Blog de Laboratorio

La red social de los investigadores: Research Gate

10 febrero, 2012 DoctorGenoma Ciencia

Desde que las redes sociales 2.0 nos inundan por todos lados, no era de extrañar que hubiera alguna dedicada especialmente a los científicos: Research Gate. Hay alguna otra pero yo me quedo con esta. Es una pena que no haya casi gente en comparación con otras redes que los que rondamos la investigación ya estamos presentes como Twitter o Facebook, pero es muy interesante estar conectado a esta.

En primer lugar os podéis imaginar que las temáticas tratadas nada tienen que ver con temas de actualidad, chascarrillos o dar de comer a animalitos en granjas. Se trata de Ciencia pura y dura. Al crearse un perfil se tienen multitud de campos a rellenar para que cada uno especifique desde los datos personales a las habilidades informáticas y, por ejemplo, relacionadas con el laboratorio. La gestión de las notificaciones y configuraciones de privacidad son más que aceptables. Las redes sociales como Facebook, Twitter o LinkedIn también se integran perfectamente y se pueden elegir las temáticas (topics) y personas a seguir. Y esto es lo mejor. Al seleccionar esos topics te puedes informar de problemas que atañen a otros investigadores y que, rápidamente, se intentan solucionar gracias a la comunidad de científicos. Por ejemplo, yo estoy suscrito al «topic» PCR. Pues todos los temas abiertos sobre ese tema me llegan mediante notificación, en mi caso correo electrónico, y puedo ayudar o informarme sobre lo que ya han comentado ante ese problema. Como es una red internacional, los problemas y soluciones pueden venir de cualquier parte del globo y la rigurosidad de la información está bien contrastada. Más que nada porque los científicos tenemos esa extraña manía de conocer y conocer y ayudar a conocer.

Visión de la temática sobre PCR en Research Gate. Pulsar para agrandar

Tan sólo os animo a todos los que os interese a inscribirse. Si queréis conectar conmigo por ahí (aunque aún estoy rellenando el perfil a ratos libres desde que me registré hace unos meses), lo podéis hacer pulsando en el banner de a continuación:

A parte de encontrar soluciones a vuestros problemas, también es una mina de oro de información con fuentes de primera mano.

Enlace a la red social para investigadores Research Gate

Recta final para apoyar a la Ciencia

21 enero, 2012 DoctorGenoma Ciencia

Exprimir unos minutos para difundir un poco más una de las MEJORES INICIATIVAS en pro de la Ciencia en España vale la pena. Me he dado cuenta que se ha desinflado un poco el tema y que incluso hay mucha gente de mi entorno científico que no se ha dado cuenta. La idea es simple: exigir la existencia de una casilla en la declaración de la renta para destinar el 0,7% de los impuestos para el desarrollo científico.
Para apoyar la iniciativa tan sólo se tiene que firmar en Actuable o ~~DESDE EL FORMULARIO DE LA BARRA LATERAL DE ESTE BLOG (a la derecha)~~ dando como únicos datos nombre y apellidos, un correo electrónico y un código postal. Creo que no es mucho pedir. Y mejor aún si se difunde entre todos los conocidos mediante los enlaces directos que se encuentran debajo justo de los campos a rellenar y que permiten proclamar esta solicitud de apoyo por medio de redes sociales y e-mail.

Faltan menos de 11 días y se tiene que llegar al menos a las 250.000 firmas. Faltan pocas, pero se necesita difusión. Os pongo a continuación todo el escrito publicado por Francisco J. Hernández (@FJHHeras en Twitter), impulsor de la idea desde su blog «Resistencia Numantina«.

Casilla de apoyo a la Ciencia en la Declaración de la Renta

El editorial de la revista científica Nature de Diciembre llamaba a los nuevos gobiernos de España, Italia y Grecia a invertir más en Ciencia. Según los analistas, invertir en ciencia ahora hubiese traído beneficios desproporcionados. Impulsar la ciencia en el sur de Europa, decían, no sólo beneficiaría a estos países, si no que harían toda Europa más competitiva.

Dicho y hecho; continuando la tradición de los últimos años del gobierno Zapatero (no así de los primeros, también hay que reconocerlo), el nuevo Gobierno de España ha anunciado un recorte de 600 millones de Euros en I+D+i. El presupuesto para 2011 (8600 millones) era ya un 8% menor que en 2010, a su vez 15% inferior que el de 2009. Queda claro entonces que este nuevo recorte deja a la Ciencia española en una situación de emergencia.

La investigación y la innovación son pilares fundamentales para el desarrollo de una sociedad moderna, y hemos demostrado muchas veces que los científicos españoles podemos ser tan buenos como los del resto de países si nos dan la oportunidad. Dado que nuestros bienamados líderes no parecen querer entenderlo, quizás haya llegado el momento de exigir que nos den la opción a nosotros. ¡Exige una casilla en tu declaración de la renta para poder dedicar un 0,7% de tus impuestos a la consecución de un mundo mejor!

Danos tu apoyo en la consecución de una casilla como complemento de la insuficiente partida de los presupuestos. Hazlo con una firma en actuable.

Actualización (5/1/2012)

Muchas gracias a la difusión que estáis dando a la idea, surgida quizá más con el objetivo de ser una reacción a una situación absurda que una propuesta concreta. En general no soy muy amigo de propuestas a través de actuable y demás, pero sois muy bienvenidos a mostrar vuestro apoyo tanto en la propuesta subida allí por un amable lector, que ya cuenta con más de 15000 votos, como en el grupo de facebook. Aunque la idea fue torpemente producida por mis neuronas de forma independiente, hay que mencionar la existencia de una propuesta previa en facebook.

Todo lo que sea divulgar la mala situación de la investigación en nuestro país es necesario, y si ya sólo a eso ayuda esta propuesta, bienvenida sea. Sin embargo, creo que la solución vendrá necesariamente de la mano de un Gobierno que no crea que la investigación científica en particular, y lo público en general son los enemigos a abatir. La medida más efectiva para ayudar a nuestra Ciencia es recordar quién la traicionó, y actuar consecuentemente la próxima vez que estéis con una papeleta frente a una urna de votación.

Actualización (12/1/2012) CONTACTA CON TU DIPUTADO/SENADOR

Una de las medidas más efectivas que podemos tomar entre todos es la de concienciar a nuestros representantes del problema de la financiación de la Ciencia, y trasmitirles el apoyo ciudadano que esta causa despierta.

Os propongo que busquéis a un diputado/senador de vuestra provincia (al que hayáis votado, preferentemente y si es posible) y le preguntéis qué van a hacer ellos para evitar un daño irreparable a la Ciencia en España. Aquí encontraréis los nombres de vuestros diputados y senadores:

http://www.congreso.es/portal/page/portal/Congreso/Congreso/Diputados/DipCircuns

http://www.senado.es/legis10/senadores/index.html

El correo electrónico no aparece en esa página, pero por lo general puede ser encontrado en internet, ya que los diputados/senadores suelen tener webs propias o cuentas de twitter. Sois libres de utilizar para ello cualquier texto que aparezca en esta entrada de mi blog. Muchas gracias por el apoyo y la colaboración.

¿Ya has firmado? ¿No? ¡Venga! ¿A qué esperas?
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Los grandes simios y la toma de decisiones

29 diciembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia

Para finalizar el año, voy a cambiar un poco la temática y separarme un poco de la biología molecular para adentrarme en temas antropológicos. Esto es por un curioso estudio publicado en PLOS ONE el pasado 21 de diciembre y que tiene que ver con la toma de decisiones de los grandes simios no humanos: chimpancés, orangutanes, gorilas y bonobos. Aunque algo puede que nos llegue «por herencia».

Los autores del estudio dirigido por Daniel Haun, de los Institutos Max Planck de Psicolingüística (Nijmegen) y Antropología Evolutiva (Leipzig), investigaron el comportamiento de las cuatro especies no humanas de los grandes simios. Se les presentó dos piezas de plátano: una más pequeña, que siempre estaba en el mismo lugar y accesible, y una más grande, que estaba escondida debajo de uno de múltiples vasijas y que era, por lo tanto, la opción más arriesgada.
Los investigadores encontraron que las decisiones de los simios estaban reguladas por la incertidumbre y la probabilidad de éxito para la elección arriesgada, lo que sugiere una sofisticada toma de decisiones. Los simios escogieron la pequeña pieza más a menudo cuando estaban indecisos de la situación de la pieza grande oculta. Cuanto menor era la probabilidad de adivinar correctamente, elegían más a menudo la pieza pequeña.

Los investigadores también encontraron que los simios que se dirigían a la pieza más grande – y corrían el riesgo de no conseguir nada en absoluto – lo hacían un 50% de las veces. Esta arriesgada decisión aumentó a casi el 100% cuando la diferencia de tamaño entre las dos piezas del plátano era considerable. Mientras que las cuatro especies han demostrado estrategias sofisticadas en la toma de decisiones, los chimpancés y los orangutanes eran en general más propensos a tomar decisiones arriesgadas en relación a los gorilas y los bonobos. La razón exacta de esta discrepancia sigue siendo desconocida. Pero no por ello menos curiosa.

Haun concluye: «Nuestro estudio se suma a la creciente evidencia de que «la vida mental» de los otros grandes simios es mucho más sofisticada de lo que se suele suponer.»

Ya me estoy imaginando a algunos experimentando estas navidades con dulces con los más pequeños de la casa (y menos corruptos mentalmente). Que os veo venir…al menos dadles siempre la golosina. Felices fiestas a todos desde el laboratorio ;-D

Noticia facilitada por las publicaciones online de PLoS ONE
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Resultados de encuesta sobre pruebas genéticas DTC

13 diciembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia

Hace más de un año se abrió la encuesta con un artículo previo donde hacía mención al tema y explicaba el debate acontecido en aquel momento por la comunidad científica ante las pruebas de ADN directas al consumidor dirigidas a prevenir ciertas enfermedades. Ante la pregunta ¿estarías dispuesto/a a realizar una prueba genética DTC (directo al consumidor)? el resultado de la misma ha sido el siguiente.

El muestreo que origina esta encuesta puede estar sesgado debido a la gente que ha tenido acceso a ella. Así como que ha estado un poco escondida en la barra lateral durante todo este tiempo. Probablemente, los resultados se verían modificados si se hiciera a pie de calle. Por eso seguirá en vigor y se intentará que aumente el número de encuestados.
¿Os interesa algún tema de índole científica a debatir en el blog? Podéis dirigir vuestras sugerencias a cualquiera de los medios de contacto y redes sociales que queráis. Gracias por la ayuda 😉
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Charla sobre divulgación científica

16 noviembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

En las pasadas jornadas de podcasting celebradas en Alicante, se pudo disfrutar de una charla en la que Angel Rodriguez Lozano (divulgador científico de los más exitosos programas de ciencia de la radio española, como Vanguardia de la Ciencia o El sueño de Arquímedes y que en la actualidad es director del grupo de podcast Cienciaes.com) compartió mesa con Enrique Silva y Javier Gómez (componentes del podcasts de ciencia La buhardilla 2.0), junto con José Juan Sánchez (Director de Radio Podcastellano y colaborador a la hora de difundir el programa de radio Partiendo de Cero en formato podcast). También estuvo invitada América Valenzuela (directora del programa de RNE Ciencia al Cubo y escritora en la revista Quo, y magnífica divulgadora científica), pero por problemas de salud no pudo ir en esta ocasión. Creo que es una charla muy amena y que muestra la entrega de estas personas divulgando la ciencia en un medio como el podcasting. Os dejo el vídeo y también el audio a parte para que lo disfrutéis de la mejor forma posible.

[vimeo]http://vimeo.com/31641175[/vimeo]

Descargar el audio de la charla
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Avances en terapia génica

12 noviembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia

No soy muy de divulgar algo como es un programa de televisión como el de Redes que presenta el archiconocido Eduard Punset, pero en esta ocasión si lo quería mencionar porque trata un tema que me ataña: los avances en la terapia génica. No voy a contar lo mismo que se explica en el video, pero para abrir boca puedo comentar que la entrevista principal en este programa se hace a Fátima Bosch, directora del Centro de Biotecnología Animal y Terapia Génica de la Universidad Autónoma de Barcelona y que están especializados en estudios de diabetes y mucopolisacaridosis (NOTA: para los curiosos, una de las variantes de esta enfermedad la padece un vloger muy conocido en Youtube, Keenan Cahill, que es todo un ejemplo de superación). Se hace hincapié en esta enfermedad y sus variantes por las posibilidades que tiene la terapia génica para lograr su cura y que, como dice Fátima Bosch, en un futuro «…no serán más que un resfriado». Creo que el vídeo muestra las bases de lo que es la terapia génica y las variantes que tiene dependiendo del método de introducción del material genético, así como lo claves que son los vectores y el avance que han tenido en estos últimos años.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=ssx6oX1C_Ys[/youtube]

Os dejo también el enlace del post original del programa REDES donde podéis leer esta entrevista por si no podéis ver el vídeo.

NOTA: me atrevo a dar un tirón de orejas a este programa de la televisión pública porque desde su página web no se permite compartir el vídeo y he tenido que enlazar un vídeo de Youtube que subió un usuario por su cuenta.
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Computational Biology of Molecular Sequences Symposium by videostreaming

10 noviembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia, Tecnología

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Journal of Feelsynapsis: una revista necesaria

9 noviembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia, Ocio

¿Qué os parece una revista sobre tema científicos que entretenga tanto a los expertos en las diversas materias como a gente que tiene simplemente afición por la ciencia? Ambos perfiles tienen algo en común: pasión. Esa misma pasión con la que los colaboradores de Journal of Feelsynapsis plasman sus artículos.

Contenidos de Journal of Feelsynapsis. Pulsa para agrandar.
He tardado casi dos semanas en reseñar esta revista porque tenía ganas de leerla y de darla a conocer a gente que no esté metida en «mi mundo». Y creo que los editores han dado en el clavo. Las distintas temáticas atraen. El diseño es todo menos aburrido (que suele serlo en muchas publicaciones). Pero, no he dicho una cosa aún…¡es gratuita!. Significa que se ha puesto todo el empeño y las ganas posibles en los ratos libres que tenían estos ya divulgadores con papeles (ese tiempo libre, en el que otros pueden hacer sillónball o simplemente «tragarse» chorradas en la tele).

De siempre me ha gustado saber quién está detrás de un artículo en cualquier medio. Aquí, al final de cada uno, se añade información acerca del autor y métodos de contacto. A parte de los artículos, este primer número de la revista contiene entrevistas. Todo un complemento que lo hace más atractivo aún.
Sinceramente, poder leer textos divulgativos en español de gente que verdaderamente sabe del tema y que, si quieres, puedes contactar de verdad con ellos no tiene precio. Y, por ahora, repito…It’s FREE!
Ya he dado unas cuantas razones para que vayáis raudos y veloces a descargar este Número 1 de Journal of Feelsynapsis y que el peso de casi 45 megabytes de información constreñido en 134 páginas os gusten tanto como a mí (si tenéis dispositivos móviles, paciencia en la descarga). Por mi parte, me quedo con un extracto de la entrevista que se hace a Bora Zivcokiv: «¿Cuál es el papel o el objetivo de cualquier comunicación? ¿Es tener un efecto en un cambio? ¿Es educar? ¿O divertir y entretener? La comunicación científica puede hacer todo eso.»

Para finalizar, quería dar las gracias a todos y cada uno de los componentes de la redacción: Alfonso Paño Lalana, Bernardo Herradón, Carlos Romá Mateo, Fernando Adam Fresno, Francisco Poza, Javier Pérez, Jesús David Tavira, Jose Manuel Echevarría Mayo, Jose Manuel López Nicolás, Julián Royuela, Leticia Puerta, Marisa Alonso Nuñez, Nahum Méndez Chazarra, Patricia Rodriguez, Rafael Medina, Raquel Buj, Rosa Porcel, Sergio Ferrer. Y una mención especial a Enrique Royuela, el «cabecilla» de este proyecto, por remover Roma con Santiago para hacer posible esta pequeña joya que da sus primeros pasos.

Enlace para acceder a la revista Journal of Feelsynapsis o descárgala directamente DESDE AQUÍ.
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Computational Biology of Molecular Sequences Symposium

3 noviembre, 2011 DoctorGenoma Ciencia

Como ya se hizo saber por las redes sociales, el Centro de Regulación Genómica (CRG) presentará el próximo día 10 de noviembre el décimo simposio de sus series anuales dedicado a la biología computacional. Se celebrará en Barcelona los días 10 y 11 y este año han elegido al «blog de Laboratorio» para difundirlo y contar conmigo como blogger oficial del evento. La series de simposios anuales del CRG se iniciaron en 2002 y se ha convertido en una plataforma donde los investigadores principales se reúnen para presentar y discutir los avances en diversos campos de las ciencias biomédicas. Ahora en su décimo año, el simposio se centrará en la vanguardia de la biología computacional y la tecnología de secuenciación de próxima generación (Next generation sequencing methods) y análisis de datos.

Durante los dos días que dure el simposio, se reunirán reconocidos biólogos computacionales (no se si bien llamados bioinformáticos) de todo el mundo, incluidos los pioneros en el campo, así como jóvenes científicos prometedores. Las presentaciones, discusiones y el diálogo durante el simposio contribuirá a estudiar el estado de una disciplina que, encontrándose en la intersección entre la biología y la computación, tendrá un enorme impacto en el mundo del siglo XXI.

El programa del evento lo podéis ver desde esta página o descargarlo directamente en formato pdf desde ESTE ENLACE. Además, para todos los que quieran asistir también será posible de forma virtual ya que se habilitará la emisión en streaming durante todo el simposio. A todo ello se puede acceder mediante la página web oficial del evento. Desde aquí se promoverá la asistencia intentando difundir las ponencias en la medida de lo posible. Además, se ha abierto un foro donde poder participar y abrir temas de debate sobre esta temática.

Os dejo el vídeo de presentación y animo a todos los que puedan asistir que se pasen por allí. El Centro de Regulación Genómica (CRG) está situado en el número 88 de la calle Dr. Aiguader, en las plantas 4ª, 5ª y 6ª (7.500 m2) del edificio del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (Parque de Investigación Biomédica de Barcelona, PRBB). Está muy cerca de la Torre Mapfre y el Hotel Arts, en el Puerto Olímpico. Si queréis poneros en contacto con ellos, lo podéis hacer mediante teléfono (+34 93 316 01 00) o Fax (+34 93 316 00 99), así como vía e-mail (comunicacio@crg.eu) y redes sociales como Facebook o Twitter

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=st0pmaUeTEk[/youtube]

Página oficial del X simposio anual del Centro de Regulación Genómica de Barcelona sobre Biología computacional
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Las fotos del ADN

20 octubre, 2011 DoctorGenoma Ciencia

Estructura química del bromuro de etidio

Ahora que estoy terminando de escribir la ansiada tesis doctoral, me hubiera gustado poder enseñar como he ido trabajando en el laboratorio día a día. Una de las labores cotidianas es realizar fotografías de los geles de electroforesis que contienen los fragmentos de ADN previamente amplificados mediante PCR para poder analizarlos posteriormente con más detenimiento. Esas imágenes se han podido ver en infinidad de documentales y series de televisión. Son esas fotografías en las que salen una serie de bandas que pertenecen a cada uno de los productos de PCR (aunque también pueden ser digestiones con enzimas u otro tipo de análisis a nivel molecular).
Resumiré las nociones básicas de por qué se ven las bandas de ADN gracias al bromuro de etidio (cada día en más desuso por la utilización de otros agentes intercalantes como el Sybr green, con relativo menor peligro mutagénico) y el por qué de su «iluminación» al incidir los rayos ultravioleta. Cuando se expone el bromuro de etidio (ó Bromuro de 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridinio) a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágenico y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno.

Estructura química del Sybr green

Desde que lanzaron el conocido Sybr green los laboratorios Invitrogen®, parecía que el miedo que siempre nos metían a todos los científicos sobre lo malo que era este compuesto desaparecería con el nuevo «invento verde». Esta molécula se introduce en la estructura secundaria de la doble hélice del ADN y se acopla energéticamente a los ácidos nucleicos que lo forman, de manera que se incrementa notablemente su tasa de emisión fluorescente. Este fenómeno se conoce como transferencia de energía mediante resonancia de fluorescencia. El complejo resultante ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en λ = 498 nm y el pico de emisión en λ = 522 nm (correspondiente a la zona verde del espectro, de ahí su nombre). Ese «miedo» sobre la genotoxicidad del bromuro de etidio que nos intercalaban en nuestras mentes no está muy bien determinado. Como se explicó en 2006 en rrresearch.fieldofscience.com por Rosie Redfield, esa posibilidad mutagénica no está demostrada y las cantidades para que ocurra son increíblemente elevadas. Casi todas las marcas que lo distribuyen muestran los resultados del test de Ames que demuestran el pase de este Sybr green como no mutagénico. Sin embargo, parece ser que existen estudios (ver artículo anteriormente enlazado) en los que se demuestra una mayor toxicidad en ratones con este compuesto que con el bromuro de etidio. Lo malo es que no se suelen explicar todos los pros y contras de cada compuesto como se debería. Y los agentes de ventas de las casas que comercializan estos compuestos tampoco conocen todo sobre ellos. Y no tienen por qué ser completamente transparentes si omitiendo datos consiguen ventas. Lo importante no es echar culpas si no ser precavidos e informarse debidamente.

Una vez dicho todo esto sobre lo que esconden nuestros geles teñidos, quería mostrar que los investigadores del centro TNAU Genomics & Proteomics parece que me han leído el pensamiento y han elaborado un vídeo sobre esta toma de imágenes. Lo bueno es que es exactamente el mismo equipo que usamos en nuestros laboratorios. Tanto el transiluminador Gel Doc como el software Quantity One de BioRad®. El vídeo está en un inglés con acento hindú, pero muy fácil de seguir. Sin más dilación, os dejo con el documento multimedia:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=a38-lYuPhkQ[/youtube]

Este es uno de los equipos. Para los geles de poliacrilamida de toda la vida podemos tomar las fotos con un densitómetro (como un escáner) y luego están los equipos automatizados de electroforesis capilar que te suministran los datos directamente en formato digital para analizarlos tranquilamente. Eso puede ser tema para otro artículo.
Y vosotros ¿qué compuestos y aparatos utilizáis para estas «tareas cotidianas»?

Este post participa en la VI Edición del Carnaval de Biología, , que organiza @Copepodo en su blog Diario de un Copépodo y también en el VIII Carnaval de Química organizado por @lualnu10 en su blog “Caja de Ciencia”.

Escuchando: El golpeo de las teclas en el portátil ;-P
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