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A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid

«We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose nucleic acid (D.N.A.). […]». Así es como empieza el escrito enviado por James D. Watson y Francis H. C. Crick a la revista Nature en 1953 y que sería publicado en el volúmen 471 en casi dos páginas el 25 de Abril del mismo año.
Hace ya 58 años de la publicación y todavía sigue maravillándome cómo una página y 3 líneas han cambiado el mundo de la biología molecular. He querido colgar este escrito para que todos pudierais leerlo (aunque está en inglés) en su formato original (está en html5, pero si no lo podéis ver tenéis otro enlace con el texto a pantalla completa). De todas formas os pongo también un enlace con la traducción al español gracias al trabajo del Dr. C. de Paz que lo colgó en la web bioxeo.com hace unos cuantos años.

Molecular structure of nucleic acids

Para mí, cada vez que lo leo me permite hacer un repaso de las bases de la genética molecular. El último párrafo mencionando a otros investigadores muy relevantes para el descubrimiento (recomiendo ver el vídeo publicado en el anterior post) recuerda que este trabajo tuvo más ayuda.
Disfrutad del escrito, como lo he hecho yo.

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Descubriendo la estructura del ADN

Por la conmemoración del quincuagésimo octavo aniversario del anuncio del descubrimiento de la estructura del ADN (el 28 de Febrero de 1953) y su posterior publicación en Nature (el 25 de abril de 1953) quería explicar un poco como fue todo lo relacionado con ese evento que ha cambiado «bastante» la Ciencia. Sin embargo me he topado con un vídeo que, por su duración y explicación, es más ameno que estar leyendo. Se mencionan los nombres de Wilkins, Franklin, Watson y Crick, la foto 51 y, además, cómo una cervecería volvió a ser el centro del mundo por unos momentos. Os dejo con el fragmento del documental «Watson y Crick y la doble hélice de ADN».

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=uCm87Hn85Qk[/youtube]

Interesante, ¿no creéis?.

Escuchando: Gravina 82

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Gestión bibliográfica con Paperpile

Ya se comentó en otro artículo las herramientas que había probado sobre gestión y administración de la bibliografía científica (y no científica). Sin embargo me llegó hace unos meses la invitación a probar una beta de una aplicación open source: Paperpile.

Se trata de una aplicación que está disponible para los sistemas UNIX Linux y MacOSX. Windows aún no tiene versión, pero están pensando en lanzarla pronto. Para poder probar esta beta hay que pedirlo mediante correo electrónico.
A mí que sea de código abierto ya hace que me atraiga más de lo normal. Que en Ciencia se distribuyan estas cosas gratuítamente y pensando en todas las funcionalidades abiertas, es más que un plus para probarlo al menos.
La interfaz es muy intuitiva. No es tan completa como otros software como Papers, pero se asemeja en lo limpia que es (ver imagen). A la izquierda todas la utilidades de gestión y navegación como la administración de las publicaciones por etiquetas, importación y exportación, suscripciones que se tengan a ciertos lectores de feeds que interesen o enlace a bases de datos bibliográficas. Se nota que está destinado a la investigación puesto que las bases de datos colocadas son Pubmed y Google Scholar y feed predefinidos los de Science, Nature y PLoS One.

interfaz de paperpile
Captura de pantalla con la interfaz de Paperpile versión 0.5.1 beta. Hacer clic o tap para agrandar

Para probar simplemente cómo exporta las citas por ejemplo, sólo tendréis que exportar vuestra bibliografía gestionada con otra aplicación a algún formato que lo pueda leer como es el BibText, RIS, o tipo xml o sqlite (como lo hacen Zotero o Mendeley).
Todavía es una versión beta y en su web tendréis la posibilidad de ver una galería de imágenes con muestras del funcionamiento e interfaz del programa así como las mejoras introducidas en cada nueva versión.
Probadlo y ya me diréis que os parece.

Web de Paperpile

Escuchando: Memoria histérica

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Mejorando los recursos del blog

Este es un artículo algo atípico. Simplemente quería informar sobre ciertos cambios en la interfaz del blog y alguna que otra mejora que facilitará el intercambio de información.
Como podréis ver, la cantidad de botones referidos a las páginas del blog han disminuido. Esto es porque se han aglutinado todo lo que podrían llamarse RECURSOS en una página con ese nombre. Ahí podréis encontrar tanto ENLACES de interés relacionados con la investigación, SOFTWARE que ha sido analizado en el blog o de utilidad, información sobre el PODCASTING para todos aquellos que quieran pasar un buen rato con contenidos a la carta y una zona de SWITCHERS para los novatos en el mundo MAC.

Recursos en el Blog de laboratorio
Nuevos menús de la página de RECURSOS. Hacer clic o tap para agrandar

Pero, además, hay una novedad. El uso de las redes sociales facilita mucho el intercambio de información y la capacidad de compartir contenidos. Twitter (una de las redes sociales más de moda actualmente) permite mediante su API diseñar entornos como el que se ha creado para el Blog. Se ha podido generar un timeline especial que aglutina información referida a la investigación y temas similares. Este timeline está situado en la misma página de recursos y, de forma fija, en la barra lateral del blog. Por lo tanto se puede ver en todo momento desde cualquier página del blog.

Nuevo widget de Twitter con un timeline relacionado con temas científicos
Nuevo widget de Twitter con un timeline relacionado con temas científicos. Hacer clic o tap para agrandar.

Localización del widget de Twitter en la barra lateral del blog
Localización del widget de Twitter en la barra lateral del blog. Hacer clic o tap para agrandar.

Espero que estos cambios sean de vuestro agrado. Los contenidos se irán mejorando pero si tenéis alguna sugerencia para mejorar lo que sea, no dudéis en hacer un comentario o mandar un correo al mail destinado para ello.

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Canalizando la fotosíntesis para generar combustible

Desde que pude escuchar por primera vez en el colegio cómo las plantas obtenían energía mediante la fotosíntesis, siento admiración por el reino vegetal. Con agua y dióxido de carbono más el aporte lumínico consiguen generar energía. Siempre hablando de la fotosíntesis de tipo oxigénico (ver imagen 1). Imaginad si se pudiera canalizar esa reacción de tal forma que se obtuviera energía que pudiéramos aprovecharla los seres humanos.

Fotosintesis oxigénica y anoxigénica
Imagen 1. Esquema de fotosintesis oxigénica y anoxigénica

Científicos del Reino Unido y los EE.UU., incluyendo investigadores de la Universidad Estatal de Arizona, han conseguido fondos (valorados en más de 10 millones de dólares, más de siete millones de euros) para mejorar el proceso de fotosíntesis, como medio de producción de combustible renovable.
Para resumir uno de los proyectos que se están llevando a cabo, lo que están estudiando es el procedimiento de conectar un organismo productor de energía con otro productor de combustible (ver imagen 2). Esto se basa en que las células fotosintéticas cuando son «abrumadas» por mucha luz llegan a desperdiciar energía. Consiguiendo canalizar esa energía sobrante a otros organismos que produzcan combustible se conseguiría mejorar esa eficiencia energética de una forma muy rentable para nosotros.

Esquema de proceso fotosintético canalizado
Imagen 2. Esquema del proceso de obtención de combustible mediante canalización de la fotosíntesis

No he podido indagar más sobre el tema pero parece ser que se están investigando en unos nanocables que permitan la conexión entre los dos tipos celulares para permitir el paso de electrones.
Este estudio se completa con otros tres proyectos : el proyecto EPP (Exploiting Prokaryotic Proteins to Improve Plant Photosynthesis Efficiency), el proyecto MAGIC (Multi-Level Approaches for Generating Carbon Dioxide) y el proyecto CAPP (Combining Algal and Plant Photosynthesis) y que en conjunto recibirán los fondos para la investigación anteriormente mencionados.
Buen proyecto para sacar partido al mundo vegetal de una forma más sostenible.

 

Imágenes obtenidas de la National Science foundation y Wikipedia.
Referencias: NSF Announces New Awards That Will Investigate More Efficient Ways to Harvest Sunlight to Make New Biofuels and Biomaterials

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La tecnología para los científicos en Tecno

Me he encontrado con una grata sorpresa cuando esta mañana me dispuse a escuchar uno de los podcast sobre entrevistas a gente hablando sobre tecnología y cómo afecta a sus vidas llamado Tecno (@tecnopodcast en Twitter) y vi que era un científico el que estaba invitado.

Siempre que hablo con alguien fuera del trabajo sobre la situación tecnológica en los laboratorios me dicen cosas como «Ah! sí, como en CSI…». Pues al igual que a mí, al Profesor Bacterio (científico bioquímico, @PrfBacterio en Twitter por si queréis seguirle) le inquietó el tema y contactó con el conductor del programa, Sebas oliva, y le propuso hacer este episodio. Y parecía que me estaba escuchando a mi mismo. En cuanto a la perspectiva. El trabajo es distinto, pero no importa. En la entrevista comentan los avances de la tecnología y cómo afecta a la ciencia tanto económicamente como en eficiencia, el tremendo cambio que ha provocado Internet en nuestras vidas científicas o el buen uso (que espero tener la oportunidad de darle algún día en un futuro no muy lejano) que se le da al iPad para estar al día en cuanto a publicaciones.
No quiero aburrir más sobre el tema. Por favor, escuchadlo. Yo me he sentido plenamente identificado y creo que la gran mayoría de los investigadores se sentirán como yo. No hace falta ser un geek. ¿Opináis lo mismo que yo?, ¿Os imagináis la Ciencia sin Internet?.

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Mejorando el desarrollo de enzimas

Finalmente he tenido tiempo para publicar un breve artículo sobre estas herramientas tan útiles en biología molecular: las enzimas. Para resumir brevemente, las enzimas son un tipo de proteínas especiales que aceleran procesos químicos en los seres vivos. Muchas son conocidas por su actividad catalítica (como las enzimas de restricción ya comentadas en otros artículos) y otras por su capacidad anabólica (como por ejemplo la buena amiga de un laboratorio de genética como es la Taq polimerasa).
En un estudio reciente se ha analizado las propiedades de las proteínas de organismos termófilos-que viven en altas temperaturas- en comparación con las de los organismos mesófilos -que viven en temperaturas moderadas- No es de extrañar conocer que son más resistentes al calor de desnaturalización las de los organismos termófilos que las de los mesófilos. En la naturaleza, las enzimas de los microbios que prosperan en hábitats extremadamente calientes como fuentes hidrotermales puede permanecer estables incluso a 100 ºC. Estas enzimas termófilas son útiles para la industria de la biotecnología, debido a su mayor estabilidad (recordemos la anterior citada Taq polimerasa, aislada del microorganismo Thermus aquaticus y que permite trabajar con ella a casi 100 ºC).

Dibujo esquemático de la acetilfosfatasa
Dibujo esquemático de la enzima acetilfosfatasa.
Un problema interesante es que las enzimas termófilas son menos activas que sus homólogas mesófilas a pesar de tener estructuras similares. Un equipo de investigación liderado por el doctor Wong (del Centre for Protein Science and Crystallography, del School of Life Sciences en la Universidad de Hong Kong), ha investigado la causa de por qué sucede esto. Ellos descubrieron que la enzima acetil fosfatasa termofílica tiene una propiedad única en que su sitio activo que permite una gran rigidez en su estructura por unos puentes salinos que, a su vez, hace disminuir su actividad enzimática a bajas temperaturas. Sin entrar en la estructura de la proteína, la rigidez de la proteína hace que la actividad sea menor. Consiguieron manipular una de estas enzimas termofílicas y romper ese puente salino comprobando esa relación de rigidez-menor actividad.
Esto es un buen comienzo para mejorar las enzimas que se utilizan en los laboratorios, que sean más eficientes y que se puedan usar en rangos de temperaturas más amplios.

Referencia: Lam SY, Yeung RCY, Yu T-H, Sze K-H, Wong K-B (2011) A Rigidifying Salt-Bridge Favors the Activity of Thermophilic Enzyme at High Temperatures at the Expense of Low-Temperature Activity. PLoS Biol 9(3): e1001027

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Solicitudes Ramón y Cajal y Juan de la Cierva con retraso

No estoy teniendo demasiado tiempo libre para poder compartir cosas más «interesantes» desde el punto de vista experimental en el blog, sin embargo tengo que exponer este suceso que sí que puede ser de interés para la comunidad investigadora.

Como sabréis muchos, en España se conceden subvenciones públicas en el marco de la línea instrumental de actuación en recursos humanos del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica (I+D+i). En la convocatoria que reúne las ayudas, se incluyen los subprogramas Ramón y Cajal y Juan de la Cierva. No quiero entrar en detalle puesto que llevaría un buen artículo, sin embargo sí quería destacar una cosa concerniente a la información y la ayuda a la hora de optar a estas ayudas que sucede en las Universidades, al menos las públicas. A parte de la «buena aceptación» o no a la hora de admitir estas ayudas para la contratación de personal investigador, es normal que la falta de información para la gente que no está muy metida en dónde conseguir las bases para la convocatoria. Sin embargo me ha desagradado bastante (por no decir otra palabra) que la Universidad de León envíe este correo que os pongo a continuación:

Se anuncia la conferencia titulada: «Claves para la evaluación positiva de proyectos de I+D+i», impartida por Julio Bravo, consejero de la ANEP, este viernes 4 de marzo de 2011 a las 12 h. en el Aula Magna de la Facultad de Ciencias Biológicas y Ambientales (Universidad de León).

En la conferencia se expondrán aspectos de interés relacionados con la elaboración de memorias y baremación de proyectos de investigación y solicitudes Ramón y Cajal y Juan de la Cierva.

Si no se está muy informado sobre el tema, pues la iniciativa es genial. No es muy común que venga alguien a explicar y ayudar a cumplimentar las solicitudes. Sin embargo me ha molestado por la fecha. Os pongo a continuación la sección del Boletín Oficial del Estado en el que se muestran las fechas de la presentación de solicitudes:

BOE-ayudas Ramón y Cajal y Juan de la Cierva
Extracto del BOE con los plazos de presentación de solicitudes para las ayudas Ramón y Cajal y Juan de la Cierva. Hacer clic para agrandar

Como siempre las cosas no se hacen como se deberían hacer. Os aseguro que optar a esas ayudas no es fácil por los requisitos y los centros o empresas que deben dar el beneplácito. Pero que la información que den las universidades públicas (generalizo porque esto lo he visto aquí y no creo que no sea una «iniciativa pionera») sea a destiempo no es bueno.

Bueno, la pataleta ya está escrita. Espero que la comunicación entre investigadores mejore con el tema de la accesibilidad a los contenidos mediante internet porque necesitamos un poco de unión entre todos. Esto es otro ejemplo de que ocurra una fuga de cerebros. Y es triste. Muy triste.

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Carta abierta por el futuro de la investigación

Esta noticia sólo me ha llegado por el fin de la convocatoria. Una convocatoria que, siendo yo bastante asiduo a la información, no me había enterado. De acuerdo que estoy muy ocupado últimamente escribiendo la tesis y demás, pero la difusión no ha sido muy apoyada por entidades como Universidades. Ya se sabe, el politiqueo es lo que manda y la chaqueta se debe poner y quitar cuando convenga, ¿verdad?.

La noticia me ha llegado por numerosos medios de información como el Diario el País, La Fundación General de la Universidad de Valladolid, Ceuta al día (versión digital), Noticias de salud..etc., y gracias a medios como Twitter. Si no, como mucho me hubiera enterado por la noticia de ayer del diario El País.
Os dejo aquí el escrito que será llevado el día de hoy a La Moncloa por el grupo de investigadores que ha realizado esta iniciativa (ver web) y que explica la situación perfectamente. Es una lástima que no me hubiera enterado antes para poder apoyar la iniciativa.

CARTA ABIERTA POR EL FUTURO DE LA INVESTIGACIÓN

En los últimos dos años, utilizando como argumento la actual crisis económica, la investigación española ha sufrido unos recortes presupuestarios drásticos. Mientras el recorte medio ha sido de un 16%, los Organismos Públicos de Investigación han visto recortado su presupuesto alrededor de un 30%. Esto implica una pérdida de credibilidad y competitividad de la política científica española, impidiendo alcanzar un cambio del modelo productivo actual a uno basado en el conocimiento. Especialmente preocupante ha sido la drástica reducción y casi desaparición de oportunidades para que los investigadores puedan estabilizarse laboralmente (un recorte de un 90% en el número plazas en el caso del CSIC). Esta reducción golpea con crudeza no sólo a los investigadores con contratos Ramón y Cajal (que ya han superado numerosos procesos de selección y evaluación), sino también a los postdocs en etapas previas (que se han visto afectados por el escaso número de contratos de acceso al sistema). Estamos ante un peligro real de perder varias generaciones de investigadores que han sido una de las bases del crecimiento de la producción científica en los últimos años. En este contexto es imprescindible hablar del actual borrador de la Ley de la Ciencia y Tecnología, que consideramos deficiente en cuanto al diseño de la carrera investigadora por los siguientes motivos:

En anteriores borradores se define un contrato de Acceso al Sistema de 5 años de duración, con evaluaciones que, en caso de superarse, conllevarían automáticamente a un contrato laboral fijo. Sin embargo, el actual borrador establece que esta evaluación tan solo se considerará como un mérito más a la hora de presentarse a los procesos selectivos de personal laboral fijo, sin garantías de que éstos puestos existan.
No elimina las becas de investigación en el sector privado y contempla que los sueldos de los investigadores puedan ser de un 25% a un 44% inferior a los establecidos por Ley para trabajadores que realicen cometidos similares. Esto va en la dirección contraria de la dignificación social de las labores de investigación.
No regula la etapa postdoctoral inicial dejándola en una situación indefinida y precaria.
Como consecuencia de todo lo antes descrito, solicitamos para España mediante esta carta una carrera científica digna y clara, y planteamos las siguientes reivindicaciones concretas:

Cumplimiento de los compromisos ya adquiridos con los contratados RyC mediante la creación de un número suficiente de puestos de trabajo para que los investigadores que hayan superado evaluaciones favorables tengan la oportunidad de estabilizarse laboralmente.
Que el recorte de presupuestos no afecte desproporcionadamente a la I+D y que se mantenga o aumente su porcentaje con respecto al PIB.
Un pacto de Estado que permita planificar a largo plazo los recursos humanos y financieros en investigación.
Respecto al borrador de la nueva Ley de Ciencia y Tecnología, reclamamos las siguientes modificaciones:

Que el nuevo contrato de Acceso al Sistema Español de Ciencia contemple la estabilización automática de los investigadores que superen las evaluaciones que se establezcan, teniendo en cuenta las necesidades de los Centros.
Introducir una disposición transitoria que establezca una equivalencia entre los actuales contratos RyC y los nuevos contratos de Acceso, teniendo en cuenta las etapas de evaluación ya superadas por los RyC
Creación de las figuras contractuales necesarias para cubrir las etapas post-doctorales iniciales de una manera clara.
Sustituir las becas del sistema, incluido el ámbito privado, por contratos.
Establecer que los sueldos de los investigadores sean, al menos, el mínimo exigido por Ley para trabajos similares.

Y yo añado algo que he podido comprobar de primera mano: las becas Ramón y Cajal en las Universidades públicas no se pueden ni ver (y menos solicitar) porque implica un contrato obligado por parte de la empresa una vez acabado el periodo de ayuda. En fin, os dejo unos enlaces sacados de la web de «Investigación Digna».

Carta abierta.
Anteproyecto de ley de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación.
Encuesta realizada por la ANIRC para la evaluación del impacto de los recortes presupuestarios en la estabilización de científicos del Programa Ramón y Cajal.

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Radio Cienciaes, divulgación científica las 24 horas

Radio Cienciaes
Desde el pasado 1 de Febrero de este año se está emitiendo la radio que aloja programas en formato podcast muy conocidos -por lo menos desde mi punto de vista de amante del podcasting- y que tiene un formato similar a la Radio madre del podcasting en español: Radio podcastellano. Consta de diversos podcasts de divulgación científica y que se podrán escuchar uno detrás de otro sin pausa.
Como ya sucede con Radio podcastellano, esto es muy útil cuando se quiere escuchar contenidos de diversa índole y desde distintos puntos de vista. El listado de programas que se emiten es el siguiente:

-Hablando con Científicos (cienciaes.com)
-Vanguardia de la Ciencia (cienciaes.com)
-Ulises y la Ciencia (cienciaes.com)
-Ciencia y genios (cienciaes.com)
-Ciencia Nuestra de cada Día (cienciaes.com)
-Zoo de fósiles (cienciaes.com)
-Seis patas tiene la vida (cienciaes.com)
-Océanos de Ciencia (cienciaes.com)
-Quilo de Ciencia (cienciaes.com)
-Ciencia EXtrema (cienciaes.com)
-La Buhardilla 2.0 (http://www.buhardillapodcast.es/)
-Geocastaway (http://geocastaway.blogspot.com/)
-Incredulos Podcast (http://incredulos.com/)
-A Través del Universo (http://universo.iaa.es)
-Universos paralelos (http://bloguniversoparalelo.blogspot.com/)

El proyecto nació 6 meses antes de su andadura en las ondas electrónicas, tal y como cuentan en el post de Radio podcastellano que lo inaugura. No olvidemos que es una radio digital y que sólo puede ser escuchada mediante conexión a Internet. El fundador de Radio podcastellano ya llevaba tiempo colaborando para divulgar la ciencia y, tras la desaparición de varios programas científicos propuso la idea al responsable de Cienciaes.com, que es el portal que aloja la mayoría de podcasts de Ciencia en español.
Esto es un buen paso para que los temas científicos y de investigación lleguen a todo el mundo.

Web de Radio Cienciaes
Twitter de Radio Cienciaes

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