James D. Watson y Francis H. C. Crick a la revista Nature en 1953 y que sería publicado en el volúmen 471 en casi dos páginas el 25 de Abril del mismo año.
Hace ya 58 años de la publicación y todavía sigue maravillándome cómo una página y 3 líneas han cambiado el mundo de la biología molecular. He querido colgar este escrito para que todos pudierais leerlo (aunque está en inglés) en su formato original (está en html5, pero si no lo podéis ver tenéis otro enlace con el texto a pantalla completa). De todas formas os pongo también un enlace con la traducción al español gracias al trabajo del Dr. C. de Paz que lo colgó en la web bioxeo.com hace unos cuantos años.

Lo maravilloso de las micropipetas


El ajuar de laboratorio es siempre escaso. Y el cansancio que conlleva intentar mejorar esas condiciones es proporcional al material disponible: cuanto más y mejor material se tiene, menos cansancio se acumula. Esto que parece una bobada, cuando se trata de estar haciendo reacciones de PCR durante toda una semana para poder mapear genes…pues deja de ser un simple pipeteo a convertirse en un destroza hombros, antebrazos y pulgares. Y, si además para ver mejor el alicuoteo para cada muestra, el proceso se debe hacer de pie…pues hay que añadir cansancio en las piernas y la espalda. Vamos, que acabas el día como si hubieras trabajado en la obra, con el agotamiento mental añadido de estar concentrado para no pifiarla a la hora de pipetear. Para los que no se hacen una idea: una tanda de PCR normal que realizo yo en el laboratorio consiste en 105 muestras en las que, en cada una de ellas, hay que añadir un volumen determinado de dNTPs, buffer de reacción para la polimerasa, Taq polimerasa, Agua estéril Mili Q y el DNA correspondiente. Todo el mundo científico se vale de la maravillosa ayuda de las casas comerciales que permiten no tener que hacer a mano los búfferes de reacción. Y los dNTPs junto con el búffer y el agua se puede juntar para hacer un mix. Incluso si tienes unos cebadores que vayan bien, puedes incluirlos en el mix. Pero, cuando se trata de mapear genes y tienes que hacer la reacción para cada uno de los 105 individuos para ese gen determinado, pues, al menos, necesitas pipetear…unas 210 veces si haces el mix con primers incluidos y no tienes una micropipeta. A eso hay que añadir los pipeteos de la preparación de los mix de reacción. Todo esto lleva un gasto de tiempo bastante grande. Pero, si se quiere estar seguro de que vaya una concentración determinada de cada pareja de cebadores en cada muestra, pues el número de pipeteos se duplica. Todo esto lo cuento para un científico que no tiene la posibilidad de tener una micropipeta multicanal.
A eso quería yo llegar. Para los que no lo sepan, una pipeta multicanal es, como su nombre indica, una micropipeta que tiene muchos canales. Dependiendo del modelo, las hay de 8 ó 12 canales. Por lo tanto, cada vez que accionamos el émbolo para dejar soltar la alícuota pertinente en una batería de muestras, haremos el mismo trabajo reducido en una octava parte como poco. Vamos, que se puede hacer lo mismo que con la micropipeta normal pero 8 veces más rápido (si tiene ocho canales) ó 12 veces más rápido, como es el caso de la micropipeta que dispongo.
A eso de la reducción de esfuerzo hay que añadir una reducción de error de pipeteo, ya que cada vez que se acciona el mecanismo la succión y vertido es el mismo en los 12 pocillos a la vez.
Pero hay algo más. El cansancio mental también se reduce puesto que no se tiene que estar tan concentrado (esto no significa que no haya que estarlo para que todo vaya bien, eh!) a la hora de controlar los pipeteos.
Si a esto sumamos la pericia de cada investigador a la hora de hacer mixes, la reducción del número de pipeteos se reduce hasta un número de…¡¡36 pipeteos por cada tanda de 105 reacciones!!.
Todo esto también tiene un fallo: la captura de cada punta con las micropipetas multicanal. Cada casa comercial que fabrique este tipo de pipetas, produce unas puntas específicas que permite un mejor anclaje de éstas. Sin embargo, en la gran mayoría de los laboratorios se piden puntas a granel para todas la pipetas y pedir un cargamento a mayores de esas puntas tan específicas conlleva un gasto bastante grande. Siempre que se usan puntas no especiales, se suele tener que apretar un poco cada punta para que tome el volumen correcto. Esto hay que hacerlo con cuidado para preservar las condiciones de esterilidad. Pero cuando ya lo has hecho unas cuantas veces, la maña bate por goleada a la falta de presupuesto.
En fin, que todo laboratorio que tenga que manejar un número considerable de muestras, debería tener unas cuantas micropipetas multicanal. Tan sólo un consejo más: cada pipeta debería ser personal en intransferible. Para evitar continuas descalibraciones.